1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
|
echo -e \
"\n###########################################################
#
# MULTIPLE DATABASE INTERSECTION
#
###########################################################\n"
BT=${BT-../../../bin/bedtools}
check()
{
if diff $1 $2; then
echo ok
else
echo fail
fi
}
###########################################################
# Test the intersection of a query with 3 dbs against
# the merged and sorted result of 3
# seperate intersections of the query with each db.
#
# First make sure the 3 seperate intersections are correct.
#
############################################################
echo " intersect.t01...\c"
echo \
"chr1 5 20
chr1 70 75
chr2 5 20
chr2 70 75
chr3 5 20
chr3 70 75" > exp1
$BT intersect -a query.bed -b d1.bed > obs
check obs exp1
rm obs
echo " intersect.t02...\c"
echo \
"chr1 40 45
chr1 110 120
chr2 40 45
chr2 110 120
chr3 40 45
chr3 110 120" > exp2
$BT intersect -a query.bed -b d2.bed > obs
check obs exp2
rm obs
echo " intersect.t03...\c"
echo \
"chr1 85 90
chr1 105 115
chr2 85 90
chr2 105 115
chr3 85 90
chr3 105 115" > exp3
$BT intersect -a query.bed -b d3.bed > obs
check obs exp3
rm obs
###########################################################
# Now test that the R-tree (unsorted input) with sorted
# output will give the correct result
###########################################################
echo " intersect.t04...\c"
cat exp1 exp2 exp3 | sort -k1,1 -k2,2n > exp
$BT intersect -a query.bed -b d1.bed d2.bed d3.bed -sortout > obs
check exp obs
rm obs exp1 exp2 exp3
###########################################################
# And then test that sorted input with sorted
# output will give the correct result
###########################################################
echo " intersect.t05...\c"
$BT intersect -a query.bed -b d1.bed d2.bed d3.bed -sorted -sortout > obs
check exp obs
rm obs exp
###########################################################
#
# Now repeat the above with chroms in a non-standard order
#
###########################################################
echo " intersect.t06...\c"
echo \
"chr1 5 20
chr1 70 75
chr2 5 20
chr2 70 75
chr10 5 20
chr10 70 75" > exp1
$BT intersect -a query2.bed -b d4.bed > obs
check obs exp1
rm obs
echo " intersect.t07...\c"
echo \
"chr1 40 45
chr1 110 120
chr2 40 45
chr2 110 120
chr10 40 45
chr10 110 120" > exp2
$BT intersect -a query2.bed -b d5.bed > obs
check obs exp2
rm obs
echo " intersect.t08...\c"
echo \
"chr1 85 90
chr1 105 115
chr2 85 90
chr2 105 115
chr10 85 90
chr10 105 115" > exp3
$BT intersect -a query2.bed -b d6.bed > obs
check obs exp3
rm obs
###########################################################
# Now test that the R-tree (unsorted input) with sorted
# output will give the correct result
###########################################################
echo " intersect.t09...\c"
cat exp1 exp2 exp3 | sort -k1.4,1n -k2,2n > exp
$BT intersect -a query2.bed -b d4.bed d5.bed d6.bed -g g.bed -sortout > obs
check exp obs
rm obs exp1 exp2 exp3
###########################################################
# And then test that sorted input with sorted
# output will give the correct result
###########################################################
echo " intersect.t10...\c"
