File: actin2.flt

package info (click to toggle)
hyphy 2.5.69%2Bdfsg-1
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: trixie
  • size: 26,728 kB
  • sloc: cpp: 81,964; xml: 467; lisp: 341; python: 166; javascript: 117; sh: 106; makefile: 87; ansic: 86
file content (234 lines) | stat: -rw-r--r-- 13,602 bytes parent folder | download | duplicates (7)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
228
229
230
231
232
233
234
#ZMU60513
gcaggtttcgctggtgacgac---gcgccgagggcagtctttcccagcatcgtaggcagg
ccacggcacactggt---atggtgggcatgggccaaaaggatgcatacgtgggcgacgga
gcccag---tccaagagaggcattctgacgctcaagtacccaatcgagcacggcattgtg
ggcaactgggacgacatggagaagatctggcaccacaccttctacaacgagctccgtgtg
gcgcctgaggagcaccccatactgctgaccgaggctcctctgaaccccaaggccaacagg
gagaagatgacccagatcatgtttgagacgttt------agctgcccagcaatgtatgtg
tccatccaggcagttctttccctgtacgccatgggacgaacgactggtatcgtgctcgac
tctggtgacggcgtgcagcactgtcccccaatctacgaggggtacacgcttcctcatgct
attattcgattggaccttgccggtcgtgacctcaccgacaacctgatgaagatcctcacc
gagaggggttactccttcaccacgaccgccgagcgagagatagtcagggacatcaaggaa
aaacttgcctacattgctcttgattacgagcaggagctggagacggccaggaccagctcc
accgtcgagaagagctacgagctgcccgatggccaggttatcacaatcggcgcagaaagg
tttaggtgccctgaggtgctattccagccatctttcattggcatggaatctcctggcatc
catgaagccacgtacaactccatcatgaagtgtgacgtcgatatcagaaaggacctgtac
ggtaatgtcgtcctcagtggtggctccactatgttccctggcatcggtgaccgcatgagc
aaggagatcgctgcgcttgcccccagcagcatgaaggtgaaggtggttgctccgccggag
aggaagtacagcgtttggattggtggctccattctggcctctctcagtaccttccagcag
#ZMU60514
gcaggtttcgctggtgacgac---gcgccgagggcagtctttcccagcatcgtaggcagg
ccacggcacactggcgtgatggtgggcatgggccaaaaggatgcatacgtgggcgacgaa
gcccag---tccaagagaggcattctgacgctcaagtacccaatcgagcacggcattgtg
ggcaactgggacgacatggagaagatctggcaccacaccttctacaacgagctccgtgtg
gcgcctgaggagcaccctatactgctgaccgaggctcctctgaaccccaaggccaacagg
gagaagatgacccagatcatgtttgagacgttt------agctgcccagcaatgtatgtg
tccatccaggcagttctttccctgtacgccagtggacgaacgactggtatcgtgctcgac
tctggtgacggcgtgcagcactgtcccccaatctacgaagggtacacgcttcctcatgct
attattcgattggaccttgccggtcgtgacctcaccgacaacctgatgaagatcctcacc
gagaggggttactccttcaccacgaccgccgagcgagagatagtcagggacatcaaggaa
aaacttgcctacattgctcttgattacgagcaggagctggagacggccaggaccagctcc
accgtcgagaagagctacgagctgcccgatggccaggttatcacaatcggcgcagaaagg
tttaggtgccctgaggtgctattccagccatctttcattggcatggaatctcctggcatc
catgaagccacgtacaactccatcatgaagcgtgacgtcgatatcagaaaggacctgtac
ggtaatgtcgtcctcagtggtggctccactatgttccctggcatcggtaaccgtatgagc
aaggagatcactgcccttgcgccgagcagcatgaaaatcaaggtggtggcaccgcctgag
aggaaatacagtgtctggataggaggatccatccttgcctccctgagcaccttccaacag
#ZMU60511
gctggttttgctggtgacgat---gcgccaagggctgttttcccaagcattgttggacgc
ccacgtcacactggcgtgatggttggcatggggcagaaggatgcgtatgttggcgatgag
gctcag---tccaagaggggtatcctgactttgaagtacccgatcgaacatggcattgtc
aacaactgggatgatatggagaagatctggcaccacaccttctataacgaactccgtgtt
