Author: Andreas Tille <tille@debian.org>
Last-Update: Sat, 05 Sep 2015 07:13:34 +0200
Description: Build has problems with non-ASCII characters in comments

--- a/alter-lib/src/converter/ProgramOptions.java
+++ b/alter-lib/src/converter/ProgramOptions.java
@@ -22,7 +22,7 @@ import java.util.*;
 /**
  * Provides methods to check the supported programs and formats, as well as
  * the possible options for each one of them.
- * @author Daniel Gonzalez Peña
+ * @author Daniel Gonzalez Pena
  */
 public class ProgramOptions{
 
--- a/alter-lib/src/reader/ReaderUtils.java
+++ b/alter-lib/src/reader/ReaderUtils.java
@@ -38,7 +38,7 @@ public class ReaderUtils
     public static void replaceMatch(Sequence seq, Sequence first) throws ParseException
     {
         if (seq.getData().contains("."))
-            //Lanzar excepción si el caracter está en la primera secuencia
+            //Lanzar excepcion si el caracter esta en la primera secuencia
             if (seq == first)
                 throw new ParseException("Match character \".\" in first sequence of MSA.");
             else
--- a/alter-lib/src/writer/Writer.java
+++ b/alter-lib/src/writer/Writer.java
@@ -20,7 +20,7 @@ package writer;
 import types.MSA;
 
 /**
- * Define los métodos que deben implementar todos los escritores.
+ * Define los metodos que deben implementar todos los escritores.
  * @author Daniel Gomez Blanco
  * @version 1.1
  */
--- a/alter-lib/src/writer/FastaWriter.java
+++ b/alter-lib/src/writer/FastaWriter.java
@@ -145,7 +145,7 @@ public class FastaWriter implements Writ
         //Mientras queden caracteres por escribir
         while(!data.isEmpty())
         {
-            //Si hay caracteres para hacer una línea
+            //Si hay caracteres para hacer una linea
             if (data.length() > 60)
             {            
                 outb.append(data.substring(0, 60));
--- a/alter-lib/src/writer/NexusWriter.java
+++ b/alter-lib/src/writer/NexusWriter.java
@@ -343,7 +343,7 @@ public class NexusWriter implements Writ
         outb.append(id + WriterUtils.align(id.length(),longestId)
                         + WriterUtils.align(longestId, 10) + "  ");
 
-        //Escribir una línea si es posible
+        //Escribir una linea si es posible
         if (data[index].length() > 50)
         {
             outb.append(data[index].substring(0, 50));
--- a/alter-lib/src/writer/PhylipCodABCWriter.java
+++ b/alter-lib/src/writer/PhylipCodABCWriter.java
@@ -25,7 +25,7 @@ import types.Typeable;
 
 /**
  * Extends class PhylipWriter to adapt the output to CodABC.
- * @author Daniel Glez-Peña 
+ * @author Daniel Glez-Pena 
  * @version 1.0
  */
 
--- a/alter-lib/src/writer/PirDnaSPWriter.java
+++ b/alter-lib/src/writer/PirDnaSPWriter.java
@@ -34,7 +34,7 @@ public class PirDnaSPWriter extends PirW
     /**
      * Constructor de la clase. Llama al constructor de la superclase.
      * @param os Sistema operativo de salida.
-     * @param lowerCase Salida en letras minúsculas.
+     * @param lowerCase Salida en letras minusculas.
      * @param match Salida codificada con caracteres match.
      * @param logger Nombre del logger a instanciar.
      */
@@ -45,7 +45,7 @@ public class PirDnaSPWriter extends PirW
 
     /**
      * Escribe un MSA en formato PIR adaptado a dnaSP. Para ello
-     * comprueba que el MSA no sea de proteínas. Luego llama al método de la superclase.
+     * comprueba que el MSA no sea de proteinas. Luego llama al metodo de la superclase.
      * @param msa MSA de entrada.
      * @return Cadena con la el MSA en formato PIR.
      */
--- a/alter-lib/src/writer/PirWriter.java
+++ b/alter-lib/src/writer/PirWriter.java
@@ -114,10 +114,10 @@ public class PirWriter implements Writer
 
     /**
      * Devuelve una cadena con el identificador de la secuencia. En caso de
-     * que el identificador de secuencia esté repetido se renombra.
+     * que el identificador de secuencia este repetido se renombra.
      * @param seq Secuencia de la cual se desea obtener el identificador.
      * @param ids Secuencias copiadas hasta el momento.
-     * @return Identificador de secuencia único.
+     * @return Identificador de secuencia unico.
      */
     protected String getId(Sequence seq, LinkedHashSet<String> ids)
     {