package info (click to toggle)
genometools 1.6.5%2Bds-2.2
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: forky, sid, trixie
  • size: 50,548 kB
  • sloc: ansic: 271,875; ruby: 30,334; python: 5,106; sh: 3,083; makefile: 1,211; perl: 219; pascal: 159; haskell: 37; sed: 5

Folder: testdata

d .. (parent)
d d rwxr-xr-x 4,096 bed_files
d d rwxr-xr-x 4,096 chaindata
d d rwxr-xr-x 4,096 condenseq
d d rwxr-xr-x 4,096 consensus_sa
d d rwxr-xr-x 4,096 genomediff
d d rwxr-xr-x 4,096 gtpython
d d rwxr-xr-x 4,096 gtruby
d d rwxr-xr-x 4,096 gtscripts
d d rwxr-xr-x 4,096 hop
d d rwxr-xr-x 4,096 nGASP
d d rwxr-xr-x 4,096 obo_files
d d rwxr-xr-x 4,096 prj-files
d d rwxr-xr-x 4,096 readjoiner
d d rwxr-xr-x 4,096 repfind-result
- - rw-r--r-- 477 Arabidopsis-C99826.embl
- - rw-r--r-- 418 Arabidopsis-C99826.fna
- - rw-r--r-- 571 Arabidopsis-C99826.gbk
- - rw-r--r-- 46,351 Atinsert.embl
- - rw-r--r-- 14,751 Atinsert.fna
- - rw-r--r-- 42,694 Atinsert.gbk
- - rw-r--r-- 4,047 Atinsert_seqrange_13-17_rev.fna
- - rw-r--r-- 4,047 Atinsert_seqrange_3-7.fna
- - rw-r--r-- 879 Atinsert_single_3.fna
- - rw-r--r-- 879 Atinsert_single_3_rev.fna
- - rw-r--r-- 1,704 BLOSUM62
- - rw-r--r-- 2,122 BLOSUM62.gth
- - rw-r--r-- 1,850 BLOSUM62.out
- - rw-r--r-- 601 Copysorttest.embl
- - rw-r--r-- 371 Copysorttest.fna
- - rw-r--r-- 527 Copysorttest.gbk
- - rw-r--r-- 2,622 Duplicate.embl
- - rw-r--r-- 1,901 Duplicate.fna
- - rw-r--r-- 36,785 Duplicate.gbk
- - rw-r--r-- 6,824 Duplicate.shreddered
- - rw-r--r-- 357 Ecoli-section1.fna
- - rw-r--r-- 353 Ecoli-section2.fna
- - rw-r--r-- 37,205 Q1.gz
- - rw-r--r-- 16 Query1
- - rw-r--r-- 25 Query2
- - rw-r--r-- 30 Query3
- - rw-r--r-- 117 Random-Small.embl
- - rw-r--r-- 16 Random-Small.fna
- - rw-r--r-- 85 Random-Small.gbk
- - rw-r--r-- 13,558 Random.embl
- - rw-r--r-- 10,148 Random.fna
- - rw-r--r-- 12,728 Random.gbk
- - rw-r--r-- 34 Random.magicmatch
- - rw-r--r-- 397 Random159.embl
- - rw-r--r-- 172 Random159.fna
- - rw-r--r-- 362 Random159.gbk
- - rw-r--r-- 397 Random160.embl
- - rw-r--r-- 173 Random160.fna
- - rw-r--r-- 363 Random160.gbk
- - rw-r--r-- 93 Random80.fna
- - rw-r--r-- 13,558 RandomN.embl
- - rw-r--r-- 10,145 RandomN.fna
- - rw-r--r-- 12,892 RandomN.gbk
- - rw-r--r-- 34 RandomN.magicmatch
- - rw-r--r-- 5,892 Reads1.fna
- - rw-r--r-- 2,269 Reads2-spmitv.txt
- - rw-r--r-- 5,892 Reads2.fna
- - rw-r--r-- 5,892 Reads3.fna
- - rw-r--r-- 22 Reference1
- - rw-r--r-- 13 Reference2
- - rw-r--r-- 102 Repfind-example.fna
- - rw-r--r-- 8,221 Scaffold_102.fa
- - rw-r--r-- 494 Scaffold_102.gff3
- - rw-r--r-- 84 Scaffold_102.joined.out
- - rw-r--r-- 95 Scaffold_102.out
- - rw-r--r-- 690 Small.embl
- - rw-r--r-- 164 Small.fna
- - rw-r--r-- 530 Small.gbk
- - rw-r--r-- 33 Smalldup.fna
- - rw-r--r-- 780 Splintoptions
- - rw-r--r-- 223 TTT-small-wrongchar.embl
- - rw-r--r-- 20 TTT-small-wrongchar.fna
- - rw-r--r-- 144 TTT-small-wrongchar.gbk
- - rw-r--r-- 114 TTT-small.embl
- - rw-r--r-- 10 TTT-small.fna
- - rw-r--r-- 78 TTT-small.gbk
- - rw-r--r-- 14 TTTN.fna
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds.fas
- - rw-r--r-- 32,501 U89959_cds.gff3
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_1.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_10.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_11.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_12.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_13.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_14.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_16.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_2.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_21.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_22.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_23.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_24.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_25.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_3.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_4.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_5.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_6.fas
- - rw-r--r-- 10,188 U89959_cds_9.fas
- - rw-r--r-- 21,542 U89959_csas.gff3
- - rw-r--r-- 42,410 U89959_csas.gff3md5
- - rw-r--r-- 37,840 U89959_csas.gff3md5old
- - rw-r--r-- 6,600 U89959_ests.checklist
- - rw-r--r-- 6,567 U89959_ests.checklist_uniq
- - rw-r--r-- 98,145 U89959_ests.fas
- - rw-r--r-- 16,659 U89959_ests.magicmatch
- - rw-r--r-- 725 U89959_ests_gi_8690080_soft_masked.fas
- - rw-r--r-- 33 U89959_ests_gi_8690080_unmasked.checklist
- - rw-r--r-- 63,663 U89959_ests_no_wildcards.fas
- - rw-r--r-- 97,901 U89959_ests_unique.fas
- - rw-r--r-- 108,577 U89959_genomic.fas
- - rw-r--r-- 107 U89959_genomic.magicmatch
- - rw-r--r-- 27 U89959_ginums.corrupt
- - rw-r--r-- 380 U89959_ginums.out
- - rw-r--r-- 26 U89959_ginums.txt
- - rw-r--r-- 93,681 U89959_sas.gff3
- - rw-r--r-- 152,770 U89959_sas.gff3md5
- - rw-r--r-- 139,947 U89959_sas.gff3md5old
- - rw-r--r-- 29,072 U89959_sas.minus_targets
- - rw-r--r-- 345 Verysmall.embl
- - rw-r--r-- 15 Verysmall.fna
- - rw-r--r-- 192 Verysmall.gbk
- - rw-r--r-- 796 addintrons.gff3
- - rw-r--r-- 1,151 addintrons.out
- - rw-r--r-- 129 additional_attribute.gff3
- - rw-r--r-- 1,524 all_node_types.gff3
- - rw-r--r-- 1,019 at-C99887-fwd.fna
