Package: lagan / 2.0-3

adjustPerlPaths.patch Patch series | download
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Author: Steffen Moeller
Last-Update: 2018-09-07 15:08:19 +0200
Description: Adjust Perl path

Index: lagan/anal_gloc.pl
===================================================================
--- lagan.orig/anal_gloc.pl
+++ lagan/anal_gloc.pl
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env perl
+#!/usr/bin/perl
 
 $savname1 = "";
 $savname2 = "";
Index: lagan/lagan.pl
===================================================================
--- lagan.orig/lagan.pl
+++ lagan/lagan.pl
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env perl
+#!/usr/bin/perl
 
 $lagandir = $ENV{LAGAN_DIR};
 $consrate = 45;
Index: lagan/rechaos.pl
===================================================================
--- lagan.orig/rechaos.pl
+++ lagan/rechaos.pl
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env perl
+#!/usr/bin/perl
 
 $lagandir = $ENV{LAGAN_DIR};
 
Index: lagan/utils/cmerge2.pl
===================================================================
--- lagan.orig/utils/cmerge2.pl
+++ lagan/utils/cmerge2.pl
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env perl
+#!/usr/bin/perl
 use File::Basename;
 
 $lagandir = $ENV{LAGAN_DIR};
Index: lagan/utils/draft.pl
===================================================================
--- lagan.orig/utils/draft.pl
+++ lagan/utils/draft.pl
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env perl
+#!/usr/bin/perl
 use File::Basename;
 
 $lazyflag = 0;
Index: lagan/utils/mextract.pl
===================================================================
--- lagan.orig/utils/mextract.pl
+++ lagan/utils/mextract.pl
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env perl
+#!/usr/bin/perl
 
 if (@ARGV < 1) {
     print ("usage:\n mextract.pl filename [-masked]\n");
Index: lagan/utils/mf2bin.pl
===================================================================
--- lagan.orig/utils/mf2bin.pl
+++ lagan/utils/mf2bin.pl
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env perl
+#!/usr/bin/perl
 
 # defaults 
 # constants
Index: lagan/utils/mpretty.pl
===================================================================
--- lagan.orig/utils/mpretty.pl
+++ lagan/utils/mpretty.pl
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env perl
+#!/usr/bin/perl
 
 # defaults 
 
Index: lagan/utils/mproject.pl
===================================================================
--- lagan.orig/utils/mproject.pl
+++ lagan/utils/mproject.pl
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env perl
+#!/usr/bin/perl
 
 if (@ARGV < 2) {
     print ("usage:\n mproject.pl filename seqname1 [seqname2 ... ]\n");
Index: lagan/utils/mrun.pl
===================================================================
--- lagan.orig/utils/mrun.pl
+++ lagan/utils/mrun.pl
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env perl
+#!/usr/bin/perl
 
 # This script requires the environment variables:
 # LAGAN_DIR and VISTA_DIR
Index: lagan/utils/mrunfile.pl
===================================================================
--- lagan.orig/utils/mrunfile.pl
+++ lagan/utils/mrunfile.pl
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env perl
+#!/usr/bin/perl
 
 # This script requires the environment variables:
 # LAGAN_DIR and VISTA_DIR
Index: lagan/utils/mrunpairs.pl
===================================================================
--- lagan.orig/utils/mrunpairs.pl
+++ lagan/utils/mrunpairs.pl
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env perl
+#!/usr/bin/perl
 
 # This script requires the environment variables:
 # LAGAN_DIR and VISTA_DIR
Index: lagan/utils/msplit.pl
===================================================================
--- lagan.orig/utils/msplit.pl
+++ lagan/utils/msplit.pl
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env perl
+#!/usr/bin/perl
 
 if (@ARGV < 1) {
     print ("usage:\n msplit.pl filename [-masked]\n");
Index: lagan/utils/mviz.pl
===================================================================
--- lagan.orig/utils/mviz.pl
+++ lagan/utils/mviz.pl
@@ -1,4 +1,4 @@
-#!/usr/bin/env perl
+#!/usr/bin/perl
 
 
 # This script requires the environment variables:
Index: lagan/utils/Utils.pm
===================================================================
--- lagan.orig/utils/Utils.pm
+++ lagan/utils/Utils.pm
@@ -1,5 +1,3 @@
-#!/usr/bin/env perl
-
 package Utils;
 require 5.000;