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#!/usr/bin/env python
import os, sys, time
import string, math
from scipy.io import netcdf
#-----------------------------------------------------------------|
def moy (file_in) :
#-----------------------------------------------------------------|
FILE_IN = open(file_in, 'r')
neff= len(FILE_IN.readlines())
FILE_IN.close()
# calcul des moyennes et des fluctuations
FILE_IN = open(file_in, 'r')
sum = 0.
sum2 = 0.
for line in FILE_IN.readlines() :
y = string.atof(line)
sum = sum + y
sum2 = sum2 + y * y
amoy = sum / float(neff)
fluc = math.sqrt(abs(sum2 / float(neff) - amoy * amoy))
prec = 1.
if abs(amoy) > prec :
print '%6s = %8.1f +/ %8.4f ' % (file_in, amoy, fluc)
else :
print '%6s = %14.5e +/ %14.5e ' % (file_in, amoy, fluc)
FILE_IN.close()
#-----------------------------------------------------------------|
def lireNetcdf() :
#-----------------------------------------------------------------|
#Recherche les derniers fichiers *_HIST/*_OUT.nc cree
#Recherche le dernier fichier *_MOLDYN.nc cree
lesfichiers = os.listdir(os.getcwd())
f_fdr ='ok' ; fiche='' ; OUT_list = [] ; MOLDYN_list = []
for fichier in lesfichiers :
stats = os.stat(fichier)
fic_tuple = time.localtime(stats[8]), fichier
if fichier.find('_OUT.nc') == len(fichier)-7 and len(fichier)>7 :
OUT_list.append(fic_tuple)
if fichier.find('_MOLDYN.nc') == len(fichier)-10 and len(fichier)>10 :
MOLDYN_list.append(fic_tuple)
ok_OUT=-1;ok_MOLDYN=-1
if len(OUT_list) > 0 :
OUT_list.sort() ; OUT_list.reverse()
fic_HIST=OUT_list[0][1].replace('_OUT.nc','_HIST')
if os.path.exists(fic_HIST) :
fiche = fic_HIST
ok_OUT=0
elif ok_OUT==-1 and len(MOLDYN_list) > 0 :
MOLDYN_list.sort() ; MOLDYN_list.reverse()
fiche = MOLDYN_list[0][1]
ok_MOLDYN=0
if ok_OUT == -1 and ok_MOLDYN == -1 :
print "Vous n'avez pas de fichier netcdf pour diagnostics !"
sys.exit(1)
ConvNetCdf_Ascii(fiche)
return f_fdr
def ConvNetCdf_Ascii(file) :
#Lit les fichiers mis au format netcdf et les transforme en ASCII
#Deux cas: fichier _MOLDYN.nc (old format) ou fichier _HIST/_OUT.nc (new format)
Ha_eV = 27.2113834e0 # Facteur de conversion 1 Hartree = 27,2113834 eV
kb_eVK = 8.617342e-5 # Cste de Boltzman en eV/K = (1.380658e-23)/(1.60217733e-19) #eV/K
amu_emass = 1.660538782e-27/9.10938215e-31 # 1 atomic mass unit, in electronic mass
fact = 29421.033e0 # Facteur de conversion hartree/bohr^3 en GPa
TypeFichier=0
if file.find('_MOLDYN.nc') == len(file)-10 :
TypeFichier=1
fichier1=file
fichier2=''
elif file.find('_HIST') == len(file)-5 :
TypeFichier=2
fichier1=file
fichier2=file.replace('_HIST','_OUT.nc')
elif file.find('_OUT.nc') == len(file)-7 :
TypeFichier=3
fichier1=file.replace('_OUT.nc','_HIST')
fichier2=file
if TypeFichier ==0 :
print "Bug (formats des fichiers) !"
