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#!/bin/sh
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# #
# Script ksh pour lancer un calcul Gamess en batch #
# Auteur: A-R Allouche allouche@lasim.univ-lyon1.fr #
# LASIM, Villeurbanne #
# Ecriture : Janvier 2006 #
# #
###################################################################
queue=$1 ; [ 0 = $# ] || shift
underqueue=$1 ; [ 0 = $# ] || shift
filename=$1 ; [ 0 = $# ] || shift
if [ -z "$filename" ] || [ -z "$queue" ]
then
clear
echo " "
echo "==========================================="
echo " submitGamess "
echo " Pour toutes questions contacter : "
echo " A.R. Allouche allouche@lasim.univ-lyon1.fr"
echo "==========================================="
echo "vous devez fournir le nom de la queue et le nom de la sous-queue :"
echo " Queue Duree Sous-Queue Nproc max"
echo " ========= ===== ========== ========="
echo " v20zlin 12h v20zlin4 4"
echo " v20zlin8 8"
echo " v20zlin16 16"
echo " v20zlin32 32"
echo " v20zlin64 64"
echo " v20zlinL 24h v20zlin16 16"
echo " v20zlin32 32"
echo " v20zlinS 48h v20zlin4 4"
echo " v20zlin8 8"
echo " v40zlin 24h v40zlin4 4"
echo " v40zlin8 8"
echo " v40zlin16 16"
echo " v40zlin32 32"
echo " v40zlinL 48h v40zlin8 8"
echo " v40zlinS 96h v40zlin4 4"
echo " test8proc 5mn v20ztest8 8"
echo " test4proc 10mn v40ztest4 4"
echo " - le nom du fichier(y compris l'extension .com)"
echo "-------------------------------------------"
echo "Exemple:"
echo " submitGamess v20zlin v20zlin4 h2.inp "
echo " fichier de donnees : h2.inp"
echo " Queue,Sous-Queue : v20zlin (12h00)+v20zlin4(4 proc)"
echo "==========================================="
echo " "
exit 1
fi
fileinp=$filename
filename=${fileinp%.inp}
nproc=`echo $underqueue | awk '{split($0,a,"lin"); print a[2]}'`
d="x$nproc"
l="x"
if ( test $l == $d )
then
nproc=`echo $underqueue | awk '{split($0,a,"test"); print a[2]}'`
fi
d="x$nproc"
l="x"
if ( test $l == $d )
then
echo "Sorry, $underqueue n'est pas une sous queue de $queue "
exit
fi
base1=`echo $queue | awk '{split($0,a,"lin"); print a[1]}'`
base2=`echo $underqueue | awk '{split($0,a,"lin"); print a[1]}'`
if ( test $base1 != $base2 )
then
base1=`echo $queue | awk '{split($0,a,"proc"); print a[1]}'`
base2=`echo $underqueue | awk '{split($0,a,"z"); print a[2]}'`
if ( test $base1 != $base2 )
then
echo "Sorry, $underqueue n'est pas une sous queue de $queue "
exit
fi
fi
DEFAULTDIR=`pwd`
if test ! -s "$fileinp"
then
echo " "
echo "============================================"
echo "le fichier $fileinp est introuvable(ou vide)"
echo "============================================"
echo " "
exit 2
fi
endof=EOF
cat > $filename.sh <<EOF
#!/bin/sh
cd $DEFAULTDIR
rm $HOME/scr/$filename.*
/home/allouche/gamess/rungms $filename 04 $nproc >& $filename.log
EOF
/usr/local/sge/bin/lx24-amd64/qsub -o $DEFAULTDIR -e $DEFAULTDIR -q $queue -pe $underqueue $nproc $filename.sh
echo " "
echo "==================================================================="
echo " "
echo "Un fichier $filename.sh a ete cree pour lancer le calcul"
echo "Ne pas effacer ce fichier avant la fin du calcul"
echo " "
echo "-------------------------------------------------------------------"
echo " "
echo "pour avoir des informations sur vos job taper : qstat "
echo " "
echo "pour detruire un job taper : qdel JobID"
echo " JobID est le Job-Id fourni par qstat"
echo " "
echo "==================================================================="
echo " "
|
