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.. _bamtofastq:
###############
*bamtofastq*
###############
``bedtools bamtofastq`` is a conversion utility for extracting FASTQ records
from sequence alignments in BAM format.
==========================================================================
Usage and option summary
==========================================================================
**Usage**:
::
bedtools bamtofastq [OPTIONS] -i <BAM> -fq <FASTQ>
**(or)**:
::
bamToFastq [OPTIONS] -i <BAM> -fq <FASTQ>
.. tabularcolumns:: |p{4.5cm}|p{8.5cm}|
============= ================================================================
Option Description
============= ================================================================
**-fq2** FASTQ for second end. Used if BAM contains paired-end data.
BAM should be sorted by query name
(``samtools sort -n aln.bam aln.qsort``) if creating
paired FASTQ with this option.
**-tags** Create FASTQ based on the mate info in the BAM R2 and Q2 tags.
============= ================================================================
==========================================================================
Default behavior
==========================================================================
By default, each alignment in the BAM file is converted to a FASTQ record
in the ``-fq`` file. The order of the records in the resulting FASTQ exactly
follows the order of the records in the BAM input file.
.. code-block:: bash
$ bedtools bamtofastq -i NA18152.bam -fq NA18152.fq
$ head -8 NA18152.fq
@NA18152-SRR007381.35051
GGAGACATATCATATAAGTAATGCTAGGGTGAGTGGTAGGAAGTTTTTTCATAGGAGGTGTATGAGTTGGTCGTAGCGGAATCGGGGGTATGCTGTTCGAATTCATAAGAACAGGGAGGTTAGAAGTAGGGTCTTGGTGACAAAATATGTTGTATAGAGTTCAGGGGAGAGTGCGTCATATGTTGTTCCTAGGAAGATTGTAGTGGTGAGGGTGTTTATTATAATAATGTTTGTGTATTCGGCTATGAAGAATAGGGCGAAGGGGCCTGCGGCGTATTCGATGTTGAAGCCTGAGACTAGTTCGGACTCCCCTTCGGCAAGGTCGAA
+
<<<;;<;<;;<;;;;;;;;;;;;<<<:;;;;;;;;;;;;;;;;::::::;;;;<<;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<<<<<;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<<;;;;;:;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<<<;;;;;;;;;;<<<<<<<<;;;;;;;;;:;;;;;;;;;;;;;;;;;;;:;;;;8;;8888;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;8966689666666299866669:899
@NA18152-SRR007381.637219
AATGCTAGGGTGAGTGGTAGGAAGTTTTTTCATAGGAGGTGTATGAGTTGGTCGTAGCGGAATCGGGGGTATGCTGTTCGAATTCATAAGAACAGGGAGGTTAGAAGTAGGGTCTTGGTGACAAAATATGTTGTATAGAGTTCAGGGGAGAGTGCGTCATATGTTGTTCCTAGGAAGATTGTAGTGGTGAGGGTGTTTATTATAATAATGTTTGTGTATTCGGCTATGAAGAATAGGGCGAAGGGGCCTGCGGCGTATTCGATGTTGAAGCCTGAGACTAGTTCGGACTCCCCTTCCGGCAAGGTCGAA
+
<<<<<<<<<<;;<;<;;;;<<;<888888899<;;;;;;<;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<<<<<;;;;;;;;;<;<<<<<;;;;;;;;;;;;;<<<<;;;;;;;:::;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<<<<;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;<888<;<<;;;;<<<<<<;;;;;<<<<<<<<;;;;;;;;;:;;;;888888899:::;;8;;;;;;;;;;;;;;;;;;;99;;99666896666966666600;96666669966
==========================================================================
``-fq2`` Creating two FASTQ files for paired-end sequences.
==========================================================================
If your BAM alignments are from paired-end sequence data, one can use the
``-fq2`` option to create two distinct FASTQ output files --- one for
end 1 and one for end 2.
.. note::
When using this option, it is required that the BAM
file is sorted/grouped by the read name. This keeps the resulting records
in the two output FASTQ files in the same order. One can sort the BAM
file by query name with ``samtools sort -n aln.bam aln.qsort``.
.. code-block:: bash
$ samtools sort -n aln.bam aln.qsort
$ bedtools bamtofastq -i aln.qsort.bam \
-fq aln.end1.fq \
-fq2 aln.end2.fq
$ head -8 aln.end1.fq
@SRR069529.2276/1
CAGGGAGAAGGAGGTAGGAAAGAGAAAGGACCAGGGAGGGGCGCATACACAGGACGCTCCGTGCGGTGATAGCAGCACCACACTGTGTTCAGTCGTCTGGC
+
=;@>==###############################################################################################
@SRR069529.2406/1
GCTGGGAAAAGGATTCAGGATGTTGGTTTCTATCTTTGAGTTGCTGCTGTGCGGCTGTCCCTACACTCGCAGTACCCCTCGGACACCGTCTACTGTGGAGG
+
=5@><<:?<?
$ head -8 aln.end2.fq
@SRR069529.2276/2
AGACCCAGAGAGGGACAGGATCTGTCCCAGATCATAAAATAGGGGGAGTGCTCCGTAGAGGCGTGCGCGGTGGCACCGTGCAGTAGTACGGGTGAGCGGGG
+
#####################################################################################################
@SRR069529.2406/2
TTCCCTACCCCTGGGGTCAGGGACTACAGCCAAGGGGAGAACTTTAGCAAGTAGACGTTAGTTATTTTGATTCCAGTGGGGACGCGCGTGTAGCGAGTTGT
+
@>=AABB?AAACABBA>@?AAAA>B@@AB@AA:B@AA@??#############################################################
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