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// genesis
/* FILE INFORMATION
** Some Voltage dependent Ca channels
** Data from : Fox, Nowycky and Tsien, J Physiol 394 pp 149-172 (1987)
** and Fox, Nowycky and Tsien, J Physiol 394 pp 173-200 (1987)
**
** Implemented in NEUROKIT format by : Upinder S. Bhalla.
** The voltage dependencies of activation and inactivation time
** constants are based on the voltage-step experiment curves,
** which appear to be inconsistent with the inactivation time constant
** curves presented in the papers.
**
** This file depends on functions and constants defined in defaults.g
*/
// CONSTANTS
float ECA = 0.09
float SOMA_A = 1e-9
/*****************************************************************
** Ca 'N' channel
*****************************************************************/
function make_NCa_drg_fnt_tab
if (({exists NCa_drg_fnt_tab}))
return
end
create vdep_channel NCa_drg_fnt_tab
setfield NCa_drg_fnt_tab Ek {ECA} gbar {1200.0*SOMA_A} Ik 0 Gk 0
create tabgate NCa_drg_fnt_tab/m
create tabgate NCa_drg_fnt_tab/h
call NCa_drg_fnt_tab/m TABCREATE alpha 29 -0.10 0.045
call NCa_drg_fnt_tab/m TABCREATE beta 29 -0.10 0.045
// -0.1 V
// -0.095 V
// -0.09 V
// -0.085 V
// -0.08 V
// -0.075 V
// -0.07 V
// -0.065 V
// -0.06 V
// -0.055 V
// -0.05 V
// -0.045 V
// -0.04 V
// -0.035 V
// -0.03 V
// -0.025 V
// -0.02 V
// -0.015 V
// -0.01 V
// -0.005 V
// -0.0 V
// 0.005 V
// 0.01 V
// 0.015 V
// 0.02 V
// 0.025 V
// 0.03 V
// 0.035 V
// 0.04 V
// 0.045 V
setfield NCa_drg_fnt_tab/m alpha->table[0] 0.0 \
beta->table[0] 1316 alpha->table[1] 0.0 beta->table[1] 1282 \
alpha->table[2] 0.0 beta->table[2] 1250 alpha->table[3] 0.0 \
beta->table[3] 1219 alpha->table[4] 0.0 beta->table[4] 1176 \
alpha->table[5] 0.0 beta->table[5] 1111 alpha->table[6] 0.0 \
beta->table[6] 1000 alpha->table[7] 0.0 beta->table[7] 833 \
alpha->table[8] 0.0 beta->table[8] 556 alpha->table[9] 0.0 \
beta->table[9] 417 alpha->table[10] 0.0 beta->table[10] 333 \
alpha->table[11] 0.0 beta->table[11] 278 \
alpha->table[12] 2.38 beta->table[12] 236 \
alpha->table[13] 2.0 beta->table[13] 198 \
alpha->table[14] 5.17 beta->table[14] 167 \
alpha->table[15] 8.33 beta->table[15] 162 \
alpha->table[16] 19.6 beta->table[16] 158 \
alpha->table[17] 42.0 beta->table[17] 154 \
alpha->table[18] 88.1 beta->table[18] 150 \
alpha->table[19] 165 beta->table[19] 129 \
alpha->table[20] 281 beta->table[20] 104 \
alpha->table[21] 425 beta->table[21] 75.0 \
alpha->table[22] 620 beta->table[22] 46.7 \
alpha->table[23] 873 beta->table[23] 36.4 \
alpha->table[24] 1225 beta->table[24] 25.0 \
alpha->table[25] 1320 beta->table[25] 13.3 \
alpha->table[26] 1389 beta->table[26] 0.0 \
alpha->table[27] 1429 beta->table[27] 0.0 \
alpha->table[28] 1471 beta->table[28] 0.0 \
alpha->table[29] 1515 beta->table[29] 0.0
/* Setting the calc_mode to NO_INTERP for speed */
setfield NCa_drg_fnt_tab/m alpha->calc_mode 0 beta->calc_mode 0
/* Filling the tables using B-SPLINE interpolation */
call NCa_drg_fnt_tab/m TABFILL alpha 3000 0
call NCa_drg_fnt_tab/m TABFILL beta 3000 0
/* Creaating the tables
call NCa_drg_fnt_tab/h TABCREATE alpha 29 -0.10 0.045
call NCa_drg_fnt_tab/h TABCREATE beta 29 -0.10 0.045
