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#!/bin/ksh
###################################################################
# #
# Script ksh pour lancer un calcul Gaussian 98 en batch #
# Auteur: A-R Allouche allouche@lasim.univ-lyon1.fr #
# LASIM, Villeurbanne #
# Ecriture : Janvier 2003 #
# #
###################################################################
nproc=$1 ; [ 0 = $# ] || shift
jobtime=$1 ; [ 0 = $# ] || shift
filename=$1 ; [ 0 = $# ] || shift
if [ -z "$filename" ] || [ -z "$nproc" ] || [ -z "$jobtime" ]
then
clear
echo " "
echo "==========================================="
echo " submitg98 "
echo " Pour toutes questions contacter : "
echo " A.R. Allouche allouche@lasim.univ-lyon1.fr"
echo "==========================================="
echo "vous devez fournir :"
echo " - le nombre de microprocesseurs"
echo " - le temps de calcul( hh:mm:ss)"
echo " - le nom du fichier(y compris l'extension .com)"
echo "-------------------------------------------"
echo "Exemple:"
echo " submitg98 4 2:00:00 h2.com "
echo " fichier de donnees : h2.com"
echo " Nombre de microprocesseurs : 4"
echo " Temps de calcul(maximum) : 2 heurs"
echo "==========================================="
echo " "
exit 1
fi
filecom=$filename
filename=${filecom%.com}
if test ! -s "$filecom"
then
echo " "
echo "============================================"
echo "le fichier $filecom est introuvable(ou vide)"
echo "============================================"
echo " "
exit 2
fi
gscr=/tmpp/$NAME
notifi="# @ notification=never"
notifyuser="#"
endof=EOF
cat > $filename.cmd <<EOF
#!/bin/ksh
#--------------------------------------------------------------------
# fichier script genere par batg98
#--------------------------------------------------------------------
#
# @ step_name = step_$filename
#
# @ SET=$filename
#
# @ restart=no
#
# @ output=\$(SET).output
# @ error=\$(SET).error
#
# @ initialdir = `pwd`
$notifyuser
# @ total_tasks = $nproc
# @ wall_clock_limit = $jobtime
#
# @ job_type = parallel
# @ node = 1
$notifi
# @ environment = COPY_ALL; SET=\$(SET);LL_JOB=true;cluster=\$(cluster);OMP_NUM_THREADS=\$(total_tasks);GAUSS_SCRDIR=$gscr/$RANDOM;
# @ queue
PREFIX=g98
util=\`whoami\`
#-------------------------------------------------------------
# operations a realiser avant l'execution de GAUSSIAN
#-------------------------------------------------------------
if test ! -d $gscr
then
mkdir $gscr
fi
# creation du scratch dir s'il n'existe pas
if test -d "\$GAUSS_SCRDIR"
then
echo "le repertoire de travail \$GAUSS_SCRDIR existe deja"
EXISTE=1
else
echo "le repertoire de travail \$GAUSS_SCRDIR n'existe pas : creation"
mkdir \$GAUSS_SCRDIR
EXISTE=0
fi
#-------------------------------------------------------------
# demarrage de GAUSSIAN PARALLELE
#-------------------------------------------------------------
echo "demarrage de GAUSSIAN PARALLELE"
export g98root=/usr/oem
. \$g98root/g98/bsd/g98.profile
cat > \$PREFIX.\$SET.com <<$endof
%Nproc=\$OMP_NUM_THREADS
$endof
cat \$SET.com >> \$PREFIX.\$SET.com
timex \$g98root/g98/bsd/g98l < \$PREFIX.\$SET.com 2>&1 > \$SET.log
#
#-------------------------------------------------------------
# operations a realiser apres l'execution de GAUSSIAN
#-------------------------------------------------------------
# destruction du scratch dir s'il a ete cree durant le run
if (( EXISTE==0))
then
echo "destruction du repertoire \$GAUSS_SCRDIR cree"
rm -r \$GAUSS_SCRDIR
fi
EOF
llsubmit $filename.cmd
echo " "
echo "==================================================================="
echo " "
echo "Un fichier $filename.cmd a ete cree pour lancer le calcul"
echo "Ne pas effacer ce fichier avant la fin du calcul"
echo " "
echo "-------------------------------------------------------------------"
echo " "
echo "pour avoir des informations sur vos job taper : llq -u $NAME"
echo " "
echo "pour detruire un job taper : llcancel host.cluster.proc"
echo " host.cluster.proc est fourni par llq"
echo " "
echo "pour avoir plus d'informations taper : llq -x -l -u $NAME"
echo " "
echo "-------------------------------------------------------------------"
echo " "
echo "Si vous avez des problemes de memoire, coder dans toto.com"
echo "%Mem=160000000 ce qui correspobd a 1G de memoire"
echo "#MaxDisk=500MB pour qu'il utilise de preference la memoire"
echo " "
echo "==================================================================="
echo " "
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