1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
|
--SPIDEY version 1.40--
Genomic: lcl|chr2 No definition line found, 145732769 bp
mRNA: lcl|tmpseq_0 No definition line found, 1110 bp
Strand: minus
Number of exons: 6
Exon 1(-): 36375691-36375798 (gen) 1-108 (mRNA) id 97.2% mismatches 3 gaps 0 splice site (d a): 1 0
Exon 2(-): 36369345-36369492 (gen) 109-256 (mRNA) id 100.0% mismatches 0 gaps 0 splice site (d a): 0 1
Exon 3(-): 36367232-36367437 (gen) 257-462 (mRNA) id 100.0% mismatches 0 gaps 0 splice site (d a): 1 1
Exon 4(-): 36364083-36364229 (gen) 463-609 (mRNA) id 100.0% mismatches 0 gaps 0 splice site (d a): 1 1
Exon 5(-): 36358231-36358489 (gen) 610-868 (mRNA) id 100.0% mismatches 0 gaps 0 splice site (d a): 1 1
Exon 6(-): 36356457-36356698 (gen) 869-1110 (mRNA) id 100.0% mismatches 0 gaps 0 splice site (d a): 0 1
Number of splice sites: 4
mRNA coverage: 100%
overall percent identity: 99.7%
Missing mRNA ends: neither
Genomic: lcl|chr2 No definition line found
mRNA: lcl|tmpseq_0 No definition line found
Exon 1: 36375798-36375691 (gen) 1-108 (mRNA)
CCTCTTTTTCTTTGCAGGGTATATACCCAGTTACTTAGACAAGGATGAGCTATGTGTAGT
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ATGTCAGGGTATATACCCAGTTACTTAGACAAGGATGAGCTATGTGTAGT
M S G Y I P S Y L D K D E L C V V
ATGTGGGGACAAAGCCACCGGATATCATTATCGCTGCATCACTTGTGAAGGTTGCAAGGT
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ATGTGGGGACAAAGCCACCGGATATCATTATCGCTGCATCACTTGTGAAGGTTGCAAG
C G D K A T G Y H Y R C I T C E G C K
AAATGGCA
Exon 2: 36369492-36369345 (gen) 109-256 (mRNA)
TTGCACTTAGGGATTTTTCAGAAGAACCATTCAGAAAAACCTCCATCCAACCTATTCCTG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GGATTTTTCAGAAGAACCATTCAGAAAAACCTCCATCCAACCTATTCCTG
G F F R R T I Q K N L H P T Y S C
TAAATATGAAGGAAAATGTGTGATAGACAAAGTAACAAGAAATCAGTGCCAGGAATGTCG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TAAATATGAAGGAAAATGTGTGATAGACAAAGTAACAAGAAATCAGTGCCAGGAATGTCG
K Y E G K C V I D K V T R N Q C Q E C R
CTTCAAAAAATGTATCTTTGTTGGCATGGCAACAGATTGTGAGTATAT
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTTCAAAAAATGTATCTTTGTTGGCATGGCAACAGATT
F K K C I F V G M A T D
Exon 3: 36367437-36367232 (gen) 257-462 (mRNA)
TCCCTGCTAGTGGTGTTGGATGACAGCAAGAGGCTGGCAAAGAGGAAGCTGATAGAAGAA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TGGTGTTGGATGACAGCAAGAGGCTGGCAAAGAGGAAGCTGATAGAAGAA
L V L D D S K R L A K R K L I E E
AATCGAGAGAAGAGGCGTCGGGAAGAGCTGCAGAAAACGATTGGTCACAAACCAGAACCA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AATCGAGAGAAGAGGCGTCGGGAAGAGCTGCAGAAAACGATTGGTCACAAACCAGAACCA
N R E K R R R E E L Q K T I G H K P E P
ACAGATGAGGAATGGGAGCTGATCAAAATTGTCACTGAAGCACATGTGGCCACCAATGCA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ACAGATGAGGAATGGGAGCTGATCAAAATTGTCACTGAAGCACATGTGGCCACCAATGCA
