#!/usr/bin/env python
# file: test_fastq_join.py

# Tests for the fastq_join.py application controller.
# Application controller for 'fastq-join' ea-utils v1.1.2-537 
# http://code.google.com/p/ea-utils/

from cogent.util.unit_test import TestCase, main
from cogent.util.misc import create_dir
from cogent.app.fastq_join import FastqJoin, join_paired_end_reads_fastqjoin
from cogent.app.util import get_tmp_filename
import os 
import shutil

__author__ = "Michael Robeson"
__copyright__ = "Copyright 2007-2013, The Cogent Project"
__credits__ = ["Michael Robeson"]
__license__ = "GPL"
__version__ = "1.9"
__maintainer__ = "Michael Robeson"
__email__ = "robesonms@ornl.gov"
__status__ = "Development"


class FastqJoinTests(TestCase):
    """Tests for fastq-join application controller."""

    def setUp(self):
        """General setup for fastq-join tests"""
        self.temp_dir_string = '/tmp/test_fastq_join/'
        create_dir(self.temp_dir_string)

        self.temp_dir_string_spaces = '/tmp/test fastq join/'
        create_dir(self.temp_dir_string_spaces)

        # create temp file path strings
        self.test_fn1 = os.path.join(self.temp_dir_string,'reads1.fastq')
        self.test_fn1_space = os.path.join(self.temp_dir_string_spaces, 
                                        'reads1.fastq')
        self.test_fn2 = os.path.join(self.temp_dir_string,'reads2.fastq')
        self.test_fn2_space = os.path.join(self.temp_dir_string_spaces,
                                        'reads2.fastq')

    def writeTmpFastq(self, fw_reads_path, rev_reads_path):
        """write forward and reverse reads data to temp fastq files"""
        try:
            fq1 = open(fw_reads_path, "w+")
            fq1.write(reads1_string)
            fq1.close()
            fq2 = open(rev_reads_path, "w+")
            fq2.write(reads2_string)
            fq2.close()
        except OSError:
            pass
   
    def test_base_command(self):
        """fastq-join command should return correct BaseCommand"""
        c = FastqJoin()
        # test base command 
        self.assertEqual(c.BaseCommand, ''.join(['cd "', os.getcwd(), '/"; ',
                                                  'fastq-join']))
        # test turning on a parameter
        c.Parameters['-p'].on('15')
        self.assertEqual(c.BaseCommand, ''.join(['cd "', os.getcwd(), '/"; ',
                                                 'fastq-join -p 15'])) 

    def test_changing_working_dir(self):
        """WorkingDir should change properly"""
        c = FastqJoin(WorkingDir=self.temp_dir_string)
        self.assertEqual(c.BaseCommand, 
                         ''.join(['cd "', self.temp_dir_string,
                                  '/"; ', 'fastq-join']))
        c = FastqJoin()
        c.WorkingDir = self.temp_dir_string + '2'
        self.assertEqual(c.BaseCommand, 
                         ''.join(['cd "', self.temp_dir_string + '2', 
                                  '/"; ', 'fastq-join']))

    def test_fastqjoin_assembly(self):
        """Runs FastqJoin with default and alternate settings.

        Checks ouput of assembled paired-ends, unassebled files, 
        and reports file.  
        """
        self.writeTmpFastq(self.test_fn1, self.test_fn2)
        
        ### Default settings
        params={}
        params['-p'] = 8
        params['-m'] = 6
        params['-o'] = 'test_fastq'
        params['-r'] = 'test_fastq_report'
 
        fastqjoin_app = FastqJoin(params=params,
                                  WorkingDir=self.temp_dir_string)

        res = fastqjoin_app([self.test_fn1, self.test_fn2])
        
        # test if file strings are valid:
        self.assertEqual(res['Assembled'].read(), expected_assembly)
        self.assertEqual(res['UnassembledReads1'].read(), expected_default_un1)
        self.assertEqual(res['UnassembledReads2'].read(), expected_default_un2)
        self.assertEqual(res['Report'].read(), expected_report)
        
        res.cleanUp()

        ### Alternate settings
        params={}
        params['-p'] = 5
        params['-m'] = 10
        params['-o'] = 'test_fastq'
        working_dir=self.temp_dir_string
 
        fastqjoin_app_alt = FastqJoin(params=params, WorkingDir=working_dir)

        res_alt = fastqjoin_app_alt([self.test_fn1, self.test_fn2])
        