- - rw-r--r-- 1,019 at-C99887-rev.fna
- - rw-r--r-- 889 at-C99930.fna
- - rw-r--r-- 76,198 at100K1
- - rw-r--r-- 999,815 at1MB
- - rw-r--r-- 86 attribute_after_dot.gff3
- - rw-r--r-- 86 attribute_w_multiple_equals.gff3
- - rw-r--r-- 15 bar.fas
- - rw-r--r-- 2,275 bigfonts.style
- - rw-r--r-- 176 blank_attributes.gff3
- - rw-r--r-- 13,672 blosum62.c
- - rw-r--r-- 36,469 broken_hmmer.hmm
- - rw-r--r-- 294 cds_check_fail_1.gff3
- - rw-r--r-- 296 cds_check_fail_2.gff3
- - rw-r--r-- 296 cds_check_fail_3.gff3
- - rw-r--r-- 296 cds_check_fail_4.gff3
- - rw-r--r-- 294 cds_check_succ_1.gff3
- - rw-r--r-- 296 cds_check_succ_10.gff3
- - rw-r--r-- 296 cds_check_succ_11.gff3
- - rw-r--r-- 296 cds_check_succ_12.gff3
- - rw-r--r-- 294 cds_check_succ_2.gff3
- - rw-r--r-- 294 cds_check_succ_3.gff3
- - rw-r--r-- 296 cds_check_succ_4.gff3
- - rw-r--r-- 296 cds_check_succ_5.gff3
- - rw-r--r-- 296 cds_check_succ_6.gff3
- - rw-r--r-- 296 cds_check_succ_7.gff3
- - rw-r--r-- 296 cds_check_succ_8.gff3
- - rw-r--r-- 296 cds_check_succ_9.gff3
- - rw-r--r-- 3,090 cds_feature_with_multiple_parents.gff3
- - rw-r--r-- 3,148 cds_feature_with_multiple_parents_tidied.gff3
- - rw-r--r-- 588 cds_with_multiple_parents_1.gff3
- - rw-r--r-- 628 cds_with_multiple_parents_1_tidied.gff3
- - rw-r--r-- 843 cds_with_multiple_parents_2.gff3
- - rw-r--r-- 987 cds_with_multiple_parents_2_tidied.gff3
- - rw-r--r-- 13 corrupt.fas
- - rw-r--r-- 142 corrupt.gff3
- - rw-r--r-- 6,095 corrupt_gff3_header.txt
- - rw-r--r-- 1,323 corrupt_large.gff3
- - rw-r--r-- 92 corrupt_target_attribute.gff3
- - rw-r--r-- 19 corruptpatternfile.fna
- - rw-r--r-- 439 csa_example_consensus_spliced_alignments.gff3
- - rw-r--r-- 603 csa_example_spliced_alignments.gff3
- - rw-r--r-- 8,785 csr_testcase.fastq
- - rw-r--r-- 87 csr_testcase_r0.fastq
- - rw-r--r-- 88 csr_testcase_r10.fastq
- - rw-r--r-- 88 csr_testcase_r23.fastq
- - rw-r--r-- 87 csr_testcase_r96.fastq
- - rw-r--r-- 1,784 custom_streams_ref.txt
- - rw-r--r-- 159 cycle_simple.gff3
- - rw-r--r-- 113 dbxref.gff3
- - rw-r--r-- 110 dbxref_invalid.gff3
- - rw-r--r-- 111 dbxref_invalid2.gff3
- - rw-r--r-- 1,250 description_test.fastq
- - rw-r--r-- 1,261 description_test2.fastq
- - rw-r--r-- 47,684 dna_hmmer.hmm
- - rw-r--r-- 627 double_free.gff3
- - rw-r--r-- 1,892 duplicate.XRF_abbr
- - rw-r--r-- 101 duplicate_attribute.gff3
- - rw-r--r-- 86 duplicate_attribute_fixed.gff3
- - rw-r--r-- 309 dust.fna
- - rw-r--r-- 309 dust.link5.out
- - rw-r--r-- 309 dust.out
- - rw-r--r-- 309 dust.threshold3.out
- - rw-r--r-- 309 dust.window32.out
- - rw-r--r-- 16,994 dynbuf.gff3
- - rw-r--r-- 161 ecolicmp-neg.of
- - rw-r--r-- 160 ecolicmp-se.of
- - rw-r--r-- 597 ecolicmp.of
- - rw-r--r-- 158,989 ecolicmp250.of
- - rw-r--r-- 1,752 eden.gff3
- - rw-r--r-- 1,754 eden.linesorted.gff3
- - rw-r--r-- 1,500 eden_only_annotation.gff3
- - rw-r--r-- 5,226 embl_test1.embl
- - rw-r--r-- 5,170 embl_test2.embl
- - rw-r--r-- 5,223 embl_test3.embl
- - rw-r--r-- 5,222 embl_test4.embl
- - rw-r--r-- 5,231 embl_test5.embl
- - rw-r--r-- 1,956 embl_test5.fas
- - rw-r--r-- 536 embl_test6.embl
- - rw-r--r-- 16 empty.gff3
- - rw-r--r-- 85 empty_attribute.gff3
- - rw-r--r-- 90 empty_attribute_name.gff3
- - rw-r--r-- 3,076 empty_attribute_value.gff3
- - rw-r--r-- 0 empty_file
- - rw-r--r-- 87 empty_id_attribute.gff3
- - rw-r--r-- 90 empty_other_attribute.gff3
- - rw-r--r-- 91 empty_parent_attribute.gff3
- - rw-r--r-- 8 empty_seq.fas
- - rw-r--r-- 2,006,141 encode_known_genes_Mar07.gff3
- - rw-r--r-- 112 encode_known_genes_Mar07.seqids
- - rw-r--r-- 126,583 example_1.bam
- - rw-r--r-- 3,225 example_1.fa
- - rw-r--r-- 39 example_1.fa.fai
- - rw-r--r-- 355,570 example_1.sam.extract
- - rw-r--r-- 114,565 example_1.sam.gz
- - rw-r--r-- 126,583 example_1.sorted.bam
- - rw-r--r-- 176 example_1.sorted.bam.bai
- - rw-r--r-- 2,540 fail_arrow_width.style
- - rw-r--r-- 2,562 fail_background_color.style
- - rw-r--r-- 2,581 fail_block_caption_font_size.style
- - rw-r--r-- 2,555 fail_block_caption_space.style
- - rw-r--r-- 2,594 fail_collapse.style
- - rw-r--r-- 2,562 fail_default_stroke_color.style
- - rw-r--r-- 2,569 fail_fill.style
- - rw-r--r-- 2,513 fail_group_by_parent.style
- - rw-r--r-- 2,596 fail_max_capt_show_width.style
- - rw-r--r-- 2,517 fail_max_num_lines.style
- - rw-r--r-- 2,596 fail_max_show_width.style
- - rw-r--r-- 2,522 fail_min_len_block.style
- - rw-r--r-- 2,557 fail_ruler_text.style
- - rw-r--r-- 2,573 fail_rulerfontsize.style
- - rw-r--r-- 2,558 fail_rulerspace.style
- - rw-r--r-- 2,538 fail_show_bar_height.style
- - rw-r--r-- 2,567 fail_show_block_captions.style
- - rw-r--r-- 2,531 fail_show_grid.style
- - rw-r--r-- 2,521 fail_show_margins.style
- - rw-r--r-- 2,559 fail_show_track_captions.style
- - rw-r--r-- 2,542 fail_split.style
- - rw-r--r-- 2,556 fail_stroke.style
- - rw-r--r-- 2,553 fail_stroke_width.style
- - rw-r--r-- 2,594 fail_style.style
- - rw-r--r-- 2,581 fail_track_caption_font_size.style
- - rw-r--r-- 2,557 fail_track_caption_space.style
- - rw-r--r-- 2,560 fail_track_title_color.style
- - rw-r--r-- 2,562 fail_track_vspace.style
- - rw-r--r-- 2,533 fail_unit.style
- - rw-r--r-- 2,535 fail_vspace.style
- - rw-r--r-- 17 fasta_seq.fas
- - rw-r--r-- 41 fasta_seq.gff3
