1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
|
package hiseq;
public class FlowcellCoordinate implements Comparable<FlowcellCoordinate> {
public FlowcellCoordinate() {}
public FlowcellCoordinate(String id) {
setFrom(id);
}
// public float distance(FlowcellCoordinate fc){ //Comment out due to being unused
// assert(isSet());
// assert(fc.isSet());
//
// if(lane!=fc.lane){return big;}
//
// long a=Tools.absdif(x, fc.x), b=Tools.absdif(y, fc.y);
// if(tile!=fc.tile){
// return spanTiles ? Tools.min(a, b) : big;
// }
// return (float)Math.sqrt(a*a+b*b);
//
// //Hard to say... could consider adjacent tiles?
//// if(tile!=fc.tile){
//// if(allowAdjacentTiles && Tools.absdif(tile, fc.tile)<2){return Tools.min(x-fc.x, y-fc.y);}
//// return big;
//// }
////
//// long a=x-fc.x, b=y-fc.y;
//// return (float)Math.sqrt(a*a+b*b);
// }
//2402:6:1101:6337:2237/1
//MISEQ08:172:000000000-ABYD0:1:1101:18147:1925 1:N:0:TGGATATGCGCCAATT
//HISEQ07:419:HBFNEADXX:1:1101:1238:2072
// public void setFrom_old(String id){
// final int lim=id.length();
//
// int i=0;
// int current=0;
// while(i<lim && id.charAt(i)!=' ' && id.charAt(i)!='/'){i++;}
// if(i>=lim){i--;}
// for(int semis=0; i>=0; i--){
// if(id.charAt(i)==':'){
// semis++;
// if(semis==4){break;}
// }
// }
// i++;
//
// assert(Tools.isDigit(id.charAt(i))) : id;
// while(i<lim && Tools.isDigit(id.charAt(i))){
// current=current*10+(id.charAt(i)-'0');
// i++;
// }
// lane=current;
// current=0;
// i++;
//
// if(!Tools.isDigit(id.charAt(i))){//Hiseq 3000?
// while(i<lim && id.charAt(i)!=':'){i++;}
// i++;
//
// assert(Tools.isDigit(id.charAt(i))) : id;
// while(i<lim && Tools.isDigit(id.charAt(i))){
// current=current*10+(id.charAt(i)-'0');
// i++;
// }
// lane=current;
// current=0;
// i++;
// }
//
// assert(Tools.isDigit(id.charAt(i))) : id;
// while(i<lim && Tools.isDigit(id.charAt(i))){
// current=current*10+(id.charAt(i)-'0');
// i++;
// }
// tile=current;
// current=0;
// i++;
//
// assert(Tools.isDigit(id.charAt(i))) : id;
// while(i<lim && Tools.isDigit(id.charAt(i))){
// current=current*10+(id.charAt(i)-'0');
// i++;
// }
// x=current;
// current=0;
// i++;
//
// assert(Tools.isDigit(id.charAt(i))) : id;
// while(i<lim && Tools.isDigit(id.charAt(i))){
// current=current*10+(id.charAt(i)-'0');
// i++;
// }
// y=current;
// current=0;
// i++;
// }
public void setFrom(String id){
ihp.parse(id);
lane=ihp.lane();
tile=ihp.tile();
x=ihp.xPos();
y=ihp.yPos();
if(parseUMI) {umi=ihp.index3();}
}
public boolean isSet(){
return lane>=0 && tile>=0 && x>=0 && y>=0;
}
@Override
public int compareTo(FlowcellCoordinate b) {
if(lane!=b.lane){return lane-b.lane;}
if(tile!=b.tile){return tile-b.tile;}
if(y!=b.y){return y-b.y;}
if(x!=b.x){return x-b.x;}
return 0;
}
public int lane=-1;
public int tile=-1;
public int x=-1;
public int y=-1;
public String umi;
private final IlluminaHeaderParser2 ihp=new IlluminaHeaderParser2();
public static final float big=10000000;
public static boolean parseUMI=false;
// public static boolean spanTiles=false;
public static FlowcellCoordinate getFC(){
FlowcellCoordinate fc=localFC.get();
if(fc==null){
fc=new FlowcellCoordinate();
localFC.set(fc);
}
return fc;
}
private static final ThreadLocal<FlowcellCoordinate> localFC=new ThreadLocal<FlowcellCoordinate>();
}
|
