package info (click to toggle)
htslib 1.16%2Bds-3
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: bookworm
  • size: 9,804 kB
  • sloc: ansic: 59,004; perl: 1,727; makefile: 732; sh: 359

Folder: test

d .. (parent)
d d rwxr-xr-x 4,096 base_mods
d d rwxr-xr-x 4,096 bcf-sr
d d rwxr-xr-x 4,096 fastq
d d rwxr-xr-x 38 fuzz
d d rwxr-xr-x 4,096 longrefs
d d rwxr-xr-x 65 maintainer
d d rwxr-xr-x 4,096 mpileup
d d rwxr-xr-x 4,096 sam_filter
d d rwxr-xr-x 4,096 tabix
- - rw-r--r-- 751 auxf%23values.sam
- - rw-r--r-- 5,152 auxf%23values_java.cram
- - rw-r--r-- 29 auxf.fa
- - rw-r--r-- 18 auxf.fa.fai
- - rw-r--r-- 15 bgziptest.txt
- - rw-r--r-- 181 bgziptest.txt.gz
- - rw-r--r-- 88 bgziptest.txt.gz.gzi
- - rw-r--r-- 148 c1%23bounds.sam
- - rw-r--r-- 337 c1%23clip.sam
- - rw-r--r-- 433 c1%23noseq.sam
- - rw-r--r-- 388 c1%23pad1.sam
- - rw-r--r-- 527 c1%23pad2.sam
- - rw-r--r-- 665 c1%23pad3.sam
- - rw-r--r-- 429 c1%23unknown.sam
- - rw-r--r-- 15 c1.fa
- - rw-r--r-- 14 c1.fa.fai
- - rw-r--r-- 847 c2%23pad.sam
- - rw-r--r-- 14 c2.fa
- - rw-r--r-- 12 c2.fa.fai
- - rw-r--r-- 341 ce%231.sam
- - rw-r--r-- 322,632 ce%231000.sam
- - rw-r--r-- 645 ce%232.sam
- - rw-r--r-- 1,872 ce%235.sam
- - rw-r--r-- 1,836 ce%235b.sam
- - rw-r--r-- 6,784 ce%235b_java.cram
- - rw-r--r-- 2,147,244 ce%23large_seq.sam
- - rw-r--r-- 547 ce%23supp.sam
- - rw-r--r-- 1,638 ce%23tag_depadded.sam
- - rw-r--r-- 1,650 ce%23tag_padded.sam
- - rw-r--r-- 1,325 ce%23unmap.sam
- - rw-r--r-- 2,747 ce%23unmap1.sam
- - rw-r--r-- 5,525 ce%23unmap2.sam
- - rw-r--r-- 1,060,702 ce.fa
- - rw-r--r-- 230 ce.fa.fai
- - rw-r--r-- 268 colons.bam
- - rw-r--r-- 424 colons.bam.bai
- - rwxr-xr-x 6,474 compare_sam.pl
- - rwxr-xr-x 4,307 cross_validate.sh
- - rw-r--r-- 0 emptyfile
- - rw-r--r-- 289 faidx.fa
- - rw-r--r-- 48,599 fastqs.fq
- - rw-r--r-- 4,951 fastqs_README.txt
- - rw-r--r-- 2,438 fieldarith.c
- - rw-r--r-- 910 fieldarith.sam
- - rw-r--r-- 241 formatcols.vcf
- - rw-r--r-- 226 formatmissing-out.vcf
- - rw-r--r-- 226 formatmissing.vcf
- - rwxr-xr-x 3,562 header_syms.pl
- - rw-r--r-- 12,012 hfile.c
- - rw-r--r-- 17,620 hts_endian.c
- - rw-r--r-- 776 index.bam.bai
- - rw-r--r-- 130 index.bam.csi
- - rw-r--r-- 144 index.bcf.csi
- - rw-r--r-- 83 index.cram.crai
- - rw-r--r-- 54,185 index.sam
- - rw-r--r-- 776 index.sam.gz.bai
- - rw-r--r-- 130 index.sam.gz.csi
- - rw-r--r-- 68,888 index.vcf
- - rw-r--r-- 168 index.vcf.gz.csi
- - rw-r--r-- 206 index.vcf.gz.tbi
- - rw-r--r-- 477 index2.sam
- - rw-r--r-- 54,375 index_dos.sam
- - rw-r--r-- 1,017 md%231.sam
- - rw-r--r-- 45 md.fa
- - rw-r--r-- 13 md.fa.fai
- - rw-r--r-- 1,691 no_hdr_sq_1.bam
- - rw-r--r-- 94 no_hdr_sq_1.bam.csi
- - rw-r--r-- 2,019 no_hdr_sq_1.expected.sam
