1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
|
Test --placeGapConsistently using a naive artificial test case.
Set up
$ mkdir -p $OUTDIR
$ Q=$DATDIR/test-pgc/query.fasta
$ T=$DATDIR/test-pgc/target.fasta
$ cat $Q
>m54006_151021_185942/0/0_163
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTGTAAGCAGTTAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
>m54006_151021_185942/0/200_363 which_is_rc_of_0_163
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTAACTGCTTACAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
$ cat $T
>target
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
TGTAAGCAGTTAAAA
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
Test m4 output
$ O=$OUTDIR/pgc-naive.m4
$ $BLASR_EXE $Q $T -m 4 --out $O --bestn 1 --placeGapConsistently && echo $?
[INFO]* (glob)
[INFO]* (glob)
0
$ cat $O
m54006_151021_185942/0/0_163/0_163 target -555 98.2609 0 0 113 163 0 0 115 115 254
m54006_151021_185942/0/200_363 target -555 98.2609 0 50 163 163 1 0 115 115 254
Test m5 output
$ O=$OUTDIR/pgc-naive.m5
$ $BLASR_EXE $Q $T -m 5 --out $O --bestn 1 --placeGapConsistently && echo $?
[INFO]* (glob)
[INFO]* (glob)
0
$ cat $O
m54006_151021_185942/0/0_163/0_163 163 0 113 + target 115 0 115 + -555 113 0 0 2 254 CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTGTAAGCAGTT--AACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||**|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTGTAAGCAGTTAAAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
m54006_151021_185942/0/200_363 163 50 163 + target 115 0 115 - -555 113 0 0 2 254 GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTT--AACTGCTTACAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||**||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGTTTTAACTGCTTACAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
Test sam output
$ O=$OUTDIR/pgc-naive.sam
$ $BLASR_EXE $Q $T --sam --out $O --bestn 1 --placeGapConsistently && echo $?
[INFO]* (glob)
[INFO]* (glob)
0
$ cat $O |grep -v '^@'
m54006_151021_185942/0/0_163\t0\ttarget\t1\t254\t61=2D52=50S\t*\t0\t0\tCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTGTAAGCAGTTAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\t*\tRG:Z:b6de17a9\tnp:i:1\tqe:i:163\tqs:i:0\tzm:i:0\tAS:i:-555\tNM:i:2 (esc)
m54006_151021_185942/0/200_363\t16\ttarget\t1\t254\t61=2D52=50S\t*\t0\t0\tCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTGTAAGCAGTTAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\t*\tRG:Z:b6de17a9\tnp:i:1\tqe:i:163\tqs:i:0\tzm:i:0\tAS:i:-555\tNM:i:2 (esc)
Test bam output
$ O=$OUTDIR/pgc-naive.bam
$ $BLASR_EXE $Q $T --bam --out $O --bestn 1 --placeGapConsistently && echo $?
[INFO]* (glob)
WARNING, BAM output without PacBio BAM or DATASET input is not supported by PacBio.
[INFO]* (glob)
0
$ $SAMTOOLS_EXE view $O
m54006_151021_185942/0/0_163\t0\ttarget\t1\t254\t61=2D52=50S\t*\t0\t0\tCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTGTAAGCAGTTAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\t*\tRG:Z:b6de17a9\tnp:i:1\tqe:i:163\tqs:i:0\tzm:i:0\tAS:i:-555\tNM:i:2 (esc)
m54006_151021_185942/0/200_363\t16\ttarget\t1\t254\t61=2D52=50S\t*\t0\t0\tCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTGTAAGCAGTTAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\t*\tRG:Z:b6de17a9\tnp:i:1\tqe:i:163\tqs:i:0\tzm:i:0\tAS:i:-555\tNM:i:2 (esc)
Test bam input
$ Q=$DATDIR/test-pgc/query.bam
$ O=$OUTDIR/pgc-naive-bamin-bamout.bam
$ $BLASR_EXE $Q $T --bam --out $O --bestn 1 --placeGapConsistently && echo $?
[INFO]* (glob)
[INFO]* (glob)
0
$ $SAMTOOLS_EXE view $O
m54006_151021_185942/0/0_163\t0\ttarget\t1\t254\t61=2D52=50S\t*\t0\t0\tCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTGTAAGCAGTTAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\t*\tcx:i:2\tnp:i:1\tqe:i:163\tqs:i:0\tzm:i:0\trq:f:0.7\tRG:Z:a3e2f6e1\tAS:i:-555\tNM:i:2 (esc)
m54006_151021_185942/0/200_363\t16\ttarget\t1\t254\t61=2D52=50S\t*\t0\t0\tCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCTGTAAGCAGTTAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN\t*\tcx:i:2\tnp:i:1\tqe:i:363\tqs:i:200\tzm:i:0\trq:f:0.7\tRG:Z:a3e2f6e1\tAS:i:-555\tNM:i:2 (esc)
Test conflicting options
$ $BLASR_EXE $Q $T --bam --out $O --bestn 1 --rbao --placeGapConsistently 1>/dev/null 2>/dev/null && echo $?
[1]
$ $BLASR_EXE $Q $T --bam --out $O --bestn 1 --extend --placeGapConsistently 1>/dev/null 2>/dev/null && echo $?
[1]
$ $BLASR_EXE $Q $T --bam --out $O --bestn 1 --affine --placeGapConsistently 1>/dev/null 2>/dev/null && echo $?
[1]
|
