package info (click to toggle)
kma 1.4.21-1
  • links: PTS, VCS
  • area: main
  • in suites: forky, sid, trixie
  • size: 2,168 kB
  • sloc: ansic: 32,219; python: 80; makefile: 79; sh: 52

Folder: 1.4.21-1

show hidden (1)
d .. (parent)
d d rwxr-xr-x 30 .github
d d rwxr-xr-x 108 .idea
d d rwxr-xr-x 125 .pc
d d rwxr-xr-x 85 conda
d d rwxr-xr-x 4,096 debian
d d rwxr-xr-x 60 envs
- - rw-r--r-- 45 .gitignore
- - rw-r--r-- 252,900 KMAspecification.pdf
- - rw-r--r-- 4,829 Makefile
- - rw-r--r-- 7,144 README.md
- - rw-r--r-- 32,020 align.c
- - rw-r--r-- 2,680 align.h
- - rw-r--r-- 77,851 alnfrags.c
- - rw-r--r-- 7,716 alnfrags.h
- - rw-r--r-- 5,823 ankers.c
- - rw-r--r-- 1,991 ankers.h
- - rw-r--r-- 56,598 assembly.c
- - rw-r--r-- 3,947 assembly.h
- - rw-r--r-- 166 bitbucket-pipelines.yml
- - rw-r--r-- 13,625 chain.c
- - rw-r--r-- 1,568 chain.h
- - rw-r--r-- 8,773 compdna.c
- - rw-r--r-- 1,691 compdna.h
- - rw-r--r-- 1,428 compkmers.c
- - rw-r--r-- 1,054 compkmers.h
- - rw-r--r-- 33,764 compress.c
- - rw-r--r-- 1,103 compress.h
- - rw-r--r-- 35,214 conclave.c
- - rw-r--r-- 2,816 conclave.h
- - rw-r--r-- 5,615 db.c
- - rw-r--r-- 776 db.h
- - rw-r--r-- 6,301 decon.c
- - rw-r--r-- 1,348 decon.h
- - rw-r--r-- 25,752 dist.c
- - rw-r--r-- 2,845 dist.h
- - rw-r--r-- 4,569 ef.c
- - rw-r--r-- 1,113 ef.h
- - rw-r--r-- 6,034 filebuff.c
- - rw-r--r-- 1,713 filebuff.h
- - rw-r--r-- 4,355 frags.c
- - rw-r--r-- 1,160 frags.h
- - rw-r--r-- 7,419 hashmap.c
- - rw-r--r-- 2,343 hashmap.h
- - rw-r--r-- 14,345 hashmapcci.c
- - rw-r--r-- 2,861 hashmapcci.h
- - rw-r--r-- 10,673 hashmapindex.c
- - rw-r--r-- 3,424 hashmapindex.h
- - rw-r--r-- 22,413 hashmapkma.c
- - rw-r--r-- 4,370 hashmapkma.h
- - rw-r--r-- 3,712 hashmapkmers.c
- - rw-r--r-- 1,382 hashmapkmers.h
- - rw-r--r-- 7,433 hashtable.c
- - rw-r--r-- 1,651 hashtable.h
- - rw-r--r-- 20,121 index.c
- - rw-r--r-- 750 index.h
- - rw-r--r-- 59,911 kma.c
- - rw-r--r-- 789 kma.h
- - rw-r--r-- 826 kma_index.c
- - rw-r--r-- 821 kma_shm.c
- - rw-r--r-- 803 kma_update.c
- - rw-r--r-- 5,838 kmapipe.c
- - rw-r--r-- 1,288 kmapipe.h
- - rw-r--r-- 1,121 kmathread.h
- - rw-r--r-- 15,218 kmeranker.c
- - rw-r--r-- 3,077 kmeranker.h
- - rw-r--r-- 1,612 kmerlink.c
