File: useccsallBestN1.t

package info (click to toggle)
blasr 5.3.5%2Bdfsg-7
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: forky, sid, trixie
  • size: 1,196 kB
  • sloc: cpp: 8,412; ansic: 806; python: 331; sh: 178; java: 158; makefile: 36
file content (12 lines) | stat: -rw-r--r-- 480 bytes parent folder | download | duplicates (4) 
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
 
Set up
  $ mkdir -p $OUTDIR

Test --useccsall with bestn = 1
  $ $BLASR_EXE $DATDIR/ccstest.fofn $DATDIR/ccstest_ref.fasta --bestn 1 --useccsall --bam --out $OUTDIR/useccsall.bam --holeNumbers 76772
  [INFO]* (glob)
  [INFO]* (glob)
  $ $SAMTOOLS_EXE view -h $OUTDIR/useccsall.bam > $OUTDIR/useccsall.sam
  $ sed -n '9,$ p' $OUTDIR/useccsall.sam |cut -f 1-4 > $TMP1
  $ sed -n '9,$ p' $STDDIR/$UPDATEDATE/useccsall.sam | cut -f 1-4 > $TMP2
  $ diff $TMP1 $TMP2
  $ rm $TMP1 $TMP2