package info
(click to toggle)
Folder: 1.2.2+dfsg-4
![]() |
.. (parent) | |||
![]() |
d | rwxr-xr-x | 4,096 | .pc |
![]() |
d | rwxr-xr-x | 4,096 | debian |
![]() |
d | rwxr-xr-x | 137 | doc |
![]() |
d | rwxr-xr-x | 26 | genomes |
![]() |
d | rwxr-xr-x | 154 | indexes |
![]() |
d | rwxr-xr-x | 4,096 | reads |
![]() |
d | rwxr-xr-x | 4,096 | scripts |
![]() |
d | rwxr-xr-x | 20 | third_party |
![]() |
- | rw-r--r-- | 286 | .gitignore |
![]() |
- | rw-r--r-- | 894 | .travis.yml |
![]() |
- | rw-r--r-- | 670 | AUTHORS |
![]() |
- | rw-r--r-- | 8,643 | LICENSE |
![]() |
- | rw-r--r-- | 70,366 | MANUAL |
![]() |
- | rw-r--r-- | 82,257 | MANUAL.markdown |
![]() |
- | rw-r--r-- | 13,472 | Makefile |
![]() |
- | rw-r--r-- | 37,165 | NEWS |
![]() |
- | rw-r--r-- | 374 | README |
![]() |
- | rw-r--r-- | 6,375 | TUTORIAL |
![]() |
- | rw-r--r-- | 6 | VERSION |
![]() |
- | rw-r--r-- | 66,271 | aligner.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 11,180 | aligner_0mm.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 15,781 | aligner_1mm.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 24,639 | aligner_23mm.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 10,542 | aligner_metrics.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 53,702 | aligner_seed_mm.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 13,317 | alphabet.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 6,411 | alphabet.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 8,790 | assert_helpers.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 605 | auto_array.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 2,822 | binary_sa_search.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 785 | bitpack.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 12,235 | bitset.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 36,679 | blockwise_sa.h |
![]() |
- | rwxr-xr-x | 3,579 | bowtie |
![]() |
- | rwxr-xr-x | 2,807 | bowtie-build |
![]() |
- | rwxr-xr-x | 2,501 | bowtie-inspect |
![]() |
- | rw-r--r-- | 1,415 | bowtie_build_main.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 15,741 | bowtie_inspect.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 1,386 | bowtie_main.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 736 | btypes.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 13,594 | ccnt_lut.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 638 | chaincat.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 2,031 | color.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 404 | color.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 9,173 | color_dec.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 1,012 | color_dec.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 288 | cpu_numa_info.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 109 | cpu_numa_info.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 33,659 | diff_sample.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 1,942 | ebwt.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 153,998 | ebwt.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 23,654 | ebwt_build.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 125,019 | ebwt_search.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 2,040 | ebwt_search.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 103,047 | ebwt_search_backtrack.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 1,112 | ebwt_search_util.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 12,208 | ebwt_search_util.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 236 | edit.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 1,808 | edit.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 2,997 | endian_swap.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 6,940 | fast_mutex.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 13,633 | filebuf.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 992 | formats.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 8,031 | hit.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 41,173 | hit.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 1,928 | hit_set.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 9,390 | hit_set.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 54 | log.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 392 | log.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 453 | mm.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 37,473 | multikey_qsort.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 38,507 | pat.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 34,423 | pat.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 8,647 | pool.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 2,252 | processor_support.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 3,283 | qual.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 5,347 | qual.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 5,182 | random_source.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 933 | random_test.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 1,053 | range.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 15,429 | range_cache.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 7,526 | range_chaser.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 67,881 | range_source.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 1,400 | ref_aligner.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 160,818 | ref_aligner.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 8,659 | ref_read.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 7,743 | ref_read.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 23,609 | reference.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 4,665 | row_chaser.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 9,078 | sam.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 2,451 | sam.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 1,667 | search_1mm_phase1.c |
![]() |
- | rw-r--r-- | 878 | search_1mm_phase2.c |
![]() |
- | rw-r--r-- | 1,340 | search_23mm_phase1.c |
![]() |
- | rw-r--r-- | 1,138 | search_23mm_phase2.c |
![]() |
- | rw-r--r-- | 1,706 | search_23mm_phase3.c |
![]() |
- | rw-r--r-- | 746 | search_exact.c |
![]() |
- | rw-r--r-- | 490 | search_globals.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 2,311 | search_seeded_phase1.c |
![]() |
- | rw-r--r-- | 2,976 | search_seeded_phase2.c |
![]() |
- | rw-r--r-- | 4,387 | search_seeded_phase3.c |
![]() |
- | rw-r--r-- | 2,832 | search_seeded_phase4.c |
![]() |
- | rw-r--r-- | 5,397 | sequence_io.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 691 | shmem.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 4,317 | shmem.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 76,648 | sstring.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 414 | str_util.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 4,972 | threading.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 3,999 | timer.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 8,506 | tinythread.cpp |
![]() |
- | rw-r--r-- | 21,220 | tinythread.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 1,093 | tokenize.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 2,588 | word_io.h |
![]() |
- | rw-r--r-- | 1,983 | zbox.h |