- - rw-r--r-- 108,530 fastq_long.fastq
- - rw-r--r-- 64,312 fastq_problem.fasta
- - rw-r--r-- 31,248 fastq_problem.fastq.gz
- - rw-r--r-- 34,458 fastq_problem2.fasta
- - rw-r--r-- 2,517 fastq_problem2.fastq.gz
- - rw-r--r-- 439 fib25.fas.gz
- - rw-r--r-- 1,751 filter_luafilter_filtered_LTR.gff3
- - rw-r--r-- 997 filter_luafilter_filtered_orf_frame.gff3
- - rw-r--r-- 1,089 filter_luafilter_filtered_orf_pos.gff3
- - rw-r--r-- 2,164 filter_luafilter_filtered_orfs.gff3
- - rw-r--r-- 2,766 filter_luafilter_test.gff3
- - rw-r--r-- 2,750 filter_luafilter_test_no_frame_attribute.gff3
- - rw-r--r-- 524 filter_nh_file01.gff3
- - rw-r--r-- 937 filter_nh_file02.gff3
- - rw-r--r-- 1,599 filter_nh_file03.gff3
- - rw-r--r-- 1,675 filter_nh_file04.gff3
- - rw-r--r-- 110,399 filter_targetbest_complex_test.gff3
- - rw-r--r-- 105,498 filter_targetbest_complex_test.out
- - rw-r--r-- 132 filter_targetbest_multiple_test.gff3
- - rw-r--r-- 204 filter_targetbest_simple_test.gff3
- - rw-r--r-- 113 filter_targetbest_simple_test.out
- - rw-r--r-- 8 foo.32.des
- - rw-r--r-- 172 foo.32.esq
- - rw-r--r-- 675 foo.32.info_map
- - rw-r--r-- 206 foo.32.info_nomap
- - rw-r--r-- 4 foo.32.sds
- - rw-r--r-- 37 foo.32.ver0.al1
- - rw-r--r-- 144 foo.32.ver0.esq
- - rw-r--r-- 8 foo.64.des
- - rw-r--r-- 304 foo.64.esq
- - rw-r--r-- 677 foo.64.info_map
- - rw-r--r-- 207 foo.64.info_nomap
- - rw-r--r-- 8 foo.64.sds
- - rw-r--r-- 37 foo.64.ver0.al1
- - rw-r--r-- 248 foo.64.ver0.esq
- - rw-r--r-- 14 foo.fas
- - rw-r--r-- 15 foo_width4.fas
- - rw-r--r-- 28 foobar.fas
- - rw-r--r-- 28 foofoo.fas
- - rw-r--r-- 42 foofoofoo.fas
- - rw-r--r-- 30 foorcfoo.fas
- - rw-r--r-- 44 foorcfoofoo.fas
- - rw-r--r-- 840 forward_wrong_seqid.gff3
- - rw-r--r-- 11 frompos.fas
- - rw-r--r-- 167 gap_fail1.gff3
- - rw-r--r-- 164 gap_fail2.gff3
- - rw-r--r-- 291 gap_fail3.gff3
- - rw-r--r-- 293 gap_fail4.gff3
- - rw-r--r-- 101 gap_fail5.gff3
- - rw-r--r-- 104 gap_fail6.gff3
- - rw-r--r-- 107 gap_fail7.gff3
- - rw-r--r-- 1,627 genbank_test.gbk
- - rw-r--r-- 2,522 genbank_test1.gbk
- - rw-r--r-- 389 genbank_test2.fas
- - rw-r--r-- 1,636 genbank_test2.gbk
- - rw-r--r-- 1,547 genbank_test3.gbk
- - rw-r--r-- 3,251 genbank_test4.gbk
- - rw-r--r-- 1,626 genbank_test5.gbk
- - rw-r--r-- 1,627 genbank_test6.gbk
- - rw-r--r-- 362 genbank_test7.gbk
- - rw-r--r-- 439 genbank_test8.gbk
- - rw-r--r-- 3,000 genome_stream_stdin.gff3
- - rw-r--r-- 629 gff3_file_1_short.txt
- - rw-r--r-- 557 gff3_file_1_short_sorted.txt
- - rw-r--r-- 134 gff3_numeric_a.gff
- - rw-r--r-- 5,158 gff3_numeric_mixed.gff3
- - rw-r--r-- 5,158 gff3_numeric_mixed.out
- - rw-r--r-- 3,136 gff3_numeric_only.gff3
- - rw-r--r-- 3,674 gff3_numeric_only.out
- - rw-r--r-- 1,815 gmap2gff3_prob.gmap
- - rw-r--r-- 977 gmap2gff3_prob.out
- - rw-r--r-- 1,801 graphics_curve_test_coords.txt
- - rw-r--r-- 27,008 graphics_test.out
- - rw-r--r-- 3,288 gt.supp
- - rw-r--r-- 0 gt_bioseq_fail_1.fas
- - rw-r--r-- 2 gt_bioseq_fail_2.fas
- - rw-r--r-- 2 gt_bioseq_fail_3.fas
- - rw-r--r-- 3 gt_bioseq_fail_4.fas
- - rw-r--r-- 3 gt_bioseq_fail_5.fas
- - rw-r--r-- 4 gt_bioseq_fail_6.fas
- - rw-r--r-- 2 gt_bioseq_fail_7.fas
- - rw-r--r-- 497 gt_bioseq_seqlengthdistri.out
- - rw-r--r-- 4 gt_bioseq_succ_1.fas
- - rw-r--r-- 8 gt_bioseq_succ_2.fas
- - rw-r--r-- 2,108 gt_bioseq_succ_3.fas
- - rw-r--r-- 99 gt_bioseq_succ_3.gc
- - rw-r--r-- 696 gt_bioseq_succ_3.out1
- - rw-r--r-- 725 gt_bioseq_succ_3.out2
- - rw-r--r-- 687 gt_bioseq_succ_3.out3
- - rw-r--r-- 48 gt_cds_descrange_multi.fas
- - rw-r--r-- 200 gt_cds_descrange_multi.in
- - rw-r--r-- 300 gt_cds_descrange_multi.out
- - rw-r--r-- 39 gt_cds_descrange_multi_fail_1.fas
- - rw-r--r-- 39 gt_cds_descrange_multi_fail_2.fas
- - rw-r--r-- 24 gt_cds_descrange_wrong_id.fas
- - rw-r--r-- 24 gt_cds_descrange_wrong_range.fas
- - rw-r--r-- 1,045 gt_cds_nostartcodon_nofinalstopcodon.in
- - rw-r--r-- 1,335 gt_cds_nostartcodon_nofinalstopcodon.out
- - rw-r--r-- 15 gt_cds_test_1.fas
- - rw-r--r-- 106 gt_cds_test_1.in
- - rw-r--r-- 158 gt_cds_test_1.out
- - rw-r--r-- 16 gt_cds_test_10.fas
- - rw-r--r-- 109 gt_cds_test_10.in
- - rw-r--r-- 161 gt_cds_test_10.out
- - rw-r--r-- 17 gt_cds_test_11.fas
- - rw-r--r-- 109 gt_cds_test_11.in
- - rw-r--r-- 161 gt_cds_test_11.out
- - rw-r--r-- 26 gt_cds_test_12.fas
- - rw-r--r-- 144 gt_cds_test_12.in
- - rw-r--r-- 244 gt_cds_test_12.out
- - rw-r--r-- 21 gt_cds_test_13.fas
- - rw-r--r-- 178 gt_cds_test_13.in
- - rw-r--r-- 324 gt_cds_test_13.out
- - rw-r--r-- 21 gt_cds_test_14.fas
- - rw-r--r-- 178 gt_cds_test_14.in
- - rw-r--r-- 324 gt_cds_test_14.out
- - rw-r--r-- 16 gt_cds_test_2.fas
- - rw-r--r-- 109 gt_cds_test_2.in
- - rw-r--r-- 162 gt_cds_test_2.out
- - rw-r--r-- 17 gt_cds_test_3.fas
- - rw-r--r-- 109 gt_cds_test_3.in
- - rw-r--r-- 162 gt_cds_test_3.out
- - rw-r--r-- 15 gt_cds_test_4.fas
- - rw-r--r-- 149 gt_cds_test_4.in
- - rw-r--r-- 201 gt_cds_test_4.out
- - rw-r--r-- 16 gt_cds_test_5.fas
- - rw-r--r-- 153 gt_cds_test_5.in
- - rw-r--r-- 206 gt_cds_test_5.out
- - rw-r--r-- 17 gt_cds_test_6.fas
- - rw-r--r-- 153 gt_cds_test_6.in
- - rw-r--r-- 206 gt_cds_test_6.out
- - rw-r--r-- 26 gt_cds_test_7.fas
- - rw-r--r-- 144 gt_cds_test_7.in
- - rw-r--r-- 244 gt_cds_test_7.out
- - rw-r--r-- 36 gt_cds_test_8.fas
- - rw-r--r-- 148 gt_cds_test_8.in