- - rw-r--r-- 325 noroundtrip-out.vcf
- - rw-r--r-- 271 noroundtrip.vcf
- - rw-r--r-- 7,002 pileup.c
- - rw-r--r-- 7,081 pileup_mod.c
- - rw-r--r-- 5,072 plugins-dlhts.c
- - rw-r--r-- 13,337 range.bam
- - rw-r--r-- 360 range.bam.bai
- - rw-r--r-- 11,182 range.cram
- - rw-r--r-- 94 range.cram.crai
- - rw-r--r-- 3,496 range.out
- - rw-r--r-- 719 realn01.fa
- - rw-r--r-- 21 realn01.fa.fai
- - rw-r--r-- 1,843 realn01.sam
- - rw-r--r-- 2,157 realn01_exp-a.sam
- - rw-r--r-- 2,157 realn01_exp-e.sam
- - rw-r--r-- 2,157 realn01_exp.sam
- - rw-r--r-- 3,758 realn02-r.sam
- - rw-r--r-- 4,284 realn02.fa
- - rw-r--r-- 17 realn02.fa.fai
- - rw-r--r-- 2,894 realn02.sam
- - rw-r--r-- 3,758 realn02_exp-a.sam
- - rw-r--r-- 3,758 realn02_exp-e.sam
- - rw-r--r-- 3,758 realn02_exp.sam
- - rw-r--r-- 80,762 sam.c
- - rw-r--r-- 5,634 simple_test_driver.sh
- - rw-r--r-- 98 tabix.out
- - rw-r--r-- 5,167 test-bcf-sr.c
- - rwxr-xr-x 19,566 test-bcf-sr.pl
- - rw-r--r-- 8,964 test-bcf-translate.c
- - rw-r--r-- 869 test-bcf-translate.out
- - rw-r--r-- 3,958 test-bcf_set_variant_type.c
- - rwxr-xr-x 2,601 test-logging.pl
- - rw-r--r-- 7,064 test-parse-reg.c
- - rw-r--r-- 16,871 test-regidx.c
- - rw-r--r-- 23,890 test-vcf-api.c
- - rw-r--r-- 2,064 test-vcf-api.out
- - rw-r--r-- 2,024 test-vcf-hdr-in.vcf
- - rw-r--r-- 1,349 test-vcf-hdr.out
- - rw-r--r-- 3,840 test-vcf-sweep.c
- - rw-r--r-- 92 test-vcf-sweep.out
- - rwxr-xr-x 41,040 test.pl
- - rw-r--r-- 31,594 test_bgzf.c
- - rw-r--r-- 12,549 test_expr.c
- - rw-r--r-- 2,869 test_index.c
- - rw-r--r-- 3,313 test_introspection.c
- - rw-r--r-- 3,639 test_kfunc.c
- - rw-r--r-- 12,102 test_kstring.c
- - rw-r--r-- 7,063 test_mod.c
- - rw-r--r-- 5,057 test_realn.c
- - rw-r--r-- 8,892 test_str2int.c
- - rw-r--r-- 4,581 test_time_funcs.c
- - rw-r--r-- 14,820 test_view.c
- - rw-r--r-- 1,688 thrash_threads1.c
- - rw-r--r-- 1,621 thrash_threads2.c
- - rw-r--r-- 1,729 thrash_threads3.c
- - rw-r--r-- 2,273 thrash_threads4.c
- - rw-r--r-- 2,176 thrash_threads5.c
- - rw-r--r-- 3,412 thrash_threads6.c
- - rw-r--r-- 3,661 thrash_threads7.c
- - rw-r--r-- 2,938 thread_pool.md
- - rw-r--r-- 427 vcf_meta_meta.vcf
- - rwxr-xr-x 2,108 with-shlib.sh
- - rw-r--r-- 1,070 xx%23MD.sam
- - rw-r--r-- 1,159 xx%23MD2.sam
- - rw-r--r-- 71 xx%23blank.sam
- - rw-r--r-- 905,485 xx%23large_aux.sam
- - rw-r--r-- 651 xx%23large_aux2.sam
- - rw-r--r-- 22,668 xx%23large_aux_java.cram
- - rw-r--r-- 254 xx%23minimal.sam
- - rw-r--r-- 304 xx%23pair.sam
- - rw-r--r-- 298 xx%23repeated.sam
- - rw-r--r-- 517 xx%23rg.sam
- - rw-r--r-- 1,028 xx%23tlen.sam
- - rw-r--r-- 1,096 xx%23tlen2.sam
- - rw-r--r-- 267 xx%23triplet.sam
- - rw-r--r-- 320 xx%23unsorted.sam
- - rw-r--r-- 86 xx.fa
- - rw-r--r-- 44 xx.fa.fai