gcgcctgaagagcaccctgtgctgctgaccgaagccccactcaacccaaaggctaacagg
gagaagatgacccaaatcatgtttgagactttc------aatgttcctgccatgtatgtc
gccatccaggctgtgctttccctgtacgccagtggacgtacaactggtattgtattggac
tctggtgatggtgtcagccacacagtgccaatctatgaaggttatgcccttcctcatgcc
atcctgcgccttgaccttgctgggcgtgacctgactgacagcctgatgaagatcctcact
gagagaggttactccttcaccacctctgctgaacgcgaaattgtaagagacatcaaggaa
aagcttgcatatgtggctcttgaatacgaccaggagctcgagaatgccaagagcagctca
tctgtggagaagagctacgagctgcctgatggtcaggtgatcaccattggggcagagagg
ttcagatgccctgaggtcctcttccagccttccttcattggtatggaagctcctggcatc
catgagaccacctacaactccatcatgaagtgcgatgtcgacatcaggaaggacttgtat
ggtaacattgtgctcagtggtggcacgaccatgttccctggtattgcggaccgtatgagc
aaggagatcactgcccttgcgccgagcagcatggaaatcaaggtggtggcaccgcctgag
aggaaatacagtgtctggataggaggatccatccttgcctccctgagcaccttccaacag
#ZMU60510
gctggttttgctggtgacgat---gcgccaagggctgttttcccaagcattgtcggacgc
ccccgtcacactggtgtgatggttggcatggggcagaaggatgcgtatgttggtgacgag
gcccag---tccaagaggggtatcctgactttgaagtaccccatcgaacatggtattgtt
agcaattgggatgacatggagaagatctggcaccacaccttctataatgaactccgtgtg
gcgcctgaagagcaccctgtcgtgctgacggaagccccactcaaccccaaagctaacagg
gagaagatgacccaaatcatgtttgagaccttc------aatgttcctgccatgtatgtc
gccatccaggctgtgctttccctgtacgccagtgggcgtaacactggtattgtgttggac
tctggtgatggtgtcagccacaccgtgccaatctacgaaggttatgcccttcctcatgcc
atcctgcgtcttgaccttgctgggcgtgacctgactgacagcctgatgaagatcctcacc
gagagaggttactccttcaccaccacggccgaacgggaaatcgtacgggacatcaaggaa
aagcttgcatacgtggctcttgactatgatcaggagctggagaacgccaagagcagctca
tctgtggagaagagctacgagctgcctgatggccaggtgatcaccattggggcggagagg
ttccgatgccccgaggtcctcttccagccttccttcattggtatggaagctcctggcatc
catgagaccacctacaactccatcatgaaatgcgacgtggatatcaggaaggacttgtat
ggtaacattgttctcagtggtggcacaaccatgttccctggcatcgctgaccgtatgagc
aaggagatcaccgcccttgccccgagcagcatgaaaatcaaggtggtggctccacccgag
aggaaatacagtgtctggataggagggtccatccttgcttccctgagcaccttccaacag
#MZEACT1G
gccggtttcgctggtgatgat---gcgccaagagctgtcttccccagcattgtgggaaga
ccacgccacaccggtgtcatggtcggcatgggccaaaaggatgcctacgtaggtgatgag
gctcag---gccaagagaggcatcctgacactgaagtacccgattgagcatggcattgtc
aacaactgggatgacatggagaac---tggcatcacaccttctacaacgagctccgtgtt
tcgcctgaagatcaccctgtgctgctgaccgaggcccctctcaaccccaaggccaacaga
gagaaaatgacgcagattatgtttgaaaccttc------gaatgcccagcaatgtatgtt
gctatcgaggctgttctttcgttgtacgctagtgggcgaacaactggtattgtgatggat
tcaggtgatggtgtgagccacacggttccaatttatgaaggatacacacttcctcatgct
attctccgtttggatcttgcggggcgtgacctcaccgaccacctaatgaagatcctcaca
gagagagggtactccctcactacgagcgctgagcgggagattgtcagggacataaaggag
aagcttgcctacgttgcccttgattatgaacaggagctggagactgccaagagcagctcc
tctgtcgagaagagctacgagatgcctgatggtcaggtcatcaccattgggtcagaaagg
ttcaggtgccccgaggtgttgttccaaccatcccttgttggcatggaatcgcctagcgtc
catgaggccacgtacaactccatcatgaagtgtgatgttgatatcaggaaggatttgtat
ggtaacgttgtcctcagtgggggttttaccatgtttcctgggattgccgatcgtatgagc
aaggagatcacgtccctagttcctagcagcatgaaggttaaagtagttgcgccacctaga