        # test if file strings are valid:
        self.assertEqual(res_alt['Assembled'].read(), 
                         expected_assembly_alt_param)
        self.assertEqual(res_alt['UnassembledReads1'].read(), 
                         expected_default_un1_alt_param)
        self.assertEqual(res_alt['UnassembledReads2'].read(), 
                         expected_default_un2_alt_param)
        
        res_alt.cleanUp()
        shutil.rmtree(self.temp_dir_string)


    def test_join_paired_end_reads_fastqjoin(self):
        """join_paired_end_reads_fastqjoin: should work as expected """
        self.writeTmpFastq(self.test_fn1, self.test_fn2)

        ### 1: run with default function params ###
        jp_file_path = join_paired_end_reads_fastqjoin(self.test_fn1, self.test_fn2,
                                     working_dir=self.temp_dir_string)
        
        # test if joined paired end output is correct:
        jp_ends = open(jp_file_path['Assembled'],'U').read()
        self.assertEqual(jp_ends, expected_assembly)
       
        jp_unass_1 = open(jp_file_path['UnassembledReads1'],'U').read()
        self.assertEqual(jp_unass_1, expected_default_un1)

        jp_unass_2 = open(jp_file_path['UnassembledReads2'],'U').read()
        self.assertEqual(jp_unass_2, expected_default_un2)


        ### 2: test with different parameters ###
        jp_file_path_alt = join_paired_end_reads_fastqjoin(self.test_fn1, self.test_fn2,
                                         perc_max_diff=5, 
                                         min_overlap=10, 
                                         working_dir=self.temp_dir_string)

        # test if joined paired end alt output is correct:
        jp_ends_b = open(jp_file_path_alt['Assembled'],'U').read()
        self.assertEqual(jp_ends_b, expected_assembly_alt_param)
       
        jp_unass_1b = open(jp_file_path_alt['UnassembledReads1'],'U').read()
        self.assertEqual(jp_unass_1b, expected_default_un1_alt_param)

        jp_unass_2b = open(jp_file_path_alt['UnassembledReads2'],'U').read()
        self.assertEqual(jp_unass_2b, expected_default_un2_alt_param)

        
        ### test for None as input to function:
        # output should be identical to default (v1.1.2-537)
        jp_file_path_none = join_paired_end_reads_fastqjoin(self.test_fn1, self.test_fn2,
                                     perc_max_diff=None,
                                     min_overlap=None,
                                     working_dir=self.temp_dir_string)
        
        # test if joined paired end output is correct:
        jp_ends_none = open(jp_file_path_none['Assembled'],'U').read()
        self.assertEqual(jp_ends, expected_assembly)
       
        jp_unass_1_none = open(jp_file_path_none['UnassembledReads1'],'U').read()
        self.assertEqual(jp_unass_1, expected_default_un1)

        jp_unass_2_none = open(jp_file_path_none['UnassembledReads2'],'U').read()
        self.assertEqual(jp_unass_2, expected_default_un2)

        # final cleanup
        os.remove(self.test_fn1) 
        os.remove(self.test_fn2)
        shutil.rmtree(self.temp_dir_string) 



