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Description: Add hardening
Forwarded: https://github.com/BrendelGroup/AEGeAn/pull/195
Author: Sascha Steinbiss <sascha@steinbiss.name>
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -49,7 +49,7 @@
ifneq ($(debug),no)
CFLAGS += -g
endif
-LDFLAGS=-lgenometools -lm -ldl \
+LDFLAGS+=-lgenometools -lm -ldl \
-L$(prefix)/lib \
-L/usr/local/lib
ifdef lib
@@ -99,47 +99,47 @@
$(AGN_OBJS): obj/%.o : src/core/%.c inc/core/%.h inc/core/AgnVersion.h
@- mkdir -p obj
@ echo "[compile $*]"
- @ $(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -c -o $@ $<
+ @ $(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -c -o $@ $<
$(PE_EXE): src/ParsEval/parseval.c src/ParsEval/pe_options.c src/ParsEval/pe_utils.c src/ParsEval/pe_options.h src/ParsEval/pe_utils.h $(AGN_OBJS)
@ mkdir -p bin
@ echo "[compile ParsEval]"
- @ $(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -I src/ParsEval -o $@ $(AGN_OBJS) src/ParsEval/parseval.c src/ParsEval/pe_options.c src/ParsEval/pe_utils.c $(LDFLAGS)
+ @ $(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -I src/ParsEval -o $@ $(AGN_OBJS) src/ParsEval/parseval.c src/ParsEval/pe_options.c src/ParsEval/pe_utils.c $(LDFLAGS)
$(CN_EXE): src/canon-gff3.c $(AGN_OBJS)
@ mkdir -p bin
@ echo "[compile CanonGFF3]"
- @ $(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/canon-gff3.c $(LDFLAGS)
+ @ $(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/canon-gff3.c $(LDFLAGS)
$(LP_EXE): src/locuspocus.c $(AGN_OBJS)
@ mkdir -p bin
@ echo "[compile LocusPocus]"
- @ $(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/locuspocus.c $(LDFLAGS)
+ @ $(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/locuspocus.c $(LDFLAGS)
$(GV_EXE): src/gaeval.c $(AGN_OBJS)
@ mkdir -p bin
@ echo "[compile GAEVAL]"
- @ $(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/gaeval.c $(LDFLAGS)
+ @ $(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/gaeval.c $(LDFLAGS)
$(XT_EXE): src/xtractore.c $(AGN_OBJS)
@ mkdir -p bin
@ echo "[compile Xtractore]"
- @ $(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/xtractore.c $(LDFLAGS)
+ @ $(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/xtractore.c $(LDFLAGS)
$(RP_EXE): src/pmrna.c $(AGN_OBJS)
@ mkdir -p bin
@ echo "[compile $@]"
- @ $(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/pmrna.c $(LDFLAGS)
+ @ $(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/pmrna.c $(LDFLAGS)
$(TD_EXE): src/tidygff3.c $(AGN_OBJS)
@ mkdir -p bin
@ echo "[compile $@]"
- @ $(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/tidygff3.c $(LDFLAGS)
+ @ $(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) src/tidygff3.c $(LDFLAGS)
$(UT_EXE): test/unittests.c $(AGN_OBJS)
@ mkdir -p bin
@ echo "[compile unit tests]"
- @ $(CC) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) test/unittests.c $(LDFLAGS)
+ @ $(CC) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(INCS) -o $@ $(AGN_OBJS) test/unittests.c $(LDFLAGS)
libaegean.a: $(AGN_OBJS)
@ echo "[create libaegean]"
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