\documentclass[fleqn]{article}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{expl3}
\usepackage{xparse}

\ExplSyntaxOn
\seq_new:N \l_test_A_seq
\seq_new:N \l_test_B_seq
\seq_new:N \l_test_C_seq

\cs_new:Npn \fillmyseq #1 #2 {
    \seq_set_split:Nnn #1 {,} {#2}
}

\fillmyseq{\l_test_A_seq}{A_1, A_2, A_3}
\fillmyseq{\l_test_B_seq}{B_1, B_2, B_3}
\fillmyseq{\l_test_C_seq}{C_1, C_2, C_3}

\cs_new:Nn \__test_do: {
    \seq_show:N  \l_test_A_seq
    \seq_show:N  \l_test_B_seq
    \seq_show:N  \l_test_C_seq
}

\NewDocumentCommand\mydo {} {\__test_do:}
\ExplSyntaxOff

\begin{document}
\mydo
\end{document}