aggaagtacagtgtctggatcggtggctctattttggcttctctcagcacttttcagcag
#OSRAC1
gctgggttcgccggagatgat---gcgcccagggctgtcttccccagcattgtcggccgc
cctcgccacaccggtgtcatggtcggaatgggccagaaggacgcctacgtcggcgacgag
gcgcag---tccaagaggggtatcttgaccctcaagtaccccatcgagcatggtatcgtc
agcaactgggatgatatggagaagatctggcatcacaccttctacaacgagctccgtgtg
gccccggaggagcaccccgtcctcctcaccgaggctcctctcaaccccaaggccaatcgt
gagaagatgacccagatcatgtttgagaccttc------aacacccctgctatgtacgtc
gccatccaggccgtcctctctctgtatgccagtggtcgtacccaaggtaatgtgttggac
tctggtgatggtgtcagccacactgtccccatctatgaaggatatgctctcccccatgct
atccctcgtctcgaccttgctgggcgtgatctcactgattacctcatgaagatcctgacg
gagcgtggttactcattcaccacaacggccgagcgggaaattgtgagggacatgaaggag
aagctttcctacatcgccctggactatgaccaggaaatggagactgccaagaccagctcc
tccgtggagaagagctacgagcttcctgatggacaggttatcaccattggtgctgagcgt
ttccgctgccctgaggtcctcttccagccttccttcataggaatggaagctgcgggtatc
catgagactacatacaactccatcatgaagtgcgacgtggatattaggaaggatctatat
ggcaacatcgttctcagtggtggtaccactatgttccctggcattgctgacaggatgagc
aaggaagatcactgccttgctcctagcagcatgaagatcaaggtggtcgcccctcctgaa
aggaagtacagtgtctggattggaggatccatcttggcatctctcagcacattccagcag
#OSRAC2
gctggtttggctggagatgat---gctccccgtgctgttttcccgagtattgttggccgt
ccgcgacatacaggcgttatggttgggatgggacaaaaagatgcttatgtcggtgatgag
gcccaa---tccaagaggggtatcctaaccttgaaataccccattgagcatggaattgta
agcaactgggatgacatggagaaaatttggcaccacacattctacaatgagcttcgtgta
gcaccagaagagcatccaattcttcttacggaggctccgcttaaccctaaggccaacagg
gagaagatgacacaaattatgtttgagacattcacgttgcacgttccagccatgtatgtc
gctattcaagccgtgctttccctctatgctagtggacgtactactggtattgtcttggat
tctggagatggtgtcagtcacacagtcccaatctacgaaggttatgcccttccgcatgcc
attctccgtcttgatcgtgctggtagggatctgactgattccctcatgaagatcctgact
gagaggggttactcagtcaccactcctgccgagcgggaaattgccgctgacatcaaggaa
aagcttgcatacgtccgtcttgactacgagcaggagcttgagactgcaaagagcagctca
tcagttgagaagagctatgagctgcccgatggacaggtgatcaccattggcgcggagcgc
ttcagatgcccagaggtcatgttccagccttctctcatcggcatggaagctccaggcatc
catgagacgacatacaactccatcatgaagtgcgatgttgatatcagaaaggacctgtat
ggtaacattgttctcagtggtggatccaccatgttccctggcatccggagaccgatgagc
aaggaagatcaccgcgctgcgccaagcagcatgaagatcaaggttgtcgctccgccagag
aggaagtacagtgtctggattggaggatccatcttggcatctctgagcaccttccagcag
#OSRAC3
gctggttttgctggtgatgat---gcccccagagcagtgttccctagtatagttggtcag
cctcggcacactggtgtcatggttggaatgggccaaaaagatgcctatgtgggtgatgag
gcacaa---tcaaaaagaggtatcttgaccttgaaataccctattgagcatggtatgtgg
aacaactgggacgacatggagaaaatctggcatcacaccttctacaatgagctgcgtgtg
ctccctgaggaacatccaattttgctgacagaagctcctctgaaccaaagggctaacaga
gagaaaatgacccaaatcatgtttgagacattc------aatgcaccagcaatgtatgtg
gctattcaagctgttctttcactatatgccagtggtcgtacaacaggtatggtgcttgat
tctggtgatggtgtgactcacacagtgccaatctatgaaggatatgcacttcctcatgct
attcttcggttggatcttgctggtcgtgatctgactgactgcctaatgaagatccttaca
gaaagaggttattcctttacaacaactgcagagcgggaaagtgtgagagacataaaagag
aagcttgcatatattgctcttgattatgagcaggagctgagagtcgccaagagcagctcc
