package info (click to toggle)
bowtie2 2.4.4-1
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bookworm, sid
  • size: 26,996 kB
  • sloc: cpp: 60,048; perl: 7,575; sh: 1,112; python: 949; makefile: 504; ansic: 122

Folder: 2.4.4-1

show hidden (1)
d .. (parent)
d d rwxr-xr-x 30 .github
d d rwxr-xr-x 4,096 .pc
d d rwxr-xr-x 4,096 debian
d d rwxr-xr-x 126 doc
d d rwxr-xr-x 62 example
d d rwxr-xr-x 4,096 scripts
d d rwxr-xr-x 44 third_party
- - rw-r--r-- 584 .gitignore
- - rw-r--r-- 136 .gitmodules
- - rw-r--r-- 1,565 .travis.yml
- - rw-r--r-- 1,508 AUTHORS
- - rw-r--r-- 5 BOWTIE2_VERSION
- - rw-r--r-- 8,180 CMakeLists.txt
- - rw-r--r-- 35,147 LICENSE
- - rw-r--r-- 87,430 MANUAL
- - rw-r--r-- 116,657 MANUAL.markdown
- - rw-r--r-- 16,535 Makefile
- - rw-r--r-- 30,561 NEWS
- - rw-r--r-- 6,128 README.md
- - rw-r--r-- 248 TUTORIAL
- - rw-r--r-- 54,039 aligner_bt.cpp
- - rw-r--r-- 30,930 aligner_bt.h
- - rw-r--r-- 7,080 aligner_cache.cpp
- - rw-r--r-- 24,945 aligner_cache.h
- - rw-r--r-- 12,552 aligner_driver.cpp
- - rw-r--r-- 10,359 aligner_driver.h
- - rw-r--r-- 11,250 aligner_metrics.h
- - rw-r--r-- 986 aligner_report.h
- - rw-r--r-- 51,192 aligner_result.cpp
- - rw-r--r-- 53,269 aligner_result.h
- - rw-r--r-- 55,647 aligner_seed.cpp
- - rw-r--r-- 46,339 aligner_seed.h
- - rw-r--r-- 104,089 aligner_seed2.cpp
- - rw-r--r-- 71,038 aligner_seed2.h
- - rw-r--r-- 28,081 aligner_seed_policy.cpp
- - rw-r--r-- 7,618 aligner_seed_policy.h
- - rw-r--r-- 104,573 aligner_sw.cpp
- - rw-r--r-- 25,657 aligner_sw.h
- - rw-r--r-- 8,419 aligner_sw_common.h
- - rw-r--r-- 84,505 aligner_sw_driver.cpp
- - rw-r--r-- 20,517 aligner_sw_driver.h
- - rw-r--r-- 7,213 aligner_sw_nuc.h
- - rw-r--r-- 2,668 aligner_swsse.cpp
- - rw-r--r-- 15,088 aligner_swsse.h
- - rw-r--r-- 63,427 aligner_swsse_ee_i16.cpp
- - rw-r--r-- 62,600 aligner_swsse_ee_u8.cpp
- - rw-r--r-- 76,381 aligner_swsse_loc_i16.cpp
- - rw-r--r-- 75,015 aligner_swsse_loc_u8.cpp
- - rw-r--r-- 75,924 aln_sink.cpp
- - rw-r--r-- 45,948 aln_sink.h
- - rw-r--r-- 8,457 alphabet.cpp
- - rw-r--r-- 3,765 alphabet.h
- - rw-r--r-- 9,553 assert_helpers.h
- - rw-r--r-- 823 banded.cpp
- - rw-r--r-- 1,245 banded.h
- - rw-r--r-- 3,535 binary_sa_search.h
- - rw-r--r-- 1,520 bitpack.h
- - rw-r--r-- 36,360 blockwise_sa.h
- - rwxr-xr-x 26,773 bowtie2
- - rwxr-xr-x 2,677 bowtie2-build
- - rwxr-xr-x 2,586 bowtie2-inspect
- - rw-r--r-- 2,084 bowtie_build_main.cpp
- - rw-r--r-- 2,031 bowtie_main.cpp
- - rw-r--r-- 24,153 bt2_build.cpp
- - rw-r--r-- 25,288 bt2_dp.cpp
- - rw-r--r-- 8,285 bt2_idx.cpp
- - rw-r--r-- 98,268 bt2_idx.h
- - rw-r--r-- 15,367 bt2_inspect.cpp
- - rw-r--r-- 30,825 bt2_io.cpp