- - rw-r--r-- 250 gt_cds_test_8.out
- - rw-r--r-- 15 gt_cds_test_9.fas
- - rw-r--r-- 106 gt_cds_test_9.in
- - rw-r--r-- 158 gt_cds_test_9.out
- - rw-r--r-- 24 gt_cds_test_descrange.fas
- - rw-r--r-- 124 gt_cds_test_descrange.in
- - rw-r--r-- 174 gt_cds_test_descrange.out
- - rw-r--r-- 48 gt_chseqids_test_1.chseqids
- - rw-r--r-- 142 gt_chseqids_test_1.gff3
- - rw-r--r-- 142 gt_chseqids_test_1.out
- - rw-r--r-- 48 gt_chseqids_test_2.chseqids
- - rw-r--r-- 142 gt_chseqids_test_2.gff3
- - rw-r--r-- 109 gt_chseqids_test_2.out
- - rw-r--r-- 32 gt_chseqids_test_3.chseqids
- - rw-r--r-- 142 gt_chseqids_test_3.gff3
- - rw-r--r-- 30 gt_chseqids_test_4.chseqids
- - rw-r--r-- 122 gt_chseqids_test_4.gff3
- - rw-r--r-- 128 gt_chseqids_test_4.out
- - rw-r--r-- 47 gt_chseqids_test_5.chseqids
- - rw-r--r-- 234 gt_chseqids_test_5.gff3
- - rw-r--r-- 204 gt_chseqids_test_5.out
- - rw-r--r-- 204 gt_chseqids_test_5.sorted_out
- - rw-r--r-- 33 gt_chseqids_test_6.chseqids
- - rw-r--r-- 188 gt_chseqids_test_6.gff3
- - rw-r--r-- 154 gt_chseqids_test_6.out
- - rw-r--r-- 68 gt_csa_prob_1.debug
- - rw-r--r-- 484 gt_csa_prob_1.in
- - rw-r--r-- 355 gt_csa_prob_1.out
- - rw-r--r-- 161 gt_csa_prob_2.debug
- - rw-r--r-- 939 gt_csa_prob_2.in
- - rw-r--r-- 694 gt_csa_prob_2.out
- - rw-r--r-- 161 gt_csa_prob_3.debug
- - rw-r--r-- 498 gt_csa_prob_3.in
- - rw-r--r-- 500 gt_csa_prob_3.out
- - rw-r--r-- 69 gt_csa_prob_4.debug
- - rw-r--r-- 561 gt_csa_prob_4.in
- - rw-r--r-- 627 gt_csa_prob_4.out
- - rw-r--r-- 1,991 gt_csa_prob_5.in
- - rw-r--r-- 1,102 gt_csa_prob_5.out
- - rw-r--r-- 4,138 gt_csa_prob_6.in
- - rw-r--r-- 1,235 gt_csa_prob_6.out
- - rw-r--r-- 133 gt_csa_test_1.in
- - rw-r--r-- 25,832 gt_encseq_col_test1.fasta
- - rw-r--r-- 281 gt_encseq_eqlen_last_empty.fas
- - rw-r--r-- 135 gt_eval_ltr_prob_1.out
- - rw-r--r-- 46,628 gt_eval_ltr_prob_1.prediction
- - rw-r--r-- 8,101 gt_eval_ltr_prob_1.reality
- - rw-r--r-- 37,296 gt_eval_ltr_test_1.in
- - rw-r--r-- 132 gt_eval_ltr_test_1.out
- - rw-r--r-- 128 gt_eval_ltr_test_2.out
- - rw-r--r-- 162 gt_eval_ltr_test_2.prediction
- - rw-r--r-- 162 gt_eval_ltr_test_2.reality
- - rw-r--r-- 128 gt_eval_ltr_test_3.out
- - rw-r--r-- 170 gt_eval_ltr_test_3.prediction
- - rw-r--r-- 280 gt_eval_ltr_test_3.reality
- - rw-r--r-- 128 gt_eval_ltr_test_4.out
- - rw-r--r-- 280 gt_eval_ltr_test_4.prediction
- - rw-r--r-- 170 gt_eval_ltr_test_4.reality
- - rw-r--r-- 128 gt_eval_ltr_test_5.out
- - rw-r--r-- 48 gt_eval_ltr_test_5.prediction
- - rw-r--r-- 162 gt_eval_ltr_test_5.reality
- - rw-r--r-- 128 gt_eval_ltr_test_6.out
- - rw-r--r-- 162 gt_eval_ltr_test_6.prediction
- - rw-r--r-- 48 gt_eval_ltr_test_6.reality
- - rw-r--r-- 128 gt_eval_ltr_test_7.out
- - rw-r--r-- 160 gt_eval_ltr_test_7.prediction
- - rw-r--r-- 162 gt_eval_ltr_test_7.reality
- - rw-r--r-- 128 gt_eval_ltr_test_8.out
- - rw-r--r-- 160 gt_eval_ltr_test_8.prediction
- - rw-r--r-- 280 gt_eval_ltr_test_8.reality
- - rw-r--r-- 128 gt_eval_ltr_test_9.out
- - rw-r--r-- 278 gt_eval_ltr_test_9.prediction
- - rw-r--r-- 162 gt_eval_ltr_test_9.reality
- - rw-r--r-- 2,844 gt_eval_prob_1.out
- - rw-r--r-- 2,844 gt_eval_prob_1.out_swapped
- - rw-r--r-- 1,533 gt_eval_prob_1.prediction
- - rw-r--r-- 2,468 gt_eval_prob_1.reality
- - rw-r--r-- 17,179 gt_eval_test_1.in
- - rw-r--r-- 3,166 gt_eval_test_1.out
- - rw-r--r-- 46 gt_eval_test_10.in
- - rw-r--r-- 3,098 gt_eval_test_10.out
- - rw-r--r-- 3,104 gt_eval_test_2.nuc
- - rw-r--r-- 2,836 gt_eval_test_2.out
- - rw-r--r-- 204 gt_eval_test_2.prediction
- - rw-r--r-- 204 gt_eval_test_2.reality
- - rw-r--r-- 3,099 gt_eval_test_3.nuc
- - rw-r--r-- 2,836 gt_eval_test_3.out
- - rw-r--r-- 204 gt_eval_test_3.prediction
- - rw-r--r-- 48 gt_eval_test_3.reality
- - rw-r--r-- 3,099 gt_eval_test_4.nuc
- - rw-r--r-- 2,836 gt_eval_test_4.out
- - rw-r--r-- 48 gt_eval_test_4.prediction
- - rw-r--r-- 204 gt_eval_test_4.reality
- - rw-r--r-- 3,106 gt_eval_test_5.nuc
- - rw-r--r-- 2,836 gt_eval_test_5.out
- - rw-r--r-- 530 gt_eval_test_5.prediction
- - rw-r--r-- 289 gt_eval_test_5.reality
- - rw-r--r-- 3,106 gt_eval_test_6.nuc
- - rw-r--r-- 2,836 gt_eval_test_6.out
- - rw-r--r-- 530 gt_eval_test_6.prediction
- - rw-r--r-- 289 gt_eval_test_6.reality
- - rw-r--r-- 3,106 gt_eval_test_7.nuc
- - rw-r--r-- 2,836 gt_eval_test_7.out
- - rw-r--r-- 453 gt_eval_test_7.prediction
- - rw-r--r-- 289 gt_eval_test_7.reality
- - rw-r--r-- 3,106 gt_eval_test_8.nuc
- - rw-r--r-- 2,836 gt_eval_test_8.out
- - rw-r--r-- 453 gt_eval_test_8.prediction
- - rw-r--r-- 289 gt_eval_test_8.reality
- - rw-r--r-- 239 gt_eval_test_9.in
- - rw-r--r-- 3,106 gt_eval_test_9.out
- - rw-r--r-- 2,684 gt_evalviz_test.out
- - rw-r--r-- 240,253 gt_evalviz_test.prediction
- - rw-r--r-- 296,821 gt_evalviz_test.reality
- - rw-r--r-- 425 gt_extractfeat_mappings.fas
- - rw-r--r-- 226 gt_extractfeat_mappings.gff3
- - rw-r--r-- 530 gt_extractfeat_mappings.md5.gff3
- - rw-r--r-- 76 gt_extractfeat_mappings_md5.fas
- - rw-r--r-- 76 gt_extractfeat_mappings_ref.fas
- - rw-r--r-- 76 gt_extractfeat_mappings_ref.md5.fas
- - rw-r--r-- 213 gt_extractfeat_mappings_sep1.fas
- - rw-r--r-- 212 gt_extractfeat_mappings_sep2.fas
- - rw-r--r-- 132 gt_extractfeat_mappings_seprm.lua
- - rw-r--r-- 106 gt_extractfeat_mappings_seprm_bar.fas
