File: csq.2.gff

package info (click to toggle)
bcftools 1.22-1
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: forky, sid
  • size: 22,792 kB
  • sloc: ansic: 72,978; perl: 7,583; sh: 694; python: 595; makefile: 301
file content (104 lines) | stat: -rw-r--r-- 7,117 bytes parent folder | download | duplicates (3)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
##gff-version   3
#! This file shows which fields are used and required by `bcftools +csq`. It is a trimmed version 
#! of the GFF3 format, see an example of the full format here
#!      ftp://ftp.ensembl.org/pub/grch37/release-84/gff3/homo_sapiens/
#!
###
1	.	gene	90	110	.	+	.	ID=gene:ENSG001;Name=XYZ;biotype=protein_coding
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST001;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST001
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST002;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST002
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST003;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST003
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST004;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST004
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST005;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST005
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST006;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST006
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST007;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST007
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST008;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST008
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST009;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST009
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST010;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST010
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST011;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST011
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST012;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST012
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST013;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST013
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST014;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST014
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST015;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST015
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST016;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST016
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST017;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST017
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST018;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST018
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST019;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST019
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST020;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST020
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST021;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST021
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST022;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST022
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST023;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST023
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST024;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST024
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST025;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST025
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST026;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST026
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST027;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST027
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST028;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST028
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST029;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST029
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST030;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST030
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST031;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST031
1	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST032;Parent=gene:ENSG001;biotype=protein_coding
1	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST032
2	.	gene	90	110	.	+	.	ID=gene:ENSG101;Name=XYZ;biotype=protein_coding
2	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST101;Parent=gene:ENSG101;biotype=protein_coding
2	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST101
2	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST102;Parent=gene:ENSG101;biotype=protein_coding
2	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST102
2	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST103;Parent=gene:ENSG101;biotype=protein_coding
2	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST103
2	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST104;Parent=gene:ENSG101;biotype=protein_coding
2	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST104
2	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST105;Parent=gene:ENSG101;biotype=protein_coding
2	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST105
2	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST106;Parent=gene:ENSG101;biotype=protein_coding
2	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST106
2	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST107;Parent=gene:ENSG101;biotype=protein_coding
2	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST107
2	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST108;Parent=gene:ENSG101;biotype=protein_coding
2	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST108
2	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST109;Parent=gene:ENSG101;biotype=protein_coding
2	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST109
2	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST110;Parent=gene:ENSG101;biotype=protein_coding
2	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST110
2	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST111;Parent=gene:ENSG101;biotype=protein_coding
2	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST111
2	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST112;Parent=gene:ENSG101;biotype=protein_coding
2	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST112
2	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST113;Parent=gene:ENSG101;biotype=protein_coding
2	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST113
2	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST114;Parent=gene:ENSG101;biotype=protein_coding
2	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST114
2	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST115;Parent=gene:ENSG101;biotype=protein_coding
2	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST115
2	.	transcript	99	110	.	+	.	ID=transcript:ENST116;Parent=gene:ENSG101;biotype=protein_coding
2	.	CDS	99	110	.	+	1	Parent=transcript:ENST116