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seed used = 30455833
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H005 GCGGCGGGGG G
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H022 GCGGCCCCCG G
H014 GCCCGCCCCC G
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OUTG CCGGGCGGGC C
BASEML (in paml 3.14, January 2004) trio2.phy REV Global clock
ns = 36 ls = 11
# site patterns = 11
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H007 C..CGCGGG. .
H033 ...CGC...G .
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H029 ....GC.... .
H003 C..C.C.... .
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H013 .........G .
H032 ...C...GG. .
H025 ....GCGGG. .
H021 ..CC..G.G. .
H030 C...GCGG.. .
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H012 C.CCG.GGG. .
H005 ......GGGG .
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Frequencies..
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# constant sites: 0 (0.00%)
ln Lmax (unconstrained) = -26.376848
Distances: TN93 (kappa) (alpha set at 0.00)
This matrix is not used in later m.l. analysis.
H019
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TREE # 1: (((((((((((((((((13, 19), (6, (16, 34))), 32), 22), 35), (((33, (24, 1)), 5), 21)), 4), 12), 10), 14), 28), ((11, ((((((29, 31), (25, 8)), 20), 15), 3), 26)), 36)), 23), 18), (2, 7)), 30), (27, 9), 17); MP score: 39.00
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37..38 38..39 39..40 40..41 41..42 42..43 43..44 44..45 45..46 46..47 47..48 48..49 49..50 50..51 51..52 52..53 53..13 53..19 52..54 54..6 54..55 55..16 55..34 51..32 50..22 49..35 48..56 56..57 57..58 58..33 58..59 59..24 59..1 57..5 56..21 47..4 46..12 45..10 44..14 43..28 42..60 60..61 61..11 61..62 62..63 63..64 64..65 65..66 66..67 67..29 67..31 66..68 68..25 68..8 65..20 64..15 63..3 62..26 60..36 41..23 40..18 39..69 69..2 69..7 38..30 37..70 70..27 70..9 37..17
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Detailed output identifying parameters
Parameters in the rate matrix (REV) (Yang 1994 J Mol Evol 39:105-111):
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|
