1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
235
236
237
238
239
240
241
242
243
244
245
246
247
248
249
250
251
252
253
254
255
256
257
258
259
260
261
262
263
264
265
266
267
268
269
270
271
272
273
274
275
276
277
278
279
280
281
282
283
284
285
286
287
288
289
290
291
292
293
294
295
296
297
298
299
300
301
302
303
304
305
306
307
308
309
310
311
312
313
314
315
316
317
318
319
320
321
322
323
324
325
326
327
328
329
330
331
332
333
334
335
336
337
338
339
340
341
342
343
344
345
346
347
348
349
350
351
352
353
354
355
356
357
358
359
360
361
362
363
364
365
366
367
368
369
370
371
372
373
374
375
376
377
378
379
380
381
382
383
384
385
386
387
388
389
390
391
392
393
394
395
396
397
398
399
400
401
402
403
404
405
406
407
408
409
410
411
412
413
414
415
416
417
418
419
420
421
422
423
424
425
426
427
428
429
430
431
432
433
434
435
436
437
438
439
440
441
442
443
444
445
446
447
448
449
450
451
452
453
454
455
456
457
458
459
460
461
462
463
464
465
466
467
468
469
470
471
472
473
474
475
476
477
478
479
480
481
482
483
484
485
486
487
488
489
490
491
492
493
494
495
496
497
498
499
500
501
502
503
504
505
506
507
508
509
510
511
512
513
514
515
516
517
518
519
520
521
522
523
524
525
526
527
528
529
530
531
532
533
534
535
536
537
538
539
540
541
542
543
544
545
546
547
548
549
550
551
552
553
554
555
556
557
558
559
560
561
562
563
564
565
566
567
568
569
570
571
572
573
574
575
576
577
578
579
580
581
582
583
584
585
586
587
588
589
590
591
592
593
594
595
596
597
598
599
600
601
602
603
604
605
606
607
608
609
610
611
612
613
614
615
616
617
618
619
620
621
622
623
624
625
626
627
628
629
630
631
632
633
634
635
636
637
638
639
640
641
642
643
644
645
646
647
648
649
650
651
652
653
654
655
656
657
658
659
660
661
662
663
664
665
666
667
668
669
670
671
672
673
674
675
676
677
678
679
680
681
682
683
684
685
686
687
688
689
690
691
692
693
694
695
696
697
698
699
700
701
702
703
704
705
706
707
708
709
710
711
712
713
714
715
716
717
718
719
720
721
722
723
724
725
726
727
728
729
730
731
732
733
734
735
736
737
738
739
740
741
742
743
744
745
746
747
748
749
750
751
752
753
754
755
756
757
758
759
760
761
762
763
764
765
766
767
768
769
770
771
772
773
774
775
776
777
778
779
780
781
782
783
784
785
786
787
788
789
790
791
792
793
794
795
796
797
798
799
800
801
802
803
804
805
806
807
808
809
810
811
812
813
814
815
816
817
818
819
820
821
822
823
824
825
826
827
828
829
830
831
832
833
834
835
836
837
838
839
840
841
842
843
844
845
846
847
848
849
850
851
852
853
854
|
char *amino_acid_order = "ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ";
short blosum30mt[]={
4,
0, 5,
-3, -2, 17,
0, 5, -3, 9,
0, 0, 1, 1, 6,
-2, -3, -3, -5, -4, 10,
0, 0, -4, -1, -2, -3, 8,
-2, -2, -5, -2, 0, -3, -3, 14,
0, -2, -2, -4, -3, 0, -1, -2, 6,
0, 0, -3, 0, 2, -1, -1, -2, -2, 4,
-1, -1, 0, -1, -1, 2, -2, -1, 2, -2, 4,
1, -2, -2, -3, -1, -2, -2, 2, 1, 2, 2, 6,
0, 4, -1, 1, -1, -1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, 8,
-1, -2, -3, -1, 1, -4, -1, 1, -3, 1, -3, -4, -3, 11,
1, -1, -2, -1, 2, -3, -2, 0, -2, 0, -2, -1, -1, 0, 8,
-1, -2, -2, -1, -1, -1, -2, -1, -3, 1, -2, 0, -2, -1, 3, 8,
1, 0, -2, 0, 0, -1, 0, -1, -1, 0, -2, -2, 0, -1, -1, -1, 4,
1, 0, -2, -1, -2, -2, -2, -2, 0, -1, 0, 0, 1, 0, 0, -3, 2, 5,
1, -2, -2, -2, -3, 1, -3, -3, 4, -2, 1, 0, -2, -4, -3, -1, -1, 1, 5,
-5, -5, -2, -4, -1, 1, 1, -5, -3, -2, -2, -3, -7, -3, -1, 0, -3, -5, -3, 20,
0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 0, -1, 0, 0, 0, -2, -1,
-4, -3, -6, -1, -2, 3, -3, 0, -1, -1, 3, -1, -4, -2, -1, 0, -2, -1, 1, 5, -1, 9,
0, 0, 0, 0, 5, -4, -2, 0, -3, 1, -1, -1, -1, 0, 4, 0, -1, -1, -3, -1, 0, -2, 4};
/*
short blosum35mt[]={
5,
-1, 5,
-2, -2, 15,
-1, 5, -3, 8,
-1, 0, -1, 2, 6,
-2, -2, -4, -3, -3, 8,
0, 0, -3, -2, -2, -3, 7,
-2, 0, -4, 0, -1, -3, -2, 12,
-1, -2, -4, -3, -3, 1, -3, -3, 5,
0, 0, -2, -1, 1, -1, -1, -2, -2, 5,
-2, -2, -2, -2, -1, 2, -3, -2, 2, -2, 5,
0, -2, -4, -3, -2, 0, -1, 1, 1, 0, 3, 6,
-1, 4, -1, 1, -1, -1, 1, 1, -1, 0, -2, -1, 7,
-2, -1, -4, -1, 0, -4, -2, -1, -1, 0, -3, -3, -2, 10,
0, 0, -3, -1, 2, -4, -2, -1, -2, 0, -2, -1, 1, 0, 7,
-1, -1, -3, -1, -1, -1, -2, -1, -3, 2, -2, 0, -1, -2, 2, 8,
1, 0, -3, -1, 0, -1, 1, -1, -2, 0, -2, -1, 0, -2, 0, -1, 4,
0, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, -2, 2, 5,
0, -2, -2, -2, -2, 1, -3, -4, 4, -2, 2, 1, -2, -3, -3, -1, -1, 1, 5,
-2, -3, -5, -3, -1, 1, -1, -4, -1, 0, 0, 1, -2, -4, -1, 0, -2, -2, -2, 16,
0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, 0, 0, 0, -1, -1, -1, 0, 0, 0, -1, -1,
-1, -2, -5, -2, -1, 3, -2, 0, 0, -1, 0, 0, -2, -3, 0, 0, -1, -2, 0, 3, -1, 8,
