File: rana.nex

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#NEXUS 

[this dataset is from:
Hillis and Wilcox. 2005. Phylogeny of the New World true frogs (Rana). Mol Phylogenet Evol. 34(2):299-314. 	
]

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chiricahuensisJSF1092     GCCGTAAACAATTAACTTACATCCATCAGCGCCAGGGAACTACGAGCAATGCTTAAAACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCACCCAACTAGAGGAGCCTGTTCTTTAATCGATGATCCCCGCTACACCTGACCATTTCTTGCTCATCAGTCTGTATACCTCCGTCGAAAGCTTACCATGTGAACGTCC-TCAGTAGGCTCAATGATATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAACTTAAGAAATGGGAAGTAATTGGCTACAATTTCTAATCTAGAACAAACGAAAGGCTATGTGAAATCATAGCAGCGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTTAACCCGGCTCTGGGATGCGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCGATAGTA-AATAATTCTGTCCTTAACCT-AATAT-AACGTCTT-AGAAGAAGCAAGTCGAAACATGGTAAGTGTATGGGAAAATGCACTTGGAAAA-TAACAAAATGTAGCTTAACAAAAGCCCTTCGCTTACACCGAAGAAATATCTGTTAAAATCTGATCATTTTGAGCCTCAAATCTAGCCTTCAAAACTCACATGAACCTCCTTCCAAA-CAAAACATTCTCCTATTATAGTACAGGCGATAGAAAAA-TTTTTAAGCGCTTTAGATAAAGTACCGCAAGGGAAAGATGAAATAGAACTGAAACAACCTTAAAGCCCTAGACAGCAGAGATTCCCCCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAGCTAGTCTACCC-AAGCAAAATGAAACTTTT-AGTTAGTCCCCCCGAAACTAAGCGAGCTACTTCAAAACAGCCCCATGGGGCTAACCCTTCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAAGTGAAAAGCCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAGAGTTTTAGCTCTACCTTAAGCTTCTTT-ATGACATCT-AACAAACCC-TAAAGCCTAAGAGCTATTCAAATAAGGCACAGCTTATTTGAAACAGGACACAACCTATTATACTGGGT-AAATTGCCAGTAAATAAAA-TAAAGTTGGCCTAAAAGCAGCCATCTT-AAAAAAGCGTTAAAGCTTAGTTTTATCT-ACTTATAA-TTTCTTAAATTTTAACCAACCCTTTAC-CCCTACTGAATTATTTTATA-CCTCTATAAAAGTAATAATGCTAGAACTAGTAACAAGAAACTGCTTA-TCTCCTAAATGCAAGCATAAACCAGAATAGACACTCTGCTGGTAATTAACGTAAATGTCATTTCTGTAGCAACACAA--------TAGAAAACCCTACATCACTC-CACGTTAACCTTACACTAGAGCATTTCAGGAAAGATTAAAAGAGAAAGAAGGAACTCGGCAAACCTCAGCCTCGCCTGTTTACCAAAAACATCGCCTCTTGACAAAATATAAGAGGTCCAGCCTGCCCAGTGACTAAGTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTTTAATTGGGGACTCGTATCAACGGCATCACGAAGGCTGCACTGTCTCCTTTCTCCAATCAGTGAAACTGATCTCCCCGTGAAGAAGCGGGGATAAAATTATAAGACGAGAAGACCCCATGGAGCTTCAAACTCATCATACAACTCT-GTTCTCC-ACACCCCC-TAATTC-AAGAAATA-TGTATGTTAATTTTGGGTTGGGGGGACCTCGGAGTATAACTTAACCTCCGAAACAAATAGGTTAACACCTTTATCCATGAGAAACACCTCTAAGAATTACTAAACTAATGCTT-TTGATCCGATAA--TCGATCAATGAACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCAAGAGTTCATATCGACAAGTGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCGGGGTATCCTAGTGGTGCAACCGCTACTAATG-GTTCGTTTGTTCAACG