tctgttgagaagagctatgaggttgcagatggacaagtcatcacaattggcgcgagagag
gttcagtgcccagaa---ctgttccagccctcgctgattgggatggaagctccggggatc
catgagaccacctacaactctgtcatgaagtgtgaagtggatatcaggaaggatctctat
ggtaacattgtgcttagtggaggaactaccatgttccctggcattgctgacaggatgagc
aaggaggattacgcccttgcaccaagcagcatgaagatcaaggtcgtggcacctcctgag
agaaaatacagtgtctggattggaggttctatccttgcctccctcagcacattccaacag
#OSRAC7
gccggttttgctggtgatgatgatgcacccagggctgtctttcctagcattgtaggcagg
ccacgccacagcggtgtcatggttggtatgggccagaaggatgcctatgtgggtgatgaa
gctgcagtcgaaaagagggatatcttgacattgaaatacccaatcgagcatggtattgtc
aacaactgggatgacatggagaagatatggcaccacaccttctacaatgagctccgtgtg
gctcctgaagagcatcctgtattgctgaccgaggctcctatgaaccccaaggcaaacaga
gagaagatgacccagatcatgttcgagaccttc------aactgcccagcgatgtacgtt
gccatccaggccgttctttcgttgtatgccagtggtcgaacatctggtattgtacttgac
tctggtgatggtgtaagtcacactgttccaatatacgaaggatttacactcgcgcatgct
attcttcgactcgatcttgctgggcgtgaccttaccgacaaccttatgaagattctcaca
gagaggggttactccttcaccacaactgctgagcgggaaattgttagagacataaaggag
aagctcgcctatgttgctcttgattatgaacaggagcttgatactgccaggagtagctcc
tctattgagaagagctatgagcttctggacggccaggtcatcaccatcggagcagaaagg
ttcaggtgcccggaggtgctcttccagccatcttttattggtatggaagctcctggcatc
catgaagccacatacaactccatcatgaagtgcgatgttgatattagaaaggatttgtac
ggtaatgtggtccttagtgggggatctacaatgttccctggtattggtgatcgtatgagc
aaggaaataactgcactctgccctggcagtatg------aaggtagttgcaccgccagag
aggaaatacagtgtctggattggtgggttcatcctggcttctctcagtacctttcagcag
#SVSOAC1
gctgggttcgctggagatgac---gcccccagggccgtcttccccagcattgtcggccgg
ccgcgccacaccggtgtcatggtcgggatggggcagaaggacgcctacgttggtgacgag
gcgcag---tccaagaggggtatcctgaccctcaagtaccccatcgagcacggaatcgtc
agcaactgggacgatatggagaagatctggcatcacaccttctacaacgagctccgtgtg
gctcccgaggagcaccccgtcctcctcactgaggcgcccctgaaccccaaggctaaccgt
gagaagatgacccagatcatgttcgagaccttc------aacacccccgccatgtacgtc
gccatccaggccgtcctctctctgtatgccagcggtcgtaccacaggtatcgtgctcgac
tcgggagatggtgtcagccacactgtccccatctacgaagggtacgccctcccccacgcc
atcctgcgtctcgacctcgctggccgcgaccttaccgactacctcatgaagatcctgact
gagcgcggctactccttcaccaccactgctgagcgggaaattgtcagggacatgaaggag
aagctcgcctacattgccctggactacgaccaggagatggagactgccaagaccagctct
tccgtggagaagagctacgagcttcctgatggacaggtcatcaccattgcggcggaccga
ttccgctgccctgaggtcctcttccagccatccttcattgggatggaagctgctggcatt
cacgagactacctacaactccatcatgaagtgcgacgtggatattaggaaggatctatat
ggcaacatcgtcctctctggtggtaccactatgttccctgggattgctgacaggatgagg
caaggaaatcactgccttgctcctagcagcatgaagatcaaggtggttgctcctccagaa
aggaagtacagtgtctggattggaggatccatcttggcatctctcagcacattccagcag
#ZMU60507
gctggctttgctggtgatgat---gcgcccagagcagtgttccctagtatagtcggccgc
cctccggacacgggtgtgatggttggaatgggccagaaggacgcctgtgtaggtgacgag
gcacag---tcaaaaagaggtatcttgaccttgaagtaccccattgagcacggtatcgtg
aacaactgggatgatatggagaaaatctgg------------------gaactgcgtgtt
gctcctgaagagcacccagttctgctgacagaagcacctctgaacccaaaggcaaacaga
