package info
(click to toggle)
Folder: test
| .. (parent) | ||||
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | base_mods | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | bcf-sr | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | fastq | |
| d | rwxr-xr-x | 38 | fuzz | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | longrefs | |
| d | rwxr-xr-x | 65 | maintainer | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | mpileup | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | sam_filter | |
| d | rwxr-xr-x | 4,096 | tabix | |
| - | rw-r--r-- | 751 | auxf%23values.sam | |
| - | rw-r--r-- | 5,152 | auxf%23values_java.cram | |
| - | rw-r--r-- | 29 | auxf.fa | |
| - | rw-r--r-- | 18 | auxf.fa.fai | |
| - | rw-r--r-- | 15 | bgziptest.txt | |
| - | rw-r--r-- | 181 | bgziptest.txt.gz | |
| - | rw-r--r-- | 88 | bgziptest.txt.gz.gzi | |
| - | rw-r--r-- | 148 | c1%23bounds.sam | |
| - | rw-r--r-- | 337 | c1%23clip.sam | |
| - | rw-r--r-- | 433 | c1%23noseq.sam | |
| - | rw-r--r-- | 388 | c1%23pad1.sam | |
| - | rw-r--r-- | 527 | c1%23pad2.sam | |
| - | rw-r--r-- | 665 | c1%23pad3.sam | |
| - | rw-r--r-- | 429 | c1%23unknown.sam | |
| - | rw-r--r-- | 15 | c1.fa | |
| - | rw-r--r-- | 14 | c1.fa.fai | |
| - | rw-r--r-- | 847 | c2%23pad.sam | |
| - | rw-r--r-- | 14 | c2.fa | |
| - | rw-r--r-- | 12 | c2.fa.fai | |
| - | rw-r--r-- | 341 | ce%231.sam | |
| - | rw-r--r-- | 322,632 | ce%231000.sam | |
| - | rw-r--r-- | 645 | ce%232.sam | |
| - | rw-r--r-- | 1,872 | ce%235.sam | |
| - | rw-r--r-- | 1,836 | ce%235b.sam | |
| - | rw-r--r-- | 6,784 | ce%235b_java.cram | |
| - | rw-r--r-- | 2,147,244 | ce%23large_seq.sam | |
| - | rw-r--r-- | 547 | ce%23supp.sam | |
| - | rw-r--r-- | 1,638 | ce%23tag_depadded.sam | |
| - | rw-r--r-- | 1,650 | ce%23tag_padded.sam | |
| - | rw-r--r-- | 1,325 | ce%23unmap.sam | |
| - | rw-r--r-- | 2,747 | ce%23unmap1.sam | |
| - | rw-r--r-- | 5,525 | ce%23unmap2.sam | |
| - | rw-r--r-- | 1,060,702 | ce.fa | |
| - | rw-r--r-- | 230 | ce.fa.fai | |
| - | rw-r--r-- | 268 | colons.bam | |
| - | rw-r--r-- | 424 | colons.bam.bai | |
| - | rwxr-xr-x | 6,474 | compare_sam.pl | |
| - | rwxr-xr-x | 4,307 | cross_validate.sh | |
| - | rw-r--r-- | 0 | emptyfile | |
| - | rw-r--r-- | 289 | faidx.fa | |
| - | rw-r--r-- | 48,599 | fastqs.fq | |
| - | rw-r--r-- | 4,951 | fastqs_README.txt | |
| - | rw-r--r-- | 2,438 | fieldarith.c | |
| - | rw-r--r-- | 910 | fieldarith.sam | |
| - | rw-r--r-- | 241 | formatcols.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 226 | formatmissing-out.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 226 | formatmissing.vcf | |
| - | rwxr-xr-x | 3,562 | header_syms.pl | |
| - | rw-r--r-- | 12,012 | hfile.c | |
| - | rw-r--r-- | 17,620 | hts_endian.c | |
| - | rw-r--r-- | 776 | index.bam.bai | |
| - | rw-r--r-- | 130 | index.bam.csi | |
| - | rw-r--r-- | 144 | index.bcf.csi | |
| - | rw-r--r-- | 83 | index.cram.crai | |
| - | rw-r--r-- | 54,185 | index.sam | |
| - | rw-r--r-- | 776 | index.sam.gz.bai | |
| - | rw-r--r-- | 130 | index.sam.gz.csi | |
| - | rw-r--r-- | 68,888 | index.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 168 | index.vcf.gz.csi | |
| - | rw-r--r-- | 206 | index.vcf.gz.tbi | |
| - | rw-r--r-- | 477 | index2.sam | |
| - | rw-r--r-- | 54,375 | index_dos.sam | |
| - | rw-r--r-- | 1,017 | md%231.sam | |
| - | rw-r--r-- | 45 | md.fa | |
| - | rw-r--r-- | 13 | md.fa.fai | |
| - | rw-r--r-- | 1,691 | no_hdr_sq_1.bam | |
| - | rw-r--r-- | 94 | no_hdr_sq_1.bam.csi | |
| - | rw-r--r-- | 2,019 | no_hdr_sq_1.expected.sam | |
| - | rw-r--r-- | 325 | noroundtrip-out.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 271 | noroundtrip.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 7,002 | pileup.c | |