- - rw-r--r-- 1,143 kmerlink.h
- - rw-r--r-- 9,051 kmers.c
- - rw-r--r-- 967 kmers.h
- - rw-r--r-- 5,249 kmmap.c
- - rw-r--r-- 871 kmmap.h
- - rw-r--r-- 5,506 loadupdate.c
- - rw-r--r-- 1,158 loadupdate.h
- - rw-r--r-- 2,734 main.c
- - rw-r--r-- 744 main.h
- - rw-r--r-- 8,086 makeindex.c
- - rw-r--r-- 1,456 makeindex.h
- - rw-r--r-- 4,081 matrix.c
- - rw-r--r-- 1,160 matrix.h
- - rw-r--r-- 14,939 mt1.c
- - rw-r--r-- 1,398 mt1.h
- - rw-r--r-- 25,617 nw.c
- - rw-r--r-- 2,025 nw.h
- - rw-r--r-- 28,303 nw2p.c
- - rw-r--r-- 891 penalties.h
- - rw-r--r-- 272,814 performanceAndComparisonCMDs.tar.gz
- - rw-r--r-- 1,844 pherror.c
- - rw-r--r-- 1,667 pherror.h
- - rw-r--r-- 1,897 printconsensus.c
- - rw-r--r-- 889 printconsensus.h
- - rw-r--r-- 7,463 qc.c
- - rw-r--r-- 1,467 qc.h
- - rw-r--r-- 1,424 qseqs.c
- - rw-r--r-- 1,006 qseqs.h
- - rw-r--r-- 10,216 qualcheck.c
- - rw-r--r-- 1,586 qualcheck.h
- - rw-r--r-- 23,248 runinput.c
- - rw-r--r-- 2,621 runinput.h
- - rw-r--r-- 50,430 runkma.c
- - rw-r--r-- 1,952 runkma.h
- - rw-r--r-- 4,729 sam.c
- - rw-r--r-- 1,041 sam.h
- - rw-r--r-- 179,888 savekmers.c
- - rw-r--r-- 8,171 savekmers.h
- - rw-r--r-- 6,461 seq2fasta.c
- - rw-r--r-- 1,013 seq2fasta.h
- - rw-r--r-- 5,734 seqmenttree.c
- - rw-r--r-- 1,655 seqmenttree.h
- - rw-r--r-- 10,865 seqparse.c
- - rw-r--r-- 1,261 seqparse.h
- - rw-r--r-- 16,667 shm.c
- - rw-r--r-- 1,363 shm.h
- - rw-r--r-- 25,212 sparse.c
- - rw-r--r-- 1,598 sparse.h
- - rw-r--r-- 38,074 spltdb.c
- - rw-r--r-- 1,779 spltdb.h
- - rw-r--r-- 12,435 stdnuc.c
- - rw-r--r-- 5,249 stdnuc.h
- - rw-r--r-- 7,436 stdstat.c
- - rw-r--r-- 1,518 stdstat.h
- - rw-r--r-- 1,581 threader.h
- - rw-r--r-- 2,358 tmp.c
- - rw-r--r-- 765 tmp.h
- - rw-r--r-- 21,296 trim.c
- - rw-r--r-- 1,044 trim.h
- - rw-r--r-- 3,867 tsv.c
- - rw-r--r-- 1,028 tsv.h
- - rw-r--r-- 8,245 update.c
- - rw-r--r-- 894 update.h
- - rw-r--r-- 6,483 updateindex.c
- - rw-r--r-- 1,845 updateindex.h
- - rw-r--r-- 15,645 updatescores.c
- - rw-r--r-- 2,707 updatescores.h
- - rw-r--r-- 3,325 valueshash.c
- - rw-r--r-- 1,674 valueshash.h
- - rw-r--r-- 9,211 vcf.c
- - rw-r--r-- 1,040 vcf.h
- - rw-r--r-- 739 version.h
- - rw-r--r-- 7,720 xml.c
- - rw-r--r-- 1,575 xml.h