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Command line: [exonerate -q test_aa.fa -t test_cds.fa --model protein2dna]
Hostname: [fgu204.anat.ox.ac.uk]
C4 Alignment display:
Model: protein2dna
Raw score: 1059
Aligned positions 0->204 of query
Aligned positions 2->614 of target
Query: SJCHGC00851 AA
Target: SJCHGC00851 CDS
1 : ArgAlaProArgProSerLeuLeuTyrPheAsnValPheLeuLeuLeuValHisSerPheSerG : 22
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ArgAlaProArgProSerLeuLeuTyrPheAsnValPheLeuLeuLeuValHisSerPheSerG
3 : CGTGCCCCTCGTCCTTCTTTGCTCTACTTCAACGTGTTTCTTTTGTTGGTTCATTCATTTTCAC : 66
23 : lnAspLysLysAspValLeuLysLysLeuAsnSerThrLeuLeuSerMetGluAsnSerLeuLe : 43
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lnAspLysLysAspValLeuLysLysLeuAsnSerThrLeuLeuSerMetGluAsnSerLeuLe
67 : AAGATAAAAAGGATGTGTTGAAGAAGTTAAACTCTACTTTACTTTCAATGGAAAACAGCTTATT : 129
44 : uLysValGlnGlnAsnIleGlnAsnThrAspHisGluValLysAsnSerThrLysArgIleAsn : 64
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uLysValGlnGlnAsnIleGlnAsnThrAspHisGluValLysAsnSerThrLysArgIleAsn
130 : AAAAGTTCAACAAAACATTCAAAACACTGACCACGAAGTAAAGAATTCGACAAAGAGAATAAAT : 192
65 : LysValLeuAlaProHisGlyArgThrIleAspGluTyrValLysCysLysThrAsnGluPheL : 86
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LysValLeuAlaProHisGlyArgThrIleAspGluTyrValLysCysLysThrAsnGluPheL
193 : AAAGTACTTGCACCTCACGGAAGAACAATTGACGAATATGTCAAATGCAAAACTAATGAATTTA : 258
87 : ysAlaGluGluGlyLeuSerThrAsnThrLysPheLeuLysGluPheIleProGlyThrPheAr : 107
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ysAlaGluGluGlyLeuSerThrAsnThrLysPheLeuLysGluPheIleProGlyThrPheAr
259 : AAGCTGAAGAAGGTTTATCTACAAATACTAAATTCTTAAAAGAGTTTATTCCTGGAACTTTTCG : 321
108 : gValTyrArgLysTyrLeuThrAspGluAspIleHisTrpLysAsnAlaAlaGluGluArgLys : 128
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gValTyrArgLysTyrLeuThrAspGluAspIleHisTrpLysAsnAlaAlaGluGluArgLys
322 : TGTTTATAGAAAATACCTGACTGATGAAGATATACATTGGAAAAACGCCGCTGAAGAACGGAAG : 384
129 : AlaLysTyrLysThrMetAlaLeuGluHisThrSerGluLysCysAspGluLeuAlaAspGlnP : 150
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AlaLysTyrLysThrMetAlaLeuGluHisThrSerGluLysCysAspGluLeuAlaAspGlnP
385 : GCAAAATATAAAACAATGGCCTTAGAGCACACTTCGGAAAAGTGTGATGAACTTGCTGATCAAT : 450
151 : heProGluAlaPheValGluIleGlnGluLeuLysAspGlnIleTyrGluArgGlnArgTyrGl : 171
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heProGluAlaPheValGluIleGlnGluLeuLysAspGlnIleTyrGluArgGlnArgTyrGl
451 : TTCCTGAAGCGTTTGTAGAAATTCAAGAACTTAAGGATCAAATATATGAACGACAAAGATACGA : 513
172 : uLeuGlnTyrAspTyrMetPheTyrLysPhePheValLeuLeuAspIleTyrArgLysValGln : 192
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uLeuGlnTyrAspTyrMetPheTyrLysPhePheValLeuLeuAspIleTyrArgLysValGln
514 : ATTACAATATGATTATATGTTTTATAAGTTTTTCGTGCTATTAGATATTTATAGAAAAGTGCAA : 576
193 : AlaPheAspGluThrArgGluGluHisGluGln*** : 204
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AlaPheAspGluThrArgGluGluHisGluGln***
577 : GCATTTGATGAAACACGTGAAGAACATGAGCAGTGA : 614
vulgar: SJCHGC00851 0 204 . SJCHGC00851 2 614 + 1059 M 204 612
-- completed exonerate analysis
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