| - | rw-r--r-- | 7,081 | pileup_mod.c | |
| - | rw-r--r-- | 5,072 | plugins-dlhts.c | |
| - | rw-r--r-- | 13,337 | range.bam | |
| - | rw-r--r-- | 360 | range.bam.bai | |
| - | rw-r--r-- | 11,182 | range.cram | |
| - | rw-r--r-- | 94 | range.cram.crai | |
| - | rw-r--r-- | 3,496 | range.out | |
| - | rw-r--r-- | 719 | realn01.fa | |
| - | rw-r--r-- | 21 | realn01.fa.fai | |
| - | rw-r--r-- | 1,843 | realn01.sam | |
| - | rw-r--r-- | 2,157 | realn01_exp-a.sam | |
| - | rw-r--r-- | 2,157 | realn01_exp-e.sam | |
| - | rw-r--r-- | 2,157 | realn01_exp.sam | |
| - | rw-r--r-- | 3,758 | realn02-r.sam | |
| - | rw-r--r-- | 4,284 | realn02.fa | |
| - | rw-r--r-- | 17 | realn02.fa.fai | |
| - | rw-r--r-- | 2,894 | realn02.sam | |
| - | rw-r--r-- | 3,758 | realn02_exp-a.sam | |
| - | rw-r--r-- | 3,758 | realn02_exp-e.sam | |
| - | rw-r--r-- | 3,758 | realn02_exp.sam | |
| - | rw-r--r-- | 80,762 | sam.c | |
| - | rw-r--r-- | 5,634 | simple_test_driver.sh | |
| - | rw-r--r-- | 98 | tabix.out | |
| - | rw-r--r-- | 5,167 | test-bcf-sr.c | |
| - | rwxr-xr-x | 19,566 | test-bcf-sr.pl | |
| - | rw-r--r-- | 8,964 | test-bcf-translate.c | |
| - | rw-r--r-- | 869 | test-bcf-translate.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,958 | test-bcf_set_variant_type.c | |
| - | rwxr-xr-x | 2,601 | test-logging.pl | |
| - | rw-r--r-- | 7,064 | test-parse-reg.c | |
| - | rw-r--r-- | 16,871 | test-regidx.c | |
| - | rw-r--r-- | 23,890 | test-vcf-api.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,064 | test-vcf-api.out | |
| - | rw-r--r-- | 2,024 | test-vcf-hdr-in.vcf | |
| - | rw-r--r-- | 1,349 | test-vcf-hdr.out | |
| - | rw-r--r-- | 3,840 | test-vcf-sweep.c | |
| - | rw-r--r-- | 92 | test-vcf-sweep.out | |
| - | rwxr-xr-x | 41,040 | test.pl | |
| - | rw-r--r-- | 31,594 | test_bgzf.c | |
| - | rw-r--r-- | 12,549 | test_expr.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,869 | test_index.c | |
| - | rw-r--r-- | 3,313 | test_introspection.c | |
| - | rw-r--r-- | 3,639 | test_kfunc.c | |
| - | rw-r--r-- | 12,102 | test_kstring.c | |
| - | rw-r--r-- | 7,063 | test_mod.c | |
| - | rw-r--r-- | 5,057 | test_realn.c | |
| - | rw-r--r-- | 8,892 | test_str2int.c | |
| - | rw-r--r-- | 4,581 | test_time_funcs.c | |
| - | rw-r--r-- | 14,820 | test_view.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,688 | thrash_threads1.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,621 | thrash_threads2.c | |
| - | rw-r--r-- | 1,729 | thrash_threads3.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,273 | thrash_threads4.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,176 | thrash_threads5.c | |
| - | rw-r--r-- | 3,412 | thrash_threads6.c | |
| - | rw-r--r-- | 3,661 | thrash_threads7.c | |
| - | rw-r--r-- | 2,938 | thread_pool.md | |
| - | rw-r--r-- | 427 | vcf_meta_meta.vcf | |
| - | rwxr-xr-x | 2,108 | with-shlib.sh | |
| - | rw-r--r-- | 1,070 | xx%23MD.sam | |
| - | rw-r--r-- | 1,159 | xx%23MD2.sam | |
| - | rw-r--r-- | 71 | xx%23blank.sam | |
| - | rw-r--r-- | 905,485 | xx%23large_aux.sam | |
| - | rw-r--r-- | 651 | xx%23large_aux2.sam | |
| - | rw-r--r-- | 22,668 | xx%23large_aux_java.cram | |
| - | rw-r--r-- | 254 | xx%23minimal.sam | |
| - | rw-r--r-- | 304 | xx%23pair.sam | |
| - | rw-r--r-- | 298 | xx%23repeated.sam | |
| - | rw-r--r-- | 517 | xx%23rg.sam | |
| - | rw-r--r-- | 1,028 | xx%23tlen.sam | |
| - | rw-r--r-- | 1,096 | xx%23tlen2.sam | |
| - | rw-r--r-- | 267 | xx%23triplet.sam | |
| - | rw-r--r-- | 320 | xx%23unsorted.sam | |
| - | rw-r--r-- | 86 | xx.fa | |
| - | rw-r--r-- | 44 | xx.fa.fai |