- - rw-r--r-- 106 gt_extractfeat_mappings_seprm_baz.fas
- - rw-r--r-- 106 gt_extractfeat_mappings_seprm_foo.fas
- - rw-r--r-- 107 gt_extractfeat_mappings_seprm_quux.fas
- - rw-r--r-- 283 gt_extractfeat_matchdescstart_1.fas
- - rw-r--r-- 106 gt_extractfeat_matchdescstart_1.gff3
- - rw-r--r-- 60 gt_extractfeat_matchdescstart_1.out
- - rw-r--r-- 491 gt_extractfeat_matchdescstart_2.fas
- - rw-r--r-- 308 gt_extractfeat_phase.fas
- - rw-r--r-- 652 gt_extractfeat_phase.gff3
- - rw-r--r-- 204 gt_extractfeat_phase.out
- - rw-r--r-- 652 gt_extractfeat_phase_fix.gff3
- - rw-r--r-- 204 gt_extractfeat_phase_fix.out
- - rw-r--r-- 169 gt_extractfeat_retainids.fas
- - rw-r--r-- 1,344 gt_extractfeat_retainids.gff3
- - rw-r--r-- 133 gt_extractfeat_retainids_join.fas
- - rw-r--r-- 362 gt_extractfeat_seqid.fas
- - rw-r--r-- 412 gt_extractfeat_seqid_target.fas
- - rw-r--r-- 2,245 gt_extractfeat_seqid_target.gff3
- - rw-r--r-- 106 gt_extractfeat_succ_1.fas
- - rw-r--r-- 57 gt_extractfeat_succ_1.fas.gz
- - rw-r--r-- 68 gt_extractfeat_succ_1.gff3
- - rw-r--r-- 19 gt_extractfeat_succ_1.out
- - rw-r--r-- 106 gt_extractfeat_succ_2.fas
- - rw-r--r-- 184 gt_extractfeat_succ_2.gff3
- - rw-r--r-- 109 gt_extractfeat_succ_2.out1
- - rw-r--r-- 57 gt_extractfeat_succ_2.out2
- - rw-r--r-- 48 gt_extractfeat_succ_2.out3
- - rw-r--r-- 106 gt_extractfeat_succ_3.fas
- - rw-r--r-- 316 gt_extractfeat_succ_3.gff3
- - rw-r--r-- 76 gt_extractfeat_succ_3.out
- - rw-r--r-- 1,850 gt_extractfeat_target.fas
- - rw-r--r-- 106 gt_fingerprint_extract.out
- - rw-r--r-- 15,056 gt_gff3_addintrons_overlapping_exons.gff3
- - rw-r--r-- 30,195 gt_gff3_addintrons_overlapping_exons_with_introns.gff3
- - rw-r--r-- 90 gt_gff3_fail_1.gff3
- - rw-r--r-- 71 gt_gff3_illegal_feature_start.gff3
- - rw-r--r-- 71 gt_gff3_illegal_region_start.gff3
- - rw-r--r-- 2,633 gt_gff3_linesort.in.gff3
- - rw-r--r-- 2,577 gt_gff3_linesort.out.gff3
- - rw-r--r-- 2,605 gt_gff3_linesort2.in.gff3
- - rw-r--r-- 2,553 gt_gff3_linesort2.out.gff3
- - rw-r--r-- 146 gt_gff3_offset_test.gff3
- - rw-r--r-- 142 gt_gff3_offset_test.out-1
- - rw-r--r-- 134 gt_gff3_offset_test.out-999
- - rw-r--r-- 150 gt_gff3_offset_test.out1000
- - rw-r--r-- 142 gt_gff3_offsetfile_test.gff3
- - rw-r--r-- 42 gt_gff3_offsetfile_test.offsetfile
- - rw-r--r-- 148 gt_gff3_offsetfile_test.out
- - rw-r--r-- 313 gt_gff3_phases1.gff3
- - rw-r--r-- 281 gt_gff3_phases1.out
- - rw-r--r-- 313 gt_gff3_phases2.gff3
- - rw-r--r-- 4,511 gt_gff3_phases3.gff3
- - rw-r--r-- 4,416 gt_gff3_phases3.out
- - rw-r--r-- 399 gt_gff3_phases4.gff3
- - rw-r--r-- 399 gt_gff3_phases5.gff3
- - rw-r--r-- 399 gt_gff3_phases6.gff3
- - rw-r--r-- 399 gt_gff3_phases7.gff3
- - rw-r--r-- 996 gt_gff3_prob_1.gff3
- - rw-r--r-- 911 gt_gff3_prob_10.in
- - rw-r--r-- 903 gt_gff3_prob_10.out
- - rw-r--r-- 1,124 gt_gff3_prob_11.in
- - rw-r--r-- 1,088 gt_gff3_prob_11.out
- - rw-r--r-- 288 gt_gff3_prob_12.gff3
- - rw-r--r-- 626 gt_gff3_prob_13.gff3
- - rw-r--r-- 600 gt_gff3_prob_2.in
- - rw-r--r-- 571 gt_gff3_prob_2.out
- - rw-r--r-- 1,103 gt_gff3_prob_3.gff3
- - rw-r--r-- 284 gt_gff3_prob_4.gff3
- - rw-r--r-- 35,360 gt_gff3_prob_5.in
- - rw-r--r-- 35,432 gt_gff3_prob_5.out
- - rw-r--r-- 1,792 gt_gff3_prob_6.in
- - rw-r--r-- 1,756 gt_gff3_prob_7.in
- - rw-r--r-- 1,510 gt_gff3_prob_7.sorted
- - rw-r--r-- 1,510 gt_gff3_prob_7.unsorted
- - rw-r--r-- 158 gt_gff3_prob_8.in
- - rw-r--r-- 164 gt_gff3_prob_8.out
- - rw-r--r-- 133 gt_gff3_prob_9.in
- - rw-r--r-- 139 gt_gff3_prob_9.out
- - rw-r--r-- 77 gt_gff3_range_check.gff3
- - rw-r--r-- 76 gt_gff3_range_check2.gff3
- - rw-r--r-- 76 gt_gff3_range_check3.gff3
- - rw-r--r-- 133 gt_gff3_test_1.in
- - rw-r--r-- 125 gt_gff3_test_1.out
- - rw-r--r-- 62 gt_gff3_test_10.gff3
- - rw-r--r-- 96 gt_gff3_test_11.gff3
- - rw-r--r-- 108 gt_gff3_test_12.gff3
- - rw-r--r-- 105 gt_gff3_test_13.gff3
- - rw-r--r-- 158 gt_gff3_test_14.gff3
- - rw-r--r-- 96 gt_gff3_test_15.gff3
- - rw-r--r-- 122 gt_gff3_test_15.out
- - rw-r--r-- 85 gt_gff3_test_16.gff3
- - rw-r--r-- 59 gt_gff3_test_17.gff3
- - rw-r--r-- 93 gt_gff3_test_18.gff3
- - rw-r--r-- 16 gt_gff3_test_19.gff3
- - rw-r--r-- 18 gt_gff3_test_2.gff3
- - rw-r--r-- 16 gt_gff3_test_20.gff3
- - rw-r--r-- 16 gt_gff3_test_21.gff3
- - rw-r--r-- 557 gt_gff3_test_22.gff3
- - rw-r--r-- 264 gt_gff3_test_23.gff3
- - rw-r--r-- 294 gt_gff3_test_24.gff3
- - rw-r--r-- 104 gt_gff3_test_25.gff3
- - rw-r--r-- 120 gt_gff3_test_25.out
- - rw-r--r-- 70 gt_gff3_test_26.gff3
- - rw-r--r-- 92 gt_gff3_test_27.gff3
- - rw-r--r-- 17 gt_gff3_test_3.gff3
- - rw-r--r-- 34 gt_gff3_test_4.gff3
- - rw-r--r-- 45 gt_gff3_test_5.gff3
- - rw-r--r-- 48 gt_gff3_test_6.gff3
- - rw-r--r-- 47 gt_gff3_test_7.gff3
- - rw-r--r-- 49 gt_gff3_test_8.gff3
- - rw-r--r-- 49 gt_gff3_test_9.gff3
- - rw-r--r-- 293 gt_gff3_undefined_range.gff3
- - rw-r--r-- 311 gt_gff3_undefined_range_parent.gff3
- - rw-r--r-- 243 gt_gff3_undefined_range_tidy.gff3
- - rw-r--r-- 105 gt_gff3_whitespace_problem.gff3
- - rw-r--r-- 16,640 gt_gtf_to_gff3_test.gff3
- - rw-r--r-- 16,628 gt_gtf_to_gff3_test.gtf
- - rw-r--r-- 3,415 gt_gtf_to_gff3_test_fail_no_flank.gtf
- - rw-r--r-- 6,415 gt_gtf_to_gff3_test_inconsistent_strand1.gtf
- - rw-r--r-- 6,837 gt_gtf_to_gff3_test_inconsistent_strand2.gtf
- - rw-r--r-- 12,578 gt_gtf_to_gff3_test_stop_codon_in_cds.gff3
