1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
|
#CC = gcc
EXTRA_FLAGS = -Wno-unused-function -Wno-misleading-indentation -DUSE_SIMDE -DSIMDE_ENABLE_NATIVE_ALIASES
CFLAGS += $(CPPFLAGS) -Wall -O3 $(EXTRA_FLAGS) $(LDFLAGS)
#SIMD_FLAG = -march=native
#ifneq ($(armv7),) # for ARMv7
# SIMD_FLAG = -march=armv7-a -mfpu=neon -D__AVX2__
#else
#ifneq ($(armv8),) # for ARMv8
#ifneq ($(aarch64),) # for Aarch64
# SIMD_FLAG = -march=armv8-a+simd -D__AVX2__
#else # for Aarch32
# SIMD_FLAG = -march=armv8-a+simd -mfpu=auto -D__AVX2__
#endif
#endif
#endif
# for debug
ifneq ($(debug),)
DFLAGS = -D __DEBUG__
endif
# for gdb
ifneq ($(gdb),)
CFLAGS += -Wall -g ${DFLAGS} $(EXTRA_FLAGS)
else
CFLAGS += -Wall -O3 ${DFLAGS} $(EXTRA_FLAGS)
endif
# for gprof
ifneq ($(pg),)
PG_FLAG = -pg
CFLAGS += -pg
endif
LIB = -lm -lz -lpthread
ifneq ($(PREFIX),)
OUT_PRE_DIR = $(PREFIX)
else
OUT_PRE_DIR = .
endif
BIN_DIR = $(OUT_PRE_DIR)/bin
LIB_DIR = $(OUT_PRE_DIR)/lib
INC_DIR = ./include
SRC_DIR = ./src
SOURCE = $(SRC_DIR)/abpoa_align.c $(SRC_DIR)/abpoa.c $(SRC_DIR)/abpoa_graph.c $(SRC_DIR)/abpoa_plot.c $(SRC_DIR)/abpoa_seed.c $(SRC_DIR)/abpoa_seq.c $(SRC_DIR)/abpoa_output.c $(SRC_DIR)/kalloc.c $(SRC_DIR)/kstring.c $(SRC_DIR)/simd_abpoa_align.c $(SRC_DIR)/simd_check.c $(SRC_DIR)/utils.c
HEADER = $(SRC_DIR)/abpoa_align.h $(SRC_DIR)/abpoa_graph.h $(SRC_DIR)/abpoa.h $(INC_DIR)/abpoa.h $(SRC_DIR)/abpoa_seed.h $(SRC_DIR)/abpoa_seq.h $(SRC_DIR)/abpoa_output.h $(SRC_DIR)/kalloc.h $(SRC_DIR)/kdq.h $(SRC_DIR)/khash.h $(SRC_DIR)/kseq.h $(SRC_DIR)/ksort.h $(SRC_DIR)/kstring.h $(SRC_DIR)/kvec.h $(SRC_DIR)/simd_instruction.h $(INC_DIR)/simd_instruction.h $(SRC_DIR)/simd_abpoa_align.h $(SRC_DIR)/utils.h
OBJS = $(SRC_DIR)/abpoa_align.o $(SRC_DIR)/abpoa_graph.o $(SRC_DIR)/abpoa_plot.o $(SRC_DIR)/abpoa_seed.o $(SRC_DIR)/abpoa_seq.o $(SRC_DIR)/abpoa_output.o $(SRC_DIR)/kalloc.o $(SRC_DIR)/kstring.o $(SRC_DIR)/simd_abpoa_align.o $(SRC_DIR)/simd_check.o $(SRC_DIR)/utils.o
# SIMD label
SIMD_CHECK_D = -D __CHECK_SIMD_MAIN__
FLAG_SSE2 = -msse2
FLAG_SSE41 = -msse4.1
FLAG_AVX2 = -mavx2
# FLAG_AVX512F = -mavx512f
# FLAG_AVX512BW = -mavx512bw
ifneq ($(sse2),)
SIMD_FLAG=$(FLAG_SSE2)
py_SIMD_FLAG = SSE2=1
else ifneq ($(sse41),)
SIMD_FLAG=$(FLAG_SSE41)
py_SIMD_FLAG = SSE41=1
else ifneq ($(avx2),)
SIMD_FLAG=$(FLAG_AVX2)
py_SIMD_FLAG = AVX2=1
#else ifneq ($(avx512f),)
# SIMD_FLAG=$(FLAG_AVX512F)
# py_SIMD_FLAG = AVX512f=1
#else ifneq ($(avx512bw),)
# SIMD_FLAG=$(FLAG_AVX512BW)
# py_SIMD_FLAG = AVX512BW=1
endif
.c.o:
$(CC) -c $(CFLAGS) $< -I$(INC_DIR) -o $@
BIN = $(BIN_DIR)/abpoa
ifneq ($(gdb),)
BIN = $(BIN_DIR)/gdb_abpoa
endif
ABPOALIB = $(LIB_DIR)/libabpoa.a
# TODO add example
EXAMPLE = example
all: $(BIN)
abpoa: $(BIN)
libabpoa: $(ABPOALIB)
example: $(EXAMPLE)
$(BIN):$(SRC_DIR)/abpoa.o $(ABPOALIB)
if [ ! -d $(BIN_DIR) ]; then mkdir $(BIN_DIR); fi
$(CC) $(CFLAGS) $< -I$(INC_DIR) -L$(LIB_DIR) -labpoa $(LIB) -o $@ $(PG_FLAG)
$(EXAMPLE):example.c $(ABPOALIB)
$(CC) $(CFLAGS) $< -o $@ -I$(INC_DIR) -L$(LIB_DIR) -labpoa $(LIB)
$(ABPOALIB):$(OBJS)
if [ ! -d $(LIB_DIR) ]; then mkdir $(LIB_DIR); fi
$(AR) -csr $@ $(OBJS)
$(SRC_DIR)/abpoa.o:$(SRC_DIR)/abpoa.c $(SRC_DIR)/abpoa.h $(SRC_DIR)/abpoa_graph.h $(SRC_DIR)/abpoa_align.h \
$(SRC_DIR)/abpoa_seq.h $(SRC_DIR)/utils.h $(SRC_DIR)/simd_instruction.h
$(CC) -c $(CFLAGS) $(SIMD_FLAG) -I$(INC_DIR) $< -o $@
$(SRC_DIR)/simd_check.o:$(SRC_DIR)/simd_check.c $(SRC_DIR)/simd_instruction.h
$(CC) -c $(CFLAGS) $(SIMD_FLAG) -I$(INC_DIR) $< -o $@
$(SRC_DIR)/simd_abpoa_align.o:$(SRC_DIR)/simd_abpoa_align.c $(SRC_DIR)/abpoa_graph.h $(SRC_DIR)/abpoa_align.h $(SRC_DIR)/simd_instruction.h $(SRC_DIR)/utils.h
$(CC) -c $(CFLAGS) $(SIMD_FLAG) -I$(INC_DIR) $< -o $@
install_py: python/cabpoa.pxd python/pyabpoa.pyx python/README.md
${py_SIMD_FLAG} python setup.py install
sdist: install_py
${py_SIMD_FLAG} python setup.py sdist #bdist_wheel
publish_pypi: clean_py sdist
twine upload dist/*
clean:
rm -f $(SRC_DIR)/*.[oa] $(LIB_DIR)/*.[oa] $(BIN)
clean_py:
rm -rf build/ dist/ pyabpoa.egg-info/ python/pyabpoa.c
|