-1, 0, -2, 1, 5, -3, -2, -1, -3, 1, -2, -2, 0, 0, 4, 0, 0, -1, -2, -1, 0, -1, 4};
*/
short blosum40mt[]={
5,
-1, 5,
-2, -2, 16,
-1, 6, -2, 9,
-1, 1, -2, 2, 7,
-3, -3, -2, -4, -3, 9,
1, -1, -3, -2, -3, -3, 8,
-2, 0, -4, 0, 0, -2, -2, 13,
-1, -3, -4, -4, -4, 1, -4, -3, 6,
-1, 0, -3, 0, 1, -3, -2, -1, -3, 6,
-2, -3, -2, -3, -2, 2, -4, -2, 2, -2, 6,
-1, -3, -3, -3, -2, 0, -2, 1, 1, -1, 3, 7,
-1, 4, -2, 2, -1, -3, 0, 1, -2, 0, -3, -2, 8,
-2, -2, -5, -2, 0, -4, -1, -2, -2, -1, -4, -2, -2, 11,
0, 0, -4, -1, 2, -4, -2, 0, -3, 1, -2, -1, 1, -2, 8,
-2, -1, -3, -1, -1, -2, -3, 0, -3, 3, -2, -1, 0, -3, 2, 9,
1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, 0, -3, -2, 1, -1, 1, -1, 5,
0, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, 0, -1, -1, 0, 0, -1, -2, 2, 6,
0, -3, -2, -3, -3, 0, -4, -4, 4, -2, 2, 1, -3, -3, -3, -2, -1, 1, 5,
-3, -4, -6, -5, -2, 1, -2, -5, -3, -2, -1, -2, -4, -4, -1, -2, -5, -4, -3, 19,
0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -2, -1, -1, 0, 0, -1, -2, -1,
-2, -3, -4, -3, -2, 4, -3, 2, 0, -1, 0, 1, -2, -3, -1, -1, -2, -1, -1, 3, -1, 9,
-1, 2, -3, 1, 5, -4, -2, 0, -4, 1, -2, -2, 0, -1, 4, 0, 0, -1, -3, -2, -1, -2, 5};
short blosum45mt[]={
5,
-1, 4,
-1, -2, 12,
-2, 5, -3, 7,
-1, 1, -3, 2, 6,
-2, -3, -2, -4, -3, 8,
0, -1, -3, -1, -2, -3, 7,
-2, 0, -3, 0, 0, -2, -2, 10,
-1, -3, -3, -4, -3, 0, -4, -3, 5,
-1, 0, -3, 0, 1, -3, -2, -1, -3, 5,
-1, -3, -2, -3, -2, 1, -3, -2, 2, -3, 5,
-1, -2, -2, -3, -2, 0, -2, 0, 2, -1, 2, 6,
-1, 4, -2, 2, 0, -2, 0, 1, -2, 0, -3, -2, 6,
-1, -2, -4, -1, 0, -3, -2, -2, -2, -1, -3, -2, -2, 9,
-1, 0, -3, 0, 2, -4, -2, 1, -2, 1, -2, 0, 0, -1, 6,
-2, -1, -3, -1, 0, -2, -2, 0, -3, 3, -2, -1, 0, -2, 1, 7,
1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, -1, -3, -2, 1, -1, 0, -1, 4,
0, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 2, 5,
0, -3, -1, -3, -3, 0, -3, -3, 3, -2, 1, 1, -3, -3, -3, -2, -1, 0, 5,
-2, -4, -5, -4, -3, 1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -4, -3, -2, -2, -4, -3, -3, 15,
0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -2, -1,
-2, -2, -3, -2, -2, 3, -3, 2, 0, -1, 0, 0, -2, -3, -1, -1, -2, -1, -1, 3, -1, 8,
-1, 2, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, 1, -2, -1, 0, -1, 4, 0, 0, -1, -3, -2, -1, -2, 4};
/*
short blosum50mt[]={
5,
-2, 5,
-1, -3, 13,
-2, 5, -4, 8,
-1, 1, -3, 2, 6,
-3, -4, -2, -5, -3, 8,
0, -1, -3, -1, -3, -4, 8,
-2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 10,
-1, -4, -2, -4, -4, 0, -4, -4, 5,
-1, 0, -3, -1, 1, -4, -2, 0, -3, 6,
-2, -4, -2, -4, -3, 1, -4, -3, 2, -3, 5,
-1, -3, -2, -4, -2, 0, -3, -1, 2, -2, 3, 7,
-1, 4, -2, 2, 0, -4, 0, 1, -3, 0, -4, -2, 7,
-1, -2, -4, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -4, -3, -2, 10,
-1, 0, -3, 0, 2, -4, -2, 1, -3, 2, -2, 0, 0, -1, 7,
-2, -1, -4, -2, 0, -3, -3, 0, -4, 3, -3, -2, -1, -3, 1, 7,
1, 0, -1, 0, -1, -3, 0, -1, -3, 0, -3, -2, 1, -1, 0, -1, 5,
0, 0, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 2, 5,
0, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4, 4, -3, 1, 1, -3, -3, -3, -3, -2, 0, 5,
-3, -5, -5, -5, -3, 1, -3, -3, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -1, -3, -4, -3, -3, 15,
-1, -1, -2, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, 0, -1, -3, -1,
-2, -3, -3, -3, -2, 4, -3, 2, -1, -2, -1, 0, -2, -3, -1, -1, -2, -2, -1, 2, -1, 8,
-1, 2, -3, 1, 5, -4, -2, 0, -3, 1, -3, -1, 0, -1, 4, 0, 0, -1, -3, -2, -1, -2, 5};
short blosum55mt[]={
5,
-2, 5,
0, -4, 13,
-2, 5, -4, 8,
-1, 1, -4, 2, 7,
-3, -5, -3, -5, -4, 9,
0, -1, -3, -2, -3, -4, 8,
-2, 0, -4, -1, -1, -1, -2, 11,
-2, -4, -2, -4, -4, 0, -5, -4, 6,
-1, 0, -4, -1, 1, -4, -2, 0, -4, 6,
-2, -4, -2, -5, -4, 1, -5, -3, 2, -3, 6,
-1, -3, -2, -4, -3, 0, -3, -2, 2, -2, 3, 8,
-2, 4, -3, 2, 0, -4, 0, 1, -4, 0, -4, -3, 8,
-1, -2, -3, -2, -1, -5, -3, -3, -3, -1, -4, -3, -2, 10,
-1, 0, -4, 0, 2, -4, -2, 1, -4, 2, -3, 0, 0, -1, 7,
-2, -1, -4, -2, 0, -3, -3, 0, -4, 3, -3, -2, -1, -3, 1, 8,
2, 0, -1, 0, 0, -3, 0, -1, -3, 0, -3, -2, 1, -1, 0, -1, 5,
0, -1, -1, -1, -1, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 2, 6,
0, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4, 4, -3, 1, 1, -4, -3, -3, -3, -2, 0, 5,
-4, -5, -4, -5, -3, 2, -3, -3, -3, -4, -3, -2, -5, -5, -2, -3, -4, -3, -4, 15,
-1, -1, -2, -2, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -3, -1,
-2, -3, -3, -3, -2, 4, -4, 2, -1, -2, -1, -1, -2, -4, -1, -2, -2, -2, -2, 3, -1, 9,
-1, 2, -4, 1, 5, -4, -3, 0, -4, 1, -3, -2, 0, -1, 4, 0, 0, -1, -3, -3, -1, -2, 5};
short blosum62mt[]={
4,
-2, 4,
0, -3, 9,
-2, 4, -3, 6,
-1, 1, -4, 2, 5,
-2, -3, -2, -3, -3, 6,
0, -1, -3, -1, -2, -3, 6,
-2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 8,
-1, -3, -1, -3, -3, 0, -4, -3, 4,