- - rw-r--r-- 12,506 gt_gtf_to_gff3_test_stop_codon_in_cds.gtf
- - rw-r--r-- 12,578 gt_gtf_to_gff3_test_stop_codon_in_cds2.gff3
- - rw-r--r-- 12,506 gt_gtf_to_gff3_test_stop_codon_in_cds2.gtf
- - rw-r--r-- 110 gt_linspace_align_affine_test_1.fas
- - rw-r--r-- 91 gt_linspace_align_affine_test_2.fas
- - rw-r--r-- 15 gt_linspace_align_affine_test_3.fas
- - rw-r--r-- 162 gt_linspace_align_global_affine_special_cases.out
- - rw-r--r-- 817 gt_linspace_align_global_affine_test_1.out
- - rw-r--r-- 284 gt_linspace_align_global_affine_test_2.out
- - rw-r--r-- 162 gt_linspace_align_global_linear_special_cases.out
- - rw-r--r-- 2,632 gt_linspace_align_global_test_1.out
- - rw-r--r-- 2,632 gt_linspace_align_global_test_2.out
- - rw-r--r-- 286 gt_linspace_align_local_affine_special_cases.out
- - rw-r--r-- 822 gt_linspace_align_local_affine_test_1.out
- - rw-r--r-- 286 gt_linspace_align_local_linear_special_cases.out
- - rw-r--r-- 68 gt_linspace_align_local_test_1.out
- - rw-r--r-- 44 gt_linspace_align_local_test_2.out
- - rw-r--r-- 145 gt_linspace_align_local_test_3.out
- - rw-r--r-- 11 gt_linspace_align_special_cases_test_1.fas
- - rw-r--r-- 66 gt_linspace_align_special_cases_test_2.fas
- - rw-r--r-- 15 gt_linspace_align_test_1.fas
- - rw-r--r-- 12 gt_linspace_align_test_2.fas
- - rw-r--r-- 9 gt_linspace_align_test_3.fas
- - rw-r--r-- 61 gt_linspace_align_test_4.fas
- - rw-r--r-- 3,287 gt_loccheck_containment_fail.gff3
- - rw-r--r-- 85 gt_merge_prob_1.in1
- - rw-r--r-- 87 gt_merge_prob_1.in2
- - rw-r--r-- 119 gt_merge_prob_1.out
- - rw-r--r-- 91 gt_merge_prob_2.in1
- - rw-r--r-- 85 gt_merge_prob_2.in2
- - rw-r--r-- 119 gt_merge_prob_2.out
- - rw-r--r-- 2 gt_mmapandread_test_1.in
- - rw-r--r-- 0 gt_mmapandread_test_2.in
- - rw-r--r-- 1 gt_mmapandread_test_3.in
- - rw-r--r-- 0 gt_mmapandread_test_4.in
- - rw-r--r-- 10,202 gt_mutate_test_1.fas
- - rw-r--r-- 10,018 gt_mutate_test_1.out
- - rw-r--r-- 10,202 gt_mutate_test_2.fas
- - rw-r--r-- 10,029 gt_mutate_test_2.out
- - rw-r--r-- 20,042 gt_mutate_test_both.out
- - rw-r--r-- 6,263 gt_regioncov_test_1.out
- - rw-r--r-- 979 gt_regioncov_test_2.out
- - rw-r--r-- 141 gt_select_encode.out
- - rw-r--r-- 53 gt_select_test.out
- - rw-r--r-- 53 gt_select_test_contain.1000-8999
- - rw-r--r-- 781 gt_select_test_contain.1000-9000
- - rw-r--r-- 53 gt_select_test_contain.1001-9000
- - rw-r--r-- 460 gt_seqlensort_test.fas
- - rw-r--r-- 399 gt_seqlensort_test_sorted.fas
- - rw-r--r-- 114 gt_seqorder_test.fas
- - rw-r--r-- 114 gt_seqorder_test_revsort.fas
- - rw-r--r-- 114 gt_seqorder_test_sort.fas
- - rw-r--r-- 114 gt_seqorder_test_sorthdr.fas
- - rw-r--r-- 114 gt_seqorder_test_sortlength.fas
- - rw-r--r-- 271 gt_sequniq_rev_bug.fas
- - rw-r--r-- 216 gt_sequniq_rev_bug.out
- - rw-r--r-- 471 gt_sketch_multiline_without_parent.gff3
- - rw-r--r-- 321 gt_sketch_textwidth.gff3
- - rw-r--r-- 84 gt_sketch_textwidth_0.recmaps
- - rw-r--r-- 83 gt_sketch_textwidth_1.recmaps
- - rw-r--r-- 87 gt_sketch_textwidth_2.recmaps
- - rw-r--r-- 121 gt_splicesiteinfo_prob_1.gff3
- - rw-r--r-- 10 gt_splicesiteinfo_test_1.fas
- - rw-r--r-- 67 gt_splicesiteinfo_test_1.gff3
- - rw-r--r-- 198 gt_splicesiteinfo_test_1.out
- - rw-r--r-- 10 gt_splicesiteinfo_test_2.fas
- - rw-r--r-- 67 gt_splicesiteinfo_test_2.gff3
- - rw-r--r-- 198 gt_splicesiteinfo_test_2.out
- - rw-r--r-- 67 gt_splicesiteinfo_test_3.gff3
- - rw-r--r-- 18 gt_splicesiteinfo_test_4.fas
- - rw-r--r-- 119 gt_splicesiteinfo_test_4.gff3
- - rw-r--r-- 237 gt_splicesiteinfo_test_4.out
- - rw-r--r-- 22 gt_splicesiteinfo_test_5.fas
- - rw-r--r-- 141 gt_splicesiteinfo_test_5.gff3
- - rw-r--r-- 198 gt_splicesiteinfo_test_5.out
- - rw-r--r-- 67 gt_splicesiteinfo_test_6.gff3
- - rw-r--r-- 28 gt_splicesiteinfo_test_6.mapping
- - rw-r--r-- 302 gt_stat_cdslengthdistri.out
- - rw-r--r-- 1,900 gt_stat_exonnumberdistri_encode.out
- - rw-r--r-- 219 gt_stat_exonnumberdistri_standard.out
- - rw-r--r-- 139 gt_stat_source.out
- - rw-r--r-- 119 gt_stat_test_1.out
- - rw-r--r-- 185 gt_stat_test_2.out
- - rw-r--r-- 341 gt_stat_test_3.out
- - rw-r--r-- 278 gt_stat_test_4.out
- - rw-r--r-- 182 gt_stat_test_5.out
- - rw-r--r-- 195 gt_stat_test_6.out
- - rw-r--r-- 11 gt_translate.in
- - rw-r--r-- 35 gt_translate.out
- - rw-r--r-- 99 gt_uniq_test_1.gff3
- - rw-r--r-- 73 gt_uniq_test_1.out
- - rw-r--r-- 99 gt_uniq_test_2.gff3
- - rw-r--r-- 99 gt_uniq_test_2.out
- - rw-r--r-- 103 gt_uniq_test_3.gff3
- - rw-r--r-- 73 gt_uniq_test_3.out
- - rw-r--r-- 103 gt_uniq_test_4.gff3
- - rw-r--r-- 73 gt_uniq_test_4.out
- - rw-r--r-- 131 gt_uniq_test_5.gff3
- - rw-r--r-- 73 gt_uniq_test_5.out
- - rw-r--r-- 1,515 gt_uniq_test_6.gff3
- - rw-r--r-- 781 gt_uniq_test_6.out
- - rw-r--r-- 729 gt_view.sh
- - rw-r--r-- 16 gt_view_prob_1.gff3
- - rw-r--r-- 53 gt_view_prob_2.gff3
- - rw-r--r-- 16 header.gff3
- - rw-r--r-- 21 header_3_1_21.gff3
- - rw-r--r-- 1,152 identity_score_matrix
- - rw-r--r-- 96 illegal_is_circular_value.gff3
- - rw-r--r-- 94 illegal_uppercase_attribute.gff3
- - rw-r--r-- 117 inconsistent_sequence_ids.gff3
- - rw-r--r-- 145 interfeat_pseudo.gff3
- - rw-r--r-- 184 interfeat_pseudo.out
- - rw-r--r-- 1,916 invalidregex.XRF_abbr
- - rw-r--r-- 1,913 invalidtag.XRF_abbr
- - rw-r--r-- 238 is_circular_example.gff3
