Index of /data/main/a/augustus/3.3.2+dfsg-2/scripts

• Parent Directory
• README.autoAug
• SplicedAlignment.pm
• aa2nonred.pl
• augustus2browser.pl
• augustus2gbrowse.pl
• autoAug.pl
• autoAugPred.pl
• autoAugTrain.pl
• autoRun.pathInfo
• bedgraph2wig.pl
• blat2gbrowse.pl
• blat2hints.pl
• block2prfl.pl
• cegma2gff.pl
• checkParamArchive.pl
• checkUTR
• cleanDOSfasta.pl
• clusterAndSplitGenes.pl
• computeFlankingRegion.pl
• createAugustusJoblist.pl
• del_from_prfl.pl
• evalCGP.pl
• eval_dualdecomp.pl
• eval_multi_gtf.pl
• exonerate2hints.pl
• exoniphyDb2hints.pl
• extractTranscriptEnds.pl
• filter-ppx.pl
• filterGenes.pl
• filterGenesIn.pl
• filterGenesIn_mRNAname.pl
• filterGenesOut_mRNAname.pl
• filterInFrameStopCodons.pl
• filterMaf.pl
• filterPSL.pl
• filterShrimp.pl
• filterSpliceHints.pl
• findGffNamesInFasta.pl
• gbSmallDNA2gff.pl
• gbrowse.conf
• gbrowseold2gff3.pl
• getAnnoFasta.pl
• getAnnoFastaFromJoingenes.py
• getLinesMatching.pl
• gff2gbSmallDNA.pl
• gff2ps_mycustom
• gffGetmRNA.pl
• gp2othergp.pl
• gtf2aa.pl
• gtf2bed.pl
• gtf2gff.pl
• gth2gtf.pl
• hal2maf_split.pl
• helpMod.pm
• intron2exex.pl
• joinPeptides.pl
• join_aug_pred.pl
• join_mult_hints.pl
• maf2conswig.pl
• makeMatchLists.pl
• makeUtrTrainingSet.pl
• maskNregions.pl
• moveParameters.pl
• msa2prfl.pl
• new_species.pl
• opt_init_and_term_probs.pl
• optimize_augustus.pl
• parseSim4Output.pl
• partition_gtf2gb.pl
• pasapolyA2hints.pl
• peptides2alternatives.pl
• peptides2hints.pl
• phastconsDB2hints.pl
• polyA2hints.pl
• prints2prfl.pl
• pslMap.pl
• randomSplit.pl
• ratewig.pl
• retroDB2hints.pl
• rmRedundantHints.pl
• runAllSim4.pl
• samMap.pl
• scipiogff2gff.pl
• setStopCodonFreqs.pl
• simpleFastaHeaders.pl
• simplifyFastaHeaders.pl
• splitMfasta.pl
• split_wiggle.pl
• summarizeACGTcontent.pl
• transMap2hints.pl
• uniquePeptides.pl
• utrgff2gbrowse.pl
• webserver-results.body
• webserver-results.head
• webserver-results.tail
• weedMaf.pl
• wig2hints.pl
• wigchoose.pl
• writeResultsPage.pl
• yaml2gff.1.4.pl