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261
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Command line: [exonerate --model protein2genome Input_Sequences63/dcsA.fas NewSequencedGenome/A_Ellipt_clc_pe_contigs.fa --bestn 1 --showtargetgff]
Hostname: [ningal.cluster.lifesci.dundee.ac.uk]
C4 Alignment:
------------
Query: DDB_G0269124
Target: contig_1146 [revcomp]
Model: protein2genome:local
Raw score: 3652
Query range: 142 -> 1059
Target range: 11269 -> 8533
143 : SerProSerSerGluTyrGlyThrThrSerGlyGlyGlnArgPheAspThrLeuValAsp : 162
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SerProAsnMetGluLeuAlaArgAspLeuAlaGlnProHisPheGluThrLeuIleAsp
11269 : TCGCCCAACATGGAGCTGGCGCGCGACCTCGCCCAGCCGCACTTTGAGACGCTGATCGAC : 11212
163 : ProAspIleSerLeuAlaGluMetGluGluLysMetArgGlnHisLysValTyrGlnGlu : 182
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ProAspMetThrProGlyGluIleGluGluLysMetArgGlnHisLysAlaHisLeuGlu
11211 : CCCGACATGACGCCCGGCGAGATCGAGGAGAAGATGCGCCAGCACAAGGCGCACCTCGAG : 11152
183 : GlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnGlnLysGlnLysAspLysGluLeuSer : 202
..!|||:!!.....!..!:!!! |||:!!|||..!:!! !! ! !
------------MetGlnLysSerSerSerGluLeuLysLysLysSerGlnMetGlnLeu
11151 : ------------ATGCAAAAGTCCTCGTCGGAACTCAAGAAGAAGTCCCAAATGCAACTC : 11104
203 : SerGlnLysLysLysProSerSerMetGlnLeuSerLysLysLysHisValAlaLysGlu : 222
!.!||| ! :!!:!! !..!..!:!: !!.!||| ::: :!! !:!!!!:
LysGlnAspGlnGlnLysGlnGlnValValAlaLysLysProArgSerIleLeuGlnAsp
11103 : AAGCAGGATCAGCAGAAACAACAAGTCGTCGCAAAGAAGCCCCGTTCGATCCTCCAGGAC : 11044
223 : AspSerGluThrLeuGluThrIleIleGlyGluGluLysLysGluValValPheGluVal : 242
|||! !||||||! !||||||:!!.!!!.!||||||:::|||||||||||||||||||||
AspMetGluThrSerGluThrLeuPheAlaGluGluArgLysGluValValPheGluVal
11043 : GACATGGAGACGTCGGAGACCCTTTTCGCCGAGGAACGCAAGGAGGTCGTCTTTGAGGTG : 10984
243 : LysProTyrPheSerHisAlaIleLeuGlnAlaThrMetAlaValPheLeuIleTrpAsn : 262
:::|||||||||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ArgProTyrPheSerHisSerIleLeuGlnAlaThrMetAlaValPheLeuIleTrpAsn
10983 : CGTCCCTACTTCTCGCACTCTATCCTCCAGGCGACGATGGCCGTCTTCCTCATCTGGAAC : 10924
263 : IlePheTyrPheAlaTyrArgAlaGlyTrpThrMetAsnArgThrAspTyrIle<->Thr : 281
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IlePheTyrPheAlaTyrArgMetGlyTrpThrMetAsnThrGlnAsnGlyValTyrVal
10923 : ATCTTTTACTTTGCCTACCGTATGGGCTGGACCATGAACACCCAGAACGGCGTCTACGTG : 10864
282 : PheSerTyrSerIleLeuPheIleIleValGluPheIleSerPheLeuGlySerAlaLeu : 301
.!!!!!||||||:!:||||||:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LeuCysTyrSerValLeuPheLeuIleValGluPheIleSerPheLeuGlySerAlaLeu
10863 : CTCTGCTACTCGGTGCTCTTCCTCATCGTCGAGTTCATCTCTTTCCTCGGCTCCGCGCTC : 10804
302 : HisLeuAsnAsnPheThrAsnProCysThrPheValLeuValValThrLeuGluGlnIle : 321
|||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||||||||||||||
HisLeuAsnAsnPheThrAsnProCysThrPheIleLeuValValThrLeuGluGlnIle
10803 : CATCTCAACAACTTTACCAATCCGTGCACCTTTATCCTGGTGGTCACGCTGGAGCAGATC : 10744
322 : LeuAlaLysArgArgLysLysHisProThrValMetMetTyrValCysThrTyrLysGlu : 341
||||||:::||||||||| !||||||||||||||||||:!!|||||||||||||||
LeuAlaArgArgArgLysProPheProThrValMetMetTyrIleCysThrTyrLysGlu
10743 : CTCGCGCGCCGTCGCAAGCCCTTCCCCACCGTCATGATGTACATCTGTACCTACAAGGAG : 10684
342 : ProProSerIleValSerArgThrPheArgThrAlaIleSerMetAspTyrProSerGlu : 361
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ProProSerIleValSerArgThrPheArgThrAlaIleAlaMetAspTyrProAlaGlu
10683 : CCGCCCTCGATCGTCTCGCGCACGTTCCGCACCGCCATCGCCATGGACTACCCCGCCGAG : 10624
362 : AsnLeuTrpIleGlyLeuLeuAspAspSerValAsnTyrArgGluSerArgGlyTrpAla : 381
||||||||||||||||||||||||||||||:!!|||!:!||||||||||||||||||:!!