-1, 0, -3, -1, 1, -3, -2, -1, -3, 5,
-1, -4, -1, -4, -3, 0, -4, -3, 2, -2, 4,
-1, -3, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 1, -1, 2, 5,
-2, 3, -3, 1, 0, -3, 0, 1, -3, 0, -3, -2, 6,
-1, -2, -3, -1, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -2, -2, 7,
-1, 0, -3, 0, 2, -3, -2, 0, -3, 1, -2, 0, 0, -1, 5,
-1, -1, -3, -2, 0, -3, -2, 0, -3, 2, -2, -1, 0, -2, 1, 5,
1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, 0, -2, -1, 1, -1, 0, -1, 4,
0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 1, 5,
0, -3, -1, -3, -2, -1, -3, -3, 3, -2, 1, 1, -3, -2, -2, -3, -2, 0, 4,
-3, -4, -2, -4, -3, 1, -2, -2, -3, -3, -2, -1, -4, -4, -2, -3, -3, -2, -3, 11,
0, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, 0, 0, -1, -2, -1,
-2, -3, -2, -3, -2, 3, -3, 2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -1, -2, -2, -2, -1, 2, -1, 7,
-1, 1, -3, 1, 4, -3, -2, 0, -3, 1, -3, -1, 0, -1, 3, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 4};
*/
short blosum62mt2[]={
8,
-4, 8,
0, -6, 18,
-4, 8, -6, 12,
-2, 2, -8, 4, 10,
-4, -6, -4, -6, -6, 12,
0, -2, -6, -2, -4, -6, 12,
-4, 0, -6, -2, 0, -2, -4, 16,
-2, -6, -2, -6, -6, 0, -8, -6, 8,
-2, 0, -6, -2, 2, -6, -4, -2, -6, 10,
-2, -8, -2, -8, -6, 0, -8, -6, 4, -4, 8,
-2, -6, -2, -6, -4, 0, -6, -4, 2, -2, 4, 10,
-4, 6, -6, 2, 0, -6, 0, 2, -6, 0, -6, -4, 12,
-2, -4, -6, -2, -2, -8, -4, -4, -6, -2, -6, -4, -4, 14,
-2, 0, -6, 0, 4, -6, -4, 0, -6, 2, -4, 0, 0, -2, 10,
-2, -2, -6, -4, 0, -6, -4, 0, -6, 4, -4, -2, 0, -4, 2, 10,
2, 0, -2, 0, 0, -4, 0, -2, -4, 0, -4, -2, 2, -2, 0, -2, 8,
0, -2, -2, -2, -2, -4, -4, -4, -2, -2, -2, -2, 0, -2, -2, -2, 2, 10,
0, -6, -2, -6, -4, -2, -6, -6, 6, -4, 2, 2, -6, -4, -4, -6, -4, 0, 8,
-6, -8, -4, -8, -6, 2, -4, -4, -6, -6, -4, -2, -8, -8, -4, -6, -6, -4, -6, 22,
0, -2, -4, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -4, -2, -2, 0, 0, -2, -4, -2,
-4, -6, -4, -6, -4, 6, -6, 4, -2, -4, -2, -2, -4, -6, -2, -4, -4, -4, -2, 4, -2, 14,
-2, 2, -6, 2, 8, -6, -4, 0, -6, 2, -6, -2, 0, -2, 6, 0, 0, -2, -4, -6, -2, -4, 8};
/*
short blosum65mt[]={
4,
-2, 4,
0, -3, 9,
-2, 4, -4, 6,
-1, 1, -4, 2, 5,
-2, -3, -2, -4, -3, 6,
0, -1, -3, -1, -2, -3, 6,
-2, 0, -3, -1, 0, -1, -2, 8,
-1, -3, -1, -3, -3, 0, -4, -3, 4,
-1, 0, -3, -1, 1, -3, -2, -1, -3, 5,
-2, -4, -1, -4, -3, 0, -4, -3, 2, -3, 4,
-1, -3, -2, -3, -2, 0, -3, -2, 1, -2, 2, 6,
-2, 3, -3, 1, 0, -3, -1, 1, -3, 0, -4, -2, 6,
-1, -2, -3, -2, -1, -4, -2, -2, -3, -1, -3, -3, -2, 8,
-1, 0, -3, 0, 2, -3, -2, 1, -3, 1, -2, 0, 0, -1, 6,
-1, -1, -4, -2, 0, -3, -2, 0, -3, 2, -2, -2, 0, -2, 1, 6,
1, 0, -1, 0, 0, -2, 0, -1, -2, 0, -3, -2, 1, -1, 0, -1, 4,
0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 1, 5,
0, -3, -1, -3, -3, -1, -3, -3, 3, -2, 1, 1, -3, -2, -2, -3, -2, 0, 4,
-3, -4, -2, -5, -3, 1, -3, -2, -2, -3, -2, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -3, -3, 10,
-1, -1, -2, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1,
-2, -3, -2, -3, -2, 3, -3, 2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -1, 2, -1, 7,
-1, 1, -4, 1, 4, -3, -2, 0, -3, 1, -3, -2, 0, -1, 3, 0, 0, -1, -2, -3, -1, -2, 4};
short blosum70mt[]={
4,
-2, 4,
-1, -4, 9,
-2, 4, -4, 6,
-1, 1, -4, 1, 5,
-2, -4, -2, -4, -4, 6,
0, -1, -3, -2, -2, -4, 6,
-2, -1, -4, -1, 0, -1, -2, 8,
-2, -4, -1, -4, -4, 0, -4, -4, 4,
-1, -1, -4, -1, 1, -3, -2, -1, -3, 5,
-2, -4, -2, -4, -3, 0, -4, -3, 2, -3, 4,
-1, -3, -2, -3, -2, 0, -3, -2, 1, -2, 2, 6,
-2, 3, -3, 1, 0, -3, -1, 0, -4, 0, -4, -2, 6,
-1, -2, -3, -2, -1, -4, -3, -2, -3, -1, -3, -3, -2, 8,
-1, 0, -3, -1, 2, -3, -2, 1, -3, 1, -2, 0, 0, -2, 6,
-2, -1, -4, -2, 0, -3, -3, 0, -3, 2, -3, -2, -1, -2, 1, 6,
1, 0, -1, 0, 0, -3, -1, -1, -3, 0, -3, -2, 0, -1, 0, -1, 4,
0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 1, 5,
0, -3, -1, -4, -3, -1, -4, -3, 3, -3, 1, 1, -3, -3, -2, -3, -2, 0, 4,
-3, -4, -3, -5, -4, 1, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -3, -3, 11,
-1, -1, -2, -2, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -3, -1,
-2, -3, -3, -4, -3, 3, -4, 2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -2, 2, -2, 7,
-1, 0, -4, 1, 4, -4, -2, 0, -3, 1, -3, -2, 0, -1, 3, 0, 0, -1, -3, -3, -1, -2, 4};
short blosum75mt[]={
4,
-2, 4,
-1, -4, 9,
-2, 4, -4, 6,
-1, 1, -5, 1, 5,
-3, -4, -2, -4, -4, 6,
0, -1, -3, -2, -3, -4, 6,
-2, -1, -4, -1, 0, -2, -2, 8,
-2, -4, -1, -4, -4, 0, -5, -4, 4,
-1, -1, -4, -1, 1, -4, -2, -1, -3, 5,
-2, -4, -2, -4, -4, 0, -4, -3, 1, -3, 4,
-1, -3, -2, -4, -2, 0, -3, -2, 1, -2, 2, 6,
-2, 3, -3, 1, -1, -4, -1, 0, -4, 0, -4, -3, 6,
-1, -2, -4, -2, -1, -4, -3, -2, -3, -1, -3, -3, -3, 8,
-1, 0, -3, -1, 2, -4, -2, 1, -3, 1, -3, 0, 0, -2, 6,
