1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
205
206
207
208
209
210
211
212
213
214
215
216
217
218
219
220
221
222
223
224
225
226
227
|
# STOCKHOLM 1.0
#=GF ID SECIS_1
#=GF AC RF00031
#=GF DE Selenocysteine insertion sequence 1
#=GF AU Griffiths-Jones SR
#=GF GA 20.0
#=GF NC 0.0
#=GF TC 22.6
#=GF PI SECIS
#=GF SE Gautheret D, PMID:12458087
#=GF SS Published; PMID:12458087
#=GF TP Cis-reg;
#=GF BM cmbuild -F CM SEED; cmcalibrate --mpi -s 1 CM
#=GF BM cmsearch -Z 169604 -E 1000 --toponly CM SEQDB
#=GF DR SO:1001274 SO:SECIS_element
#=GF DR GO:0001514 GO:selenocysteine incorporation
#=GF RN [1]
#=GF RM 8634917
#=GF RT A novel RNA structural motif in the selenocysteine insertion element
#=GF RT of eukaryotic selenoprotein mRNAs.
#=GF RA Walczak R, Westhof E, Carbon P, Krol A;
#=GF RL RNA 1996;2:367-379.
#=GF RN [2]
#=GF RM 12458087
#=GF RT A survey of metazoan selenocysteine insertion sequences.
#=GF RA Lambert A, Lescure A, Gautheret D;
#=GF RL Biochimie 2002;84:953-959.
#=GF CC The incorporation of selenocysteine into a protein sequence
#=GF CC is directed by an in-frame UGA codon (usually a stop codon)
#=GF CC within the coding region of the mRNA. Selenoprotein mRNAs
#=GF CC contain a conserved secondary structure in the 3' UTR that
#=GF CC is required for the distinction of UGA stop from UGA
#=GF CC selenocysteine. The selenocysteine insertion sequence
#=GF CC (SECIS) is around 60 nt in length and adopts a hairpin
#=GF CC structure which is sufficiently well-defined and conserved
#=GF CC to act as a computational screen for selenoprotein genes [2].
#=GF WK http://en.wikipedia.org/wiki/SECIS_element
#=GF SQ 61
#=GS D.melanogaster.1 AC AY119185.1/838-902
#=GS D.melanogaster.2 AC AC092237.1/57223-57161
#=GS D.melanogaster.3 AC AY060611.1/560-627
#=GS O.niloticus.1 AC Y11109.1/1272-1330
#=GS O.niloticus.2 AC Y11109.1/927-987
#=GS O.niloticus.3 AC Y11111.1/1260-1324
#=GS D.rerio.1 AC AF322071.1/1577-1642
#=GS X.laevis.1 AC L28111.1/1299-1365
#=GS G.gallus.1 AC AF125575.1/5781-5843
#=GS G.gallus.2 AC Y11110.1/1218-1277
#=GS G.gallus.3 AC Y11273.1/1139-1211
#=GS M.musculus.1 AC AF195142.1/461-524
#=GS M.musculus.2 AC AF021345.1/10097-10160
#=GS M.musculus.3 AC X03920.1/1172-1235
#=GS M.musculus.4 AC AF096875.1/5504-5568
#=GS M.musculus.5 AC AF241527.2/359-424
#=GS M.musculus.6 AC AF136399.1/1808-1868
#=GS M.musculus.7 AC X84742.1/5239-5302
#=GS M.musculus.8 AC AF288740.1/1291-1357
#=GS M.musculus.9 AC AF274027.1/835-900
#=GS M.musculus.10 AC AB030643.1/4176-4241
#=GS M.musculus.11 AC AL645723.11/192421-192359
#=GS M.musculus.12 AC AC002327.1/156204-156268
