1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
|
SignalP 3.0 Server - prediction results
Technical University of Denmark
Using neural networks (NN) and hidden Markov models (HMM) trained on Gram-negative bacteria
>my_fasta_id
SignalP-NN result:
>my_fasta_id length = 70
# pos aa C S Y
1 M 0.006 0.019 0.006
2 K 0.006 0.016 0.006
3 G 0.006 0.019 0.005
4 N 0.006 0.012 0.005
5 K 0.006 0.011 0.003
6 E 0.007 0.014 0.000
7 V 0.006 0.012 0.000
8 L 0.007 0.012 0.000
9 E 0.006 0.001 0.000
10 I 0.007 0.015 0.000
11 L 0.006 0.007 0.000
12 G 0.006 0.011 0.000
13 E 0.007 0.010 0.000
14 V 0.006 0.002 0.000
15 L 0.006 0.005 0.000
16 S 0.007 0.058 0.000
17 A 0.023 0.023 0.000
18 E 0.024 0.019 0.000
19 L 0.008 0.038 0.000
20 T 0.009 0.036 0.000
21 A 0.011 0.038 0.000
22 I 0.060 0.049 0.000
23 N 0.009 0.120 0.000
24 Q 0.028 0.058 0.000
25 Y 0.007 0.056 0.000
26 F 0.009 0.070 0.000
27 I 0.012 0.040 0.008
28 H 0.011 0.055 0.010
29 A 0.008 0.048 0.011
30 K 0.354 0.033 0.086
31 M 0.006 0.039 0.012
32 N 0.016 0.051 0.022
33 K 0.020 0.030 0.025
34 N 0.008 0.060 0.017
35 W 0.007 0.031 0.017
36 G 0.007 0.021 0.017
37 F 0.009 0.017 0.019
38 K 0.007 0.026 0.017
39 K 0.007 0.030 0.017
40 L 0.006 0.033 0.015
41 A 0.007 0.002 0.017
42 D 0.008 0.001 0.017
43 F 0.006 0.001 0.014
44 M 0.006 0.001 0.014
45 K 0.006 0.001 0.013
46 R 0.006 0.000 0.012
47 E 0.006 0.000 0.011
48 S 0.006 0.000 0.011
49 I 0.006 0.000 0.010
50 D 0.007 0.000 0.010
51 E 0.007 0.000 0.009
52 M 0.006 0.000 0.007
53 K 0.006 0.000 0.007
54 H 0.006 0.000 0.006
55 A 0.007 0.000 0.005
56 D 0.010 0.000 0.005
57 E 0.006 0.000 0.002
58 V 0.007 0.000 0.001
59 I 0.007 0.000 0.001
60 D 0.006 0.000 0.001
61 R 0.006 0.000 0.001
62 I 0.006 0.000 0.000
63 L 0.006 0.000 0.000
64 Y 0.006 0.000 0.000
65 L 0.006 0.000 0.000
66 D 0.006 0.000 0.000
67 G 0.006 0.000 0.000
68 V 0.006 0.000 0.000
69 P 0.006 0.000 0.000
70 D 0.006 0.000 0.000
>my_fasta_id length = 70
# Measure Position Value Cutoff signal peptide?
max. C 30 0.354 0.52 NO
max. Y 30 0.086 0.33 NO
max. S 23 0.120 0.92 NO
mean S 1-29 0.030 0.49 NO
D 1-29 0.058 0.44 NO
SignalP-HMM result:
>my_fasta_id
# pos aa C S n-reg h-reg c-reg
1 M 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
2 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
3 G 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
4 N 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
5 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
6 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
7 V 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
8 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
9 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
10 I 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
11 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
12 G 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
13 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
14 V 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
15 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
16 S 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
17 A 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
18 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
19 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
20 T 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
21 A 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
22 I 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
23 N 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
24 Q 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
25 Y 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
26 F 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
27 I 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
28 H 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
29 A 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
30 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
31 M 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
32 N 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
33 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
34 N 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
35 W 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
36 G 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
37 F 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
38 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
39 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
40 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
41 A 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
42 D 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
43 F 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
44 M 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
45 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
46 R 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
47 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
48 S 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
49 I 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
50 D 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
51 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
52 M 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
53 K 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
54 H 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
55 A 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
56 D 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
57 E 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
58 V 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
59 I 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
60 D 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
61 R 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
62 I 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
63 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
64 Y 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
65 L 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
66 D 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
67 G 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
68 V 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
69 P 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
70 D 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
>my_fasta_id
Prediction: Non-secretory protein
Signal peptide probability: 0.000
Max cleavage site probability: 0.000 between pos. -1 and 0
|