set NCa_drg_fnt_tab/h \
alpha->table[0] 70.8 beta->table[0] 6.15 \ // -0.1 V
alpha->table[1] 58.7 beta->table[1] 8.00 \ // -0.095 V
alpha->table[2] 46.1 beta->table[2] 9.44 \ // -0.09 V
alpha->table[3] 33.5 beta->table[3] 10.0 \ // -0.085 V
alpha->table[4] 23.8 beta->table[4] 10.7 \ // -0.08 V
alpha->table[5] 17.1 beta->table[5] 11.4 \ // -0.075 V
alpha->table[6] 11.4 beta->table[6] 11.4 \ // -0.07 V
alpha->table[7] 8.00 beta->table[7] 12.0 \ // -0.065 V
alpha->table[8] 5.85 beta->table[8] 13.0 \ // -0.06 V
alpha->table[9] 4.34 beta->table[9] 14.5 \ // -0.055 V
alpha->table[10] 3.33 beta->table[10] 16.3 \ // -0.05 V
alpha->table[11] 2.50 beta->table[11] 18.3 \ // -0.045 V
alpha->table[12] 1.82 beta->table[12] 20.9 \ // -0.04 V
alpha->table[13] 1.54 beta->table[13] 24.1 \ // -0.035 V
alpha->table[14] 1.21 beta->table[14] 29.1 \ // -0.03 V
alpha->table[15] 1.07 beta->table[15] 34.6 \ // -0.025 V
alpha->table[16] 0.80 beta->table[16] 39.2 \ // -0.02 V
alpha->table[17] 0.50 beta->table[17] 43.0 \ // -0.015 V
alpha->table[18] 0.476 beta->table[18] 47.1 \ // -0.01 V
alpha->table[19] 0.00 beta->table[19] 52.6 \ // -0.005 V
alpha->table[20] 0.00 beta->table[20] 58.8 \ // -0.0 V
alpha->table[21] 0.00 beta->table[21] 66.7 \ // 0.005 V
alpha->table[22] 0.00 beta->table[22] 76.9 \ // 0.01 V
alpha->table[23] 0.00 beta->table[23] 78.7 \ // 0.015 V
alpha->table[24] 0.00 beta->table[24] 80.0 \ // 0.02 V
alpha->table[25] 0.00 beta->table[25] 82.0 \ // 0.02 V
alpha->table[26] 0.00 beta->table[26] 83.3 \ // 0.03 V
alpha->table[27] 0.00 beta->table[27] 83.3 \ // 0.035 V
alpha->table[28] 0.00 beta->table[28] 83.3 \ // 0.04 V
alpha->table[29] 0.00 beta->table[29] 83.3 // 0.045 V
/* Setting the calc_mode to NO_INTERP for speed */
setfield NCa_drg_fnt_tab/h alpha->calc_mode 0 beta->calc_mode 0
/* Filling the tables using B-SPLINE interpolation */
call NCa_drg_fnt_tab/h TABFILL alpha 3000 0
call NCa_drg_fnt_tab/h TABFILL beta 3000 0
addmsg NCa_drg_fnt_tab/m NCa_drg_fnt_tab MULTGATE m 2
addmsg NCa_drg_fnt_tab/h NCa_drg_fnt_tab MULTGATE m 1
addfield NCa_drg_fnt_tab addmsg1
addfield NCa_drg_fnt_tab addmsg2
setfield NCa_drg_fnt_tab addmsg1 ".. m VOLTAGE Vm" \
addmsg2 ".. h VOLTAGE Vm"
end
/*****************************************************************
** Ca 'N' channel : implemented as tabchan
*****************************************************************/
function make_NCa_drg_fnt
if (({exists NCa_drg_fnt}))
return
end
create tabchannel NCa_drg_fnt
setfield NCa_drg_fnt Ek {ECA} Gbar {1200.0*SOMA_A} Ik 0 Gk 0 \
Xpower 2 Ypower 1 Zpower 0
call NCa_drg_fnt TABCREATE X 29 -0.10 0.045
// -0.1 V
// -0.095 V
// -0.09 V
// -0.085 V
// -0.08 V
// -0.075 V
// -0.07 V
// -0.065 V
// -0.06 V
// -0.055 V
// -0.05 V
// -0.045 V
// -0.04 V
// -0.035 V
// -0.03 V
// -0.025 V
// -0.02 V
// -0.015 V
// -0.01 V
// -0.005 V
// -0.0 V
// 0.005 V
// 0.01 V
// 0.015 V
// 0.02 V
// 0.025 V
// 0.03 V
// 0.035 V
// 0.04 V
// 0.045 V
setfield NCa_drg_fnt X_A->table[0] 0.0 X_B->table[0] 1316 \
X_A->table[1] 0.0 X_B->table[1] 1282 X_A->table[2] 0.0 \
X_B->table[2] 1250 X_A->table[3] 0.0 X_B->table[3] 1219 \
X_A->table[4] 0.0 X_B->table[4] 1176 X_A->table[5] 0.0 \
