1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
|
// Copyright 2017 Global Phasing Ltd.
// Microbenchmark of gemmi::Residue::has_standard_pdb_name().
// Requires the google/benchmark library. It can be built manually:
// c++ -Wall -O2 -I../include -I$GB/include resinfo.cpp $GB/src/libbenchmark.a -pthread
#include "gemmi/resinfo.hpp"
#include "gemmi/seqtools.hpp" // for calculate_sequence_weight
#include <benchmark/benchmark.h>
#include <stdlib.h> // for rand
static const std::string residue_names[10] =
{ "GLY", "ASN", "ASN", "HOH", "LEU", "DC", "G", "GLU", "ALA", "SER" };
static void find_tabulated_residue_x10(benchmark::State& state) {
std::string names[10];
for (int i = 0; i != 10; ++i)
names[i] = rand() % 1000 == 0 ? "GLN" : residue_names[i];
for (auto _ : state) {
int nh = 0;
for (int i = 0; i != 10; ++i)
nh += gemmi::find_tabulated_residue(names[i]).hydrogen_count;
benchmark::DoNotOptimize(nh);
}
}
static void sequence_weight(benchmark::State& state) {
// example sequence from 1MRU
std::vector<std::string> seq{
"MET", "THR", "THR", "PRO", "SER", "HIS", "LEU", "SER", "ASP", "ARG",
"TYR", "GLU", "LEU", "GLY", "GLU", "ILE", "LEU", "GLY", "PHE", "GLY",
"GLY", "MET", "SER", "GLU", "VAL", "HIS", "LEU", "ALA", "ARG", "ASP",
"LEU", "ARG", "LEU", "HIS", "ARG", "ASP", "VAL", "ALA", "VAL", "LYS",
"VAL", "LEU", "ARG", "ALA", "ASP", "LEU", "ALA", "ARG", "ASP", "PRO",
"SER", "PHE", "TYR", "LEU", "ARG", "PHE", "ARG", "ARG", "GLU", "ALA",
"GLN", "ASN", "ALA", "ALA", "ALA", "LEU", "ASN", "HIS", "PRO", "ALA",
"ILE", "VAL", "ALA", "VAL", "TYR", "ASP", "THR", "GLY", "GLU", "ALA",
"GLU", "THR", "PRO", "ALA", "GLY", "PRO", "LEU", "PRO", "TYR", "ILE",
"VAL", "MET", "GLU", "TYR", "VAL", "ASP", "GLY", "VAL", "THR", "LEU",
"ARG", "ASP", "ILE", "VAL", "HIS", "THR", "GLU", "GLY", "PRO", "MET",
"THR", "PRO", "LYS", "ARG", "ALA", "ILE", "GLU", "VAL", "ILE", "ALA",
"ASP", "ALA", "CYS", "GLN", "ALA", "LEU", "ASN", "PHE", "SER", "HIS",
"GLN", "ASN", "GLY", "ILE", "ILE", "HIS", "ARG", "ASP", "VAL", "LYS",
"PRO", "ALA", "ASN", "ILE", "MET", "ILE", "SER", "ALA", "THR", "ASN",
"ALA", "VAL", "LYS", "VAL", "MET", "ASP", "PHE", "GLY", "ILE", "ALA",
"ARG", "ALA", "ILE", "THR", "ALA", "GLN", "TYR", "LEU", "SER", "PRO",
"GLU", "GLN", "ALA", "ARG", "GLY", "ASP", "SER", "VAL", "ASP", "ALA",
"ARG", "SER", "ASP", "VAL", "TYR", "SER", "LEU", "GLY", "CYS", "VAL",
"LEU", "TYR", "GLU", "VAL", "LEU", "THR", "GLY", "GLU", "PRO", "PRO",
"PHE", "THR", "GLY", "ASP", "SER", "PRO", "VAL", "SER", "VAL", "ALA",
"TYR", "GLN", "HIS", "VAL", "ARG", "GLU", "ASP", "PRO", "ILE", "PRO",
"PRO", "SER", "ALA", "ARG", "HIS", "GLU", "GLY", "LEU", "SER", "ALA",
"ASP", "LEU", "ASP", "ALA", "VAL", "VAL", "LEU", "LYS", "ALA", "LEU",
"ALA", "LYS", "ASN", "PRO", "GLU", "ASN", "ARG", "TYR", "GLN", "THR",
"ALA", "ALA", "GLU", "MET", "ARG", "ALA", "ASP", "LEU", "VAL", "ARG",
"VAL", "HIS", "ASN", "GLY", "GLU", "PRO", "PRO", "GLU", "ALA", "PRO",
"LYS"};
for (auto _ : state) {
double weight = gemmi::calculate_sequence_weight(seq);
benchmark::DoNotOptimize(weight);
}
}
BENCHMARK(find_tabulated_residue_x10);
BENCHMARK(sequence_weight);
BENCHMARK_MAIN();
/* Output from my laptop:
------------------------------------------------------------------
Benchmark Time CPU Iterations
------------------------------------------------------------------
find_tabulated_residue_x10 52 ns 52 ns 13458745
*/
|
