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#!/bin/ksh
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# #
# Script ksh pour lancer un calcul MPQC en batch #
# Auteur: A-R Allouche allouche@lasim.univ-lyon1.fr #
# LASIM, Villeurbanne #
# Ecriture : September 2004 #
# #
###################################################################
jobtime=$1 ; [ 0 = $# ] || shift
numnodes=$1 ; [ 0 = $# ] || shift
filename=$1 ; [ 0 = $# ] || shift
if [ -z "$filename" ] || [ -z "$numnodes" ] || [ -z "$jobtime" ]
then
clear
echo " "
echo "==========================================="
echo " submitMPQC "
echo " Pour toutes questions contacter : "
echo " A.R. Allouche allouche@lasim.univ-lyon1.fr"
echo "==========================================="
echo "vous devez fournir :"
echo " - le temps de calcul( hh:mm:ss)"
echo " - le nombre de processeurs( entier pair entre 2 et 16)"
echo " - le nom du fichier(y compris l'extension .com)"
echo "-------------------------------------------"
echo "Exemple:"
echo " submitMPQC 2:00:00 2 h2.com "
echo " fichier de donnees : h2.com"
echo " nombre de processeurs : 2"
echo " Temps de calcul(maximum) : 2 heurs"
echo "==========================================="
echo " "
exit 1
fi
filecom=$filename
filename=${filecom%.com}
DEFAULTDIR=`pwd`
TEMPDIR=/tmp
mpqcrun=/data/logiciels/MPQC/bin/mpqc
mpirunvar=/usr/local/lam-mpi/bin/mpirun
lamhostfile=/data/logiciels/MPI/lamhostfile
nameUser=$LOGNAME
lamconfile=$DEFAULTDIR/.ip.$filename.conf
if test ! -s "$filecom"
then
echo " "
echo "============================================"
echo "le fichier $filecom est introuvable(ou vide)"
echo "============================================"
echo " "
exit 2
fi
endof=EOF
cat > $filename.pbs <<EOF
#!/bin/sh
#PBS -j oe
#PBS -N $filename
#PBS -l walltime=$jobtime
#PBS -o $filename.pbsout
#PBS -l nodes=`echo $numnodes | awk '{print $1/2}'`:ppn=2
#!/bin/bash
nodes=\`cat \$PBS_NODEFILE\`
nnodes=\`wc \$PBS_NODEFILE | awk '{print \$1}'\`
touch $lamconfile
for i in \$nodes
do
echo "\$i cpu=1" >> $lamconfile
lastNode=\$i
done
cat $lamconfile
source .bashrc
rsh \$lastNode 'cd $TEMPDIR; mkdir $nameUser; cd $nameUser; lamboot $lamconfile; $mpirunvar -np $numnodes $mpqcrun -messagegrp "<MPIMessageGrp>:()" "$DEFAULTDIR/$filecom" > "$DEFAULTDIR/$filename.out"; lamhalt ; rm $lamconfile'
EOF
qsub $filename.pbs
echo " "
echo "==================================================================="
echo " "
echo "Un fichier $filename.pbs a ete cree pour lancer le calcul"
echo "Ne pas effacer ce fichier avant la fin du calcul"
echo " "
echo "-------------------------------------------------------------------"
echo " "
echo "pour avoir des informations sur vos job taper : qstat "
echo " "
echo "pour detruire un job taper : qdel num.master0"
echo " num.master0 est l'id du Job, Id fourni par qstat"
echo " "
echo "==================================================================="
echo " "
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