-2, -1, -4, -2, 0, -3, -3, 0, -3, 2, -3, -2, -1, -2, 1, 6,
1, 0, -1, -1, 0, -3, -1, -1, -3, 0, -3, -2, 0, -1, 0, -1, 5,
0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -2, -1, -1, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 1, 5,
0, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4, 3, -3, 1, 1, -3, -3, -2, -3, -2, 0, 4,
-3, -5, -3, -5, -4, 1, -3, -2, -3, -4, -2, -2, -4, -5, -2, -3, -3, -3, -3, 11,
-1, -2, -2, -2, -1, -2, -2, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -3, -1,
-2, -3, -3, -4, -3, 3, -4, 2, -2, -2, -1, -2, -3, -4, -2, -2, -2, -2, -2, 2, -2, 7,
-1, 0, -4, 1, 4, -4, -2, 0, -4, 1, -3, -2, 0, -2, 3, 0, 0, -1, -3, -3, -1, -3, 4};
*/
short blosum80mt[]={
7,
-3, 6,
-1, -6, 13,
-3, 6, -7, 10,
-2, 1, -7, 2, 8,
-4, -6, -4, -6, -6, 10,
0, -2, -6, -3, -4, -6, 9,
-3, -1, -7, -2, 0, -2, -4, 12,
-3, -6, -2, -7, -6, -1, -7, -6, 7,
-1, -1, -6, -2, 1, -5, -3, -1, -5, 8,
-3, -7, -3, -7, -6, 0, -7, -5, 2, -4, 6,
-2, -5, -3, -6, -4, 0, -5, -4, 2, -3, 3, 9,
-3, 5, -5, 2, -1, -6, -1, 1, -6, 0, -6, -4, 9,
-1, -4, -6, -3, -2, -6, -5, -4, -5, -2, -5, -4, -4, 12,
-2, -1, -5, -1, 3, -5, -4, 1, -5, 2, -4, -1, 0, -3, 9,
-3, -2, -6, -3, -1, -5, -4, 0, -5, 3, -4, -3, -1, -3, 1, 9,
2, 0, -2, -1, -1, -4, -1, -2, -4, -1, -4, -3, 1, -2, -1, -2, 7,
0, -1, -2, -2, -2, -4, -3, -3, -2, -1, -3, -1, 0, -3, -1, -2, 2, 8,
-1, -6, -2, -6, -4, -2, -6, -5, 4, -4, 1, 1, -5, -4, -4, -4, -3, 0, 7,
-5, -8, -5, -8, -6, 0, -6, -4, -5, -6, -4, -3, -7, -7, -4, -5, -6, -5, -5, 16,
-1, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -5, -2,
-4, -5, -5, -6, -5, 4, -6, 3, -3, -4, -2, -3, -4, -6, -3, -4, -3, -3, -3, 3, -3, 11,
-2, 0, -7, 1, 6, -6, -4, 0, -6, 1, -5, -3, -1, -2, 5, 0, -1, -2, -4, -5, -1, -4, 6};
/*
short blosum85mt[]={
5,
-2, 4,
-1, -4, 9,
-2, 4, -5, 7,
-1, 0, -5, 1, 6,
-3, -4, -3, -4, -4, 7,
0, -1, -4, -2, -3, -4, 6,
-2, -1, -5, -2, -1, -2, -3, 8,
-2, -5, -2, -5, -4, -1, -5, -4, 5,
-1, -1, -4, -1, 0, -4, -2, -1, -3, 6,
-2, -5, -2, -5, -4, 0, -5, -3, 1, -3, 4,
-2, -4, -2, -4, -3, -1, -4, -3, 1, -2, 2, 7,
-2, 4, -4, 1, -1, -4, -1, 0, -4, 0, -4, -3, 7,
-1, -3, -4, -2, -2, -4, -3, -3, -4, -2, -4, -3, -3, 8,
-1, -1, -4, -1, 2, -4, -3, 1, -4, 1, -3, 0, 0, -2, 6,
-2, -2, -4, -2, -1, -4, -3, 0, -4, 2, -3, -2, -1, -2, 1, 6,
1, 0, -2, -1, -1, -3, -1, -1, -3, -1, -3, -2, 0, -1, -1, -1, 5,
0, -1, -2, -2, -1, -3, -2, -2, -1, -1, -2, -1, 0, -2, -1, -2, 1, 5,
-1, -4, -1, -4, -3, -1, -4, -4, 3, -3, 0, 0, -4, -3, -3, -3, -2, 0, 5,
-3, -5, -4, -6, -4, 0, -4, -3, -3, -5, -3, -2, -5, -5, -3, -4, -4, -4, -3, 11,
-1, -2, -3, -2, -1, -2, -2, -2, -2, -1, -2, -1, -2, -2, -1, -2, -1, -1, -1, -3, -2,
-3, -4, -3, -4, -4, 3, -5, 2, -2, -3, -2, -2, -3, -4, -2, -3, -2, -2, -2, 2, -2, 7,
-1, 0, -5, 1, 4, -4, -3, 0, -4, 1, -4, -2, -1, -2, 4, 0, -1, -1, -3, -4, -1, -3, 4};
short blosum90mt[]={
5,
-2, 4,
-1, -4, 9,
-3, 4, -5, 7,
-1, 0, -6, 1, 6,
-3, -4, -3, -5, -5, 7,
0, -2, -4, -2, -3, -5, 6,
-2, -1, -5, -2, -1, -2, -3, 8,
-2, -5, -2, -5, -4, -1, -5, -4, 5,
-1, -1, -4, -1, 0, -4, -2, -1, -4, 6,
-2, -5, -2, -5, -4, 0, -5, -4, 1, -3, 5,
-2, -4, -2, -4, -3, -1, -4, -3, 1, -2, 2, 7,
-2, 4, -4, 1, -1, -4, -1, 0, -4, 0, -4, -3, 7,
-1, -3, -4, -3, -2, -4, -3, -3, -4, -2, -4, -3, -3, 8,
-1, -1, -4, -1, 2, -4, -3, 1, -4, 1, -3, 0, 0, -2, 7,
-2, -2, -5, -3, -1, -4, -3, 0, -4, 2, -3, -2, -1, -3, 1, 6,
1, 0, -2, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -3, -2, 0, -2, -1, -1, 5,
0, -1, -2, -2, -1, -3, -3, -2, -1, -1, -2, -1, 0, -2, -1, -2, 1, 6,
-1, -4, -2, -5, -3, -2, -5, -4, 3, -3, 0, 0, -4, -3, -3, -3, -2, -1, 5,
-4, -6, -4, -6, -5, 0, -4, -3, -4, -5, -3, -2, -5, -5, -3, -4, -4, -4, -3, 11,
-1, -2, -3, -2, -2, -2, -2, -2, -2, -1, -2, -1, -2, -2, -1, -2, -1, -1, -2, -3, -2,
-3, -4, -4, -4, -4, 3, -5, 1, -2, -3, -2, -2, -3, -4, -3, -3, -3, -2, -3, 2, -2, 8,
-1, 0, -5, 0, 4, -4, -3, 0, -4, 1, -4, -2, -1, -2, 4, 0, -1, -1, -3, -4, -1, -3, 4};
*/
short pam20mt[]={
6,
-5, 6,
-8,-14, 10,
-4, 6,-16, 8,
-3, 0,-16, 2, 8,
-9,-12,-15,-17,-16, 9,
-3, -4,-11, -4, -5,-10, 7,
-8, -2, -8, -5, -6, -7,-10, 9,
-6, -7, -7, -9, -6, -3,-13,-11, 9,
-8, -3,-16, -6, -5,-16, -8, -8, -7, 7,
-7,-10,-17,-15,-10, -4,-12, -7, -2, -9, 7,
-6,-12,-16,-13, -8, -5,-10,-13, -2, -3, 0, 11,
-5, 6,-13, 1, -3,-10, -4, -1, -6, -2, -8,-11, 8,
-2, -8, -9, -9, -7,-11, -7, -5,-10, -8, -8, -9, -7, 8,
-5, -4,-16, -4, 0,-15, -8, 0, -9, -4, -6, -5, -5, -4, 9,
-8, -9, -9,-12,-11,-10,-11, -3, -6, -1,-10, -5, -7, -5, -2, 9,
-1, -2, -4, -5, -5, -7, -3, -7, -8, -5, -9, -6, -1, -3, -6, -4, 7,
-1, -4, -9, -6, -7,-10, -7, -8, -3, -4, -8, -5, -3, -5, -7, -8, 0, 7,
-3, -9, -7, -9, -8, -9, -7, -7, 1,-10, -3, -2, -9, -7, -8, -9, -8, -4, 7,
-16,-11,-18,-17,-19, -6,-17, -8,-16,-14, -7,-15, -9,-16,-15, -3, -6,-15,-18, 13,