T D E E W E L I K I V T E A H V A T N A
CAAGGAAGCCACTGGAAGCAGAAAAGGAAATTTCTGGTAGGGACTA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CAAGGAAGCCACTGGAAGCAGAAAAGGAAATTTCTG
Q G S H W K Q K R K F L
Exon 4: 36364229-36364083 (gen) 463-609 (mRNA)
ATATCCTTAGCCAGAAGACATTGGGCAAGCACCAATAGTTAATGCCCCAGAAGGGGGGAA
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCAGAAGACATTGGGCAAGCACCAATAGTTAATGCCCCAGAAGGGGGGAA
P E D I G Q A P I V N A P E G G K
AGTGGATTTAGAAGCCTTCAGCCAGTTTACAAAAATTATCACACCAGCGATTACAAGAGT
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AGTGGATTTAGAAGCCTTCAGCCAGTTTACAAAAATTATCACACCAGCGATTACAAGAGT
V D L E A F S Q F T K I I T P A I T R V
GGTGGATTTTGCCAAAAAGTTGCCTATGTTTTGTGAGGTAAGACAAA
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GGTGGATTTTGCCAAAAAGTTGCCTATGTTTTGTGAG
V D F A K K L P M F C E
Exon 5: 36358489-36358231 (gen) 610-868 (mRNA)
ATTTCTGCAGCTGCCATGTGAAGACCAGATCATCCTTCTGAAAGGCTGCTGTATGGAGAT
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CTGCCATGTGAAGACCAGATCATCCTTCTGAAAGGCTGCTGTATGGAGAT
L P C E D Q I I L L K G C C M E I
AATGTCCCTCCGAGCAGCAGTTCGCTATGACCCCGAGAGTGAGACTTTAACGCTAAATGG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AATGTCCCTCCGAGCAGCAGTTCGCTATGACCCCGAGAGTGAGACTTTAACGCTAAATGG
M S L R A A V R Y D P E S E T L T L N G
GGAGATGGCGGTGACAAGGGGCCAGCTGAAAAATGGGGGTCTTGGCGTAGTTTCTGATGC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GGAGATGGCGGTGACAAGGGGCCAGCTGAAAAATGGGGGTCTTGGCGTAGTTTCTGATGC
E M A V T R G Q L K N G G L G V V S D A
CATTTTTGACCTGGGCATGTCTCTTTCTTCATTTAACCTGGATGACACCGAGGTTGCCCT
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CATTTTTGACCTGGGCATGTCTCTTTCTTCATTTAACCTGGATGACACCGAGGTTGCCCT
I F D L G M S L S S F N L D D T E V A L
TCTCCAGGCTGTCCTGCTCATGTCATCAGGTGAGAACAG
|||||||||||||||||||||||||||||
TCTCCAGGCTGTCCTGCTCATGTCATCAG
L Q A V L L M S S
Exon 6: 36356698-36356457 (gen) 869-1110 (mRNA)
GTATCTGCAGATCGCCCAGGCCTTGTTTGCGTCGAGAGAATAGAAAAGTGTCAAGAGGGT
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ATCGCCCAGGCCTTGTTTGCGTCGAGAGAATAGAAAAGTGTCAAGAGGGT
D R P G L V C V E R I E K C Q E G
TTCCTCCTGGCATTTGAACACTACATTAATTACAGAAAACACCATGTTGCACATTTTTGG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TTCCTCCTGGCATTTGAACACTACATTAATTACAGAAAACACCATGTTGCACATTTTTGG
F L L A F E H Y I N Y R K H H V A H F W
CCAAAACTGCTGATGAAAGTGACAGATCTGCGAATGATTGGAGCCTGCCATGCCAGCCGC
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CCAAAACTGCTGATGAAAGTGACAGATCTGCGAATGATTGGAGCCTGCCATGCCAGCCGC
P K L L M K V T D L R M I G A C H A S R
TTCCTGCACATGAAGGTGGAGTGCCCCACAGAACTCTTCCCTCCATTGTTCCTGGAGGTG
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TTCCTGCACATGAAGGTGGAGTGCCCCACAGAACTCTTCCCTCCATTGTTCCTGGAGGTG
F L H M K V E C P T E L F P P L F L E V
TTTGAGGATTAGAGAGACTGGA
||||||||||||
TTTGAGGATTAG
F E D *
|
