--- Makefile.orig	2006-06-29 19:35:08.000000000 +0200
+++ Makefile	2007-04-13 13:49:11.000000000 +0200
@@ -27,7 +27,7 @@
 
 
 TOP_DIR     := $(CURDIR)
-BIN_DIR     := $(TOP_DIR)
+BIN_DIR     := $(TOP_DIR)/bin
 AUX_BIN_DIR := $(TOP_DIR)/aux_bin
 
 DOC_DIR       := $(TOP_DIR)/docs
@@ -93,6 +93,7 @@
 	cd $(TIGR_SRC_DIR); $(MAKE) clean
 	cd $(SCRIPT_DIR); $(MAKE) clean
 	cd $(DOC_DIR); $(MAKE) clean
+	-if [ $(BIN_DIR) != $(TOP_DIR) ] ; then rmdir $(BIN_DIR) ; fi
 
 
 dist: DISTDIR = MUMmer$(VERSION)
@@ -113,6 +114,7 @@
 
 
 kurtz:
+	mkdir -p $(BIN_DIR)
 	cd $(KURTZ_SRC_DIR); $(MAKE) mummer
 
 
@@ -124,6 +126,10 @@
 	cd $(TIGR_SRC_DIR); $(MAKE) all
 
 
+doc:
+	cd $(DOC_DIR); $(MAKE)
+
+
 uninstall: clean