-4, -6,-11, -7, -6, -9, -6, -6, -6, -6, -7, -6, -4, -6, -6, -7, -4, -5, -6,-13, -6,
-9, -7, -5,-13, -9, 1,-16, -4, -7,-10, -8,-13, -5,-16,-14,-11, -8, -7, -8, -6, -9, 10,
-4, -1,-16, 0, 6,-16, -6, -2, -7, -5, -8, -6, -4, -5, 7, -5, -6, -7, -8,-17, -6,-11, 6};
short pam60mt[]={
5,
-2, 5,
-5, -9, 9,
-2, 5,-10, 7,
-1, 2,-10, 3, 7,
-6, -8, -9,-11,-10, 8,
0, -2, -7, -2, -2, -7, 6,
-5, 0, -6, -2, -3, -4, -6, 8,
-3, -4, -4, -5, -4, -1, -7, -6, 7,
-5, -1,-10, -2, -3,-10, -5, -4, -4, 6,
-4, -7,-11, -9, -7, -1, -8, -4, 0, -6, 6,
-3, -6,-10, -7, -5, -2, -6, -7, 1, 0, 2, 10,
-2, 5, -7, 2, 0, -6, -1, 1, -4, 0, -5, -6, 6,
0, -4, -6, -5, -3, -7, -4, -2, -6, -4, -5, -6, -4, 7,
-3, -1,-10, -1, 2, -9, -5, 2, -5, -1, -3, -2, -2, -1, 7,
-5, -5, -6, -6, -6, -7, -7, 0, -4, 2, -6, -2, -3, -2, 0, 8,
1, 0, -1, -2, -2, -5, 0, -4, -4, -2, -6, -4, 1, 0, -3, -2, 5,
1, -2, -5, -3, -4, -6, -3, -5, -1, -2, -5, -2, -1, -2, -4, -4, 1, 6,
-1, -5, -4, -6, -4, -5, -4, -5, 3, -6, -1, 0, -5, -4, -5, -5, -4, -1, 6,
-10, -8,-12,-11,-12, -3,-11, -5,-10, -8, -4, -9, -6,-10, -9, 0, -4, -9,-11, 13,
-2, -3, -6, -3, -3, -5, -3, -3, -3, -3, -4, -3, -2, -3, -3, -4, -2, -2, -3, -8, -3,
-6, -5, -2, -8, -7, 3,-10, -2, -4, -7, -5, -7, -3,-10, -8, -8, -5, -5, -5, -3, -5, 9,
-2, 1,-10, 2, 5,-10, -3, 0, -4, -2, -5, -4, -1, -2, 6, -2, -3, -4, -5,-11, -3, -7, 5};
short pam120mt[]={
3,
0, 4,
-3, -6, 9,
0, 4, -7, 5,
0, 3, -7, 3, 5,
-4, -5, -6, -7, -7, 8,
1, 0, -4, 0, -1, -5, 5,
-3, 1, -4, 0, -1, -3, -4, 7,
-1, -3, -3, -3, -3, 0, -4, -4, 6,
-2, 0, -7, -1, -1, -7, -3, -2, -3, 5,
-3, -4, -7, -5, -4, 0, -5, -3, 1, -4, 5,
-2, -4, -6, -4, -3, -1, -4, -4, 1, 0, 3, 8,
-1, 3, -5, 2, 1, -4, 0, 2, -2, 1, -4, -3, 4,
1, -2, -4, -3, -2, -5, -2, -1, -3, -2, -3, -3, -2, 6,
-1, 0, -7, 1, 2, -6, -3, 3, -3, 0, -2, -1, 0, 0, 6,
-3, -2, -4, -3, -3, -5, -4, 1, -2, 2, -4, -1, -1, -1, 1, 6,
1, 0, 0, 0, -1, -3, 1, -2, -2, -1, -4, -2, 1, 1, -2, -1, 3,
1, 0, -3, -1, -2, -4, -1, -3, 0, -1, -3, -1, 0, -1, -2, -2, 2, 4,
0, -3, -3, -3, -3, -3, -2, -3, 3, -4, 1, 1, -3, -2, -3, -3, -2, 0, 5,
-7, -6, -8, -8, -8, -1, -8, -3, -6, -5, -3, -6, -4, -7, -6, 1, -2, -6, -8, 12,
-1, -1, -4, -2, -1, -3, -2, -2, -1, -2, -2, -2, -1, -2, -1, -2, -1, -1, -1, -5, -2,
-4, -3, -1, -5, -5, 4, -6, -1, -2, -5, -2, -4, -2, -6, -5, -5, -3, -3, -3, -2, -3, 8,
-1, 2, -7, 3, 4, -6, -2, 1, -3, -1, -3, -2, 0, -1, 4, -1, -1, -2, -3, -7, -1, -5, 4};
/*
short pam160mt[]={
2,
0, 3,
-2, -4, 9,
0, 3, -5, 4,
0, 2, -5, 3, 4,
-3, -4, -5, -6, -5, 7,
1, 0, -3, 0, 0, -4, 4,
-2, 1, -3, 0, 0, -2, -3, 6,
-1, -2, -2, -3, -2, 0, -3, -3, 5,
-2, 0, -5, 0, -1, -5, -2, -1, -2, 4,
-2, -4, -6, -4, -3, 1, -4, -2, 2, -3, 5,
-1, -3, -5, -3, -2, 0, -3, -3, 2, 0, 3, 7,
0, 2, -4, 2, 1, -3, 0, 2, -2, 1, -3, -2, 3,
1, -1, -3, -2, -1, -4, -1, -1, -2, -2, -3, -2, -1, 5,
-1, 1, -5, 1, 2, -5, -2, 2, -2, 0, -2, -1, 0, 0, 5,
-2, -1, -3, -2, -2, -4, -3, 1, -2, 3, -3, -1, -1, -1, 1, 6,
1, 0, 0, 0, 0, -3, 1, -1, -2, -1, -3, -2, 1, 1, -1, -1, 2,
1, 0, -2, -1, -1, -3, -1, -2, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, 1, 3,
0, -2, -2, -3, -2, -2, -2, -2, 3, -3, 1, 1, -2, -2, -2, -3, -1, 0, 4,
-5, -5, -7, -6, -7, -1, -7, -3, -5, -4, -2, -4, -4, -5, -5, 1, -2, -5, -6, 12,
0, -1, -3, -1, -1, -3, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 0, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -4, -1,
-3, -3, 0, -4, -4, 5, -5, 0, -2, -4, -2, -3, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -3, -1, -3, 8,
0, 2, -5, 2, 3, -5, -1, 1, -2, 0, -3, -2, 1, -1, 3, 0, -1, -1, -2, -6, -1, -4, 3};
short pam250mt[]={
2,
0, 3,
-2, -4, 12,
0, 3, -5, 4,
0, 3, -5, 3, 4,
-3, -4, -4, -6, -5, 9,
1, 0, -3, 1, 0, -5, 5,
-1, 1, -3, 1, 1, -2, -2, 6,
-1, -2, -2, -2, -2, 1, -3, -2, 5,
-1, 1, -5, 0, 0, -5, -2, 0, -2, 5,
-2, -3, -6, -4, -3, 2, -4, -2, 2, -3, 6,
-1, -2, -5, -3, -2, 0, -3, -2, 2, 0, 4, 6,
0, 2, -4, 2, 1, -3, 0, 2, -2, 1, -3, -2, 2,
1, -1, -3, -1, -1, -5, 0, 0, -2, -1, -3, -2, 0, 6,
0, 1, -5, 2, 2, -5, -1, 3, -2, 1, -2, -1, 1, 0, 4,
-2, -1, -4, -1, -1, -4, -3, 2, -2, 3, -3, 0, 0, 0, 1, 6,
1, 0, 0, 0, 0, -3, 1, -1, -1, 0, -3, -2, 1, 1, -1, 0, 2,
1, 0, -2, 0, 0, -3, 0, -1, 0, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, 1, 3,
0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2, 4, -2, 2, 2, -2, -1, -2, -2, -1, 0, 4,
-6, -5, -8, -7, -7, 0, -7, -3, -5, -3, -2, -4, -4, -6, -5, 2, -2, -5, -6, 17,
0, -1, -3, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, 0, -1, -1, -1, 0, 0, -1, -4, -1,
-3, -3, 0, -4, -4, 7, -5, 0, -1, -4, -1, -2, -2, -5, -4, -4, -3, -3, -2, 0, -2, 10,
0, 2, -5, 3, 3, -5, 0, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, 3, 0, 0, -1, -2, -6, -1, -4, 3};
*/
short pam350mt[]={
