#!/usr/bin/python3

import shasta

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument('--segmentId', type=int, required=True)
parser.add_argument('--minVertexCount', type=int, required=True)
parser.add_argument('--minEdgeCount', type=int, required=True)
arguments = parser.parse_args()

a = shasta.Assembler()
a.accessAssemblyGraphEdges()
a.accessAssemblyGraphOrientedReadsByEdge()
a.colorGfaBySimilarityToSegment(
	arguments.segmentId, arguments.minVertexCount, arguments.minEdgeCount)