#=GS M.musculus.13 AC AF333036.1/2190-2249
#=GS M.musculus.14 AC U43285.1/2009-2075
#=GS R.norvegicus.1 AC X57999.1/1526-1586
#=GS R.norvegicus.2 AC M63574.1/1465-1528
#=GS R.norvegicus.3 AC AF390544.1/1076-1142
#=GS R.norvegicus.4 AC AF072865.1/1887-1947
#=GS R.norvegicus.5 AC X12367.1/703-764
#=GS R.norvegicus.6 AC U25264.1/366-432
#=GS R.norvegicus.7 AC L24896.1/600-665
#=GS H.sapiens.1 AC AF201385.1/3055-3117
#=GS H.sapiens.2 AC AL049837.4/130674-130738
#=GS H.sapiens.3 AC U67171.1/375-442
#=GS H.sapiens.4 AC AF195141.1/689-759
#=GS H.sapiens.5 AC X53463.1/847-903
#=GS H.sapiens.6 AC AF093774.1/5851-5916
#=GS H.sapiens.7 AC X58295.1/1384-1453
#=GS H.sapiens.8 AC AL833145.1/1479-1545
#=GS H.sapiens.9 AC S48220.1/1731-1788
#=GS H.sapiens.10 AC X71973.1/730-791
#=GS H.sapiens.11 AC AF166127.1/1919-1981
#=GS H.sapiens.12 AC U43286.1/2054-2120
#=GS H.sapiens.13 AC BC003127.1/865-928
#=GS H.sapiens.14 AC S79854.1/1605-1666
#=GS H.sapiens.15 AC X13710.1/946-1008
#=GS B.taurus.1 AC D88033.3/5711-5774
#=GS B.taurus.2 AC D25220.1/1493-1556
#=GS B.taurus.3 AC AB017534.1/661-726
#=GS B.taurus.4 AC AB032826.1/1401-1464
#=GS B.taurus.5 AC AB022283.1/1669-1729
#=GS B.taurus.6 AC AF053984.1/1951-2017
#=GS B.taurus.7 AC X13684.1/700-760
#=GS O.aries.1 AC U67853.1/375-442
#=GS S.scrofa.1 AC AF380118.1/366-433
#=GS S.scrofa.2 AC L12743.1/694-758
#=GS S.scrofa.3 AC AF532927.1/678-740
#=GS S.scrofa.4 AC X76008.1/2709-2772
#=GS C.elegans.1 AC U61947.2/4246-4309
#=GS S.mansoni.1 AC L37762.1/2940-3006
D.melanogaster.1 G.AGCC.CU...AUGAUCGAUGAUUGG.CAAA.UCCUCUC..GAGG..A.......ACCGAUC.G.U.UGAGAA..CCCCU.....UUGCCUU
#=GR D.melanogaster.1 SS ................(((((((((((......((((......)))..)........)))))).).).)))......................
D.melanogaster.2 C.AUUCAACU.UAUGAGGAUUAUUUCU.UAAA.GGCCUCU...GGC..U.......CGGAAAU.A.G.UCUGAA...CCU........UAUUG
#=GR D.melanogaster.2 SS ................(((((((((((......((((......)))..)........)))))).).).)))......................
D.melanogaster.3 G.UGGCGCU..UAUGACGCAGUUGUCU.UAAA.CUCGAAC..UCGA.GC........GGGCAA.U.U.GCUGAU...UACG...AUUAACCAC
#=GR D.melanogaster.3 SS (.(((...(....((((((((((((((......((((......))).).........)))))).).).)).).)...)).....)....))))
O.niloticus.1 G.UUUCUCA...GUGAAGGCUACAGAU.UAAA..CCUCU....GGC...........CUCUGG.A.G.CCAGAU..GCAUU.......GAAAC
#=GR O.niloticus.1 SS ......(((...(((..(((((.((..........)).)....)))...........)((((.......))))....)))).......))...
O.niloticus.2 U.GUUUAUU..AAUGACGGCUACAGAU.UAAA..CCUUU....AGC...........CUCUGG.A.G.CCAGAU..GCAUU......CAAACA
#=GR O.niloticus.2 SS ..((((.....((((..(((((.((..........)).)....)))...........)((((.......))))....)))).......)))).