2,
1, 3,
-2, -5, 18,
1, 3, -6, 4,
1, 3, -6, 4, 4,
-4, -5, -5, -6, -6, 13,
2, 1, -4, 1, 1, -6, 5,
-1, 1, -4, 1, 1, -2, -2, 7,
0, -2, -3, -2, -2, 2, -2, -2, 5,
-1, 1, -6, 1, 0, -6, -1, 1, -2, 5,
-2, -4, -7, -4, -4, 3, -4, -2, 4, -3, 8,
-1, -2, -6, -3, -2, 1, -3, -2, 3, 0, 5, 6,
0, 2, -4, 2, 2, -4, 1, 2, -2, 1, -3, -2, 2,
1, 0, -3, 0, 0, -5, 0, 0, -2, -1, -3, -2, 0, 6,
0, 2, -6, 2, 3, -5, -1, 3, -2, 1, -2, -1, 1, 1, 4,
-1, 0, -4, -1, 0, -5, -2, 2, -2, 4, -3, 0, 1, 0, 2, 7,
1, 1, 0, 1, 0, -4, 1, -1, -1, 0, -3, -2, 1, 1, 0, 0, 1,
1, 0, -2, 0, 0, -3, 1, -1, 0, 0, -2, -1, 1, 1, 0, -1, 1, 2,
0, -2, -2, -2, -2, -1, -1, -2, 4, -2, 3, 2, -2, -1, -2, -3, -1, 0, 5,
-7, -6,-10, -8, -8, 1, -8, -3, -6, -4, -2, -5, -5, -7, -5, 4, -3, -6, -7, 27,
0, 0, -3, -1, 0, -2, -1, 0, 0, -1, -1, 0, 0, 0, 0, -1, 0, 0, 0, -5, -1,
-4, -4, 1, -5, -5, 11, -6, 0, 0, -5, 0, -2, -3, -6, -5, -5, -3, -3, -2, 1, -2, 14,
0, 2, -6, 3, 3, -6, 0, 2, -2, 1, -3, -2, 2, 0, 3, 1, 0, 0, -2, -7, 0, -5, 3};
/*
short md_40mt[]={
9,
0, 0,
-7, 0, 16,
-6, 0,-13, 11,
-5, 0,-15, 3, 11,
-11, 0, -5,-15,-16, 13,
-3, 0, -7, -4, -4,-15, 10,
-9, 0, -6, -4, -8, -7,-10, 14,
-6, 0,-11,-12,-12, -5,-13,-11, 11,
-8, 0,-12, -8, -3,-16, -9, -6,-11, 11,
-9, 0,-10,-14,-13, -1,-14, -7, -1,-12, 9,
-6, 0, -9,-12,-11, -7,-12, -9, 1, -7, 1, 14,
-6, 0, -8, 1, -5,-12, -5, 0, -8, -1,-12, -9, 12,
-2, 0,-11,-11,-11,-11, -9, -4,-11,-10, -5,-10, -9, 12,
-7, 0,-12, -6, 0,-14, -9, 2,-12, -1, -6, -8, -5, -3, 12,
-7, 0, -5,-10, -8,-15, -4, 0,-10, 3, -9, -8, -6, -6, 0, 11,
0, 0, -2, -6, -8, -6, -2, -6, -8, -7, -7, -8, 1, -1, -7, -5, 9,
1, 0, -7, -8, -8,-11, -7, -7, -2, -5, -9, -2, -2, -4, -7, -6, 1, 10,
-1, 0, -7, -9, -8, -6, -8,-12, 4,-12, -2, 0,-10, -9,-11,-11, -7, -4, 10,
-14, 0, -4,-15,-15, -7, -7,-13,-13,-13, -8,-11,-14,-14,-11, -4, -9,-12,-10, 18,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
-13, 0, -2, -8,-14, 2,-13, 2, -9,-13, -9,-11, -6,-13, -9,-10, -7,-10,-11, -6, 0, 14,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0};
short md_120mt[]={
6,
0, 0,
-3, 0, 14,
-2, 0, -7, 8,
-2, 0, -8, 5, 8,
-6, 0, -2, -9,-10, 11,
0, 0, -3, 0, -1, -9, 8,
-4, 0, -2, -1, -3, -2, -4, 11,
-1, 0, -5, -7, -7, -1, -6, -6, 7,
-4, 0, -6, -2, 0, -9, -4, -1, -6, 8,
-4, 0, -5, -8, -8, 2, -8, -4, 2, -6, 7,
-2, 0, -5, -7, -6, -2, -6, -5, 3, -4, 3, 10,
-1, 0, -3, 3, -1, -6, -1, 2, -4, 1, -6, -5, 8,
0, 0, -5, -5, -5, -5, -4, -1, -5, -4, -2, -5, -3, 9,
-3, 0, -6, -1, 2, -7, -4, 4, -6, 2, -3, -4, -1, 0, 9,
-3, 0, -2, -4, -3, -8, -1, 2, -6, 4, -5, -4, -2, -2, 2, 8,
2, 0, 0, -2, -3, -3, 0, -2, -3, -3, -3, -3, 2, 1, -3, -2, 5,
2, 0, -3, -3, -4, -6, -2, -3, 0, -2, -4, 0, 1, 0, -3, -3, 2, 6,
1, 0, -3, -5, -5, -2, -4, -6, 5, -6, 1, 2, -5, -4, -6, -6, -3, 0, 7,
-8, 0, 0, -9, -9, -3, -3, -6, -7, -6, -4, -6, -8, -8, -6, -1, -5, -7, -6, 17,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
-7, 0, 2, -4, -7, 5, -8, 4, -5, -7, -4, -6, -2, -7, -4, -5, -3, -6, -6, -2, 0, 12,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0};
short md_250mt[]={
2,
0, 0,
-1, 0, 11,
-1, 0, -3, 5,
-1, 0, -4, 4, 5,
-3, 0, 0, -5, -5, 8,
1, 0, -1, 1, 1, -5, 5,
-2, 0, 0, 0, 0, 0, -2, 6,
0, 0, -2, -3, -3, 0, -3, -3, 4,
-1, 0, -3, 0, 1, -5, -1, 1, -3, 5,
-1, 0, -2, -4, -4, 2, -4, -2, 2, -3, 5,
0, 0, -2, -3, -3, 0, -3, -2, 3, -2, 3, 6,
0, 0, -1, 2, 1, -3, 0, 1, -2, 1, -3, -2, 3,
1, 0, -2, -2, -2, -2, -1, 0, -2, -1, 0, -2, -1, 6,
-1, 0, -3, 0, 2, -4, -1, 3, -3, 2, -2, -2, 0, 0, 5,
-1, 0, -1, -1, 0, -4, 0, 2, -3, 4, -3, -2, 0, -1, 2, 5,
1, 0, 1, 0, -1, -2, 1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 1, -1, -1, 2,
2, 0, -1, -1, -1, -2, 0, -1, 1, -1, -1, 0, 1, 1, -1, -1, 1, 2,
1, 0, -2, -3, -2, 0, -2, -3, 4, -3, 2, 2, -2, -1, -3, -3, -1, 0, 4,
-4, 0, 1, -5, -5, -1, -1, -3, -4, -3, -2, -3, -4, -4, -3, 0, -3, -4, -3, 15,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
-3, 0, 2, -2, -4, 5, -4, 4, -2, -3, -1, -3, -1, -3, -2, -2, -1, -3, -3, 0, 0, 9,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0};
short md_350mt[]={
1,
0, 0,
0, 0, 9,
0, 0, -2, 3,
0, 0, -2, 3, 3,
-2, 0, 1, -3, -4, 6,
1, 0, 0, 1, 1, -3, 4,
-1, 0, 0, 0, 0, 0, -1, 3,
0, 0, -1, -2, -2, 1, -2, -2, 3,
-1, 0, -1, 0, 1, -3, 0, 1, -2, 3,
-1, 0, -1, -3, -3, 2, -2, -1, 2, -2, 3,
0, 0, -1, -2, -2, 1, -2, -1, 2, -2, 2, 3,
0, 0, -1, 1, 1, -2, 0, 1, -1, 1, -2, -1, 2,
1, 0, -1, -1, -1, -2, -1, 0, -1, -1, 0, -1, 0, 4,
-1, 0, -2, 1, 1, -2, 0, 2, -2, 2, -1, -1, 0, 0, 3,
-1, 0, 0, 0, 0, -3, 0, 1, -2, 3, -2, -1, 0, 0, 2, 3,
1, 0, 0, 0, 0, -1, 1, 0, -1, 0, -1, -1, 1, 1, 0, 0, 1,
1, 0, 0, 0, -1, -1, 0, -1, 0, 0, -1, 0, 0, 1, -1, 0, 1, 1,
0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, 2, -2, 1, 2, -1, -1, -2, -2, 0, 0, 2,
