package info
(click to toggle)
Folder: 1.2.2+dfsg-4
| .. (parent) | ||||
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | .pc | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | debian | |
| d | rwxr-xr-x | 137 | doc | |
| d | rwxr-xr-x | 26 | genomes | |
| d | rwxr-xr-x | 154 | indexes | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | reads | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | scripts | |
| d | rwxr-xr-x | 20 | third_party | |
| - | rw-r--r-- | 286 | .gitignore | |
| - | rw-r--r-- | 894 | .travis.yml | |
| - | rw-r--r-- | 670 | AUTHORS | |
| - | rw-r--r-- | 8,643 | LICENSE | |
| - | rw-r--r-- | 70,366 | MANUAL | |
| - | rw-r--r-- | 82,257 | MANUAL.markdown | |
| - | rw-r--r-- | 13,472 | Makefile | |
| - | rw-r--r-- | 37,165 | NEWS | |
| - | rw-r--r-- | 374 | README | |
| - | rw-r--r-- | 6,375 | TUTORIAL | |
| - | rw-r--r-- | 6 | VERSION | |
| - | rw-r--r-- | 66,271 | aligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 11,180 | aligner_0mm.h | |
| - | rw-r--r-- | 15,781 | aligner_1mm.h | |
| - | rw-r--r-- | 24,639 | aligner_23mm.h | |
| - | rw-r--r-- | 10,542 | aligner_metrics.h | |
| - | rw-r--r-- | 53,702 | aligner_seed_mm.h | |
| - | rw-r--r-- | 13,317 | alphabet.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 6,411 | alphabet.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,790 | assert_helpers.h | |
| - | rw-r--r-- | 605 | auto_array.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,822 | binary_sa_search.h | |
| - | rw-r--r-- | 785 | bitpack.h | |
| - | rw-r--r-- | 12,235 | bitset.h | |
| - | rw-r--r-- | 36,679 | blockwise_sa.h | |
| - | rwxr-xr-x | 3,579 | bowtie | |
| - | rwxr-xr-x | 2,807 | bowtie-build | |
| - | rwxr-xr-x | 2,501 | bowtie-inspect | |
| - | rw-r--r-- | 1,415 | bowtie_build_main.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 15,741 | bowtie_inspect.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,386 | bowtie_main.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 736 | btypes.h | |
| - | rw-r--r-- | 13,594 | ccnt_lut.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 638 | chaincat.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,031 | color.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 404 | color.h | |
| - | rw-r--r-- | 9,173 | color_dec.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,012 | color_dec.h | |
| - | rw-r--r-- | 288 | cpu_numa_info.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 109 | cpu_numa_info.h | |
| - | rw-r--r-- | 33,659 | diff_sample.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,942 | ebwt.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 153,998 | ebwt.h | |
| - | rw-r--r-- | 23,654 | ebwt_build.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 125,019 | ebwt_search.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,040 | ebwt_search.h | |
| - | rw-r--r-- | 103,047 | ebwt_search_backtrack.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,112 | ebwt_search_util.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 12,208 | ebwt_search_util.h | |
| - | rw-r--r-- | 236 | edit.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,808 | edit.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,997 | endian_swap.h | |
| - | rw-r--r-- | 6,940 | fast_mutex.h | |
| - | rw-r--r-- | 13,633 | filebuf.h | |
| - | rw-r--r-- | 992 | formats.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,031 | hit.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 41,173 | hit.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,928 | hit_set.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 9,390 | hit_set.h | |
| - | rw-r--r-- | 54 | log.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 392 | log.h | |
| - | rw-r--r-- | 453 | mm.h | |
| - | rw-r--r-- | 37,473 | multikey_qsort.h | |
| - | rw-r--r-- | 38,507 | pat.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 34,423 | pat.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,647 | pool.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,252 | processor_support.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,283 | qual.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 5,347 | qual.h | |
| - | rw-r--r-- | 5,182 | random_source.h | |
| - | rw-r--r-- | 933 | random_test.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 1,053 | range.h | |
| - | rw-r--r-- | 15,429 | range_cache.h | |
| - | rw-r--r-- | 7,526 | range_chaser.h | |
| - | rw-r--r-- | 67,881 | range_source.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,400 | ref_aligner.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 160,818 | ref_aligner.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,659 | ref_read.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 7,743 | ref_read.h | |
| - | rw-r--r-- | 23,609 | reference.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,665 | row_chaser.h | |
| - | rw-r--r-- | 9,078 | sam.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 2,451 | sam.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,667 | search_1mm_phase1.c | |
| - | rw-r--r-- | 878 | search_1mm_phase2.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,340 | search_23mm_phase1.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,138 | search_23mm_phase2.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,706 | search_23mm_phase3.c | |
| - | rw-r--r-- | 746 | search_exact.c | |
| - | rw-r--r-- | 490 | search_globals.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,311 | search_seeded_phase1.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,976 | search_seeded_phase2.c | |
| - | rw-r--r-- | 4,387 | search_seeded_phase3.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,832 | search_seeded_phase4.c | |
| - | rw-r--r-- | 5,397 | sequence_io.h | |
| - | rw-r--r-- | 691 | shmem.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 4,317 | shmem.h | |
| - | rw-r--r-- | 76,648 | sstring.h | |
| - | rw-r--r-- | 414 | str_util.h | |
| - | rw-r--r-- | 4,972 | threading.h | |
| - | rw-r--r-- | 3,999 | timer.h | |
| - | rw-r--r-- | 8,506 | tinythread.cpp | |
| - | rw-r--r-- | 21,220 | tinythread.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,093 | tokenize.h | |
| - | rw-r--r-- | 2,588 | word_io.h | |
| - | rw-r--r-- | 1,983 | zbox.h |