O.niloticus.3 G.UGUCUCU...GUGAAGUUCGGUUUU.UAAA.AGGGUCA...UCC..A.......GAAAACC.G.ACACUGAU..GUUUC......CGACAC
#=GR O.niloticus.3 SS (.((((..........(((((((((((.(......((.......))..........))))))).).).))).................)))))
D.rerio.1 A.UGUGGUCUUUAUGAAGGCAGGUGCA.GAAA.CUAUGCA...CUA.GU........GGUGUC.U.G.UCUGAU..GUUUG.......GCCAU
#=GR D.rerio.1 SS ...((((((.......(((((((..(.....(.(((........)).)).........)..)).).).))).........).......)))))
X.laevis.1 G.UGUUUGCA.AAUGACGACCGAUUUU.GAAA.UGGUCUCACGGCC..A.......AAAACUC.GUG.UCCGAC...AUC........AACCC
#=GR X.laevis.1 SS .................((((((.(((......(((((....))))..)........))).)).).).)).......................
G.gallus.1 G.UGUGUUU...AUGAAGAGCACUAAC.AAAA.GAGUAAU.UGACU..C.......AGUUGGU.G.U.UCAGAU..GCU.........CUCAC
#=GR G.gallus.1 SS (.((.(..(...((...((((((((((......((((......)))..)........)))))).).).))..))..)...........).)))
G.gallus.2 U.AUUUGUC...AUGACAGUCACAGCA.UAAA..GCGCA....GAC...........GGCUGU.G.A.CCUGAU..UUUAG......AAAAUA
#=GR G.gallus.2 SS ................((((((((((................................))))).).)..))).....................
G.gallus.3 U.AUUUCUU..UGUGAUGACCGAUUUU.GAAA.UGGGUUU...CUC..UAAUGCCAGGAAAUC.GUG.UCUGAU...GUUG.....UCAAGUA
#=GR G.gallus.3 SS ......(((...(..((((((((((((......((((((..........))).))).)))))).).).)).......)).......).)))..
M.musculus.1 G.UCACCGA...AUGAUCUGCUCUGGU.CAAA.UCCUUCU...AUG..C......CAGCCAGG.G.U.GGUGAU..GACCC.......GUGAC
#=GR M.musculus.1 SS (.((((.(....((.(((.((((((((..............................)))))).).).))).)).....)........)))))
M.musculus.2 G.UUACAUU..AAUGAGAACAGAAACA.UAAA..CUAUGA.CCUAG.G.........GGUUUC.U.G.UUGGAU..AGCUU.......GUAAU
#=GR M.musculus.2 SS (.(((((..........(((((((((........(((......)))............))))).).).))..........).......)))))
M.musculus.3 G.GUUCUUC..CAUGAUGGUGUUUCCUCUAAA..UUUGC....ACG...........GAGAAA.C.A.CCUGAU.UUCCAG.....GAAAAUC
#=GR M.musculus.3 SS (.(((.(((..(..((.((((((((.(((................)...........)))))).).).))......))..).....)))))))
M.musculus.4 G.UGUGCGA...AUGAUAACUACUGAC.GAAA.GAGCUGU.CUGCU..C.......AGUCUGU.G.G.UUGGAU...GUAG......UCACAC
#=GR M.musculus.4 SS (.(((((.........(((((((.(((......((((......)))..)........))).)).).).))).........).......)))))
M.musculus.5 G.CCGCUUC...AUGACAGGAAGGACU.GAAA.UGUCUUA...GAC..C.....UGUGGUCUU.U.C.CUCGAU..GUUCC......UGCGGC
#=GR M.musculus.5 SS (.((((..(...((...((((((((((.(.....(((......)))..........))))))).).).))..))..)...........)))))