AsnLeuTrpIleGlyLeuLeuAspAspSerIleAsnPheArgGluSerArgGlyTrpSer
10623 : AACCTCTGGATCGGCCTGCTCGACGACTCGATCAACTTCCGCGAGTCGCGCGGCTGGTCG : 10564
382 : HisLeuGlnSerValGluLysAsnPheLeuTyrValLeuLeuGlnLysAlaValTyrSer : 401
||||||||||||||||||||||||||||||!:! !|||||||||::::!!||||||:!!
HisLeuGlnSerValGluLysAsnPheLeuPheGlnLeuLeuGlnArgSerValTyrAla
10563 : CACCTCCAATCGGTCGAGAAGAACTTCCTCTTCCAGCTGCTCCAGCGCTCCGTGTACGCC : 10504
402 : ValHisAsnIleArgProProValThrSerGlnHisGluAspProHisGlyIleLeuAsn : 421
|||||||||||| !|||||||||.!!..!||| !|||||||||:!!|||||||||..!
ValHisAsnIleAlaProProValAlaGlnGlnAlaGluAspProTyrGlyIleLeuGly
10503 : GTGCACAACATCGCGCCGCCCGTCGCGCAGCAGGCCGAGGACCCGTACGGCATCCTCGGC : 10444
422 : GluThrSerSerLysIleGluSerSerThrLysGluValIleGluAlaGluValGlnTrp : 441
|||||||||..!:::||||||!.!!!!||||||||||||:!!||||||||||||||||||
GluThrSerGluArgIleGluLysThrThrLysGluValValGluAlaGluValGlnTrp
10443 : GAGACGTCCGAGCGCATCGAAAAGACCACGAAAGAGGTCGTCGAGGCCGAGGTGCAGTGG : 10384
442 : PheIleGluTyrPheLeuLeuAsnSerTrpPheGlyValGlyGlnGluIleProArgAsp : 461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!! !!::||| ! !! !!!:
PheIleGluTyrPheLeuLeuAsnSerTrpPheGlyIleAspArgGluProGluIleGlu
10383 : TTCATCGAGTACTTCCTCCTGAACAGCTGGTTCGGCATCGACCGCGAGCCCGAGATCGAG : 10324
462 : AlaAspAspAlaGluArgAlaLeuIleAlaLysLeuArgAspAspAsnPheSerProTyr : 481
!!..!|||||||||||| !!!!|||:!!! !||||||!!:|||||||||||| !!|||
ProSerAspAlaGluArgAsnPheIleSerMetLeuArgGluAspAsnPheSerAlaTyr
10323 : CCCTCCGACGCCGAACGCAACTTTATCTCGATGCTGCGCGAGGACAACTTCTCGGCGTAC : 10264
482 : ArgThrPheThrLysSerGluSerGluLysIleSerAsnPheThrIleAspSerLeuGln : 501
||||||.!!||| ! ..!||| !!||| |||! !!..|||:!!! !|||:!!||||||
ArgThrIleThrAspGlnGluArgGluLeuIleTyrThrPheSerSerAspAlaLeuGln
10263 : CGCACCATCACCGACCAGGAGCGCGAGCTCATCTACACGTTCTCGAGCGACGCGCTCCAG : 10204
502 : SerLeuTrpHisGlySerAlaPhePheArgProLeuIleArgSerIleLeuLeuLysLys : 521
|||:!!|||||||||||| !!.!.!:!|||||||||:!:|||!:! !|||!!!:!!:::
SerIleTrpHisGlySerProMetTyrArgProLeuValArgAsnAlaLeuPheGlnArg
10203 : TCGATCTGGCACGGCTCGCCCATGTACCGCCCGCTGGTGCGCAACGCCCTGTTCCAGCGC : 10144
522 : AspTyrValArgAsnPheValSerGluLeuAsnAsnGlnHisArgLeuArgPheLeuAsn : 541
!||||||!:!:!!|||:!!:!!|||! !||| ..!|||||||||||||||||||||
ArgTyrValLysAspPheIleAlaGluHisAsnAlaSerHisArgLeuArgPheLeuAsn
10143 : CGCTACGTCAAGGACTTTATCGCCGAGCACAACGCGTCGCACCGTCTGCGCTTCCTCAAC : 10084
542 : ThrGluAlaLeuAlaMetAlaGlnTyrGlnValLeuMetMetGlyArgGlnGluLeuPro : 561
..!!!:|||:!! !||||||||||||:!!|||! !||||||||||||||||||:!!|||
ValAspAlaIleAsnMetAlaGlnTyrLysValHisMetMetGlyArgGlnGluValPro
10083 : GTCGACGCGATCAACATGGCGCAGTACAAGGTGCACATGATGGGCCGCCAGGAGGTGCCC : 10024
562 : TrpAspGluIleSerSerGlyAsnValArgIleAspPheAspThrCysAspGlyProIle : 581
!::|||!!::!:|||:!!|||||||||||||||||||||||| !! !||| !!:!!