sys.exit(1)
#Cas 1 ====================================================================
if TypeFichier == 1 :
ncfile = netcdf.netcdf_file(fichier1, 'r')
Nbatomes= ncfile.dimensions['NbAtoms']
DimTensor= ncfile.dimensions['DimTensor']
Vol = ncfile.variables['Cell_Volume'].data[0]
#Potential, kinetic and total energies
E_pot= Ha_eV*ncfile.variables['E_pot'].data
Nbtimes= E_pot.shape[0]
EcrireFichierTemporaire('EPOT',[Nbtimes], E_pot)
E_kin= Ha_eV*ncfile.variables['E_kin'].data
EcrireFichierTemporaire('ECIN',[Nbtimes], E_kin)
ETOT= E_kin + E_pot
EcrireFichierTemporaire('ETOT',[Nbtimes], ETOT)
#Temperature
TEMPER = 2.* E_kin/(3. * kb_eVK * Nbatomes)
EcrireFichierTemporaire('TEMPER',[Nbtimes], TEMPER)
#Stress stensor
Stress= ncfile.variables['Stress'].data
EcrireFichierTemporaire('Stress',[Nbtimes,DimTensor], Stress)
#Pressure in GPa : -1/3 trace(stress tensor) + (Nbatomes/V)*kb_eVK*T
Pression = zeros(Nbtimes, float64)
for i in range ( 0, Nbtimes) :
Pionique= (Nbatomes/Vol)* kb_eVK * TEMPER[i] /Ha_eV #Hartree/bohr^3
Pression[i]= -(Stress[i][0]+ Stress[i][1] + Stress[i][2])/3. + Pionique
Pression[i]= fact * Pression[i] #GPa
EcrireFichierTemporaire('PRESS',[Nbtimes], Pression)
ncfile.close()
#Cas 2 or 3 ===============================================================
if TypeFichier == 2 or TypeFichier ==3 :
ncfile1 = netcdf.netcdf_file(fichier1, 'r')
ncfile2 = netcdf.netcdf_file(fichier2, 'r')
#Simulation cell data
natom=ncfile1.dimensions['natom']
strten_size=ncfile1.dimensions['six']
typat=ncfile2.variables['typat'].data
amu=ncfile2.variables['amu'].data
mass=[]
for typ in typat:
mass.extend([amu_emass*amu[typ-1]])
rprimd=ncfile1.variables['rprimd'].data[0]
Vol=rprimd[0][0]*(rprimd[1][1]*rprimd[2][2]-rprimd[1][2]*rprimd[2][1]) \
+ rprimd[0][1]*(rprimd[1][2]*rprimd[2][0]-rprimd[1][0]*rprimd[2][2]) \
+ rprimd[0][2]*(rprimd[1][0]*rprimd[2][1]-rprimd[1][1]*rprimd[2][0])
#Potential energy
E_pot = Ha_eV*ncfile1.variables['etotal'].data
Nbtimes =E_pot.shape[0] -1 # Temporarily !!!
EcrireFichierTemporaire('EPOT',[Nbtimes], E_pot)
#Kinetic energy from velocities and masses
vel = ncfile1.variables['vel'].data
E_kin=[]
for itim in range(Nbtimes):
jtim=itim+1 # Temporarily
Ek=0.
for iat in range(natom):
Ek=Ek+mass[iat]*(vel[jtim][iat][0]**2+vel[jtim][iat][1]**2+vel[jtim][iat][2]**2)
E_kin.extend([0.5*Ha_eV*Ek])
EcrireFichierTemporaire('ECIN',[Nbtimes], E_kin)
#Total energy
ETOT = E_kin[0:Nbtimes] + E_pot[0:Nbtimes]
EcrireFichierTemporaire('ETOT',[Nbtimes], ETOT)
#Temperature
TEMPER=[]
for itim in range(Nbtimes):
TEMPER.extend([2.*E_kin[itim]/(3.*kb_eVK*natom)])
EcrireFichierTemporaire('TEMPER',[Nbtimes], TEMPER)
#Stress stensor
Stress=ncfile1.variables['strten'].data
EcrireFichierTemporaire('Stress',[Nbtimes, strten_size], Stress)
#Pressure
Pression=[]
for itim in range(Nbtimes):
Pionique = (natom/Vol)*kb_eVK*TEMPER[itim]/Ha_eV
PP=-(Stress[itim][0]+Stress[itim][1]+Stress[itim][2])/3. + Pionique
Pression.extend([fact*PP])
EcrireFichierTemporaire('PRESS',[Nbtimes], Pression)
#Positions
xred = ncfile1.variables['xred'].data
file_xred = open('XRED',"w")
for itim in range(Nbtimes):
line="# TIME STEP %d \n" % (itim+1)
file_xred.write(line)
for ia in range(natom):
line='%.10e %.10e %.10e \n' % (xred[itim][ia][0],xred[itim][ia][1],xred[itim][ia][2])
file_xred.write(line)
file_xred.close
xcart = ncfile1.variables['xcart'].data
file_xcart = open('XCART',"w")
for itim in range(Nbtimes):
line="# TIME STEP %d \n" % (itim+1)
file_xcart.write(line)
for ia in range(natom):
line='%.10e %.10e %.10e \n' % (xcart[itim][ia][0],xcart[itim][ia][1],xcart[itim][ia][2])
file_xcart.write(line)
file_xcart.close
ncfile1.close()
ncfile2.close()
def EcrireFichierTemporaire (nom_fic , dimensions, data) :
file_out = open( nom_fic ,"w")
if (len (dimensions) == 1 ) :
for i in range (0, dimensions[0]):
line = "%.10e\n" % data[i]
file_out.write(line)
if (len (dimensions) == 2 ) :
for i in range (0, dimensions[0]):
line = ' '
for j in range (0, dimensions[1]):
lineC = "%.10e " % data[i][j]
line = line + lineC
line = line + "\n"
file_out.write(line)
file_out.close()
#-----------------------------------------------------------------|
#-----------------------------------------------------------------|
#---------------- Program main -----------------------------|
#-----------------------------------------------------------------|
#-----------------------------------------------------------------|
nbArg = len(sys.argv) - 1
localDir=os.getcwd()
FDR = lireNetcdf()
FILE_IN = open('ETOT', 'r')
neff= len(FILE_IN.readlines())
FILE_IN.close()
moy('ETOT')
moy('TEMPER')
moy('PRESS')
|