M.musculus.6 G.UCAGAUG...AUGAUGGCCUGGGCA.GAAA.CCCCAUG..UGGG..C........CGCCCA.G.G.UUUGAA...CCC........CUGGC
#=GR M.musculus.6 SS (.((((...........(((((((((..(.....(((......)))..).........))))).).).))..................)))))
M.musculus.7 G.UGUCUCU...AUGAAGGAGGGGCCC.GAAG.CCCUUGU...GGG..C........GGGCCU.C.C.CCUGAG...CCCG....UCUGUGGU
#=GR M.musculus.7 SS ................(((.(((((((....(.(((.......)))..)........)))))).)...)))..(...(((........).)))
M.musculus.8 U.UUGCAUU..AAUGAGGAUUACACAG.AAAA.CCUUUGU..UAAG.GA.......CUUGUGU.AGA.UCUGAU..AAUUG.......GCAAA
#=GR M.musculus.8 SS ..((((......((.(((.((((((((......((((......))).).........)))))).))..))).))..............)))).
M.musculus.9 C.CGGCACU..CAUGAAGGUCUGCUUG.AAAA.CCAGCCU..GCUG.GU........GGGGCA.G.U.CCUGAG.GACCUG.......GCGUG
#=GR M.musculus.9 SS (.(((..((..((....((.((((((.....(.((((......))).)).........))))).)...))))))...)).).......)....
M.musculus.10 C.CGGCACU..CAUGAAGGUCUGCCUG.AAAA.CCAGCCU..GCUG.GU........GGGGCA.G.U.CCUGAG.GACCUG.......GCGUG
#=GR M.musculus.10 SS (.(((..((..((....((.((((((.....(.((((......))).)).........))))).)...))))))...)).).......)....
M.musculus.11 U.AUUUGUG..UAUGAUGGUCACAGUG.UAAA..GUUCC....CAC...........AGCUGU.G.A.CUUGAU..UUUUA....AAAAUGUC
#=GR M.musculus.11 SS (.((((...........((((((((((.(...............))...........).)))).).).))................)))))..
M.musculus.12 C.UCAGCAG..GAUGAUGAGAAGGGCU.GAAA.UGCUGCC..AAAC..C.......AGGUCCU.U.U.UCUGAU..GGUGG.......CUGGG
#=GR M.musculus.12 SS (.(((((..........((((((((((......((....)..)..............)))))).).).))..........).......)))))
M.musculus.13 C.AUGCGUC..CAUGAAGUCACUGGCC.UCAA.GCCCAA....GUG.GU........GGGCAG.U.G.ACAGAA...GA.........GCUGC
#=GR M.musculus.13 SS (.(((......))))..(((((((.((......(((.........).))........)).))).).).)).......................
M.musculus.14 C.UCUGAUA...AUGAUGUCUCUCCCU.CUAA.CUCCCAGUAAGGA..C........UGGGAG.A.G.GCUGAACAAACCU.......CAGAG
#=GR M.musculus.14 SS (.(((((.........(((.((..(((.(.....(((((((....)..)........)))))).).).)..)))))....).......)))))
R.norvegicus.1 A.UAUUUGUU.UAUGAUGGUCACAGUG.UAAA..GUUCA....CAC...........AGCUGU.G.A.CUUGAU..UUUUA.......AAAAU
#=GR R.norvegicus.1 SS ....((((.........((((((((((.(...............))...........).)))).).).)).........)).......))...
R.norvegicus.2 G.UUACAUU..GAUGAGAACAGAAACA.UAAA..CUAUGA.CCUAG.G.........GGUUUC.U.G.UUGGAU..AGCUC.......GUAAU
#=GR R.norvegicus.2 SS ............((((((((((((((........(((......)))............))))).).).))........))).......))...
R.norvegicus.3 U.UUGCAUU..AAUGAGGAUUACACAG.AAAA.CCUUUGU..UAAGGGU........UUGUGUCG.A.UCUGCU..AAUUG.......GCAAA
#=GR R.norvegicus.3 SS ..((((..........(((((((((((.(....((((......)))).)........)))))).).).))).................)))).