# test strings

reads1_string ="""@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:14149:1572 1:N:0:TCCACAGGAGT
GGGGGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACGGGGGGGGCAAGCGTTGTTCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGCTCGTAGGCGGCCCACTAAGTCAGACGTGAAATCCCTCGGCTTAACCGGGGAACTGCGTCTGATACTGGATGGCTTGAGGTTGGGAGAGGGATGCGGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCTGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGCATCCTGGACCAATTCTGACGCTGAG
+
CCCCCCCCCFFFGGGGGGGGGGGGHHHHGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF-.;FFFFFFFFF9@EFFFFFFFFFFFFFFFFFFF9CFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFECFFFEFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFFFF;CDEA@FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF
@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:14170:1596 1:N:0:TCCACAGGAGT
ATGGCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGGGCTAGCGTTGTTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGCGGCTTTGTAAGTTAGAGGTGAAAGCCCGGGGCTCAACTCCGGAACTGCCTTTAAGACTGCATCGCTAGAATTGTGGAGAGGTGAGTGGAATTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCACTGGACACATATTGACGCTGAG
+
CCCCCCCCCCFFGGGGGGGGGGGGGHHHGGGGGGGGGHHHGGGGGHHGGGGGHHHHHHHHGGGGHHHGGGGGHHHGHGGGGGHHHHHHHHGHGHHHHHHGHHHHGGGGGGHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHGGFGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGFGGFFFFFFFFFFFFFFFFFF0BFFFFFFFFFFFFEFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFDFAFCFFFFFFFFFFFFFFFFFFBDFFFFF
@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:14740:1607 1:N:0:TCCACAGGAGT
AGTGTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGCGCAGGCGGTTCGTTGTGTCTGCTGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAATGGCAGTGGAAACTGGCGAGCTTGAGTGTGGCAGAGGGGGGGGGAATTCCGCGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGAGATGCGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAACCCCCTGGGATAATATTTACGCTCAT
+
AABCCFFFFFFFGGGGGGGGGGGGHHHHHHHEGGFG2EEGGGGGGHHGGGGGHGHHHHHHGGGGHHHGGGGGGGGGGGGEGGGGHEG?GBGGFHFGFFHHGHHHGGGGCCHHHHHFCGG01GGHGHGGGEFHH/DDHFCCGCGHGAF;B0;DGF9AEEGGGF-=C;.FFFF/.-@B9BFB/BB/;BFBB/..9=.9//:/:@---./.BBD-@CFD/=A-::.9AFFFFFCEFF./FBB############
@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:14875:1613 1:N:0:TCCACAGGAGT
GGTGGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACAGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACAAGCTAGAGTATGGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGATACTGACACTGAG
+
CCCCCCCCCFFFGGGGGGGGGGGGGHHHHHHGGGGGHHHHGGGGGHHGGGGGHHHHHHHHGGGGHHHGGGGGGGGGHHGGGHGHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHGGGGGGHHHHHHHHGGHGGHHGHHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHHHHHGHHHGHHGEGGDGGFFFGGGFGGGGGGGGGGGFFFFFFFDFFFAFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFDFFFFFFFEFFFFFFFFFB:FFFFFFFFFF
@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:14902:1627 1:N:0:TCCACAGGAGT
AGGGGGTGCCAGCCGCCGCGGTAAGACGAAGGTGGCTAGCGTTATTCGGATTTACTGGGCATAAAGCGCGCGTAGGCGGCTTGGCAAGTCGGAGGTGAAAGCCTGCAGCTCAACTGCGGTGTGCCTCCGAAACTGCCGAGCTTGAGTGCGGGAGGGGTGATTGGAACTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCTGGAGGAACACCAGAGGCGAAGGCGAATCACTGGACCGCAACTGACGCTGAGG
+
ABBBBBBBBFFCFGGGGGGGGGGGHHHGGGGGHHGHHHHHGGGGHHHHHGEGHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGGGGHGGGGGGGHFHGHHGGGGGGHHHHHHFHHHHHHHHHHHHCGFGGCGGHHHHGGGDGDGFGGCFGFDGGGGCFFFFF-@DAFDDEFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF9-9BBFFFFFFAFFFFFFFFBF??FFFF?AAFEEAAFDFFFFFFFFFFB/BBFFFFFDFF//BADDD..E
@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:15883:1644 1:N:0:TCCACAGGAGT
GGGATGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGTCCCGAGTGTTGTTCGGATTCACTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGTGGGGTAAGTCTCGTGTGAAAGCTCGCAGCTTAACTGCGAAAAGTCACGGGATACTATTCCGCTGGAGGCTTGGAGGGGGGACTGGAATACTTGGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGATATCAAGTGGAACACCAGTGGCGAAGGCGAGTCCCTGGACAAGACCTGACACTGAG
+
CDDDDDFFFFFFGGGGGGGGGGGGHHHHHHHGHGGH2EFGHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHGGGGHHHGHGGGGGGGHHGGGGGGGGHHHHHHHGHHHHHHHHHGGGGGGHHHHHHDGGGGGGHHHHHGGGGGHHHHHHHHGGGGGGHGGHHGGGHGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFD;BFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFAFDEFF@DFFFFFFEFFFFFFFFF9;B;FFFF
@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:17346:1668 1:N:0:TCCACAGGAGT
GGCGGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACAGAGGGTGCAAACGTTGCTCGGAATCACTGGGCGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGAAGGAAAGTCGGGCGTGAAATCCCTGGGCTCAACCCAGGAACTGCACTCGAAACTTCCTTTCTTGAGTGCCGGAGAGGAAAGCGGAATTCCTGGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATCAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTTCTGGGCGGTAAATGACGCTGAG
+
BCCCCDDBCFFFGGGGGGGGGGGGHHHHHGGGGAFEHFHHGHHHCFHGGEGGHHHGHGHHGGGGHHHGEEEGEFHFFGGG@/?C?GGF>FDGFGGCGDGHFHHHHGHGGHCGHHH?.CE.;A0FF0FFFEAFG?CFBFFGGFFF9;0;BFFFA:@>DFFFFAFDF-CEFFFFFFFF9/FBFF:AFFFFF9EBFEE/:FFFFF/9A.;.:;DEFFFFFFF;DFE=D9-;;/;BB/.:DDFF###########
@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:14457:1707 1:N:0:TCCACAGGAGT
TGGGTGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACGAGGGGTGCAAGCGTTGCTCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGTAGGTAGGTGGTCTCATTTGTCTGGGGTGAAAGCCTCGAGCTTAACTCGAGAAGTGCCCCAGAAACGGTGAGACTAGAGTTCTGGGGAGGGTCGTGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCGGGAGGAACACCAGAGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGATACTGACACTGAG
+
AABCBCCCFFFFGGGGGGGGGGGGHHHHGGGGGGGGHHHHGGGGGHHGGFGGHHHHHHHHGGGGHHHGHHGGHHHGHHGGHH?4FHHHHHHHHHGGGHHHHHHHHGGGGGHHHHHHGHGGGHHHHHHGGGHHHHGGGHGHFHHHHHHHHHHHHHGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFEFFFFF:;FFEFBFFFFF
@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:15133:1720 1:N:0:TCCACAGGAGT
TATAGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACAGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACAAGCTAGAGTATGGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGATACTGACACTGAG
+
DDDDDFFFFFFFGGGGGGGGGGGGHHHHHHHGGGGGHHHHGGGGGHHGGGGGHHHHHHHHGGGGHHHGGGGGGGGGHHGGGHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGHHHHHHHHGHHGGHHHHHHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGEGGGFGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGFFFFFEFFFFFFFFFFEFFFFFFFFFFFFFAFDEFFFFFFFFFFFFFFFFB;FFFFFFFFEF
@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:16328:1722 1:N:0:TCCACAGGAGT
AGAGGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACAGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAAGCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACAAGCTAGAGTATGGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGATACTGACACTGAG
+
ABCCBBBCCFFBGGGGGGGGGGGGHHHHHGHGGGGGHHHHGGGGGHHGGGGGHHHHHHHHCGGGHHHGGGGGGGGGHHGGGHGHHHHGHHHHHHHHHHHHGHHHGGGGGGHHHHHHHHGGHGGGHFHHHGFHHHHHHHHHGHHHHHGHHFHHHHHHHGGCADGFGGGGGGGGGGGGGGGGGAFFFFFFFFFFDB.FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFCFDECFFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFF
@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:17115:1764 1:N:0:TCCACAGGAGT
GTGGGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGTTTAAAGGGTCCGTAGGCGGTTTAATAAGTCAGTGGTGAAAGCCCATCGCTCAACGGTGGAACGGCCATTGATACTGTTAAACTTGAATTATTAGGAAGTAACTAGAATATGTAGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGAGATTACATGGAATACCAATTGCGAAGGCAGGTTACTACTAATGGATTGACGCTGAT
+
CCCCCCBBCFFFGGGGGGGGGGGGHHHHGGGGGHHHHHHGGGGGHHHGGGGGHHHHHHHGGGHHHHHGHHHGHHGGHGGGFGG4FFHHGHHHHHHHGHHHHHHHHHHGGHHGHHG/??DFG1<CDCGHHHGHGHHHHHHHGHHHHFHHHHHHBGHHHHFHGHGHHGHHGHHHHHHHGGGGGGGGGGGGGFFGGG099;CFFFCFGBCCFBFFFFFFFFFFFFFFFFFBFBFFFFFFFBFFFFFFFFFFFAF
