\documentclass[a4paper,12pt]{scrartcl}

%Wir arbeiten mit PDF-Latex.
%Bei Texmaker unter Werkzeuge > PDFLaTeX (F6)

\usepackage[utf8x]{inputenc}

%Für deutsche Schriften:
%\usepackage[ngerman]{babel}
%\usepackage{sistyle}
%\SIstyle{German}
%\usepackage{icomma} % Komma als Dezimaltrenner (im Mathe Modus)
		    % Standardmäßig läßt LaTeX im Mathe Modus immer etwas 
		    % Platz nach einem Komma, für 3,45 etc. ist das falsch.
		    % Mit icomma gilt:
		    % Wenn auf das Komma ein Leerzeichen folgt, soll auch
		    % eins kommen, wenn nicht, schreibe es als Operator:
		    % z.B. $f(x, y) = 3,45$

%Für englische Schriften:
\usepackage[english]{babel}
\usepackage{sistyle}


\usepackage[top = 2cm, left = 2.5cm, right = 2cm, bottom = 2.5cm]{geometry}

\usepackage{amsmath}
\usepackage{amssymb}
\usepackage{array}

\usepackage{cite} %Für Zitate und Quellen
\usepackage{url}
\urlstyle{tt}

%\usepackage{longtable} % mehrseitige Tabellen
%\usepackage{multirow} %Zusammenfassen von Spalten/Zeilen



\usepackage{subfig} % Vereinen von Bildern in gesamte Figure

%Schönere Unterschriften für Bilder und Tabellen
%Setze captions mit Kommas und Beschriftungen
\DeclareCaptionLabelFormat{mycaption}{#1 #2}
\DeclareCaptionLabelSeparator{comma}{, }
\captionsetup{font=small,labelfont=bf,labelformat=mycaption,labelsep=comma}
\setcapindent{0pt} % Zeileneinzug ab zweiter Zeile

\newcommand{\mycaption}[2]{\caption[~#1]{\textbf{#1:} #2}}

\usepackage{tabularx}
\usepackage{textcomp} % Sonderzeichen
\usepackage{wrapfig}

\usepackage[svgnames]{xcolor} %Farben wie DarkBlue

%%
%%
%% Definitionen für schöne Links innerhalb des Dokuments
  %%% graphicx: support for graphics
  \usepackage[pdftex]{graphicx}


  \pdfcompresslevel=9

  %%% hyperref (hyperlinks in PDF): for more options or more detailed
  %%%          explanations, see the documentation of the hyperref-package
  \usepackage[%
    %%% general options
    pdftex=true,      %% sets up hyperref for use with the pdftex program
    %plainpages=false, %% set it to false, if pdflatex complains: ``destination with same identifier already exists''
    %
    pdfstartview={XYZ 0 0 1.0} , %% Startet das PDF mit 100% Zoom, also Originalgroesse
    %%% extension options
    backref,      %% adds a backlink text to the end of each item in the bibliography
    pagebackref=false, %% if true, creates backward references as a list of page numbers in the bibliography
    colorlinks=true,   %% turn on colored links (true is better for on-screen reading, false is better for printout versions)
    linkcolor=DarkBlue,		%% Aendern der Linkfarbe
    urlcolor=DarkBlue,		%% Aendern der Url-Linkfarbe und andere serioese Farben
    anchorcolor = black,
    citecolor = DarkGreen,
    filecolor = black,
    urlcolor = DarkBlue,
    breaklinks=false,
    %
    %%% PDF-specific display options
    bookmarks=true,          %% if true, generate PDF bookmarks (requires two passes of pdflatex)
    bookmarksopen=true,     %% if true, show all PDF bookmarks expanded
    bookmarksnumbered=false, %% if true, add the section numbers to the bookmarks
    %pdfstartpage={1},        %% determines, on which page the PDF file is opened
    %pdfpagemode=None         %% None, UseOutlines (=show bookmarks), UseThumbs (show thumbnails), FullScreen
  ]{hyperref}
  %%% provide all graphics (also) in this format, so you don't have
  %%% to add the file extensions to the \includegraphics-command
  %%% and/or you don't have to distinguish between generating
  %%% dvi/ps (through latex) and pdf (through pdflatex)
%  \DeclareGraphicsExtensions{.pdf}
%%
%%

%\newcommand{\kommentar}[1]{\marginpar{\textcolor{red}{#1}}}  % Kommentarkommando
%\newcommand{\fehler}[3]{\SI{(#1}{}\SI{\pm #2)}{#3}} % Fehlerkommando

%Ort für mögliche Bilddateien (Unterordner)
\graphicspath{{bilder/}{messwerte/}{auswertung/}}

%Neue Befehle
\newcommand{\hyref}[2]{\hyperref[#2]{#1~\ref{#2}}} %Schönerer link statt "link zu Bild \ref{im:bild}" -> "\hyref{link zu Bild}{im:bild}"

\newcommand{\mytilde}{\raisebox{-0.9ex}{\~{ }}}

% Tell latex how to break the program names
\hyphenation{Py-Corr-Fit Py-Scan-FCS}

\usepackage{doi}


\begin{document}

\noindent
\begin{tabularx}{\linewidth}{Xr}
 \textbf{PyScanFCS \newline Data evaluation for perpendicular line scanning FCS} \newline \textit{Software Guide} &
     \raisebox{-2em}{\includegraphics[angle=0,width=40mm]{Images/PyScanFCS_logo_dark.pdf}} \\
 \\
 Paul Müller & \\
 Biotechnology Center of the TU Dresden & \\
 \today & \\
\end{tabularx}

\vspace{2em}

\tableofcontents

\newpage

\graphicspath{{Images/}}
\include{PyScanFCS_doc_content}


\section*{Acknowledgements}
\addcontentsline{toc}{section}{Acknowledgements}
I thank Eugene Petrov and Fabian Heinemann (MPI Biochem, Martinsried, Germany) for discussions on the implementation of the multiple-$\tau$ algorithm. I thank André Scholich (TU Dresden, Germany) for initial proof reading of the manuscript. The idea of a kymograph and the Fourier analysis method are adopted from a Matlab script written on the same issue by Jonas Ries.


%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% Literaturverzeichnis

\pagestyle{plain}             % nur Nummerierung in der Fußzeile

\bibliographystyle{plainurl}  % Zitierstil: alphadin = [Nam88] apt-get install bibtex-extras
\bibliography{Bibliography}      % BibTeX-Datei name.bib ohne .bib hier einfgen
%\nocite{*}                    % Listet alle Eintrge der Datei auf, wenn aktiv


\end{document}
