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|
set -e;
BT=${BT-../../bin/bedtools}
FAILURES=0;
check()
{
if diff $1 $2; then
echo ok
else
FAILURES=$(expr $FAILURES + 1);
echo fail
fi
}
# cat a.bed
# chr1 100 200 a1 1 +
# chr1 100 200 a2 2 -
###########################################################
# test shifting forward via -s
###########################################################
echo -e " shift.t1...\c"
echo \
"chr1 105 205 a1 1 +
chr1 105 205 a2 2 -" > exp
$BT shift -i a.bed -s 5 -g tiny.genome > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test shifting backward via -s
###########################################################
echo -e " shift.t2...\c"
echo \
"chr1 95 195 a1 1 +
chr1 95 195 a2 2 -" > exp
$BT shift -i a.bed -s -5 -g tiny.genome > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test shifting forward via -m and -p
###########################################################
echo -e " shift.t3...\c"
echo \
"chr1 105 205 a1 1 +
chr1 105 205 a2 2 -" > exp
$BT shift -i a.bed -p 5 -m 5 -g tiny.genome > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test shifting backward via -m and -p
###########################################################
echo -e " shift.t3...\c"
echo \
"chr1 95 195 a1 1 +
chr1 95 195 a2 2 -" > exp
$BT shift -i a.bed -p -5 -m -5 -g tiny.genome > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test just a -m shift (-p == 0)
###########################################################
echo -e " shift.t4...\c"
echo \
"chr1 100 200 a1 1 +
chr1 95 195 a2 2 -" > exp
$BT shift -i a.bed -m -5 -p 0 -g tiny.genome > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test just a -p shift (-m == 0)
###########################################################
echo -e " shift.t5...\c"
echo \
"chr1 105 205 a1 1 +
chr1 100 200 a2 2 -" > exp
$BT shift -i a.bed -m 0 -p 5 -g tiny.genome > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test going beyond the start of the chrom
###########################################################
echo -e " shift.t6...\c"
echo \
"chr1 0 1 a1 1 +
chr1 0 1 a2 2 -" > exp
$BT shift -i a.bed -s -200 -g tiny.genome > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test going beyond the end of the chrom
###########################################################
echo -e " shift.t7...\c"
echo \
"chr1 999 1000 a1 1 +
chr1 999 1000 a2 2 -" > exp
$BT shift -i a.bed -s 1000 -g tiny.genome > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test shift being larger than a signed int
###########################################################
echo -e " shift.t8...\c"
echo \
"chr1 999 1000 a1 1 +
chr1 999 1000 a2 2 -" > exp
$BT shift -i a.bed -s 3000000000 -g tiny.genome > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# test chrom boundaries
###########################################################
echo -e " shift.t9...\c"
echo -e "chrom1\t10" >genome.len;
echo -e "chrom1\t5\t10\tcds1\t0\t+" | $BT shift -i - -g genome.len -s 2 > obs
echo \
"chrom1 7 10 cds1 0 +" > exp
check obs exp
rm obs exp genome.len
###########################################################
# test shift huge genome
###########################################################
echo -e " shift.t10...\c"
echo \
"chr1 67000638 67217822 NM_032291 0 +
chr1 92146899 92352836 NR_036634 0 -" > exp
$BT shift -i b.bed -s 1000 -g huge.genome > obs
check obs exp
rm obs exp
###########################################################
# Regression test for issue 807
###########################################################
echo -e " shift.t11...\c"
echo \
"chr1 50 149 feature1 0 +
chr1 150 250 feature2 0 +
chr1 325 675 feature3 0 -
chr1 925 975 feature4 0 +" > exp
$BT shift -i issue_807.bed -s 0.5 -pct -g issue_807.genomesize > obs
check obs exp
rm obs exp
[[ $FAILURES -eq 0 ]] || exit 1;
|