@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:14429:1791 1:N:0:TCCACAGGAGT
GTACCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGCGCAGGCGGTTTTGTAAGACAGTTGTGAAATCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATCTGTGACTGCATAGCTAGAGTACGGTAGAGGGGGATGGAATTCCGCGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGATATGCGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAATCCCCTGGACCTGTACTGACGCTCAT
+
ABBCCCCCCCFFGGGGGGGGGGGGHHHHHHHGGHGGHHHHGGGGGHHGGGGGHHHHHHHHGGGGHHHGGGGGGGGGGGGEE/?0FDHFF2FBGFDF/GHHHFHHG@BGFFEGHFHFFHGAHFHFGGDGHBHBGHHHGHGHFHHHHHFBDGDDHHGHHHGGG-CEFBFFGFG9C?FGFEFEBFFFFFFFFBAA:DEEB99FADABF.F?FFF-BDDFFFDAAFAFFFFFFFFFFBFF9B#############
@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:14969:1845 1:N:0:TCCACAGGAGT
CGCCGGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCTAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGAGCGTGTAGGCGGCCAGGTAGGTCCGGTGTGAAAACTCGAGGCTTAACCTCGAGATGTCATCGGAAACCATCTGGCTAGAGTCCGGAAGAGGAGAGTGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAAGAACACCTATGGCGAAAGCAGCTCTCTGGGACGGTACTGACGCTGA
+
AAABBB@ABBFFGGGGGGGGGFGGGGGGHHHGGGGGGFFHGGGGGGHEGGEGGHFHHHHHHGGGGHHHHHGGGGHHGGGCGGCFFHHHGHHHDCADGGHHFF<GHGHGGGHHHGHHHHGGGFGHHHHHHGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGDGGFGFEBEFFFFFFFFFFFFFFFEFFFFFFFFFFFFFFFFFAFBFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFEFFFFFFFFFAFDFAEFBFBFADFF#
@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:17499:1855 1:N:0:TCCACAGGAGT
AGCCGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACGGAGGATCCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGTTTAAAGGGTCCGTAGGCGGTTTAGTAAGTCAGTGGTGAAAGCCCATCGCTCAACGGTGGAACGGCCATTGATACTGCTAGACTTGAATTATTAGGAAGTAACTAGAATATGTAGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGAGATTACATGGAATACCAATTGCGAAGGCAGGTTACTACTAATGGATTGACGCTGAT
+
CCCCCCCCBFFFGGGGGGGGGGGGHHHHGGGGGHHHHHHGGGGGHHHGGGGGHHHHHHHGGGHHHHGGHGGGHHGGHGGGGGHHHHHHHHHHHHHGGGHHHHHHHHHGGHHGHHG/??EGHHDEGGGHHHHHHHHHHHDGHHHHHGEHHHHHHHHHHHHCHCGHHHGFFGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGFGGG09;;CFFFFEFFBBBFFFFFFFFFFAF?EFFFFFF9FF0FFBFBFFFFFFBDFFFFF
@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:14009:1889 1:N:0:TCCACAGGAGT
GCGGCGTGCCAGCCGCTGCGGTAATACAGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGTGGTTTGTTAAGTTGGATGTGAAAGCCCCGGGCTCAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACAAGCTAGAGTATGGTAGAGGGTGGTGGAATTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGATACTGACACTGAG
+
ABBBBBBBBBFFGGGGFGGGGGGGHHHHHHHGGGGGHHHHGGGGGHHGGGGGHGHHHHHHGGGGHHHGGGGGGGGGGHGGGHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGGGGHHHHHHHHGFHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGDGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFEFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFF;BFFEFFFFFFF
@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:17869:1908 1:N:0:TCCACAGGAGT
ATTGCGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACAGAGGTCCCAAGCGTTGTTCGGATTCACTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGCGGTCGGGTAAGTCTGACGTGAAATCTCCGAGCCTAACTCGGAAACTGCGTCGGATACTATTCGGCTAGAGGAATGGAGGGGAGACTGGAATTCTCGGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGATATCGAGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGAGTCTCTGGACATTTCCTGACGCTGAG
+
BCCCCCCCCCFFGGGGGGGGGGGGHHHHHHHGHHHHHHHGGGGGGHHGGGGGHHHHHHHHGGGGHHHGHGGGGGGGHGGGGGGGHGHHHHHHGHGGGHGHHHHHHGGGGGHHHHHFGGGGGHHHH<<<CFGFEGHBCHGHHGGGGGGGFGGGGGGDADDCFEFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFBFFFFEFFFFFFFFFFFFFFFFFF=FFFCADFEFFFFFBABBFFFFFFB:;DFDDF
@MISEQ03:123:000000000-A40KM:1:1101:14767:1933 1:N:0:TCCACAGGAGT
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