R.norvegicus.4 G.UCAGAUG...AUGACGGCCUGUGCA.GAAA.CCCCCAC.GUGGG..C........UGC.CA.G.G.UUUGAA...CCC........CUGGC
#=GR R.norvegicus.4 SS (.(((........)))).(((..((...(.......)..).)..))..).........((.((.(.(............)........)))))
R.norvegicus.5 G.UUUUUCC...AUGACGGUGUUUCCUCUAAA..UUUAC....AUG...........GAGAAA.C.A.CCUGAU.UUCCAG......AAAAAU
#=GR R.norvegicus.5 SS (.((((((......(((((((((((.((((..............))...........)))))).).).)).).).)....)......))))))
R.norvegicus.6 G.CCGCUUC...AUGACAGGAAGGACU.GAAA.UGUCUCA.AAGAC..C.....UGUGGUCUU.U.C.UUCGAU..GUUCU.......GCGGC
#=GR R.norvegicus.6 SS (.((((..(...((((..(((((((((.(.....(((......)))..........))))))).).).))).))..)...........)))))
R.norvegicus.7 C.CGGCACU..CAUGACGGUCUGCCUG.AAAA.CCAGCCC..GCUG.GU........GGGGCA.G.U.CCCGAG.GACCUG.......GCGUG
#=GR R.norvegicus.7 SS (.(((..((..(.....((.((((((.....(.((((......))).)).........))))).)...)).)))...)).).......)....
H.sapiens.1 G.CCAGAUG...AUGACGACCUGGGUG.GAAA.CCUACCC.UGUGG..G........CACCCA.U.G.UCCGAG...CCCC.......CUGGC
#=GR H.sapiens.1 SS (.((((...........(((.((((((......(((((....))))..)........))))))...).))..................)))))
H.sapiens.2 G.UGUGCGG...AUGAUAACUACUGAC.GAAA.GAGUCAU.CGACU..C.......AGUUAGU.G.G.UUGGAU...GUAG......UCACAU
#=GR H.sapiens.2 SS (.(((((.........(((((((((((......(((((....))))..)........)))))).).).))).........).......)))))
H.sapiens.3 G.ACGCUUC...AUGAUAGGAAGGACU.GAAA.AGUCUUG.UGGAC..A.....CCUGGUCUU.U.C.CCUGAU..GUUCU......CGUGGC
#=GR H.sapiens.3 SS ..(((...(...((.(..(((((((((.......(((......)))...........)))))).).).).).))..)..........)))...
H.sapiens.4 G.ACUGACAU.UAUGAAGGCCUGUACU.GAAG.ACAGCAA..GCUG..U.......UAGUACA.G.A.CCAGAU..GCUUU..CUUGGCAGGC
#=GR H.sapiens.4 SS ...(((.((.....(((((((((((((....(.((((......)))..).......))))))).)...........)))))..).)).)))..
H.sapiens.5 U.UCACAGA...AUGAUGGCACCUUCC.UAA...ACCCU....CAU...........GGGUGG.U.G.UCUGAG..AGGC........GUGAA
#=GR H.sapiens.5 SS ..((((...........((((((...........((((...................)))))).).).))..................)))).
H.sapiens.6 G.UGUGCGG...AUGAUAACUACUGAC.GAAAGAGUCAUC...GAC..C.....UCAGUUAGU.G.G.UUGGAU...GUAG......UCACAU
#=GR H.sapiens.6 SS (.(((((.........(((((((((((....((.(((......)))..).....)..)))))).).).))).........).......)))))
H.sapiens.7 U.GGCGUCUU.CAUGAGGGAGGGGCCC..AAA.GCCCUUG..UGGG..C........GGACCU.C.C.CCUGAG...CCUGUCUGAGGGGCCA
#=GR H.sapiens.7 SS ..(((.((((.((...((((((((.........((((......)))..)...............).).)))......)))...))))))))).