-3, 0, 1, -4, -3, 0, -1, -2, -3, -2, -1, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -3, -2, 14,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
-2, 0, 2, -2, -2, 5, -3, 3, -1, -2, 0, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -2, -2, 0, 0, 7,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0};
*/
short idmat[]={
10,
0, 10,
0, 0, 10,
0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,10};
short gon40mt[]={
92,
0, 0,
-31, 0, 163,
-56, 0,-135, 111,
-37, 0,-140, 16, 105,
-92, 0, -64,-152,-143, 126,
-32, 0, -91, -51, -76,-152, 105,
-65, 0, -67, -41, -40, -50, -81, 145,
-76, 0, -87,-150,-106, -39,-158, -94, 104,
-54, 0,-132, -47, -13,-127, -79, -34, -86, 103,
-68, 0, -85,-155,-108, -13,-141, -85, 5, -85, 89,
-45, 0, -63,-130, -80, -16,-114, -60, 10, -57, 16, 140,
-62, 0, -83, 6, -38,-104, -40, -7, -99, -20,-112, -91, 115,
-37, 0,-137, -69, -60,-128, -87, -71,-108, -62, -83,-119, -78, 124,
-43, 0,-113, -32, 10,-100, -71, 0, -91, 2, -60, -35, -25, -46, 118,
-61, 0, -86, -77, -50,-130, -69, -31,-103, 19, -84, -81, -47, -73, -6, 112,
0, 0, -35, -36, -41,-111, -37, -48, -95, -43, -95, -64, -11, -35, -35, -51, 99,
-25, 0, -59, -47, -52, -90, -85, -46, -51, -34, -78, -44, -27, -42, -39, -52, 13, 100,
-22, 0, -43,-133, -74, -58,-122, -98, 28, -82, -18, -22,-103, -86, -79, -88, -74, -25, 97,
-120, 0, -68,-171,-131, -6,-108, -70, -93,-127, -71, -72,-119,-149, -87, -63, -98,-120,-115, 181,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
-95, 0, -56, -98,-107, 31,-129, 5, -76, -88, -64, -66, -62,-106, -81, -75, -69, -87, -73, 1, 0, 135,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0};
short gon80mt[]={
75,
0, 0,
-10, 0, 154,
-31, 0, -93, 96,
-17, 0, -94, 31, 88,
-64, 0, -39,-111,-102, 114,
-11, 0, -61, -26, -47,-115, 97,
-39, 0, -43, -17, -17, -26, -53, 127,
-43, 0, -54,-106, -73, -15,-114, -64, 86,
-30, 0, -88, -21, 4, -89, -50, -12, -59, 85,
-43, 0, -55,-109, -75, 7,-104, -57, 22, -58, 77,
-26, 0, -39, -88, -53, 3, -83, -38, 25, -37, 31, 117,
-34, 0, -55, 21, -13, -75, -18, 9, -71, -2, -79, -62, 97,
-16, 0, -93, -42, -35, -93, -58, -45, -75, -37, -58, -78, -48, 114,
-22, 0, -76, -9, 23, -70, -44, 14, -60, 17, -39, -19, -6, -24, 95,
-36, 0, -60, -44, -23, -90, -43, -10, -71, 33, -58, -53, -22, -45, 11, 97,
14, 0, -15, -14, -19, -77, -16, -25, -62, -20, -64, -41, 5, -14, -15, -27, 78,
-5, 0, -34, -24, -27, -62, -52, -24, -28, -15, -49, -25, -7, -20, -18, -27, 25, 81,
-6, 0, -21, -89, -51, -31, -86, -65, 41, -54, 3, 1, -69, -57, -51, -60, -43, -9, 80,
-87, 0, -43,-124, -98, 16, -81, -43, -63, -89, -44, -45, -86,-112, -62, -41, -72, -87, -80, 173,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
-65, 0, -32, -69, -74, 49, -94, 21, -47, -60, -35, -37, -39, -76, -53, -50, -46, -58, -47, 23, 0, 123,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0};
short gon120mt[]={
59,
0, 0,
-1, 0, 144,
-18, 0, -69, 82,
-9, 0, -68, 35, 72,
-48, 0, -26, -87, -78, 102,
-3, 0, -45, -14, -31, -92, 90,
-26, 0, -31, -7, -6, -14, -37, 110,
-27, 0, -36, -80, -55, -3, -87, -48, 72,
-19, 0, -64, -8, 11, -67, -34, -2, -44, 69,
-30, 0, -39, -82, -57, 15, -82, -42, 28, -44, 66,
-17, 0, -26, -64, -40, 11, -65, -28, 29, -27, 34, 95,
-20, 0, -41, 26, -1, -58, -7, 14, -55, 5, -61, -46, 80,
-6, 0, -68, -28, -22, -72, -41, -31, -56, -24, -44, -56, -32, 105,
-12, 0, -56, 1, 25, -53, -30, 17, -43, 20, -30, -14, 1, -14, 74,
-23, 0, -45, -27, -10, -68, -30, -1, -53, 36, -44, -38, -10, -30, 16, 83,
16, 0, -7, -5, -9, -58, -6, -14, -44, -10, -47, -29, 10, -5, -7, -15, 60,
2, 0, -21, -13, -15, -47, -35, -14, -17, -6, -34, -16, 0, -10, -9, -16, 26, 64,
0, 0, -11, -65, -38, -17, -65, -47, 42, -39, 13, 10, -50, -42, -36, -44, -28, -3, 65,
-68, 0, -29, -96, -78, 27, -66, -28, -46, -68, -29, -31, -68, -89, -49, -30, -57, -67, -59, 166,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
-48, 0, -20, -53, -56, 55, -74, 26, -31, -44, -20, -22, -28, -59, -38, -37, -35, -42, -33, 33, 0, 111,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0};
short gon160mt[]={
46,
0, 0,
3, 0, 135,
-11, 0, -53, 70,
-4, 0, -52, 34, 59,
-38, 0, -18, -70, -62, 91,
2, 0, -34, -7, -21, -76, 82,
-18, 0, -23, -1, -1, -7, -27, 93,
-18, 0, -25, -62, -43, 3, -70, -37, 59,
-12, 0, -48, -1, 13, -53, -24, 2, -35, 55,
-22, 0, -29, -65, -45, 19, -67, -32, 30, -34, 57,
-12, 0, -19, -50, -31, 14, -52, -21, 29, -21, 34, 76,
-12, 0, -31, 26, 5, -47, -2, 15, -44, 8, -48, -36, 65,
-1, 0, -52, -19, -14, -58, -30, -22, -43, -16, -35, -42, -22, 96,
-7, 0, -42, 6, 23, -41, -21, 17, -32, 20, -24, -12, 5, -8, 56,
-16, 0, -35, -16, -3, -53, -21, 3, -41, 35, -35, -29, -4, -21, 17, 71,
16, 0, -2, 0, -3, -45, -1, -8, -33, -4, -36, -23, 11, 0, -2, -9, 44,