PheAspAspValSerAlaGlyAsnValArgIleAspPheAspPro---ThrGlySerVal
10023 : TTCGACGACGTGTCCGCGGGCAACGTGCGCATCGACTTTGACCCG---ACCGGCTCGGTC : 9967
582 : ValSerProLysCysThrTyrLeuArgArgArgLysProProIleProHisAsnLysAla : 601
|||!!!|||:::||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ValThrProArgCysThrTyrLeuArgArgArgLysProProIleProHisAsnLysAla
9966 : GTCACGCCGCGCTGCACCTACCTGCGCCGCCGCAAGCCGCCCATCCCGCACAACAAGGCC : 9907
602 : GlyAsnIleAsnAsnAlaLeuPheAsnGluSerThrLysAlaAspTyrGluPheLeuGly : 621
|||||||||||||||!.!|||||||||||||||! ! ! |||||||||||||||:!!|||
GlyAsnIleAsnAsnGlyLeuPheAsnGluSerIleHisAlaAspTyrGluPheMetGly
9906 : GGCAACATCAACAACGGCCTCTTCAACGAGTCGATCCACGCCGACTACGAGTTCATGGGC : 9847
622 : LeuLeuAspAlaAspGlnGlnProHisProAspPheLeuLysArgValLeuProTyrPhe : 641
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!|||||||||
LeuLeuAspAlaAspGlnGlnProHisProAspPheLeuLysArgValMetProTyrPhe
9846 : CTGCTCGATGCCGACCAGCAGCCGCACCCCGACTTCCTCAAGCGCGTCATGCCCTACTTC : 9787
642 : TyrSerAspGluGlyGlnAspLeuAlaPheValGlnThrProGlnPhePheSerAsnIle : 661
!:!||||||!!:|||!!.!!::!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
PheSerAspAspGlyHisGluValAlaPheValGlnThrProGlnPhePheSerAsnIle
9786 : TTCAGCGACGACGGCCACGAGGTCGCCTTTGTCCAGACGCCGCAGTTCTTCTCCAACATC : 9727
662 : TyrProValAspAspProLeuGlyHisArgAsnMetGluPheTyrGlyProValMetGlu : 681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TyrProValAspAspProLeuGlyHisArgAsnMetGluPheTyrGlyProValMetGlu
9726 : TACCCCGTCGACGACCCGCTCGGCCACAGAAACATGGAGTTCTACGGTCCCGTAATGGAG : 9667
682 : GlyArgSerAlaAsnAsnAlaCysProPheValGlyThrAsnAlaIlePheArgArgGln : 701
|||||||||.!!|||..!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!