$BT intersect -a query2.bed -b d4.bed d5.bed d6.bed -sorted -g g.bed -sortout > obs
check exp obs
rm obs exp
###########################################################
#
# TEST VARIOUS CMD LINE OUTPUT OPTIONS
#
###########################################################
###########################################################
# Test -c option
###########################################################
echo " intersect.t11...\c"
echo \
"chr1 1 20 1
chr1 40 45 1
chr1 70 90 2
chr1 105 120 2
chr2 1 20 1
chr2 40 45 1
chr2 70 90 2
chr2 105 120 2
chr3 1 20 1
chr3 40 45 1
chr3 70 90 2
chr3 105 120 2" > exp
$BT intersect -a query.bed -b d1.bed d2.bed d3.bed -c -sorted -sortout > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Test -f option
###########################################################
echo " intersect.t12...\c"
echo \
"chr1 5 20
chr1 40 45
chr1 110 120
chr1 105 115
chr2 5 20
chr2 40 45
chr2 110 120
chr2 105 115
chr3 5 20
chr3 40 45
chr3 110 120
chr3 105 115" > exp
$BT intersect -a query.bed -b d1.bed d2.bed d3.bed -f .6 > obs
check exp obs
###########################################################
# Test -s option
###########################################################
echo " intersect.t13...\c"
echo \
"chr1 5 20 q1 100 +
chr1 85 90 q3 100 +
chr1 110 120 q4 100 +
chr1 105 115 q4 100 +
chr3 5 20 q9 100 +
chr3 85 90 q11 100 +
chr3 110 120 q12 100 +
chr3 105 115 q12 100 +" > exp
$BT intersect -a query3.bed -b d7.bed d8.bed d9.bed -s > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Test -s option
###########################################################
echo " intersect.t13...\c"
echo \
"chr1 40 45 q2 100 +
chr1 70 75 q3 100 +
chr2 5 20 q5 100 +
chr2 40 45 q6 100 +
chr2 85 90 q7 100 +
chr2 105 115 q8 100 +
chr3 40 45 q10 100 +
chr3 70 75 q11 100 +" > exp
$BT intersect -a query3.bed -b d7.bed d8.bed d9.bed -S > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Test -wo option
###########################################################
echo " intersect.t14...\c"
echo \
"chr1 1 20 1 chr1 5 25 15
chr1 40 45 2 chr1 40 50 5
chr1 70 90 1 chr1 65 75 5
chr1 70 90 3 chr1 85 115 5
chr1 105 120 2 chr1 110 125 10
chr1 105 120 3 chr1 85 115 10
chr2 1 20 1 chr2 5 25 15
chr2 40 45 2 chr2 40 50 5
chr2 70 90 1 chr2 65 75 5
chr2 70 90 3 chr2 85 115 5
chr2 105 120 2 chr2 110 125 10
chr2 105 120 3 chr2 85 115 10
chr3 1 20 1 chr3 5 25 15
chr3 40 45 2 chr3 40 50 5
chr3 70 90 1 chr3 65 75 5
chr3 70 90 3 chr3 85 115 5
chr3 105 120 2 chr3 110 125 10
chr3 105 120 3 chr3 85 115 10" > exp
$BT intersect -a query.bed -b d1.bed d2.bed d3.bed -wo > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Test -wa -wb -header option
###########################################################
echo " intersect.t15...\c"
echo \
"# Query 3 Header Line.
chr1 1 20 q1 100 + 1 chr1 5 25 d7_1 100 +
chr1 40 45 q2 100 + 2 chr1 40 50 d8_1 100 -
chr1 70 90 q3 100 + 1 chr1 65 75 d7_2 100 -
chr1 70 90 q3 100 + 3 chr1 85 115 d9_1 100 +
chr1 105 120 q4 100 + 2 chr1 110 125 d8_2 100 +
chr1 105 120 q4 100 + 3 chr1 85 115 d9_1 100 +
chr2 1 20 q5 100 + 1 chr2 5 25 d7_4 100 -
chr2 40 45 q6 100 + 2 chr2 40 50 d8_3 100 -
chr2 70 90 q7 100 + 1 chr2 65 75 d7_5 100 .
chr2 70 90 q7 100 + 3 chr2 85 115 d9_1 100 -
chr2 105 120 q8 100 + 2 chr2 110 125 d8_4 100 .
