# Copyright 2017 by Francesco Gastaldello. All rights reserved. # # Converted by Francesco Gastaldello from an older unit test copyright 2004 # by Thomas Hamelryck. # # This file is part of the Biopython distribution and governed by your # choice of the "Biopython License Agreement" or the "BSD 3-Clause License". # Please see the LICENSE file that should have been included as part of this # package. """Unit tests for the Bio.PDB.Superimposer module.""" import unittest try: import numpy except ImportError: from Bio import MissingPythonDependencyError raise MissingPythonDependencyError( "Install NumPy if you want to use Bio.PDB.") from Bio.PDB import Superimposer, Selection from Bio.PDB import PDBParser class SuperimposerTests(unittest.TestCase): """Test Superimposer module.""" def test_Superimposer(self): """Test on module that superimpose two protein structures.""" pdb1 = "PDB/1A8O.pdb" p = PDBParser() s1 = p.get_structure("FIXED", pdb1) fixed = Selection.unfold_entities(s1, "A") s2 = p.get_structure("MOVING", pdb1) moving = Selection.unfold_entities(s2, "A") rot = numpy.identity(3).astype('f') tran = numpy.array((1.0, 2.0, 3.0), 'f') for atom in moving: atom.transform(rot, tran) sup = Superimposer() sup.set_atoms(fixed, moving) self.assertTrue(numpy.allclose(sup.rotran[0], numpy.identity(3))) self.assertTrue(numpy.allclose(sup.rotran[1], numpy.array([-1.0, -2.0, -3.0]))) self.assertAlmostEqual(sup.rms, 0.0, places=3) atom_list = ['N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'SE', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'O', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'N', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'O', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'O', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'N', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'O', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'C', 'C', 'C', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'O', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'N', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'C', 'C', 'C', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'O', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'N', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'O', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'O', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'O', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'O', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'O', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'SE', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'O', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'O', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'O', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'O', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'O', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'O', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'O', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'S', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'O', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'O', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'O', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'O', 'O', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'SE', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'SE', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'O', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'S', 'N', 'C', 'C', 'O', 'C', 'C', 'C', 'O', 'N', 'N', 'C', 'C', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O', 'O'] sup.apply(moving) atom_moved = [] for aa in moving: atom_moved.append(aa.element) self.assertEqual(atom_moved, atom_list) if __name__ == '__main__': runner = unittest.TextTestRunner(verbosity=2) unittest.main(testRunner=runner)