- - rw-r--r-- 920 bt2_locks.cpp
- - rw-r--r-- 1,586 bt2_locks.h
- - rw-r--r-- 204,354 bt2_search.cpp
- - rw-r--r-- 1,209 bt2_search.h
- - rw-r--r-- 6,437 bt2_util.cpp
- - rw-r--r-- 1,283 btypes.h
- - rw-r--r-- 14,329 ccnt_lut.cpp
- - rw-r--r-- 288 cpu_numa_info.cpp
- - rw-r--r-- 109 cpu_numa_info.h
- - rw-r--r-- 4,592 diff_sample.cpp
- - rw-r--r-- 29,776 diff_sample.h
- - rw-r--r-- 37,148 dp_framer.cpp
- - rw-r--r-- 9,457 dp_framer.h
- - rw-r--r-- 3,200 ds.cpp
- - rw-r--r-- 88,362 ds.h
- - rw-r--r-- 11,827 edit.cpp
- - rw-r--r-- 8,230 edit.h
- - rw-r--r-- 3,943 endian_swap.h
- - rw-r--r-- 6,940 fast_mutex.h
- - rw-r--r-- 18,073 filebuf.h
- - rw-r--r-- 1,211 formats.h
- - rw-r--r-- 759 group_walk.cpp
- - rw-r--r-- 37,054 group_walk.h
- - rw-r--r-- 5,174 ival_list.cpp
- - rw-r--r-- 6,701 ival_list.h
- - rw-r--r-- 1,894 limit.cpp
- - rw-r--r-- 1,307 limit.h
- - rw-r--r-- 3,641 ls.cpp
- - rw-r--r-- 11,954 ls.h
- - rw-r--r-- 1,051 mask.cpp
- - rw-r--r-- 2,170 mask.h
- - rw-r--r-- 1,271 mem_ids.h
- - rw-r--r-- 1,188 mm.h
- - rw-r--r-- 858 multikey_qsort.cpp
- - rw-r--r-- 38,735 multikey_qsort.h
- - rw-r--r-- 6,995 opts.h
- - rw-r--r-- 6,574 outq.cpp
- - rw-r--r-- 4,195 outq.h
- - rw-r--r-- 52,728 pat.cpp
- - rw-r--r-- 34,079 pat.h
- - rw-r--r-- 31,570 pe.cpp
- - rw-r--r-- 9,778 pe.h
- - rw-r--r-- 2,929 presets.cpp
- - rw-r--r-- 1,571 presets.h
- - rw-r--r-- 2,233 processor_support.h
- - rw-r--r-- 4,018 qual.cpp
- - rw-r--r-- 6,589 qual.h
- - rw-r--r-- 3,280 random_source.cpp
- - rw-r--r-- 5,464 random_source.h
- - rw-r--r-- 907 random_util.cpp
- - rw-r--r-- 5,950 random_util.h
- - rw-r--r-- 12,817 read.h
- - rw-r--r-- 5,910 read_qseq.cpp
- - rw-r--r-- 1,014 ref_coord.cpp
- - rw-r--r-- 10,048 ref_coord.h
- - rw-r--r-- 8,400 ref_read.cpp
- - rw-r--r-- 8,391 ref_read.h
- - rw-r--r-- 20,774 reference.cpp
- - rw-r--r-- 5,881 reference.h
- - rw-r--r-- 24,921 sam.cpp
- - rw-r--r-- 12,545 sam.h
- - rw-r--r-- 9,427 scoring.cpp
- - rw-r--r-- 15,476 scoring.h
- - rw-r--r-- 1,257 search_globals.h
- - rw-r--r-- 3,727 sequence_io.h
- - rw-r--r-- 1,341 shmem.cpp
- - rw-r--r-- 4,974 shmem.h
- - rw-r--r-- 2,353 simple_func.cpp
- - rw-r--r-- 3,568 simple_func.h
- - rw-r--r-- 979 sse_util.cpp
- - rw-r--r-- 14,615 sse_util.h
- - rw-r--r-- 1,023 sse_wrap.h
- - rw-r--r-- 5,461 sstring.cpp
- - rw-r--r-- 75,572 sstring.h
- - rw-r--r-- 1,484 str_util.h
- - rw-r--r-- 5,299 threading.h
- - rw-r--r-- 4,735 timer.h
- - rw-r--r-- 1,757 tokenize.h
- - rw-r--r-- 2,389 unique.cpp
- - rw-r--r-- 14,510 unique.h
- - rw-r--r-- 1,431 util.h
- - rw-r--r-- 4,659 word_io.h
- - rw-r--r-- 2,749 zbox.h
- - rw-r--r-- 3,190 zstd_decompress.cpp
- - rw-r--r-- 748 zstd_decompress.h