#!/usr/bin/env python """Provides Tests for pfold application controller. IMPORTANT!!!!! 'dir' variable must be set in pfold app controller file for application to work! """ from os import remove from cogent.util.unit_test import TestCase, main from cogent.app.pfold import fasta2col,findphyl,mltree,scfg __author__ = "Shandy Wikman" __copyright__ = "Copyright 2007-2012, The Cogent Project" __contributors__ = ["Shandy Wikman"] __license__ = "GPL" __version__ = "1.5.3" __maintainer__ = "Shandy Wikman" __email__ = "ens01svn@cs.umu.se" __status__ = "Development" class Fasta2colTest(TestCase): """Tests for fasta2col application controller""" def setUp(self): self.input = f2c_input def test_stdout_input_as_lines(self): """Test fasta2col stdout input as lines""" c = fasta2col(InputHandler='_input_as_lines') res = c(self.input) self.assertEqual(res['ExitStatus'],0) assert res['StdOut'] is not None res.cleanUp() def test_stdout_input_as_string(self): """Test fasta2col stdout input as string""" c = fasta2col() f = open('/tmp/single.col','w') txt = '\n'.join([str(i).strip('\n') for i in self.input]) f.write(txt) f.close() res = c('/tmp/single.col') self.assertEqual(res['ExitStatus'],0) assert res['StdOut'] is not None res.cleanUp() remove('/tmp/single.col') def test_get_result_path(self): """Tests fasta2col result path""" c = fasta2col(InputHandler='_input_as_lines') res = c(self.input) self.assertEqualItems(res.keys(),['StdOut','StdErr','ExitStatus']) self.assertEqual(res['ExitStatus'],0) res.cleanUp() class FindphylTest(TestCase): """Tests for findphyl application controller""" def setUp(self): self.input = fp_input def test_input_as_lines(self): """Test findphyl input as lines""" fp = findphyl(InputHandler='_input_as_lines') res = fp(self.input) self.assertEqual(res['ExitStatus'],0) assert res['StdOut'] is not None res.cleanUp() def test_input_as_string(self): """Test findphyl input as string""" fp = findphyl() f = open('/tmp/single.col','w') txt = '\n'.join([str(i).strip('\n') for i in self.input]) f.write(txt) f.close() res = fp('/tmp/single.col') self.assertEqual(res['ExitStatus'],0) assert res['StdOut'] is not None res.cleanUp() remove('/tmp/single.col') def test_get_result_path(self): """Tests findphyl result path""" fp = findphyl(InputHandler='_input_as_lines') res = fp(self.input) self.assertEqualItems(res.keys(),['StdOut','StdErr','ExitStatus']) self.assertEqual(res['ExitStatus'],0) res.cleanUp() class MltreeTest(TestCase): """Tests for Pfold application controller""" def setUp(self): self.input = ml_input def test_input_as_lines(self): """Test mltree input as lines""" m = mltree(InputHandler='_input_as_lines') res = m(self.input) self.assertEqual(res['ExitStatus'],0) assert res['StdOut'] is not None res.cleanUp() def test_input_as_string(self): """Test mltree input as string""" m = mltree() f = open('/tmp/single.col','w') txt = '\n'.join([str(i).strip('\n') for i in self.input]) f.write(txt) f.close() res = m('/tmp/single.col') self.assertEqual(res['ExitStatus'],0) assert res['StdOut'] is not None res.cleanUp() remove('/tmp/single.col') def test_get_result_path(self): """Tests mltree result path""" m = mltree(InputHandler='_input_as_lines') res = m(self.input) self.assertEqualItems(res.keys(),['StdOut','StdErr','ExitStatus']) self.assertEqual(res['ExitStatus'],0) res.cleanUp() class ScfgTest(TestCase): """Tests for scfg application controller""" def setUp(self): self.input = scfg_input def test_input_as_lines(self): """Test scfg input as lines""" s = scfg(InputHandler='_input_as_lines') res = s(self.input) self.assertEqual(res['ExitStatus'],0) assert