X_B->table[5] 1111 X_A->table[6] 0.0 X_B->table[6] 1000 \
X_A->table[7] 0.0 X_B->table[7] 833 X_A->table[8] 0.0 \
X_B->table[8] 556 X_A->table[9] 0.0 X_B->table[9] 417 \
X_A->table[10] 0.0 X_B->table[10] 333 X_A->table[11] 0.0 \
X_B->table[11] 278 X_A->table[12] 2.38 X_B->table[12] 236 \
X_A->table[13] 2.0 X_B->table[13] 198 X_A->table[14] 5.17 \
X_B->table[14] 167 X_A->table[15] 8.33 X_B->table[15] 162 \
X_A->table[16] 19.6 X_B->table[16] 158 X_A->table[17] 42.0 \
X_B->table[17] 154 X_A->table[18] 88.1 X_B->table[18] 150 \
X_A->table[19] 165 X_B->table[19] 129 X_A->table[20] 281 \
X_B->table[20] 104 X_A->table[21] 425 X_B->table[21] 75.0 \
X_A->table[22] 620 X_B->table[22] 46.7 X_A->table[23] 873 \
X_B->table[23] 36.4 X_A->table[24] 1225 X_B->table[24] 25.0 \
X_A->table[25] 1320 X_B->table[25] 13.3 X_A->table[26] 1389 \
X_B->table[26] 0.0 X_A->table[27] 1429 X_B->table[27] 0.0 \
X_A->table[28] 1471 X_B->table[28] 0.0 X_A->table[29] 1515 \
X_B->table[29] 0.0
/* Setting the calc_mode to NO_INTERP for speed */
setfield NCa_drg_fnt X_A->calc_mode 0 X_B->calc_mode 0
/* tweaking the tables for the tabchan calculation */
tweak_tabchan NCa_drg_fnt X
/* Filling the tables using B-SPLINE interpolation */
call NCa_drg_fnt TABFILL X 3000 0
/* Creating the tables */
call NCa_drg_fnt TABCREATE Y 29 -0.10 0.045
// -0.1 V
// -0.095 V
// -0.09 V
// -0.085 V
// -0.08 V
// -0.075 V
// -0.07 V
// -0.065 V
// -0.06 V
// -0.055 V
// -0.05 V
// -0.045 V
// -0.04 V
// -0.035 V
// -0.03 V
// -0.025 V
// -0.02 V
// -0.015 V
// -0.01 V
// -0.005 V
// -0.0 V
// 0.005 V
// 0.01 V
// 0.015 V
// 0.02 V
// 0.025 V
// 0.03 V
// 0.035 V
// 0.04 V
// 0.045 V
setfield NCa_drg_fnt Y_A->table[0] 70.8 Y_B->table[0] 6.15 \
Y_A->table[1] 58.7 Y_B->table[1] 8.00 Y_A->table[2] 46.1 \
Y_B->table[2] 9.44 Y_A->table[3] 33.5 Y_B->table[3] 10.0 \
Y_A->table[4] 23.8 Y_B->table[4] 10.7 Y_A->table[5] 17.1 \
Y_B->table[5] 11.4 Y_A->table[6] 11.4 Y_B->table[6] 11.4 \
Y_A->table[7] 8.00 Y_B->table[7] 12.0 Y_A->table[8] 5.85 \
Y_B->table[8] 13.0 Y_A->table[9] 4.34 Y_B->table[9] 14.5 \
Y_A->table[10] 3.33 Y_B->table[10] 16.3 Y_A->table[11] 2.50 \
Y_B->table[11] 18.3 Y_A->table[12] 1.82 Y_B->table[12] 20.9 \
Y_A->table[13] 1.54 Y_B->table[13] 24.1 Y_A->table[14] 1.21 \
Y_B->table[14] 29.1 Y_A->table[15] 1.07 Y_B->table[15] 34.6 \
Y_A->table[16] 0.80 Y_B->table[16] 39.2 Y_A->table[17] 0.50 \
Y_B->table[17] 43.0 Y_A->table[18] 0.47 Y_B->table[18] 47.1 \
Y_A->table[19] 0.00 Y_B->table[19] 52.6 Y_A->table[20] 0.00 \
Y_B->table[20] 58.8 Y_A->table[21] 0.00 Y_B->table[21] 66.7 \
Y_A->table[22] 0.00 Y_B->table[22] 76.9 Y_A->table[23] 0.00 \
Y_B->table[23] 78.7 Y_A->table[24] 0.00 Y_B->table[24] 80.0 \
Y_A->table[25] 0.00 Y_B->table[25] 82.0 Y_A->table[26] 0.00 \
Y_B->table[26] 83.3 Y_A->table[27] 0.00 Y_B->table[27] 83.3 \
Y_A->table[28] 0.00 Y_B->table[28] 83.3 Y_A->table[29] 0.00 \
Y_B->table[29] 83.3
/* Setting the calc_mode to NO_INTERP for speed */
setfield NCa_drg_fnt Y_A->calc_mode 0 Y_B->calc_mode 0
/* tweaking the tables for the tabchan calculation */
tweak_tabchan NCa_drg_fnt Y
/* Filling the tables using B-SPLINE interpolation */
call NCa_drg_fnt TABFILL Y 3000 0
end
|