chr2 105 120 q8 100 + 3 chr2 85 115 d9_1 100 -
chr3 1 20 q9 100 + 1 chr3 5 25 d7_7 100 +
chr3 40 45 q10 100 + 2 chr3 40 50 d8_5 100 -
chr3 70 90 q11 100 + 1 chr3 65 75 d7_8 100 -
chr3 70 90 q11 100 + 3 chr3 85 115 d9_1 100 +
chr3 105 120 q12 100 + 2 chr3 110 125 d8_6 100 +
chr3 105 120 q12 100 + 3 chr3 85 115 d9_1 100 +" > exp
$BT intersect -a query3.bed -b d7.bed d8.bed d9.bed -wa -wb -header > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Test the -filenames option, before db listing
###########################################################
echo " intersect.t16...\c"
echo \
"chr1 1 20 q1 100 + d7.bed chr1 5 25 d7_1 100 +
chr1 40 45 q2 100 + d8.bed chr1 40 50 d8_1 100 -
chr1 70 90 q3 100 + d7.bed chr1 65 75 d7_2 100 -
chr1 70 90 q3 100 + d9.bed chr1 85 115 d9_1 100 +
chr1 105 120 q4 100 + d8.bed chr1 110 125 d8_2 100 +
chr1 105 120 q4 100 + d9.bed chr1 85 115 d9_1 100 +
chr2 1 20 q5 100 + d7.bed chr2 5 25 d7_4 100 -
chr2 40 45 q6 100 + d8.bed chr2 40 50 d8_3 100 -
chr2 70 90 q7 100 + d7.bed chr2 65 75 d7_5 100 .
chr2 70 90 q7 100 + d9.bed chr2 85 115 d9_1 100 -
chr2 105 120 q8 100 + d8.bed chr2 110 125 d8_4 100 .
chr2 105 120 q8 100 + d9.bed chr2 85 115 d9_1 100 -
chr3 1 20 q9 100 + d7.bed chr3 5 25 d7_7 100 +
chr3 40 45 q10 100 + d8.bed chr3 40 50 d8_5 100 -
chr3 70 90 q11 100 + d7.bed chr3 65 75 d7_8 100 -
chr3 70 90 q11 100 + d9.bed chr3 85 115 d9_1 100 +
chr3 105 120 q12 100 + d8.bed chr3 110 125 d8_6 100 +
chr3 105 120 q12 100 + d9.bed chr3 85 115 d9_1 100 +" > exp
$BT intersect -a query3.bed -filenames -b d7.bed d8.bed d9.bed -wa -wb > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Test the -filenames option, after db listing
###########################################################
echo " intersect.t17...\c"
echo \
"chr1 1 20 q1 100 + d7.bed chr1 5 25 d7_1 100 +
chr1 40 45 q2 100 + d8.bed chr1 40 50 d8_1 100 -
chr1 70 90 q3 100 + d7.bed chr1 65 75 d7_2 100 -
chr1 70 90 q3 100 + d9.bed chr1 85 115 d9_1 100 +
chr1 105 120 q4 100 + d8.bed chr1 110 125 d8_2 100 +
chr1 105 120 q4 100 + d9.bed chr1 85 115 d9_1 100 +
chr2 1 20 q5 100 + d7.bed chr2 5 25 d7_4 100 -
chr2 40 45 q6 100 + d8.bed chr2 40 50 d8_3 100 -
chr2 70 90 q7 100 + d7.bed chr2 65 75 d7_5 100 .
chr2 70 90 q7 100 + d9.bed chr2 85 115 d9_1 100 -
chr2 105 120 q8 100 + d8.bed chr2 110 125 d8_4 100 .
