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|
set -e;
BT=${BT-../../bin/bedtools}
FAILURES=0;
check()
{
if diff $1 $2; then
echo ok
else
FAILURES=$(expr $FAILURES + 1);
echo fail
fi
}
###########################################################
# Test default
############################################################
echo -e " sort.t01...\c"
echo \
"chr3 10 220 f 12 +
chr3 40 260 p 41 -
chr3 100 320 g 96 -
chr7 210 525 d 21 +
chr7 240 560 x 86 -
chr7 2100 2310 e 32 +
chr9 110 120 a 81 -
chr9 140 160 z 05 +
chr9 1100 1120 b 12 +" > exp
$BT sort -i a.bed > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test sizeA
############################################################
echo -e " sort.t02...\c"
echo \
"chr9 110 120 a 81 -
chr9 140 160 z 05 +
chr9 1100 1120 b 12 +
chr3 10 220 f 12 +
chr7 2100 2310 e 32 +
chr3 40 260 p 41 -
chr3 100 320 g 96 -
chr7 210 525 d 21 +
chr7 240 560 x 86 -" > exp
$BT sort -i a.bed -sizeA > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test sizeD
############################################################
echo -e " sort.t03...\c"
echo \
"chr7 240 560 x 86 -
chr7 210 525 d 21 +
chr3 40 260 p 41 -
chr3 100 320 g 96 -
chr3 10 220 f 12 +
chr7 2100 2310 e 32 +
chr9 140 160 z 05 +
chr9 1100 1120 b 12 +
chr9 110 120 a 81 -" > exp
$BT sort -i a.bed -sizeD > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test chrThenSizeA
############################################################
echo -e " sort.t04...\c"
echo \
"chr3 10 220 f 12 +
chr3 40 260 p 41 -
chr3 100 320 g 96 -
chr7 2100 2310 e 32 +
chr7 210 525 d 21 +
chr7 240 560 x 86 -
chr9 110 120 a 81 -
chr9 140 160 z 05 +
chr9 1100 1120 b 12 +" > exp
$BT sort -i a.bed -chrThenSizeA > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test chrThenSizeD
############################################################
echo -e " sort.t05...\c"
echo \
"chr3 40 260 p 41 -
chr3 100 320 g 96 -
chr3 10 220 f 12 +
chr7 240 560 x 86 -
chr7 210 525 d 21 +
chr7 2100 2310 e 32 +
chr9 140 160 z 05 +
chr9 1100 1120 b 12 +
chr9 110 120 a 81 -" > exp
$BT sort -i a.bed -chrThenSizeD > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test chrThenScoreA
############################################################
echo -e " sort.t06...\c"
echo \
"chr3 10 220 f 12 +
chr3 40 260 p 41 -
chr3 100 320 g 96 -
chr7 210 525 d 21 +
chr7 2100 2310 e 32 +
chr7 240 560 x 86 -
chr9 140 160 z 05 +
chr9 1100 1120 b 12 +
chr9 110 120 a 81 -" > exp
$BT sort -i a.bed -chrThenScoreA > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test chrThenScoreD
############################################################
echo -e " sort.t07...\c"
echo \
"chr3 100 320 g 96 -
chr3 40 260 p 41 -
chr3 10 220 f 12 +
chr7 240 560 x 86 -
chr7 2100 2310 e 32 +
chr7 210 525 d 21 +
chr9 110 120 a 81 -
chr9 1100 1120 b 12 +
chr9 140 160 z 05 +" > exp
$BT sort -i a.bed -chrThenScoreD > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test faidx
############################################################
echo -e " sort.t08...\c"
echo \
"chr9 110 120 a 81 -
chr9 140 160 z 05 +
chr9 1100 1120 b 12 +
chr3 10 220 f 12 +
chr3 40 260 p 41 -
chr3 100 320 g 96 -
chr7 210 525 d 21 +
chr7 240 560 x 86 -
chr7 2100 2310 e 32 +" > exp
$BT sort -i a.bed -faidx names.txt > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test header
############################################################
echo -e " sort.t09...\c"
echo \
"#Header line for a.bed
chr3 10 220 f 12 +
chr3 40 260 p 41 -
chr3 100 320 g 96 -
chr7 210 525 d 21 +
chr7 240 560 x 86 -
chr7 2100 2310 e 32 +
chr9 110 120 a 81 -
chr9 140 160 z 05 +
chr9 1100 1120 b 12 +" > exp
$BT sort -i a.bed -header > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test zero-length interval
############################################################
echo -e " sort.t10...\c"
echo \
"chr1 10 20 RegionA 0 +
chr1 24 30 RegionB 0 +
chr1 25 25 RegionC 0 +
chr1 30 40 RegionD 0 +" > exp
$BT sort -i b.bed > obs
check obs exp
rm obs exp
[[ $FAILURES -eq 0 ]] || exit 1;
|
