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|
set -e;
BT=${BT-../../bin/bedtools}
FAILURES=0;
check()
{
if diff $1 $2; then
echo ok
else
FAILURES=$(expr $FAILURES + 1);
echo fail
fi
}
###########################################################
# Test window size / forward window numbering
############################################################
echo -e " makewindows.t01...\c"
echo \
"chr5 60000 65000 1
chr5 65000 70000 2
chr5 73000 78000 1
chr5 78000 83000 2
chr5 83000 88000 3
chr5 88000 90000 4
chr5 100000 101000 1" > exp
$BT makewindows -b input.bed -w 5000 -i winnum > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test window size / reverse window numbering
############################################################
echo -e " makewindows.t02...\c"
echo \
"chr5 60000 65000 2
chr5 65000 70000 1
chr5 73000 78000 4
chr5 78000 83000 3
chr5 83000 88000 2
chr5 88000 90000 1
chr5 100000 101000 1" > exp
$BT makewindows -b input.bed -reverse -w 5000 -i winnum > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test window+step size / forward window numbering
############################################################
echo -e " makewindows.t03...\c"
echo \
"chr5 60000 65000 1
chr5 62000 67000 2
chr5 64000 69000 3
chr5 66000 70000 4
chr5 68000 70000 5
chr5 73000 78000 1
chr5 75000 80000 2
chr5 77000 82000 3
chr5 79000 84000 4
chr5 81000 86000 5
chr5 83000 88000 6
chr5 85000 90000 7
chr5 87000 90000 8
chr5 89000 90000 9
chr5 100000 101000 1" > exp
$BT makewindows -b input.bed -w 5000 -s 2000 -i winnum > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test window size / reverse window numbering
############################################################
echo -e " makewindows.t04...\c"
echo \
"chr5 60000 65000 5
chr5 62000 67000 4
chr5 64000 69000 3
chr5 66000 70000 2
chr5 68000 70000 1
chr5 73000 78000 9
chr5 75000 80000 8
chr5 77000 82000 7
chr5 79000 84000 6
chr5 81000 86000 5
chr5 83000 88000 4
chr5 85000 90000 3
chr5 87000 90000 2
chr5 89000 90000 1
chr5 100000 101000 1" > exp
$BT makewindows -b input.bed -reverse -w 5000 -s 2000 -i winnum > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test fixed size / forward window numbering
############################################################
echo -e " makewindows.t05...\c"
echo \
"chr5 60000 63333 1
chr5 63333 66666 2
chr5 66666 70000 3
chr5 73000 78666 1
chr5 78666 84332 2
chr5 84332 90000 3
chr5 100000 100333 1
chr5 100333 100666 2
chr5 100666 101000 3" > exp
$BT makewindows -n 3 -b input.bed -i winnum > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test fixed size / reverse window numbering
############################################################
echo -e " makewindows.t06...\c"
echo \
"chr5 60000 63333 3
chr5 63333 66666 2
chr5 66666 70000 1
chr5 73000 78666 3
chr5 78666 84332 2
chr5 84332 90000 1
chr5 100000 100333 3
chr5 100333 100666 2
chr5 100666 101000 1" > exp
$BT makewindows -n 3 -b input.bed -reverse -i winnum > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test that we alway get the number of requested windows
###########################################################
echo -e " makewindows.t07...\c"
echo \
"1 11 14 A_1
1 14 17 A_2
1 17 20 A_3
1 20 23 A_4
1 23 26 A_5
1 26 29 A_6
1 29 32 A_7
1 32 35 A_8
1 35 38 A_9
1 38 44 A_10" > exp
$BT makewindows -b a.33bp.bed -n 10 -i srcwinnum> obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Test that we alway get the number of requested windows
###########################################################
echo -e " makewindows.t08...\c"
echo \
"1 10 12 B_1
1 12 14 B_2
1 14 16 B_3
1 16 18 B_4
1 18 20 B_5
1 20 22 B_6
1 22 24 B_7
1 24 26 B_8
1 26 28 B_9
1 28 30 B_10" > exp
$BT makewindows -b a.20bp.bed -n 10 -i srcwinnum> obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# interval is smaller than n
###########################################################
echo -e " makewindows.t09...\c"
echo \
"WARNING: Interval 1:10-19 is smaller than the number of windows requested. Skipping." > exp
$BT makewindows -b a.19bp.bed -n 10 -i srcwinnum 2> obs
check obs exp
rm obs exp
[[ $FAILURES -eq 0 ]] || exit 1;
|
