package info (click to toggle)
freebayes 1.2.0-2
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bullseye, buster, sid
  • size: 5,628 kB
  • sloc: cpp: 121,209; ansic: 3,925; sh: 911; python: 455; asm: 271; makefile: 213; perl: 27

Folder: src

d .. (parent)
- - rw-r--r-- 21 .gitignore
- - rw-r--r-- 47,648 Allele.cpp
- - rw-r--r-- 15,614 Allele.h
- - rw-r--r-- 188,038 AlleleParser.cpp
- - rw-r--r-- 13,040 AlleleParser.h
- - rw-r--r-- 12,660 BGZF.cpp
- - rw-r--r-- 11,154 BGZF.h
- - rw-r--r-- 2,496 BedReader.cpp
- - rw-r--r-- 1,887 BedReader.h
- - rw-r--r-- 1,290 Bias.cpp
- - rw-r--r-- 426 Bias.h
- - rw-r--r-- 2,808 CNV.cpp
- - rw-r--r-- 858 CNV.h
- - rw-r--r-- 1,997 Contamination.cpp
- - rw-r--r-- 1,066 Contamination.h
- - rw-r--r-- 13,130 DataLikelihood.cpp
- - rw-r--r-- 1,727 DataLikelihood.h
- - rw-r--r-- 1,948 Dirichlet.cpp
- - rw-r--r-- 569 Dirichlet.h
- - rw-r--r-- 1,735 Ewens.cpp
- - rw-r--r-- 901 Ewens.h
- - rw-r--r-- 12,888 Fasta.cpp
- - rw-r--r-- 2,608 Fasta.h
- - rw-r--r-- 68,866 Genotype.cpp
- - rw-r--r-- 15,177 Genotype.h
- - rw-r--r-- 7,598 GenotypePriors.cpp
- - rw-r--r-- 1,857 GenotypePriors.h
- - rw-r--r-- 1,213 IndelAllele.cpp
- - rw-r--r-- 1,049 IndelAllele.h
- - rw-r--r-- 481 LargeFileSupport.h
- - rw-r--r-- 17,271 LeftAlign.cpp
- - rw-r--r-- 3,557 LeftAlign.h
- - rw-r--r-- 557 Logging.h
- - rw-r--r-- 7,711 Makefile
- - rw-r--r-- 9,001 Makefile.bamtools
- - rw-r--r-- 8,605 Marginals.cpp
- - rw-r--r-- 825 Marginals.h
- - rw-r--r-- 1,970 Multinomial.cpp
- - rw-r--r-- 448 Multinomial.h
- - rw-r--r-- 3,627 NonCall.cpp
- - rw-r--r-- 1,036 NonCall.h
- - rw-r--r-- 48,124 Parameters.cpp
- - rw-r--r-- 5,003 Parameters.h
- - rw-r--r-- 357 Product.h
- - rw-r--r-- 168 Result.cpp
- - rw-r--r-- 379 Result.h
- - rw-r--r-- 33,277 ResultData.cpp
- - rw-r--r-- 2,149 ResultData.h
- - rw-r--r-- 15,986 Sample.cpp
- - rw-r--r-- 4,113 Sample.h
- - rw-r--r-- 433 SegfaultHandler.cpp
- - rw-r--r-- 200 SegfaultHandler.h
- - rw-r--r-- 264 Sum.h
- - rw-r--r-- 398 TryCatch.h
- - rw-r--r-- 2,409,725 Utility.cpp
- - rw-r--r-- 4,876 Utility.h
- - rw-r--r-- 78 Version.h
- - rw-r--r-- 2,635 alleles.cpp
- - rw-r--r-- 3,368 bamfiltertech.cpp
- - rw-r--r-- 6,284 bamleftalign.cpp
- - rw-r--r-- 470 convert.h
- - rw-r--r-- 833 dummy.cpp
- - rw-r--r-- 13,864 fastlz.c
- - rw-r--r-- 3,566 fastlz.h
- - rw-r--r-- 30,061 freebayes.cpp
- - rw-r--r-- 626 join.h
- - rw-r--r-- 1,908 levenshtein.cpp
- - rw-r--r-- 2,163 multichoose.h
- - rw-r--r-- 4,587 multipermute.h
- - rw-r--r-- 956 split.cpp
- - rw-r--r-- 781 split.h
- - rw-r--r-- 171 version_release.txt