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# Copyright © 2010-2013 -- IRB/INSERM #
# (Institut de Recherches en Biothérapie / #
# Institut National de la Santé et de la Recherche #
# Médicale) #
# LIFL/INRIA #
# (Laboratoire d'Informatique Fondamentale de #
# Lille / Institut National de Recherche en #
# Informatique et Automatique) #
# LIRMM/CNRS #
# (Laboratoire d'Informatique, de Robotique et de #
# Microélectronique de Montpellier / #
# Centre National de la Recherche Scientifique) #
# LITIS #
# (Laboratoire d'Informatique, du Traitement de #
# l'Information et des Systèmes). #
# #
# #
# Auteurs/Authors: Nicolas PHILIPPE <nicolas.philippe@lirmm.fr> #
# Mikaël SALSON <mikael.salson@lifl.fr> #
# Thérèse COMMES <commes@univ-montp2.fr> #
# Éric RIVALS <eric.rivals@lirmm.fr> #
# #
# Programmeurs #
# /Progammers: Nicolas PHILIPPE <nicolas.philippe@lirmm.fr> #
# Mikaël SALSON <mikael.salson@lifl.fr> #
# with additional contribution for the packaging of: #
# Alban MANCHERON <alban.mancheron@lirmm.fr> #
# #
# Contact: CRAC list <crac-bugs@lists.gforge.inria.fr> #
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# #
# Ce fichier fait partie du programme CRAC. #
# #
# Crac est un outil d'analyse de données de RNA-Seq provenant des NGS. #
# #
# Ce logiciel est régi par la licence CeCILL soumise au droit français et #
# respectant les principes de diffusion des logiciels libres. Vous pouvez #
# utiliser, modifier et/ou redistribuer ce programme sous les conditions de #
# la licence CeCILL telle que diffusée par le CEA, le CNRS et l'INRIA sur #
# le site "http://www.cecill.info". #
# #
# En contrepartie de l'accessibilité au code source et des droits de copie, #
# de modification et de redistribution accordés par cette licence, il n'est #
# offert aux utilisateurs qu'une garantie limitée. Pour les mêmes raisons, #
# seule une responsabilité restreinte pèse sur l'auteur du programme, le #
# titulaire des droits patrimoniaux et les concédants successifs. #
# #
# À cet égard l'attention de l'utilisateur est attirée sur les risques #
# associés au chargement, à l'utilisation, à la modification et/ou au #
# développement et à la reproduction du logiciel par l'utilisateur étant #
# donné sa spécificité de logiciel libre, qui peut le rendre complexe à #
# manipuler et qui le réserve donc à des développeurs et des professionnels #
# avertis possédant des connaissances informatiques approfondies. Les #
# utilisateurs sont donc invités à charger et tester l'adéquation du #
# logiciel à leurs besoins dans des conditions permettant d'assurer la #
# sécurité de leurs systêmes et ou de leurs données et, plus généralement, #
# à l'utiliser et l'exploiter dans les mêmes conditions de sécurité. #
# #
# Le fait que vous puissiez accéder à cet en-tête signifie que vous avez #
# pris connaissance de la licence CeCILL, et que vous en avez accepté les #
# termes. #
# #
# ------------------------------------------------------------------------- #
# #
# This File is part of the CRAC program. #
# #
# Crac is a tool to analyse RNA-Seq data provided by NGS. #
# #
# This software is governed by the CeCILL license under French law and #
# abiding by the rules of distribution of free software. You can use, #
# modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL #
# license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL #
# "http://www.cecill.info". #
# #
# As a counterpart to the access to the source code and rights to copy, #
# modify and redistribute granted by the license, users are provided only #
# with a limited warranty and the software's author, the holder of the #
# economic rights, and the successive licensors have only limited #
# liability. #
# #
# In this respect, the user's attention is drawn to the risks associated #
# with loading, using, modifying and/or developing or reproducing the #
# software by the user in light of its specific status of free software, #
# that may mean that it is complicated to manipulate, and that also #
# therefore means that it is reserved for developers and experienced #
# professionals having in-depth computer knowledge. Users are therefore #
# encouraged to load and test the software's suitability as regards their #
# requirements in conditions enabling the security of their systems and/or #
# data to be ensured and, more generally, to use and operate it in the same #
# conditions as regards security. #
# #
# The fact that you are presently reading this means that you have had #
# knowledge of the CeCILL license and that you accept its terms. #
# #
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# SUBDIRS=causes cigar
TESTS = $(script_tests)
EXTRA_DIST = $(script_tests) should-get.sh $(should_get_files) $(fasta_files) $(fastq_files) valgrind.supp
SH_LOG_COMPILER = $(SHELL)
script_tests = index_genomes.sh launch_sg.sh test_index.sh
# Add dep on tests
launch_sg.sh: index_genomes.sh.log
test_index.sh: index_genomes.sh.log
should_get_files = $(shell find . -name "*.should_get")
fasta_files = $(shell find . -name "*.fasta" -o -name "*.fa")
fastq_files = $(shell find . -name "*.fastq" -o -name "*.fq")
SUBDIRS = causes bug cigar splices_adjust
MOSTLYCLEANFILES = *~
CLEANFILES = *~ *.tap *.gcda *.gcno *.valgrind
DISTCLEANFILES = *~
MAINTAINERCLEANFILES = *~
.PHONY: launch_sg.sh test_index.sh
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