1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
|
all: kmc kmc_dump kmc_tools libkmc.a
KMC_BIN_DIR = bin
KMC_MAIN_DIR = kmer_counter
KMC_API_DIR = kmc_api
KMC_DUMP_DIR = kmc_dump
KMC_TOOLS_DIR = kmc_tools
PY_KMC_API_DIR = py_kmc_api
KMC_TOOLS_CXXFLAGS := $(CXXFLAGS) -Wall -O3
KMC_TOOLS_LDFLAGS := $(LDFLAGS) -lm -O3 -lpthread -std=c++14 -lz -lbz2
KMC_LIB_OBJS = $(sort $(wildcard $(KMC_API_DIR)/*.o))
CXXFLAGS += -Wall -O3
LDFLAGS += -lm -O3 -lpthread -std=c++11 -lz -lbz2
KMC_OBJS = \
$(KMC_MAIN_DIR)/kmer_counter.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/mmer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/mem_disk_file.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/rev_byte.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/bkb_writer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/cpu_info.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/bkb_reader.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/fastq_reader.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/timer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/develop.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kb_completer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kb_storer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kmer.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/splitter.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/kb_collector.o
ifeq (1,$(SIMD))
RADULS_OBJS = \
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse2.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse41.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx2.o \
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx.o
else
RADULS_OBJS = \
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse2.o
endif
KMC_DUMP_OBJS = \
$(KMC_DUMP_DIR)/nc_utils.o \
$(KMC_DUMP_DIR)/kmc_dump.o
KMC_API_OBJS = \
$(KMC_API_DIR)/mmer.o \
$(KMC_API_DIR)/kmc_file.o \
$(KMC_API_DIR)/kmer_api.o
KMC_API_SRC_FILES = $(wildcard $(KMC_API_DIR)/*.cpp)
PY_KMC_API_OBJS = $(patsubst $(KMC_API_DIR)/%.cpp,$(PY_KMC_API_DIR)/%.o,$(KMC_API_SRC_FILES))
KMC_TOOLS_OBJS = \
$(KMC_TOOLS_DIR)/kmc_header.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/kmc_tools.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/nc_utils.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/parameters_parser.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/parser.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/tokenizer.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_filter.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_reader.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/fastq_writer.o \
$(KMC_TOOLS_DIR)/percent_progress.o
$(KMC_OBJS) $(KMC_DUMP_OBJS) $(KMC_API_OBJS): %.o: %.cpp
$(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -c $< -o $@
$(KMC_TOOLS_OBJS): %.o: %.cpp
$(CXX) $(CPPFLAGS) $(KMC_TOOLS_CXXFLAGS) -c $< -o $@
ifeq (1,$(SIMD))
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse2.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse2.cpp
$(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -msse2 -c $< -o $@
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse41.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse41.cpp
$(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -msse4.1 -c $< -o $@
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx.cpp
$(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -mavx -c $< -o $@
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx2.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx2.cpp
$(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -mavx2 -c $< -o $@
else
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse2.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse2.cpp
$(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -c $< -o $@
endif
kmc: $(KMC_OBJS) $(RADULS_OBJS)
-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
$(CXX) $(CXXFLAGS) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(LDFLAGS)
kmc_dump: $(KMC_DUMP_OBJS) $(KMC_API_OBJS)
-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
$(CXX) $(CXXFLAGS) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(LDFLAGS)
kmc_tools: $(KMC_TOOLS_OBJS) $(KMC_API_OBJS)
-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
$(CXX) $(CXXFLAGS) -o $(KMC_BIN_DIR)/$@ $^ $(KMC_TOOLS_LDFLAGS)
$(PY_KMC_API_DIR)/%.o: $(KMC_API_DIR)/%.cpp
$(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -fPIC -Wall -O3 -std=c++11 $^ -o $@
py_kmc_api: $(PY_KMC_API_OBJS) $(PY_KMC_API_OBJS)
-mkdir -p $(KMC_BIN_DIR)
$(CXX) $(CXXFLAGS) -fPIC -Wall -shared -std=c++11 -O3 $(PY_KMC_API_DIR)/py_kmc_api.cpp $(PY_KMC_API_OBJS) \
-I $(KMC_API_DIR) \
-I $(PY_KMC_API_DIR)/libs/pybind11/include \
-I `python3 -c "import sysconfig;print(sysconfig.get_paths()['include'])"` \
-o $(KMC_BIN_DIR)/$@`python3-config --extension-suffix`
libkmc.a: $(KMC_API_OBJS)
ar rcs $@ $^
ranlib libkmc.a
clean:
-rm -f $(KMC_MAIN_DIR)/*.o
-rm -f $(KMC_API_DIR)/*.o
-rm -f $(KMC_DUMP_DIR)/*.o
-rm -f $(KMC_TOOLS_DIR)/*.o
-rm -f $(PY_KMC_API_DIR)/*.o
-rm -f $(PY_KMC_API_DIR)/*.so
-rm -rf bin
-rm -f libkmc.a
|
