Index: boinc/clientgui/BOINCClientManager.cpp
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--- boinc.orig/clientgui/BOINCClientManager.cpp
+++ boinc/clientgui/BOINCClientManager.cpp
@@ -453,6 +453,11 @@
     if (!m_bBOINCStartedByManager && IsBOINCConfiguredAsDaemon()) return;
 #endif
 
+#ifdef __WXGTK__
+    // Linux Manager shuts down client only if Manager started client
+    if (!m_bBOINCStartedByManager) return;
+#endif
+
 #ifdef __WXMSW__
     if (IsBOINCConfiguredAsDaemon()) {
         stop_daemon_via_daemonctrl();