5, 0, -14, -6, -8, -36, -24, -8, -12, -2, -24, -11, 3, -4, -4, -9, 23, 50,
1, 0, -6, -49, -30, -8, -52, -35, 40, -30, 17, 14, -38, -32, -27, -34, -20, 0, 53,
-55, 0, -21, -78, -64, 32, -55, -19, -34, -54, -20, -22, -55, -74, -40, -24, -47, -54, -45, 158,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
-37, 0, -13, -42, -44, 56, -60, 27, -20, -35, -11, -13, -22, -48, -29, -29, -28, -32, -24, 38, 0, 100,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0};
short gon250mt[]={
24,
0, 0,
5, 0, 115,
-3, 0, -32, 47,
0, 0, -30, 27, 36,
-23, 0, -8, -45, -39, 70,
5, 0, -20, 1, -8, -52, 66,
-8, 0, -13, 4, 4, -1, -14, 60,
-8, 0, -11, -38, -27, 10, -45, -22, 40,
-4, 0, -28, 5, 12, -33, -11, 6, -21, 32,
-12, 0, -15, -40, -28, 20, -44, -19, 28, -21, 40,
-7, 0, -9, -30, -20, 16, -35, -13, 25, -14, 28, 43,
-3, 0, -18, 22, 9, -31, 4, 12, -28, 8, -30, -22, 38,
3, 0, -31, -7, -5, -38, -16, -11, -26, -6, -23, -24, -9, 76,
-2, 0, -24, 9, 17, -26, -10, 12, -19, 15, -16, -10, 7, -2, 27,
-6, 0, -22, -3, 4, -32, -10, 6, -24, 27, -22, -17, 3, -9, 15, 47,
11, 0, 1, 5, 2, -28, 4, -2, -18, 1, -21, -14, 9, 4, 2, -2, 22,
6, 0, -5, 0, -1, -22, -11, -3, -6, 1, -13, -6, 5, 1, 0, -2, 15, 25,
1, 0, 0, -29, -19, 1, -33, -20, 31, -17, 18, 16, -22, -18, -15, -20, -10, 0, 34,
-36, 0, -10, -52, -43, 36, -40, -8, -18, -35, -7, -10, -36, -50, -27, -16, -33, -35, -26, 142,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
-22, 0, -5, -28, -27, 51, -40, 22, -7, -21, 0, -2, -14, -31, -17, -18, -19, -19, -11, 41, 0, 78,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0};
short gon300mt[]={
16,
0, 0,
5, 0, 104,
-1, 0, -24, 37,
1, 0, -23, 23, 27,
-18, 0, -5, -37, -31, 60,
5, 0, -15, 3, -4, -42, 58,
-6, 0, -10, 5, 4, 0, -10, 45,
-6, 0, -7, -30, -21, 11, -36, -16, 33,
-2, 0, -21, 6, 11, -26, -7, 5, -17, 24,
-9, 0, -10, -32, -22, 19, -36, -14, 25, -17, 33,
-5, 0, -6, -24, -16, 15, -28, -10, 22, -11, 24, 31,
-1, 0, -14, 18, 9, -25, 5, 10, -22, 8, -24, -17, 27,
3, 0, -23, -4, -2, -30, -11, -8, -20, -3, -18, -19, -6, 66,
-1, 0, -18, 9, 14, -20, -6, 9, -15, 13, -13, -8, 7, -1, 18,
-4, 0, -17, 0, 5, -25, -6, 6, -19, 22, -18, -13, 4, -6, 13, 37,
8, 0, 1, 5, 3, -22, 4, -1, -14, 2, -17, -11, 7, 4, 2, 0, 15,
5, 0, -3, 1, 1, -17, -7, -1, -4, 2, -9, -5, 4, 2, 1, -1, 11, 17,
0, 0, 1, -23, -15, 4, -26, -15, 26, -13, 17, 15, -17, -14, -12, -15, -8, 0, 26,
-29, 0, -7, -42, -36, 36, -34, -5, -13, -28, -4, -6, -30, -41, -23, -14, -27, -28, -19, 132,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
-17, 0, -3, -22, -22, 46, -33, 18, -3, -17, 3, 1, -12, -25, -14, -14, -15, -15, -7, 40, 0, 67,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0};
short gon350mt[]={
10,
0, 0,
4, 0, 93,
0, 0, -19, 29,
1, 0, -17, 19, 20,
-14, 0, -3, -30, -25, 51,
5, 0, -12, 4, -2, -35, 51,
-4, 0, -8, 5, 4, 1, -7, 33,
-4, 0, -5, -24, -17, 11, -29, -13, 27,
-1, 0, -16, 6, 9, -21, -4, 5, -13, 18,
-7, 0, -7, -25, -18, 18, -30, -11, 22, -14, 28,
-4, 0, -4, -19, -13, 14, -23, -8, 19, -9, 21, 23,
0, 0, -11, 15, 9, -20, 5, 8, -18, 7, -19, -14, 20,
3, 0, -18, -2, 0, -25, -7, -5, -16, -2, -15, -14, -3, 56,
0, 0, -14, 8, 11, -16, -4, 7, -11, 10, -11, -7, 6, 0, 12,
-2, 0, -13, 2, 6, -20, -4, 6, -15, 18, -14, -11, 4, -4, 10, 28,
6, 0, 1, 5, 3, -18, 5, 0, -11, 2, -13, -9, 6, 4, 2, 1, 10,
4, 0, -2, 2, 1, -13, -5, -1, -3, 2, -7, -4, 4, 2, 1, 0, 8, 11,
0, 0, 2, -18, -12, 5, -21, -11, 22, -10, 16, 14, -13, -11, -9, -12, -6, 0, 21,
-24, 0, -4, -35, -29, 35, -30, -3, -9, -23, -1, -3, -24, -34, -19, -12, -22, -23, -14, 124,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
-14, 0, -1, -18, -17, 42, -27, 15, -1, -14, 5, 2, -10, -20, -11, -12, -12, -12, -4, 39, 0, 57,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0};
char *nucleic_acid_order = "ABCDGHKMNRSTUVWXY";
short clustalvdnamt[]={
10,
0, 0,
0, 0, 10,
0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 10,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,
0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0};
short swgapdnamt[]={
10,
-9, 10,
-9, 10, 10,
10, 10, -9, 10,
-9, 10, -9, 10, 10,
10, 10, 10, 10, -9, 10,
-9, 10, -9, 10, 10, 10, 10,
10, 10, 10, 10, -9, 10, -9, 10,
10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10,
10, 10, -9, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10,
-9, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10,
-9, 10, -9, 10, -9, 10, 10, -9, 10, -9, -9, 10,
-9, 10, -9, 10, -9, 10, 10, -9, 10, -9, -9, 10, 10,
10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, -9, -9, 10,
10, 10, -9, 10, -9, 10, 10, 10, 10, 10, -9, 10, 10, 10, 10,
10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10,
-9, 10, 10, 10, -9, 10, 10, 10, 10, -9, 10, 10, 10, 10, 10, 10, 10};
|