- - rw-r--r-- 250 is_circular_example_with_sequence_region.gff3
- - rw-r--r-- 1,752 linesort_test_1.gff3
- - rw-r--r-- 1,496 linesort_test_1.out
- - rw-r--r-- 1,758 linesort_test_2.gff3
- - rw-r--r-- 1,502 linesort_test_2.out
- - rw-r--r-- 1,740 linesort_test_3.gff3
- - rw-r--r-- 1,520 linesort_test_3.out
- - rw-r--r-- 50 lua_aaseq.fas
- - rw-r--r-- 59 lua_dnaseq.fas
- - rw-r--r-- 878 marker.fas
- - rw-r--r-- 23 marker.out
- - rw-r--r-- 292 match_part_gap.gff3
- - rw-r--r-- 13,241 matchtool_blast.db
- - rw-r--r-- 1,099,833 matchtool_blast.match
- - rw-r--r-- 3,251 matchtool_blast.match.bz2
- - rw-r--r-- 12,473 matchtool_blast.match.gz
- - rw-r--r-- 510,002 matchtool_blast.out
- - rw-r--r-- 1,323 matchtool_blast_corrupt.match
- - rw-r--r-- 0 matchtool_blast_empty.match
- - rw-r--r-- 82 matchtool_blast_empty.out
- - rw-r--r-- 1,313 matchtool_blast_neg.match
- - rw-r--r-- 1,282 matchtool_blast_too_few.match
- - rw-r--r-- 1,322 matchtool_blast_too_many.match
- - rw-r--r-- 1,588 matchtool_blastalln.out
- - rw-r--r-- 648 matchtool_blastallp.out
- - rw-r--r-- 13,241 matchtool_blastn.db
- - rw-r--r-- 327 matchtool_blastn.out
- - rw-r--r-- 1,502 matchtool_blastn.query
- - rw-r--r-- 1,886 matchtool_blastp.db
- - rw-r--r-- 569 matchtool_blastp.out
- - rw-r--r-- 397 matchtool_blastp.query
- - rw-r--r-- 957,344 matchtool_open.match
- - rw-r--r-- 1,274 matchtool_open.match.bz2
- - rw-r--r-- 8,859 matchtool_open.match.gz
- - rw-r--r-- 327,981 matchtool_open.out
- - rw-r--r-- 721 matchtool_open_corrupt.match
- - rw-r--r-- 0 matchtool_open_empty.match
- - rw-r--r-- 57 matchtool_open_empty.out
- - rw-r--r-- 698 matchtool_open_neg.match
- - rw-r--r-- 659 matchtool_open_too_few.match
- - rw-r--r-- 703 matchtool_open_too_many.match
- - rw-r--r-- 6,857 matchtool_see-ext.match
- - rw-r--r-- 222 md5_seqid_missing_seqid.gff3
- - rw-r--r-- 220 md5_seqid_too_short.gff3
- - rw-r--r-- 229 md5_seqid_wrong_separator.gff3
- - rw-r--r-- 746 merge_with_seq.gff3
- - rw-r--r-- 167 mergefeat.gff3
- - rw-r--r-- 133 mergefeat.out
- - rw-r--r-- 288 mergefeat_no_merge.gff3
- - rw-r--r-- 238 meta_directives.gff3
- - rw-r--r-- 141 mini_peptide_repeats.fas
- - rw-r--r-- 611 minimal_fasta.gff3
- - rw-r--r-- 603 minimal_fasta_without_directive.gff3
- - rw-r--r-- 765 missing_gff3_header.gff3
- - rw-r--r-- 1,878 missingabbr.XRF_abbr
- - rw-r--r-- 141 multi_feature_different_sequence_id.gff3
- - rw-r--r-- 576 multi_feature_multi.gff3
- - rw-r--r-- 87 multi_feature_orphan_fail.gff3
- - rw-r--r-- 1,310 multi_feature_orphan_succ.gff3
- - rw-r--r-- 196 multi_feature_simple.gff3
- - rw-r--r-- 196 multi_feature_simple_reverted.gff3
- - rw-r--r-- 157 multi_feature_undefined_parent.gff3
- - rw-r--r-- 439 multi_feature_with_different_parent_1.gff3
- - rw-r--r-- 411 multi_feature_with_different_parent_1_tidy.gff3
- - rw-r--r-- 243 multi_feature_with_different_parent_2.gff3
- - rw-r--r-- 292 multi_feature_with_different_parent_2_tidy.gff3
- - rw-r--r-- 797 multiple_header_lines.gff3
- - rw-r--r-- 425 multiple_top_level_parents.gff3
- - rw-r--r-- 1,439 not_sorted.gff3
- - rw-r--r-- 25 nowildcardatend.fna
- - rw-r--r-- 51 nowildcardatend_rev.fna
- - rw-r--r-- 42 order_sketch_out.txt
- - rw-r--r-- 328 orphaned_parent.gff3
- - rw-r--r-- 51 png_devel_1.gff3
- - rw-r--r-- 771 png_devel_10.gff3
- - rw-r--r-- 1,067 png_devel_11.gff3
- - rw-r--r-- 227 png_devel_12.gff3
- - rw-r--r-- 94 png_devel_2.gff3
- - rw-r--r-- 154 png_devel_3.gff3
- - rw-r--r-- 342 png_devel_4.gff3
- - rw-r--r-- 214 png_devel_5.gff3
- - rw-r--r-- 432 png_devel_6.gff3
- - rw-r--r-- 627 png_devel_7.gff3
- - rw-r--r-- 355 png_devel_8.gff3
- - rw-r--r-- 651 png_devel_9.gff3
- - rw-r--r-- 771 png_prob_1.gff3
- - rw-r--r-- 1,067 png_prob_2.gff3
- - rw-r--r-- 1,935 png_prob_3.gff3
- - rw-r--r-- 563 png_prob_4.gff3
- - rw-r--r-- 371 png_prob_5.gff3
- - rw-r--r-- 627 png_test_1.gff3
- - rw-r--r-- 486 png_test_3.gff3
- - rw-r--r-- 357 problematic.fas
- - rw-r--r-- 300 pseudo_feature_minimal.gff3
- - rw-r--r-- 3,299 query-fwd.match
- - rw-r--r-- 3,293 query-rev.match
- - rw-r--r-- 320 rcr_testreads.fq
- - rw-r--r-- 543 rcr_testreads_on_seq.bam
- - rw-r--r-- 176 rcr_testreads_on_seq.bam.bai
- - rw-r--r-- 1,222 rcr_testreads_on_seq.sam
- - rw-r--r-- 46 rcr_testseq.fa
- - rw-r--r-- 33 rcr_testseq.fa.fai
- - rw-r--r-- 34 regionmapping_1.lua
- - rw-r--r-- 44 regionmapping_2.lua
- - rw-r--r-- 36 regionmapping_3.lua
- - rw-r--r-- 76 regionmapping_4.lua
- - rw-r--r-- 36 regionmapping_5.lua
- - rw-r--r-- 94 regionmapping_6.lua
- - rw-r--r-- 1,199 resetsource.gff3
- - rw-r--r-- 1,319 resetsource.out
- - rw-r--r-- 76 retain_1.gff3
- - rw-r--r-- 46 retain_2.gff3
- - rw-r--r-- 172 retain_both.gff3
- - rw-r--r-- 631 retainids.gff3
- - rw-r--r-- 137 reverse_feature_order.gff3
- - rw-r--r-- 141 reverse_feature_order.out
- - rw-r--r-- 184 reverse_feature_order_multiple_parents.gff3
- - rw-r--r-- 184 reverse_feature_order_multiple_parents.out
- - rw-r--r-- 781 reverse_standard_gene_as_tree.gff3
- - rw-r--r-- 114 revision_numbers.gff3
- - rw-r--r-- 93 revision_numbers.out
- - rw-r--r-- 69 sain.fna
- - rw-r--r-- 307 script_example.out
- - rw-r--r-- 98 script_filter_output.txt
- - rw-r--r-- 744 see-ext-U8-evalue-bitscore.matches
- - rw-r--r-- 302 see-ext-ani-at1MB-U8.txt