GlyArgSerThrAsnGlyAlaCysProPheValGlyThrAsnAlaIlePheArgArgLys
9666 : GGTCGCTCCACCAACGGCGCCTGCCCCTTCGTCGGAACCAACGCCATCTTCCGTCGCAAG : 9607
702 : ProLeuTyrAspIleGlyGlyIleMetTyrAsnSerValThrGluAspMetTyrThrGly : 721
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ProLeuTyrAspIleGlyGlyIleMetTyrAsnSerValThrGluAspMetTyrThrGly
9606 : CCCCTCTACGACATTGGCGGCATCATGTACAACTCTGTCACTGAGGATATGTACACGGGA : 9547
722 : MetLysLeuGlnValSerGlyTyrLysSerTrpTyrHisAsnGluValLeuValValGly : 741
|||||||||||||||||||||!:!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MetLysLeuGlnValSerGlyPheLysSerTrpTyrHisAsnGluValLeuValValGly
9546 : ATGAAGCTCCAGGTCTCGGGATTCAAGTCGTGGTACCACAACGAGGTGCTCGTCGTCGGT : 9487
742 : ThrAlaProValAspLeuLysGluThrLeuGluGlnArgLysArgTrpAlaGlnGlyAla : 761
|||||||||||||||:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ThrAlaProValAspIleLysGluThrLeuGluGlnArgLysArgTrpAlaGlnGlyAla
9486 : ACCGCGCCCGTCGATATCAAGGAAACGCTCGAGCAGAGAAAGCGTTGGGCGCAGGGCGCC : 9427
762 : ValGluIlePheSerLeuThrProTrpGlyTyrIleArgGlyLysLeuGlyTrpArgLys : 781
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| !||||||||||||||||||
ValGluIlePheSerLeuThrProTrpGlyTyrIleArgLysLysLeuGlyTrpArgLys
9426 : GTCGAAATCTTCTCGCTCACGCCGTGGGGCTACATCCGCAAGAAGCTCGGCTGGAGAAAG : 9367
782 : MetLeuTyrAsnLeuAspSerCysIleTyrProPheLeuSerProThrAlaPhePheTyr : 801
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.!!||||||
MetLeuTyrAsnLeuAspSerCysIleTyrProPheLeuSerProThrAlaIlePheTyr
9366 : ATGCTCTACAACCTCGACTCGTGCATCTACCCGTTCCTCTCGCCGACTGCCATCTTCTAC : 9307
802 : GlyAlaSerProLeuIleMetSerIleTrpThrValProIleValValLysAspProIle : 821
||| !:!!||||||||||||!!!:!:|||||||||||||||||||||! :!!||||||
GlyLeuAlaProLeuIleMetCysLeuTrpThrValProIleValValThrAsnProIle
9306 : GGTCTGGCGCCGCTGATCATGTGTCTGTGGACCGTGCCCATCGTCGTCACCAACCCCATC : 9247
822 : IlePheIleLeuValGlyMetIleProValMetValLeuProArgValIleGlnTyrMet : 841
|||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||||||||!!:|||||||||
IlePheIleLeuValGlyMetIleProValMetIleLeuProArgValMetGlnTyrMet
9246 : ATCTTCATCCTCGTCGGTATGATCCCCGTCATGATCCTGCCGCGTGTCATGCAGTACATG : 9187
842 : IleLeuArgAlaLysArgProTyrGluAlaGlyLysSerGlyProSerLeuTrpValGlu : 861
||||||||||||! !||||||!:!||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IleLeuArgAlaThrArgProPheGluAlaGlyLysSerGlyProSerLeuTrpValGlu
9186 : ATCCTCCGCGCCACGCGTCCCTTCGAGGCCGGAAAGTCCGGCCCCTCGCTCTGGGTCGAA : 9127
862 : AlaThrAspLeuTrpArgAlaGluGlnThrPhePheGlyPheAlaGlyThrTyrIleSer : 881
||||||||||||||||||||||||||||||||||||!.!|||||||||||||||||||||
AlaThrAspLeuTrpArgAlaGluGlnThrPhePheAlaPheAlaGlyThrTyrIleSer
9126 : GCCACCGATCTCTGGCGTGCCGAACAGACCTTCTTTGCGTTCGCCGGAACCTACATCTCT : 9067
882 : SerTrpArgGluGlySerAlaSerIleValLysLeuLeuLysAlaArgLysIleSerArg : 901
:!!|||!:!! ||||||||||||:!!|||:::|||:!!|||||||||||||||||||||
AlaTrpLysAlaGlySerAlaSerValValArgLeuIleLysAlaArgLysIleSerArg
9066 : GCGTGGAAGGCCGGCTCCGCGTCGGTCGTCCGTCTCATCAAGGCGCGCAAGATCTCGCGT : 9007
902 : HisLysLeuAlaMetTrpAsnTrpLysArgAspPheValLysLysProValValCysGlu : 921
||||||||||||||||||||||||||||||!!:|||!.!||||||||||||:!! !|||
HisLysLeuAlaMetTrpAsnTrpLysArgGluPheAlaLysLysProValIleValGlu
9006 : CACAAACTCGCCATGTGGAACTGGAAGCGTGAGTTTGCCAAGAAGCCCGTCATCGTCGAG : 8947
922 : ValPheArgGlnThrLysLeuValAsnGluAsnAspAsnAlaGlnGluSerSerGlyLys : 941
!!:!||||||:!!|||||||||:!!.!. !!!: .!!:!!||| !!.!||| !
