1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
|
Description: Hardening
Subject: hardening
From: Debian Med Packaging Team <debian-med-packaging@lists.alioth.debian.org>
---
makefile | 10 +++++-----
1 file changed, 5 insertions(+), 5 deletions(-)
--- kmc.orig/Makefile
+++ kmc/Makefile
@@ -20,12 +20,10 @@
PY_KMC_API_CFLAGS = -Wl,-undefined,dynamic_lookup -fPIC -Wall -shared -std=c++14 -O3
else
- CC = g++
-
- CFLAGS = -Wall -O3 -m64 -static -Wl,--whole-archive -lpthread -Wl,--no-whole-archive -std=c++14
- CLINK = -lm -static -O3 -Wl,--whole-archive -lpthread -Wl,--no-whole-archive -std=c++14
-
- PY_KMC_API_CFLAGS = -fPIC -Wall -shared -std=c++14 -O3
+ KMC_TOOLS_CXXFLAGS := $(CXXFLAGS) -Wall -O3
+ KMC_TOOLS_LDFLAGS := $(LDFLAGS) -lm -O3 -lpthread -std=c++14 -lz -lbz2
+ CXXFLAGS += -Wall -O3
+ LDFLAGS += -lm -O3 -lpthread -std=c++11 -lz -lbz2
endif
KMC_CLI_OBJS = \
@@ -92,16 +90,16 @@
$(KMC_CLI_OBJS) $(KMC_CORE_OBJS) $(KMC_DUMP_OBJS) $(KMC_API_OBJS) $(KFF_OBJS) $(KMC_TOOLS_OBJS): %.o: %.cpp
- $(CC) $(CFLAGS) -c $< -o $@
+ $(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -c $< -o $@
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse2.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse2.cpp
- $(CC) $(CFLAGS) -msse2 -c $< -o $@
+ $(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -msse2 -c $< -o $@
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse41.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_sse41.cpp
- $(CC) $(CFLAGS) -msse4.1 -c $< -o $@
+ $(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -msse4.1 -c $< -o $@
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx.cpp
- $(CC) $(CFLAGS) -mavx -c $< -o $@
+ $(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -mavx -c $< -o $@
$(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx2.o: $(KMC_MAIN_DIR)/raduls_avx2.cpp
- $(CC) $(CFLAGS) -mavx2 -c $< -o $@
+ $(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -mavx2 -c $< -o $@
$(LIB_KMC_CORE): $(KMC_CORE_OBJS) $(RADULS_OBJS) $(KMC_API_OBJS) $(KFF_OBJS)
-mkdir -p $(OUT_INCLUDE_DIR)
@@ -111,26 +109,27 @@
kmc: $(KMC_CLI_OBJS) $(LIB_KMC_CORE)
-mkdir -p $(OUT_BIN_DIR)
- $(CC) $(CLINK) -o $(OUT_BIN_DIR)/$@ $^ $(KMC_LIBS)
+ $(CXX) -o $(OUT_BIN_DIR)/$@ $^ $(KMC_LIBS) $(LDFLAGS)
kmc_dump: $(KMC_DUMP_OBJS) $(KMC_API_OBJS)
-mkdir -p $(OUT_BIN_DIR)
- $(CC) $(CLINK) -o $(OUT_BIN_DIR)/$@ $^
+ $(CXX) -o $(OUT_BIN_DIR)/$@ $^ $(LDFLAGS)
kmc_tools: $(KMC_TOOLS_OBJS) $(KMC_API_OBJS) $(KFF_OBJS)
-mkdir -p $(OUT_BIN_DIR)
- $(CC) $(CLINK) -o $(OUT_BIN_DIR)/$@ $^ $(KMC_TOOLS_LIBS)
+ $(CXX) -o $(OUT_BIN_DIR)/$@ $^ $(KMC_TOOLS_LIBS) $(LDFLAGS)
$(PY_KMC_API_DIR)/%.o: $(KMC_API_DIR)/%.cpp
- $(CC) -c -fPIC -Wall -O3 -m64 -std=c++14 $^ -o $@
+ $(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) -c -fPIC -Wall -O3 -m64 -std=c++14 $^ -o $@
py_kmc_api: $(PY_KMC_API_OBJS) $(PY_KMC_API_OBJS)
-mkdir -p $(OUT_BIN_DIR)
- $(CC) $(PY_KMC_API_CFLAGS) $(PY_KMC_API_DIR)/py_kmc_api.cpp $(PY_KMC_API_OBJS) \
+ $(CXX) $(CPPFLAGS) $(CXXFLAGS) $(PY_KMC_API_CFLAGS) $(PY_KMC_API_DIR)/py_kmc_api.cpp $(PY_KMC_API_OBJS) \
-I $(KMC_API_DIR) \
-I $(PY_KMC_API_DIR)/libs/pybind11/include \
-I `python3 -c "import sysconfig;print(sysconfig.get_paths()['include'])"` \
- -o $(OUT_BIN_DIR)/$@`python3-config --extension-suffix`
+ -o $(OUT_BIN_DIR)/$@`python3-config --extension-suffix` \
+ $(LDFLAGS)
clean:
-rm -f $(KMC_MAIN_DIR)/*.o
|