res['StdOut'] is not None res.cleanUp() def test_input_as_string(self): """Test scfg input as string""" s = scfg() f = open('/tmp/single.col','w') txt = '\n'.join([str(i).strip('\n') for i in self.input]) f.write(txt) f.close() res = s('/tmp/single.col') self.assertEqual(res['ExitStatus'],0) assert res['StdOut'] is not None res.cleanUp() remove('/tmp/single.col') def test_get_result_path(self): """Tests scfg result path""" s = scfg(InputHandler='_input_as_lines') res = s(self.input) self.assertEqualItems(res.keys(),['StdOut','StdErr','ExitStatus']) self.assertEqual(res['ExitStatus'],0) res.cleanUp() f2c_input = ['>seq1\n', 'GGCUAGAUAGCUCAGAUGGUAGAGCAGAGGAUUGAAGAUCCUUGUGUCGUCGGUUCGAUCCCGGCUCUGGC\n', '\n'] f2c_stdout = ['; generated by fasta2col\n', '; ============================================================\n', '; TYPE RNA\n', '; COL 1 label\n', '; COL 2 residue\n', '; COL 3 seqpos\n', '; COL 4 alignpos\n', '; ENTRY seq1\n', '; ----------\n', 'N G 1 1\n', 'N G 2 2\n', 'N C 3 3\n', 'N U 4 4\n', 'N A 5 5\n', 'N G 6 6\n', 'N A 7 7\n', 'N U 8 8\n', 'N A 9 9\n', 'N G 10 10\n', 'N C 11 11\n', 'N U 12 12\n', 'N C 13 13\n', 'N A 14 14\n', 'N G 15 15\n', 'N A 16 16\n', 'N U 17 17\n', 'N G 18 18\n', 'N G 19 19\n', 'N U 20 20\n', 'N A 21 21\n', 'N G 22 22\n', 'N A 23 23\n', 'N G 24 24\n', 'N C 25 25\n', 'N A 26 26\n', 'N G 27 27\n', 'N A 28 28\n', 'N G 29 29\n', 'N G 30 30\n', 'N A 31 31\n', 'N U 32 32\n', 'N U 33 33\n', 'N G 34 34\n', 'N A 35 35\n', 'N A 36 36\n', 'N G 37 37\n', 'N A 38 38\n', 'N U 39 39\n', 'N C 40 40\n', 'N C 41 41\n', 'N U 42 42\n', 'N U 43 43\n', 'N G 44 44\n', 'N U 45 45\n', 'N G 46 46\n', 'N U 47 47\n', 'N C 48 48\n', 'N G 49 49\n', 'N U 50 50\n', 'N C 51 51\n', 'N G 52 52\n', 'N G 53 53\n', 'N U 54 54\n', 'N U 55 55\n', 'N C 56 56\n', 'N G 57 57\n', 'N A 58 58\n', 'N U 59 59\n', 'N C 60 60\n', 'N C 61 61\n', 'N C 62 62\n', 'N G 63 63\n', 'N G 64 64\n', 'N C 65 65\n', 'N U 66 66\n', 'N C 67 67\n', 'N U 68 68\n', 'N G 69 69\n', 'N G 70 70\n', 'N C 71 71\n', '; **********\n'] fp_input = f2c_stdout fp_stdout = ['; generated by fasta2col\n', '; ============================================================\n', '; TYPE TREE\n', '; COL 1 label\n', '; COL 2 number\n', '; COL 3 name\n', '; COL 4 uplen\n', '; COL 5 child\n', '; COL 6 brother\n', '; ENTRY tree\n', '; root 1\n', '; ----------\n', ' N 1 seq1 0.000000 . .\n', '; **********\n', '; TYPE RNA\n', '; COL 1 label\n', '; COL 2 residue\n', '; COL 3 seqpos\n', '; COL 4 alignpos\n', '; ENTRY seq1\n', '; ----------\n', 'N G 1 1\n', 'N G 2 2\n', 'N C 3 3\n', 'N U 4 4\n', 'N A 5 5\n', 'N G 6 6\n', 'N A 7 7\n', 'N U 8 8\n', 'N A 9 9\n', 'N G 10 10\n', 'N C 11 11\n', 'N U 12 12\n', 'N C 13 13\n', 'N A 14 14\n', 'N G 15 15\n', 'N A 16 16\n', 'N U 17 17\n', 'N G 18 18\n', 'N G 19 19\n', 'N U 20 20\n', 'N A 21 21\n', 'N G 22 22\n', 'N A 23 23\n', 'N G 24 24\n', 'N C 25 25\n', 'N A 26 26\n', 'N G 27 27\n', 'N A 28 28\n', 'N G 29 29\n', 'N G 30 30\n', 'N A 31 31\n', 'N U 32 32\n', 'N U 33 33\n', 'N G 34 34\n', 'N A 35 35\n', 'N A 36 36\n', 'N G 37 37\n', 'N A 38 38\n', 'N U 39 39\n', 'N C 40 40\n', 'N C 41 41\n', 'N U 42 42\n', 'N U 43 43\n', 'N G 44 44\n', 'N U 45 45\n', 'N G 46 46\n', 'N U 47 47\n', 'N C 48 48\n', 'N G 49 49\n', 'N U 50 50\n', 'N C 51 51\n', 'N G 52 52\n', 'N G 53 53\n', 'N U 54 54\n', 'N U 55 55\n', 'N C 56 56\n', 'N G 57 57\n', 'N A 58 58\n', 'N U 59 59\n', 'N C 60 60\n', 'N C 61 61\n', 'N C 62 62\n', 'N G 63 63\n', 'N G 64 64\n', 'N C 65 65\n', 'N U 66 66\n', 'N C 67 67\n', 'N U 68 68\n', 'N G 69 69\n', 'N G 70 70\n', 'N C 71 71\n', '; 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