gagaagatgacccaaattatgttcgagacattc------aatgcaccagcaatgtatgtt
gctatccaagctgtcctttccctgtatgccagcggtcgcactacaggtattgtgctcgat
tctggtgatggtgtgacccacaccgtgccaatctacgagggatacgcgctccctcatgcc
attcttaggctggatcttgctggtcgtgatctgactgactgcctaatgaagatcctcacg
gaaaggggctattccttcaccacgacggcagaacgggaaatcgtgagggacataaaggag
aagctggcctttgtcgccctagactatgagcaggagctggagaccgctaagagaagctcc
tccgtcgagaagagctacgagctgcccgatgcgcaggtcatcacgatcggcgcggagagg
ttcagatgcccagaggtgcttttccagccgtcgctgatcgggatggaagctcccggcatc
cacgagaccacctacaactcgatcatgaaatgtgacgttgatatcaggaaggacctgtac
gggaacatcgtcctcagtggagggacgaccatgttccctggcatcgctgacaggatgagc
aaggagattactgccctcgcgccgagcagcatgaagatcaaggtcgtggcgcctcctgag
agaaaatacagtgtttggattggtggctcgatccttgcgtcgctcagtacgttccagcag
#ZMU60508
gcgggtttcgctggtgacgac---gcaccgagagctgtctttcctagcattgtaggcagg
ccacgccacactggtgtgatggtgggcatgggccaaaaggatgcatatgtgggcgatgaa
gctcag---tccaaaagaggtattctgacactgaagtacccaattgagcacggcattgtc
ggcaactgggatgacatggagaagatctggcaccacaccttctacaatgagcttcgtgtg
gcacctgaggagcaccctacactgctgaccgaggctcctctgaaccccaaggcaaacagg
gagaagatgacccagattatgttcgagacattc------aactgcccagcaatgtatgtg
gccatccaggctgttctttccctgtacgccagtggtcgaacaacgggtattgtgctcgac
tctggtgatggtgtgagccacaccgtccctatctacgaagggtacacgcttcctcatgct
attcttcgattggaccttgctggtcgtgaccttaccgacaacctgatgaagatccttact
gagaggggttactccttcactacgactgccgagcgagaaattgtcagggacatcaaggaa
aaacttgcctacgttgcccttgattatgaacaggagctggagactgccaggaccagctct
agtgttgagaagagctacgagctgcccgatggccaggttatcacaatcggtgcagaaagg
tttaggtgccctgaggttctattccagccatccttcattggcatggaatctgctggcatc
catgaagccacgtacaactccatcatgaagtgtgacgtcgatatcagaaaggatctgtac
ggtaatgttgtcctcagtggtggctccactatgttccctggtattggtgaccgcatgagc
aaggagattactgcacttgcccccagcagcatgaaggtgaaggtggttgctccgccggag
aggaagtacagtgtttggattggtggttccattctggcctccctcagtacctttcagcag
#ZMU60509
gctggttttgccggcgatgat---gcaccaagggctgtattccctagcatcgttgggcgt
cctcgtcacaccggtgtcatggtagggatggggcagaaggatgcatatgttggtgatgag
gcacag---tccaagagaggtattctcacgctcaagtacccgattgagcacggtattgta
agcaactgggatgacatggagaaaatctggcatcacactttctacaatgagctccgtgtt
gccccggaggagcaccctgtgttgcttactgaggctcctttgaacccaaaggccaacagg
gagaagatgacccagattatgttcgagactttc------aatgttcctgccatgtacgtt
gcaattcaagcagtcctgtcactctatgctagtggccgtactactggtattgttctcgat
tctggtgatggtgtgagccatactgtgcccatttatgaaggatatgcccttcctcatgct
attctacgtctggatcttgctggtcgggacctcaccgactcgctcacgaaaattctcact
gagaggggctattccttcacaacctccgccgagcgagaaattgtaagggacatcaaggag
aagcttgcgtatatagctcttgactacgagcaagagttggagactgccaagaacagctcc
tcagttgaaaagagctatgagctacctgatggccaagaatacaccatcggtgcagagaga
ttcaggtgccccgaggtcctcttccagccatccatgattggtatggaggctgctggaatc
catgagacaacatacaattcaatcatgaagtgtgatgtggatatcaggaaggacctctac
ggcaacattgtgctcaatggaggttcgactatgttccccggtatcgctgatcgtatgagc
aaggagatcacttcccttgcaccaagcagcatgaagatcaaggtcgtcgcaccacctgag
aggaagtacagtgtctggataggagggtcgatcctagcctcgctcagcactttccaacag