H.sapiens.8 U.UUGCUUU..AAUGAGAAUAGAAACG.UAAA..CUAUGA.CCUAG.G.........GGUUUC.U.G.UUGGAU.AAUUAG.....CAGUUUA
#=GR H.sapiens.8 SS ..(((((..........(((((((((........(((......)))............))))).).).)).........)).....)))....
H.sapiens.9 U.AUUUGUU..UAUGAUGGCCACAGCC.UAAA..GUACA....CAC...........GGCUGU.G.A.CUUGAU...UCA........AAAGA
#=GR H.sapiens.9 SS .............(((.((.(((((((..............................)))))).)...)).......))).............
H.sapiens.10 C.CGGCACU..CAUGACGGCCUGCCUG.CAAA..CCUGC....UGG..U........GGGGCA.G.A.CCCGAA.AAUCCA.......GCGUG
#=GR H.sapiens.10 SS ...((((....(......)..))))............((....(((..(........(((........))))......))).......))...
H.sapiens.11 G.CCGGAUG...AUGACGACCUGGGUG.GAAA.CCUACCC.UGUGG..G........CACCCA.U.G.UCCGAG...CCCC.......CUGGC
#=GR H.sapiens.11 SS (.((((...........(((.((((((......(((((....))))..)........))))))...).))..................)))))
H.sapiens.12 C.UCUGUUA...AUGACGUCUCUCCCUCUAAA.CCCCAUU.AAGGA..C........UGGGAG.A.G.GCAGAGCAAGCCU.......CAGAG
#=GR H.sapiens.12 SS (.((((.......((..(((((((((.......((........)).............))))).).).))....))............)))))
H.sapiens.13 G.UCACUGC...AUGAUCCGCUCUGGU.CAAA.CCCUUCC...AGG..C......CAGCCAGA.G.U.GGGGAU..GGUCU.......GUGAC
#=GR H.sapiens.13 SS (.((((.((.......(((((((((((......((.........))...........)))))).).).)))......)).........)))))
H.sapiens.14 C.ACUGCUG...AUGACGAACUAUCUC.UAAC.UGGUCUU..GACC..A.......CGAGCUA.G.U.UCUGAA...UU.G.......CAGGG
#=GR H.sapiens.14 SS ...((((.(...((...((((((.(((......((((......)))..)........))).)).).).))...)...)).).......)))..
H.sapiens.15 U.UUUCAUC..UAUGAGGGUGUUUCCUCUAAA..CCUACG...AGG...........GAGGAA.C.A.CCUGAU...CUUA.....CAGAAAA
#=GR H.sapiens.15 SS .......((..(.((((((((((.(((((................)...........)))))).).).)).......))))......)))...
B.taurus.1 C.UUGCGUU..AAUGAGAACAGAAACG.UAAA..CUAUAA.CCUAG.G.........GGUUUC.U.G.UUGGAU..GGUUG.......GCAAC
#=GR B.taurus.1 SS ......(((..(((.(.(((((((((........(((......)))............))))).).).))...)...)))).......))...
B.taurus.2 C.UUGCGUU..AAUGAGAACAGAAACG.AAAA..CUAUAA.CCUAG.G.........GGUUUC.U.G.UUGGAU..GGUUG.......GCAAC
#=GR B.taurus.2 SS ......(((..(((.(.(((((((((........(((......)))............))))).).).))...)...)))).......))...
B.taurus.3 C.CCGGUGCC.UAUGACGGUCUGUCUG.AAAA.CCAGCCC...CUG.GU........GGGGCA.G.A.CCUGAG.AACCUG.......GCGUG
#=GR B.taurus.3 SS (.(.(((..(.(.....(((((((((.....(.((((......))).)).........))))).).).))..))..))).).......)....
B.taurus.4 ACUUGCGUU..AAUGAGAACAGAAACG.UAAA..CUAUAA.CCUAG.G.........GGUUUC.U.G.UUGGAU..GGUUG.......GCAA.
