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### This is the parameter file of the BaitFisher program.
# In order to start BaitFisher with the set of parameters specified in this file
# navigate on the command line into the folder in which you want to start BaitFischer.
# Then type "BaitFischer parameterfile.txt" on the command line.
#################################################################################################################################################
# General parameters that are required:
#################################################################################################################################################
directory-transcript-files alignments
bait-length 120
cluster-threshold 0.15
bait-offset 20
bait-number 3
output-directory BaitFisher-results
#################################################################################################################################################
# General parameters that are optional:
#################################################################################################################################################
remove-reference-sequence yes # yes/no
alignment-cutting yes # yes/no
# The required-taxonomic-groups-file parameter specifies the .....
required-taxonomic-groups-string (Podalonia_hirsuta),(Isodontia_mexicana,Prionyx_kirbii,Sphex_funerarius),(Sceliphron_curvatum,Chalybion_californicum),(Dinetus_pictus),(Alysson_spinosus),(Nysson_niger),(Gorytes_laticinctus,Harpactus_elegans,Sphecius_convallis),(Stizoides_tridentatus),(Bembix_rostrata),(Oxybelus_bipunctatus),(Crabro_peltarius,Crossocerus_quadrimaculatus),(Philanthus_triangulum),(Cerceris_arenaria),(Tachysphex_fulvitarsis),(Trypoxylon_figulus),(Diodontus_minutus,Pemphredon_lugens),(Psenulus_fuscipennis)
#Optional, since default values are assumed if not specified by user:
sequence-name-field-delimiter | # Default: "|". Must be a single character
sequence-name-taxon-field_number 3 # Default: 2
sequence-name-geneID-field_number 4 # Default: 3
#################################################################################################################################################
# If alignment-splitting is set to yes, the following program parameters have to be specified:
#################################################################################################################################################
gff-file-reference-genome Nvit-genome/Nvit_OGSv1.2_reduced.gff2
reference-genome-file Nvit-genome/Nvit_1.0_scaffolds_reduced.fa
reference-genome-name Nasonia_vitripennis
#Optional, since default values are assumed if not specified by user:
gff-feature-name CDS # Default: CDS
gff-record-attribute-name-for-geneID GenePrediction
centroid-computation-mode heuristic # Default: heuristic
#################################################################################################################################################
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