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150
|
set -e;
BT=${BT-../../bin/bedtools}
FAILURES=0;
check()
{
if diff $1 $2; then
echo ok
else
FAILURES=$(expr $FAILURES + 1);
echo fail
fi
}
###########################################################
# test baseline complement
###########################################################
echo -e " complement.t1...\c"
echo "chr1 1 20" > exp
$BT complement -i <(echo -e "chr1\t0\t1") \
-g <(echo -e "chr1\t20") \
> obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# ends are covered
###########################################################
echo -e " complement.t2...\c"
echo "chr1 1 19" > exp
$BT complement -i <(echo -e "chr1\t0\t1\nchr1\t19\t20") \
-g <(echo -e "chr1\t20") \
> obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# middle is covered
###########################################################
echo -e " complement.t3...\c"
echo "chr1 0 10
chr1 15 20" > exp
$BT complement -i <(echo -e "chr1\t10\t15") \
-g <(echo -e "chr1\t20") \
> obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# entirety is covered
###########################################################
echo -e " complement.t4...\c"
touch exp
$BT complement -i <(echo -e "chr1\t0\t20") \
-g <(echo -e "chr1\t20") \
> obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# nothing is covered
###########################################################
echo -e " complement.t5...\c"
echo "chr1 0 20" > exp
$BT complement -i <(echo -e "chr2\t0\t20") \
-g <(echo -e "chr1\t20\nchr2\t20") \
> obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Issue #356
###########################################################
echo -e " complement.t6...\c"
echo "chr1 10000 249250621" > exp
$BT complement -i <(echo -e "chr1\t0\t10000\ttelomere") \
-g <(echo -e "chr1\t249250621") \
> obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Multiple chroms
###########################################################
echo -e " complement.t7...\c"
echo "chr1 0 10
chr2 0 10" > exp
$BT complement -i <(echo -e "chr1\t10\t20\nchr2\t10\t20") \
-g <(echo -e "chr1\t20\nchr2\t20") \
> obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Multiple chroms, chr1 is covered
###########################################################
echo -e " complement.t8...\c"
echo "chr2 0 10" > exp
$BT complement -i <(echo -e "chr1\t0\t20\nchr2\t10\t20") \
-g <(echo -e "chr1\t20\nchr2\t20") \
> obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# record exceeds chrom length
###########################################################
echo -e " complement.t9...\c"
echo -e "***** WARNING: chr1:90-110 exceeds the length of chromosome (chr1)\nchr1\t0\t90" > exp
$BT complement -i <(echo -e "chr1\t90\t110") \
-g <(echo -e "chr1\t100") \
&> obs
check obs exp
rm obs exp
[[ $FAILURES -eq 0 ]] || exit 1;
###########################################################
# -L only reports chroms that were in the BED file.
###########################################################
echo -e " complement.t9...\c"
echo "chr1 0 1
chr1 500 900
chr1 950 1000" > exp
$BT complement -i issue_503.bed \
-g issue_503.genome \
-L \
> obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Now, without -L
###########################################################
echo -e " complement.t10...\c"
echo "chr1 0 1
chr1 500 900
chr1 950 1000
chr2 0 1000
chr3 0 1000" > exp
$BT complement -i issue_503.bed \
-g issue_503.genome \
> obs
check obs exp
rm obs exp
[[ $FAILURES -eq 0 ]] || exit 1;
|
