1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
|
#!/bin/bash
. ../MasterTest.sh
# Clean
CleanFiles mol2.in L01.mol2 tz2.mol2 test.mol2 test1.mol2 test2.mol2
TESTNAME='Mol2 tests'
Requires notparallel
INPUT="-i mol2.in"
cat > mol2.in <<EOF
noprogress
parm charged.mol2
trajin charged.mol2
trajout L01.mol2 mol2 title MOL
parm ../tz2.parm7
trajin ../tz2.rst7 parm tz2.parm7
trajout tz2.mol2 mol2 parm tz2.parm7
EOF
RunCpptraj "Mol2 Parm/Traj Read/Write Test."
DoTest L01.mol2.1.save L01.mol2
DoTest tz2.mol2.1.save tz2.mol2
cat > mol2.in <<EOF
parm ../tz2.pdb
trajin ../tz2.pdb
trajout test.mol2 mol2
EOF
RunCpptraj "PDB => Mol2"
DoTest test.mol2.save test.mol2
cat > mol2.in <<EOF
parm ../tz2.parm7
trajin ../tz2.rst7
trajout test1.mol2
EOF
RunCpptraj "Amber Top/Rst => Mol2"
DoTest test1.mol2.save test1.mol2
# SYBYL atom type conversion requires data in AMBERHOME
UNITNAME='Amber Top/Rst => Mol2, SYBYL atom types'
CheckFor amberorcpptraj
if [ $? -eq 0 ] ; then
cat > mol2.in <<EOF
parm ../tz2.parm7
trajin ../tz2.rst7
trajout test2.mol2 sybyltype
EOF
RunCpptraj "Amber Top/Rst => Mol2, SYBYL atom types"
DoTest test2.mol2.save test2.mol2
fi
EndTest
exit 0
|