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spectabilisJAC8622        GCCGTAAACAATTAATTTACATCTATCAGCGCCAGGGGACTACGAGCAATGCTTAAAACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCACCCAGCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATGATCCCCGCTATACCCCACCATTTTTAGCTTATCAGTCTGTATACCTCCGTCGAAAACTTACCATGTGAACGCCCTTCAGTAGGTTCAATGATATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTAAGAAATGGAAAGCAATTGGCTACAATTTCTAATTTAGAACAAACGAAAGGCTATGTGAAATCATAACCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTTAACCCGGCTCTGGGACGTGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCGATAGTC-CATGATACTGTCCCTAACAA-ATTAT-TACGTTTT-AGAAGAAGCAAGTCGAAACACGGTAAGTGTACTGGAAAGTGCACTTGGAATA-TAACAAAATGTAGCTTAATAAAAGCCCTTCGCTTACACCGAAGAAACGTCTGTTTGAATCAGATCATTTTGAGCCCCAAATTTAGCCTTCAAAATTCGCATGAACCCTTCTCCAAA-CAAAACATTTTCTTACTCTATTACAGGTGATCAAAAAA-TTTCTAAGCGCTTCAGACAAAGTACCGCAAGGGAAAGATGAAATAGAATTGAAATAACCTTAAAGCCTTAAACAGCAGAGATACTACCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAGTTAGTTTACCC-AAGCAAAATGAAACTTTT-AGTTAGCCTCCCCGAAACTAAGCGAGCTACTTCAAAACAGCCCTATGGGGCCAACCCTTCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAAGTGAAAAGCCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTATTCAGGAAAAGAGTTTTAGCTCTACCTTAAGCTTCTTC-ATGAAACTC-AACAAACCC-CAAAGCTTAAGAGCTATTCAAATAAGGCACAGCTTATTTGAAACAGGACACAACCTAAGATACTGGGT-AAATAACA-GTAATTAAAA-TTAAGTTGGCCTAAGAGCAGCCATCTTTAAAAAAGCGTTAAAGCTTAGTTTTATAC-ACTAGTAA-TTTCTAAAATTTTAATTAACCCTTTAC-CCCTACTGAATTATTTTATA-TCTTTATAAAAGTAATAATGCTAGAACTAGTAACAAGAAACTGCCTGTTCTCCTAAATGCAAGCATAAACCAAAATAGACACCCTATTGGTAATTAACGTTAATGTAACAGCTGTAGCAACATAA--------TAGAAAACCCTACAACCTCC-AACGTTAACCTTACACTAGAGCATTCCAGGAAAGATTAAAAAAGAAAGAAGGAACTCGGCAAACTTCAGCCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCGCCTCTTGAAAAATTATAAGAGGTCCAGCCTGCCCAGTGACTAAGTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTTTAAATGAGGACTTGTATCAACGGCACCAC?AGGACTGCACTGTCTCCTTTCTTCAATCAGTGAAACTGATCTCCCCGTGAAGAAGCGGGGATTAGACTATAAGACGAGAAGACCCCATGGAGCTTCAAACTCATTATACAACTCT-GTTCCCC-ATACCCCT-TGATAT-AAGAGACA-TGTATAATAGCTTTGGGTTGGGGGGACCTCGGAGTACAACTTAACCTCCTAAGCAAATAGGTTAACACCTTTATCCATGAGAAACACCTCTAAGAATTATCAAATTAATGTCT-TTGACCCGATAA--TCGATCAATGAACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCAAGAGTTCCTATCGACAAGTGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGGTATCCCAGTGGTGCAACCGCTACTAACG-GTTCGTTTGTTCAACG
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tlalociJSF1083            GCCGTAAACAATTAATTTACACCTATCAGCGCCAGGGAACTACGAGCAATGCTTAAAACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCACCCAGCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATGATCCCCGCTACACCCGACCATTTTTAGCTAATCAGTCTGTATACCTCCGTCGAAAGCTTACCATGTGAACGCTCTTCAGTAGGCTCAATGATATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTAAGAAATGGGAAGCTATTGGCTACAATTTCTAACTTAGAACAAACGAAAGGCTATGTGAAATCATAACCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATATAGTGTTCTTTTTAACCCGGCTCTGGGACGTGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCGATAGTT-CCTAATACTGTCCCTAACCC-ATTAT-TACATTTT-AGAAGAAGCAAGTCGAAACACGGTAAGTGTACTGGAAAGTGCACTTGGAAAA-TAACAAAATGTAGCTTAATAAAAGCCCTTCGCTTACACCGAAGAAATATCCGTTGAAATCAGATCATTTTGAGCCCTAAATCTAGCCTTCAAAATTCGCATGAACCTCTCCCCAAA-CAAAACATTTTCTTATCCTAGTACAGGCGATCGAAAAA-TTTCTAAGCGCTTCAGATAAAGTACCGCAAGGGAAAGATGAAATAGAATTGAAATAACCTTAAAGCCTTAAACAGCAGAGATATTACCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAGTTAGTCTACCC-AAGCAAAATGAAACTTTT-AGTTAGTCCCCCCGAAACTAAGCGAGCTACTTCAAAACAGCCTTAT-GGGCCAACCCTTCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAAGTGAAAAGCCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTACTCAGGAAAAGAGTTTTAGCTCTACCTTAAGCTTCATT-ATGAAACCC-AACAAACCT-TAAAGCTTAAGAGCTATTCAAATAAGGCACAGCTTATTTGAAATAGGATACAACCTAGAATACTGGGT-TAATAGTA-GCAATTAAAA-TTAAGTTGGCCTAAGAGCAGTCACCTTTAAAAAAGCGTTAAAGCTTGATTTCAACC-GCTAATAA-TTTCTAAAATTTTTAATAACCCTTTAT-CCCTACTGAGTCATTTTATA-AATGTATAAAAGTGATAATGCTAGAACTAGTAACAAGAAACTGCTCATTCTCCTAAATGCAAGCATAAACCAAAATAGACACCCTATTGGTAATTAACGTAAATGTAACAGCTATAGTAACACAA--------TAGAAAACCCTATAACCTCT-AACGTTAACCTTACACTAGAGCATTTCAGGAAAGATTTAAAAAGAAAGAAGGAACTCGGCAAACTTCAGCCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCGCCTCTTGAAAAATTATAAGAGGTCCAGCCTGCCCAGTGACTAAGTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTTTAAATGGGGACTTGTATCAACGGCACCACGAAGGCTGCACTGTCTCCTTTCTTCAATCAGTGAAACTGATCTCCCCGTGAAGAAGCGGGGATTAAACTATAAGACGAGAAGACCCCATGGAGCTTCAAACTCACCATACAACCCT-GTTCTCC-ACATCCTTATAACAT-AAGAAACA-TGTATGATAGTTTTGGGTTGGGGGGACCTCGGAGTATAACTTAACCTCCTAAGCAAACAGGTTAACACCTTTATCCATGAGAAACACCTCTAAGAATTATTAAATTAATGTAT-TTGACCCGATAA--TCGATCAATGAACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCAAGAGTTCCTATCGACAAGTGGGTTTACGACCTCCATGTTGGATCAGGGTATCCTAGTGGTGCAACCGCTACTAACG-GTTCGTTTGTTCAACG
berlandieriJSF1136        GCCGTAAACAATTAATTTACACCTATCAGCGCCAGGGAACTACGAGCAATGCTTAAAACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCACCCAGCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATGATCCCCGCTACACCCGACCATTTTTAGCTAATCAGTCTGTATACCTCCGTCGAAAGCTTACCATGTGAACGCTCTTCAGTAGGCTCAATGATATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTAAGAAATGGGAAGCTATTGGCTACAATTTCTAACTTAGAACAAACGAAAGGCTATGTGAAATCATAACCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTTAACCCGGCTCTGGGACGTGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCGATAGTT-CCTAATACTGTCCCTAACCC-ATTAT-TACATTTT-AGAAGAAGCAAGTCGAAACACGGTAAGTGTACTGGAAAGTGCACTTGGAAAA-TAACAAAATGTAGCTTAATAAAAGCCCTTCGCTTACACCGAAGAAATATCCGTTGAAATCAGATCATTTTGAGCCCTAAATCTAGCCTTCAAAATTCGCATGAACCTCTCCCCAAA-CAAAACATTTTCTTATCCTAGTACAGGCGATCGAAAAA-TTTCTAAGCGCTTCAGATAAAGTACCGCAAGGGAAAGATGAAATAGAATTGAAATAACCTTAAAGCCTTAAACAGCAGAGATATTACCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAGTTAGTCTACCC-AAGCAAAATGAAACTTTT-AGTTAGTCCCCCCGAAACTAAGCGAGCTACTTCAAAACAGCCTTAT-GGGCCAACCCTTCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAAGTGAAAAGCCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTACTCAGGAAAAGAGTTTTAGCTCTACCTTAAGCTTCATT-?TGAAACCC-AACAAACCT-TAAAGCTTAAGAGCTATTCAAATAAGGCACAGCTTATTTGAAATAGGATACAACCTAGAATACTGGGT-AAATAGTA-GCAATTAAAA-TTAAGTTGGCCTAAGAGCAGTC?CCTTTAAAAAAGCGTTAAAGCTTGATTTCAACT-GCTAATAA-TTTCTAAAATTTTTAATAACCCTTTAT-CCCTAATGAGTCATTTTATA-AATGTATAAAAGCGATAATGCTAGAATTAGTAACAAGAAACTGCTCATTTTCTTAAATGCAAGCATAAACCAAAATAGACACCCTATTGGTAATTAACGTAAATGTAACAGCTATAGTAACACAA--------TAGAAAACCCTATAACCTCT-AACGTTAACCTTACATTAGAGCATTTCAGGAAAGATTAAAAAAGAAAGAAGGAACTCGGCAAACTTCAGCCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCGCCTCTTGAAAAATTATAAGAGGTCCAGCCTGCCCAGTGACTAAGTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTTTAAATGGGGACTTGTATCAACGGCACCACGAGGGCTGCACTGTCTCCTTTCTTCAATCAGTGAAACTGATCTCCCCGTGAAGAAGCGGGGATTAAACTATAAGACGAGAAGACCCCATGGAGCTTCAAACTCATCATACAACCCT-GTTCTCC-ACATCCTCATAACAT-AAGAGATA-TGTATGATAGTTTTGGGTTGGGGGGACCTCGGAGTATAACTTAACCTCCTAAGCAAACAGGTTAACACCTTTATCCATGAGAAACACCTCTAAGAATTATTAAATTAATGTAT-TTGACCCGATAA--TCGATCAATGAACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCAAGAGTTCCTATCGACAAGTGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGGTATCCTAATGGTGCAACCGCTACTAACG-GTTCGTTTGTTCAACG
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sphenocephalaUSC7448      GCCGTAAACAATTAATTTACACCTATCAGCGCCAGGGAACTACGAGCAATGCTTAAAACCCAAAGGATTTGACGGTGTCCCACCCAGCTAGAGGAGCCTGTTCTATAATCGATGATCCCCGCTACACCCGACCATTTTTAGCTCATCAGTCTGTATACCTCCGTCGAAAGCTTACCATGTGAACGCCCTTCAGTAGGCTCAATGATATCAACACGTCAGGTCAAGGTGCAGCTTAAGAAATGGGAAGCAATTGGCTACAATTTCTAATCTAGAACAAACGAAAGGCTATGTGAAATCATAACCATGAAGGTGGATTTAGTAGTAAAAAGAAAATAGAGTGTTCTTTTTAACCCGGCTCTGGGACGTGTACACACCGCCCGTCACCCTCTTCGATAGTT-CATAATACTGTTCCTAACCC-ATTGT-TACATTTT-AGAAGAGGCAAGTCGAAACACGGTAAGTGTACTGGAAAGTGCACTTGGAAAAATAACAAAATGTAGCTTAATAAAAGCCCTTCGCTTACACCGAAGAAATATCTGTTTGAATCAGGTCATTTTGAGCCCTAAATCTAGCCTTCAAAATTCGCATGAACCCCATCCCAAA-CAAAACATTTTCTCATTCTAGTACAGGCGATCGAAAAA-TTTCTAAGCGCTTCAGATAAAGTACCGCAAGGGAAAGATGAAATAGAATTGAAATAACCTTAAAGCCTTAAACAGCAGAGATTCTACCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTAGTTAGTCTACCC-AAGCAAAATGAAACTTTT-AGTTAGTCCCCCCGAAACTAAGCGAGCTACTTCAAAACAGCCCAATGGGGCCAACCCTTCTCTGTTGCAAAAGAGTGGGAAGATTTTCAAGTAGAAGTGAAAAGCCTACCGAGCTTAGAGATAGCTGGTTACTCAGGAAAAGAGTTTTAGCTCTACCTTAAGCTTATTT-ATGAAACCC-AACAAACCC-TAAAGCTTAAGAGCTATTCAAATAAGGCACAGCTTATTTGAAATAGGATACAACCTAAAATACTGGGT-AAATAGCA-GTAACTAAAA-TTAAGTTGGCCTAAGAGCAGCCATCTTTTAAAAAGCGTTAAAGCTTAATTTTACCT-ACTGACAA-TTCCTAAAATTTTAATCAACCCTTTAT-TACTACTGAGTTACTTTATA-CCCCTATAAAAGTGATAATGCTAGAACTAGTAACAAGAAACTGCCCATTCTCCTAAATGCAAGTATAAGCCAAAATAGACTCCCTGTTGGTAATTAACGTAAATGTAACAGCTATAGCAACATAA--------TAGAAAACCCTATAACCTCC-AACGTTAATCTTACACCAGAGCATTTCAGGAAAGATTAAAAAAGAAAGAAGGAACTCGGCAAACTTCAGCCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCGCCTCTTGAAAAATTATAAGAGGTCCAGCCTGCCCAGTGACTAAGTTCAACGGCCGCGGTACCCTAACCGTGCGAAGGTAGCATAATCACTTGTTCTTTAAATGGGGACTTGTATCAACGGCACCACGAGGGCTGCACTGTCTCCTTTCTTCAATCAGTGAAACTGATCTCCCCGTGAAGAAGCGGGGATTCATATATAAGACGAGAAGACCCCATGGAGCTTCAAACTCATTATACAACTCC-ATTCTCT-ACACCCTCCTAACAT-AAGAGTCA-TGTATAATGGTCTTGGGTTGGGGGGACCTCGGAGTATAACATAACCTCCTAAGCAAACAGGTTAACACCTTTATCCACGAGGAACACCTCTAAGAATTATTAAATTAATGCAC-CTGATCCGATAA--TCGATCAATGAACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCTACTTCAAGAGTTCCTATCGACAAGTGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCAGGGTATCCCAGTGGTGCAACCGCTACTAATG-GTTCGTTTGTTCAACG
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