chr2 105 120 q8 100 + d9.bed chr2 85 115 d9_1 100 -
chr3 1 20 q9 100 + d7.bed chr3 5 25 d7_7 100 +
chr3 40 45 q10 100 + d8.bed chr3 40 50 d8_5 100 -
chr3 70 90 q11 100 + d7.bed chr3 65 75 d7_8 100 -
chr3 70 90 q11 100 + d9.bed chr3 85 115 d9_1 100 +
chr3 105 120 q12 100 + d8.bed chr3 110 125 d8_6 100 +
chr3 105 120 q12 100 + d9.bed chr3 85 115 d9_1 100 +" > exp
$BT intersect -a query3.bed -b d7.bed d8.bed d9.bed -filenames -wa -wb > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Test the -names option, before db listing
###########################################################
echo " intersect.t18...\c"
echo \
"chr1 1 20 q1 100 + blue chr1 5 25 d7_1 100 +
chr1 40 45 q2 100 + red chr1 40 50 d8_1 100 -
chr1 70 90 q3 100 + blue chr1 65 75 d7_2 100 -
chr1 70 90 q3 100 + green chr1 85 115 d9_1 100 +
chr1 105 120 q4 100 + red chr1 110 125 d8_2 100 +
chr1 105 120 q4 100 + green chr1 85 115 d9_1 100 +
chr2 1 20 q5 100 + blue chr2 5 25 d7_4 100 -
chr2 40 45 q6 100 + red chr2 40 50 d8_3 100 -
chr2 70 90 q7 100 + blue chr2 65 75 d7_5 100 .
chr2 70 90 q7 100 + green chr2 85 115 d9_1 100 -
chr2 105 120 q8 100 + red chr2 110 125 d8_4 100 .
chr2 105 120 q8 100 + green chr2 85 115 d9_1 100 -
chr3 1 20 q9 100 + blue chr3 5 25 d7_7 100 +
chr3 40 45 q10 100 + red chr3 40 50 d8_5 100 -
chr3 70 90 q11 100 + blue chr3 65 75 d7_8 100 -
chr3 70 90 q11 100 + green chr3 85 115 d9_1 100 +
chr3 105 120 q12 100 + red chr3 110 125 d8_6 100 +
chr3 105 120 q12 100 + green chr3 85 115 d9_1 100 +" > exp
$BT intersect -a query3.bed -names blue red green -b d7.bed d8.bed d9.bed -wa -wb > obs
check exp obs
rm exp obs
###########################################################
# Test the -names option, after db listing
###########################################################
echo " intersect.t19...\c"
echo \
"chr1 1 20 q1 100 + blue chr1 5 25 d7_1 100 +
chr1 40 45 q2 100 + red chr1 40 50 d8_1 100 -
chr1 70 90 q3 100 + blue chr1 65 75 d7_2 100 -
chr1 70 90 q3 100 + green chr1 85 115 d9_1 100 +
chr1 105 120 q4 100 + red chr1 110 125 d8_2 100 +
chr1 105 120 q4 100 + green chr1 85 115 d9_1 100 +
chr2 1 20 q5 100 + blue chr2 5 25 d7_4 100 -
chr2 40 45 q6 100 + red chr2 40 50 d8_3 100 -
chr2 70 90 q7 100 + blue chr2 65 75 d7_5 100 .
chr2 70 90 q7 100 + green chr2 85 115 d9_1 100 -
chr2 105 120 q8 100 + red chr2 110 125 d8_4 100 .
chr2 105 120 q8 100 + green chr2 85 115 d9_1 100 -
chr3 1 20 q9 100 + blue chr3 5 25 d7_7 100 +
chr3 40 45 q10 100 + red chr3 40 50 d8_5 100 -
chr3 70 90 q11 100 + blue chr3 65 75 d7_8 100 -
chr3 70 90 q11 100 + green chr3 85 115 d9_1 100 +
chr3 105 120 q12 100 + red chr3 110 125 d8_6 100 +
chr3 105 120 q12 100 + green chr3 85 115 d9_1 100 +" > exp
$BT intersect -a query3.bed -b d7.bed d8.bed d9.bed -names blue red green -wa -wb > obs
check exp obs
rm exp obs
|