#=GR B.taurus.4 SS ......(((..(((.(.(((((((((........(((......)))............))))).).).))...)...)))).......))...
B.taurus.5 G.CCAGAUG...AUGAGGACCUGUGCG.GAAA.CCCCCCG..CGGG..C........UGCCCA.U.G.UCUGAG...CCC........CUGGC
#=GR B.taurus.5 SS (.((((((....(((.((.((((((.(.(.......))))..)))).............)))).).).)))).)...)...............
B.taurus.6 G.AUGCGUC..CAUGAAGUCACCAGCC.CCAA.GCCCCUC...GUG.GU........GGGUGG.U.G.AUGGAA.CCGUCA.....AAGCAGU
#=GR B.taurus.6 SS (.(((..((..((.....((((((.((.(((.............)).).........)).))).).).)))))...)))).............
B.taurus.7 U.UUUGCCC...AUGAAGGUGUUCCCUCUAAA..CCUAC....GUG...........GAGGAA.U.G.CCUGAU.GUCCAG.......GAAAA
#=GR B.taurus.7 SS (.((((..(...((..(((((((((.((((..............))...........)))))).).).))).)).)..))).......))...
O.aries.1 G.ACGCUUC...AUGACAGGAAGGACU.GAAA.UGUCUCU.UGGAC.GC......CUGGUCCU.U.C.CUUGAU..GUUCU......CACGGC
#=GR O.aries.1 SS (.(.((.((...(....((((((((((.(....((((......))).)........))))))).).).)))))...))..)......).....
S.scrofa.1 G.ACGCUUC...AUGACAGGAAGGACU.GAAA.UGUCUUG.UGGAC.GC......CUGGUCCU.U.C.CCUGAU..GUUCU......CAUGGC
#=GR S.scrofa.1 SS .......((...(((((((((((((((.(....((((......))).)........))))))).)...))))........)......))))).
S.scrofa.2 C.UGGCACC..CAUGACAGUCUGCCUA.AAAA.CCAGCCC...CUG.GU........GGGGCA.G.A.CUCGAG.AACCUG.......GCGUG
#=GR S.scrofa.2 SS .....((((..((.(.((((((((((.....(.((((......))).)).........))))).).).)).).....).)).......).)))
S.scrofa.3 A.UUUUAUC..CAUGAAAGUGUUUCCUCUAAA..CCUAU....GUG...........GAGGAA.C.A.CCUGAU.GUCCAG......GAAAAU
#=GR S.scrofa.3 SS ...........(((....))).((((((((..............))...........)))))).....((((......)))......).....
S.scrofa.4 C.UGGCACC..CAUGACAGUCUGCCUA.AAAA.CCAGCC....CUG.GU........GGGGCA.G.A.CUCGAG.AACCUG.......GCGUG
#=GR S.scrofa.4 SS .....((((..((.(.((((((((((.....(.(((........)).)).........))))).).).)).).....).)).......).)))
C.elegans.1 G.AGGCAGCUUUGUGACGACCUUUGGC.UAAA.CUCCAUC..GUGA.GC........GCCUCU.G.G.UCUGAU...GC.........GCCUC
#=GR C.elegans.1 SS (.((((.((...((.(.((((...(((......(((........)).).........)))....).).))).))...)).........)))))
S.mansoni.1 C.UCGCUAU...AUGACGAUGGCAAUC.UCAA..AUGUU....CAU..U........GGUUGC.C.A.UUUGAU..GAAAUCAGUUUUGUGUG
#=GR S.mansoni.1 SS ...(((.((...(.(((((((((((((..............................)))))).).).)).............))).))))))
#=GC SS_cons <-<<<<-----------<<<<<<<<<<-------<<<______>>>----------->>>>>>->->->>------------------>>>>>
#=GC RF g.ucucauu..uAUGAuGgccucuccc.uAAA.ucccuuu...ggg..c........gggaga.g.g.cCuGAU..gcuug.......gagac
//
|