ArgTyrArgGlnSerLysLeuValHisHisAlaGlu---ThrGluGluHisLysGlyPro
8946 : CGCTACCGCCAGTCGAAGCTGGTGCACCACGCCGAG---ACCGAGGAGCACAAGGGCCCG : 8890
942 : HisLysAlaGluGlnSerPheArgThrSerAsnLysGluSerAspThrIleLysAsnSer : 961
!.!|||||||||||||||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||
ArgLysAlaGluGlnSerPheArgSerSerAsnLysGluSerAspThrIleLysAsnSer
8889 : CGCAAGGCCGAGCAGTCGTTCCGTTCCTCCAACAAGGAGTCCGACACCATCAAGAACTCG : 8830
962 : ArgLeuPheLeuProAsnIleIleLeuPheValValAsnIleLeuAlaMetMetSerAla : 981
||||||||| !||||||:!!|||:!!|||! !!.!||||||||||||!!::!! !.!!
ArgLeuPheAlaProAsnLeuIleMetPheGlyAlaAsnIleLeuAlaIleLeuLeuThr
8829 : CGTCTCTTTGCGCCGAATCTCATCATGTTTGGCGCCAACATCCTCGCCATCCTGCTGACC : 8770
982 : ValLeuArgPheAsnCysPheGlnAsnAspMetTrpLeuLeuValValValAlaGlyPhe : 1001
:!!||| !||||||||||||! |||||||||||||||:!!:!!|||||||||||||||
LeuLeuSerPheAsnCysPheLeuAsnAspMetTrpLeuMetIleValValAlaGlyPhe
8769 : CTGCTCTCGTTCAACTGCTTCCTCAACGACATGTGGCTGATGATTGTCGTCGCCGGTTTC : 8710
1002 : SerPheSerThrLeuTrpHisLeuTrpSerPheIleProMetAlaLeuArgGlnSerGlu : 1021
:!!|||||||||! !|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
AlaPheSerThrCysTrpHisLeuTrpSerPheIleProMetAlaLeuArgGlnSerGlu
8709 : GCCTTCTCCACGTGCTGGCATCTCTGGTCGTTCATCCCTATGGCCCTCAGACAGTCCGAG : 8650
1022 : LysGlnTrpProTyrAlaSerSerTyrHisAlaHisAsnIleValLeuPheLeuValLeu : 1041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!:!!||||||:!!|||
LysGlnTrpProTyrAlaSerSerTyrHisAlaHisAsnIleLeuIlePheLeuIleLeu
8649 : AAGCAGTGGCCCTACGCCTCCTCGTACCACGCGCACAACATTCTCATCTTTCTCATTCTC : 8590
1042 : GlyPheLeuValLeuLeuPheValAspValLysValCysIleProArgValGly : 1059
|||||||||||||||||||||..! ! ||| |||||||||||||||||||||
GlyPheLeuValLeuLeuPheThrLysValAlaValCysIleProArgValGly
8589 : GGTTTCCTGGTGCTCCTGTTCACCAAGGTCGCTGTCTGTATTCCTCGTGTCGGA : 8534
vulgar: DDB_G0269124 142 1059 . contig_1146 11269 8533 - 3652 M 40 120 G 4 0 M 94 282 G 0 3 M 296 888 G 1 0 M 356 1068 G 1 0 M 125 375
# --- START OF GFF DUMP ---
#
#
##gff-version 2
##source-version exonerate:protein2genome:local 2.2.0
##date 2015-01-16
##type DNA
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#
# seqname source feature start end score strand frame attributes
#
contig_1146 exonerate:protein2genome:local gene 8534 11269 3652 - . gene_id 0 ; sequence DDB_G0269124 ; gene_orientation .
contig_1146 exonerate:protein2genome:local cds 8534 11269 . - .
contig_1146 exonerate:protein2genome:local exon 8534 11269 . - . insertions 3 ; deletions 6
contig_1146 exonerate:protein2genome:local similarity 8534 11269 3652 - . alignment_id 0 ; Query DDB_G0269124 ; Align 11270 143 120 ; Align 11150 187 282 ; Align 10865 281 888 ; Align 9977 578 1068 ; Align 8909 935 375
# --- END OF GFF DUMP ---
#
-- completed exonerate analysis
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