- - rw-r--r-- 413,150 see-ext-at1MB-400-al-from-dtrace.matches
- - rw-r--r-- 23,335 see-ext-at1MB-400-cigar.matches
- - rw-r--r-- 41,285 see-ext-at1MB-400-cigarX.matches
- - rw-r--r-- 13,470 see-ext-at1MB-400-dtrace.matches
- - rw-r--r-- 11,318 see-ext-at1MB-400-evalue-bitscore.matches
- - rw-r--r-- 21,764 see-ext-at1MB-400-seqdesc.matches
- - rw-r--r-- 10,176 see-ext-at1MB-400-seqlength.matches
- - rw-r--r-- 14,999 see-ext-at1MB-400-trace.matches
- - rw-r--r-- 58,521 see-ext-at1MB-500-al.matches
- - rw-r--r-- 18,031 see-ext-at1MB-500-alignment-seed_in_algn.matches
- - rw-r--r-- 53,393 see-ext-at1MB-500-failed_seed.matches
- - rw-r--r-- 821 see-ext-at1MB-Atinsert100-evalue-bitscore-cigar-seqlength.matches
- - rw-r--r-- 2,433 see-ext-at1MB-Atinsert100-evalue-bitscore-cigarX-seqlength.matches
- - rw-r--r-- 2,683 see-ext-at1MB-U8-200-al-from-dtrace.matches
- - rw-r--r-- 4,878 see-ext-at1MB-maxmat250.matches
- - rw-r--r-- 20,378 see-ext-at1MB-mincoverage200-tabsep.matches
- - rw-r--r-- 1,030 see-ext-at1MB-u8-failed_seed-evalue.matches
- - rw-r--r-- 1,416 see-ext-at1MB-u8-maxmat30.matches
- - rw-r--r-- 48,912 see-ext-at1MB-u8.matches
- - rw-r--r-- 68,442 see-ext-at1MB.matches
- - rw-r--r-- 3,544 see-ext-fastq_long-u8.matches
- - rw-r--r-- 1,393 see-ext-fastq_long.matches
- - rw-r--r-- 0 see-ext-paired-u8.matches
- - rw-r--r-- 80 see-ext-paired.matches
- - rw-r--r-- 264 seedextend1.out.gz
- - rw-r--r-- 233,171 seedextend2.out.gz
- - rw-r--r-- 111 seedextend3.out
- - rw-r--r-- 107 self_referential.gff3
- - rw-r--r-- 5,363 seqfilter_prot_wildcard.fas
- - rw-r--r-- 1,780 seqfilter_prot_wildcard_no_wildcards.fas
- - rw-r--r-- 848 sequence_region_1.gff3
- - rw-r--r-- 1,433 sequence_region_2.gff3
- - rw-r--r-- 2,226 sequence_region_joined.gff3
- - rw-r--r-- 54 sequence_region_negative_end.gff3
- - rw-r--r-- 54 sequence_region_negative_start.gff3
- - rw-r--r-- 138 shorten_desc.clipped.fas
- - rw-r--r-- 684 shorten_desc.embl
- - rw-r--r-- 187 shorten_desc.fas
- - rw-r--r-- 439 shorten_desc.gbk
- - rw-r--r-- 1,910 shorthand.XRF_abbr
- - rw-r--r-- 112 simple_orphan.gff3
- - rw-r--r-- 273 small_poly.fas
- - rw-r--r-- 1,068 solid_color_reads.fastq
- - rw-r--r-- 712 splice_site_prob.gff3
- - rw-r--r-- 59 splice_site_prob.out
- - rw-r--r-- 819 standard_fasta_example.fas
- - rw-r--r-- 1,577 standard_fasta_example.gff3
- - rw-r--r-- 696 standard_fasta_example_only_annotation.gff3
- - rw-r--r-- 1,213 standard_fasta_example_rejoined.gff3
- - rw-r--r-- 1,620 standard_fasta_example_with_id.gff3
- - rw-r--r-- 1,578 standard_fasta_example_with_id.out
- - rw-r--r-- 1,752 standard_gene_as_dag.gff3
- - rw-r--r-- 1,500 standard_gene_as_dag_sorted.gff3
- - rw-r--r-- 203 standard_gene_as_tree.blocks
- - rw-r--r-- 781 standard_gene_as_tree.gff3
- - rw-r--r-- 53 standard_gene_as_tree.header
- - rw-r--r-- 718 standard_gene_as_tree.hotspots
- - rw-r--r-- 350 standard_gene_as_tree.recmaps
- - rw-r--r-- 31 standard_gene_as_tree.types
- - rw-r--r-- 742 standard_gene_simple.gff3
- - rw-r--r-- 1,146 standard_gene_with_introns_as_tree.gff3
- - rw-r--r-- 5,832 sw100K1.fsa
- - rw-r--r-- 906 sw100K1.magicmatch
- - rw-r--r-- 5,775 sw100K2.fsa
- - rw-r--r-- 879 sw100K2.magicmatch
- - rw-r--r-- 1,591 tRNA.dos.fas
- - rw-r--r-- 471 target_attribute_swapped_range.gff3
- - rw-r--r-- 95 target_attribute_without_strand.gff3
- - rw-r--r-- 141 terminator_separation.gff3
- - rw-r--r-- 1,896 test.XRF_abbr
- - rw-r--r-- 415 test1.fasta
- - rw-r--r-- 631 test1.fastq
- - rw-r--r-- 275 test10_multiline.fastq
- - rw-r--r-- 630 test2_wrong_begin.fastq
- - rw-r--r-- 660 test3_different_seqnames.fastq
- - rw-r--r-- 100 test4_different_seqlengths.fastq
- - rw-r--r-- 458 test5_tricky.fastq
- - rw-r--r-- 567 test6_premature_end.fastq
- - rw-r--r-- 39 test7_empty_seq.fastq
- - rw-r--r-- 622 test9_uneven_length.fastq
- - rw-r--r-- 4 test_1_multiset.txt
- - rw-r--r-- 2 test_1_result.txt
- - rw-r--r-- 10 test_1_text.txt
- - rw-r--r-- 2 test_2_multiset.txt
- - rw-r--r-- 2 test_2_result.txt
- - rw-r--r-- 4 test_2_text.txt
- - rw-r--r-- 3 test_3_multiset.txt
- - rw-r--r-- 4 test_3_result.txt
- - rw-r--r-- 10 test_3_text.txt
- - rw-r--r-- 7,992 testspec.lua
- - rw-r--r-- 372 testspec_fi.lua
- - rw-r--r-- 945 trackname1.out
- - rw-r--r-- 5,456 trackname1.style
- - rw-r--r-- 346 transcript.gff3
- - rw-r--r-- 12,864 transcript.png
- - rw-r--r-- 10,941 transcript.style
- - rw-r--r-- 296 transient_edges_bug.gff3
- - rw-r--r-- 656 trembl-difflenkey.faa
- - rw-r--r-- 651 trembl-emptykey.faa
- - rw-r--r-- 654 trembl-eqlen.faa
- - rw-r--r-- 14 trembl-keys.txt
- - rw-r--r-- 27 trembl-wrongkey.txt
- - rw-r--r-- 657 trembl.faa
- - rw-r--r-- 678 trkeys-result.txt
- - rw-r--r-- 61 trkeys.txt
- - rw-r--r-- 287 trna_glutamine.embl
- - rw-r--r-- 158 trna_glutamine.fna
- - rw-r--r-- 2,056 trna_glutamine.gbk
- - rw-r--r-- 621 trna_glutamine.out
- - rw-r--r-- 168 two_fasta_seqs.gff3
- - rw-r--r-- 108 two_fasta_seqs_without_sequence_regions.gff3
- - rw-r--r-- 145 undefined_parent.gff3
- - rw-r--r-- 40 unknown_meta_directive.gff3
- - rw-r--r-- 36 unknown_meta_directive_without_argument.gff3
- - rw-r--r-- 110 unknowntype.gff3
- - rw-r--r-- 119 unsorted_gff3_file.txt
- - rw-r--r-- 217 uppercase_attributes.gff3
- - rw-r--r-- 25 wildcardatend.fna
- - rw-r--r-- 51 wildcardatend_rev.fna